基于KL散度的RNA-Seq数据差异异构体比例检测

近年来,RNA-seq技术被广泛应用于差异表达基因和异构体的检测,但目前大多数方法都是识别单个异构体的差异表达,无法同时检测同一个基因中所包含异构体表达比例的差异,因此提出一个差异异构体比例检测方法。该方法基于先前设计的sLDASeq模型,运用该模型中隐含变量的概率分布,采用KL散度进行差异异构体比例的分析。首先使用最新的SEQC数据集评估sLDASeq模型表达水平的性能,结果表明该方法能准确地估计基因中异构体的比例。接着通过模拟数据集进行差异异构体比例的检测,与其他方法相比,实验结果表明该方法在差异异构体比例检测方面具有较高的准确性。

基于RNA-seq数据的差异基因和异构体检测

基因和异构体表达水平的差异检测是获取基因和异构体功能的重要途径,目前差异检测已经是转录组研究中一个重要的研究方向.RNA-seq技术近年来被广泛用于差异基因的检测.为模拟读段的非均匀分布,通常采用负二项分布对读段计数进行建模.现存的负二项分布模型大都是直接对基因读段计数进行建模,不能进行差异异构体检测.提出基于PGseq模型计算出的基因和异构体表达水平的负二项分布模型,采用exact test方法进行差异分析,解决了异构体的差异检测的问题.经实验验证,该方法在基因和异构体两方面的差异检测中都具有较高的准确度和灵敏度.