卵圆细胞恶性转化相关差异性甲基化基因的筛选及验证

目的通过对卵圆细胞恶性转化相关差异性甲基化基因的筛选及验证,初步探索卵圆细胞发生恶性转化的表观遗传学调控机制。方法利用简化甲基化测序(Reduced representation bisulfite sequencing,RRBS)对转染肝细胞癌基因HBV X(HBX)发生恶性转化的卵圆细胞(HBX⁃LE6)与正常大鼠肝卵圆细胞(LE6)进行甲基化测序,获得差异性甲基化区域(Differen⁃tially methylated region,DMR)与相关差异性甲基化基因(Differentially methylated gene,DMG),通过实时定量聚合酶链反应(Real⁃time qPCR)、蛋白质印迹法(Western Blot)、甲基化特异性聚合酶链反应(methylation specific polymerase chain reaction,MSP)进行检测,验证甲基化对DMG表达的调控作用。结果共筛选相关DMR 1434个,其中高甲基化DMR 623个(位于启动子128个);低甲基化DMR 811个(位于启动子216个),DMG共1987个。挑选启动子均存在高甲基化DMR的相关基因如泛素特异性蛋白酶18基因(USP18)、有丝分裂原活化蛋白激酶激酶激酶6(MAP3K6)、SWI/SNF染色质重塑复合物(SMARCB1)、表皮生长因子受体(EGFR)、肿瘤抑制因子(CYLD)、环指蛋白39(RNF39)、含16的锌指和BTB结构域蛋白(ZBTB16)、同源异型盒基因D8(HOXD8)进行验证。USP18、SMRCB1、CYLD、ZBTB16在LE6和HBX⁃LE6中的mRNA相对表达量分别为[(4.50±0.43),(2.09±0.18)]、[(7.34±0.11),(2.57±0.29)]、[(7.30±0.27),(3.44±0.13)]、[(7.01±0.06),(1.29±0.32)],与LE6相比,其在HBX⁃LE6中表达显著下调(P<0.05)。与LE6相比,SMARCB1在HBX⁃LE6中的蛋白表达明显下降[(6.26±0.25)比(1.53±0.34),P<0.05]。USP18、ZBTB1、CYLD的蛋白表达在三组间差异无统计学意义(P>0.05)。5⁃Aza⁃CdR对HBX⁃LE6细胞干预后,MSP证实SMARCB1在HBX⁃LE6中的高甲基化被5⁃Aza⁃CdR抑制,其mRNA与蛋白表达水平均显著上调(P<0.05)。结论DNA甲基化参与卵圆细胞恶性转化的表观遗传学调控机制,DNA高甲基化下调卵圆细胞中抑癌基因SMARCB1可能参与了癌变的过程,但机制仍需要进一步研究明确。

巢式甲基化特异性PCR检测肺癌病人WIF-1基因启动子区异常甲基化

为了检测肺癌患者血浆中WIF-1基因启动子区的甲基化状态,收集肺癌患者及健康对照者的血浆标本,采用巢式甲基化特异性PCR(nMSP)法检测WIF-1基因启动子区甲基化状态,并与普通甲基化特异性PCR(MSP)法进行了比较,结果在58例肺癌患者血浆样品中经nMSP法发现20例WIF-1基因启动子的过甲基化,用MSP法只检出10例,有吸烟史组WIF-1基因的甲基化率高于无吸烟史组(P<0.05).而20例正常对照血浆中都未检测到WIF-1基因启动子的过甲基化;表明利用巢式MSP(nMSP)法检测外周血血浆中WIF-1基因启动子的甲基化,可为非损伤性筛选和早期诊断肺癌提供有价值的信息.

甲基化特异性PCR检测FMR1和XIST基因甲基化实验方法的建立

建立一种快速、灵敏的检测脆性X智障基因(fragile X mental retardation,FMR1)、X染色体失活基因(Xchromosome inactivation,XIST)甲基化的方法.用亚硫酸氢钠和对苯二酚对基因组DNA进行脱氨基修饰.以修饰后的DNA为模板,用两套不同的引物对:1对甲基化特异性引物和1对非甲基化特异性引物扩增FMR1基因(CGG)n重复序列区、FMR1和XIST基因的启动子区.PCR产物进一步克隆、测序.以亚硫酸氢钠和对苯二酚脱氨基修饰后的DNA为模板进行PCR扩增后的产物与预期基因目的基因片段大小相符合,无非特异性扩增产物.测序结果表明,FMR1、XIST基因中的非甲基化的C碱基转变为U碱基,而CpG岛被甲基化的C碱基不改变.成功地建立了检测FMR1、XIST甲基化的方法,为实验室诊断脆性X综合征提供了新的方法.

实时荧光定量PCR和甲基化特异性PCR检测结直肠癌APC、MLH1基因甲基化状态

背景:启动子区甲基化致肿瘤抑制基因失活在结直肠癌的发生、发展中起重要作用,检测肿瘤相关基因的甲基化状态,可能为寻找新的结直肠癌诊断、预后相关标记物提供依据。目的:比较实时荧光定量PCR(FQ-PCR)与甲基化特异性PCR(MSP)检测基因甲基化状态的差异。方法:以FQ-PCR检测66例结直肠癌组织和20例癌旁组织中与结直肠癌的发生、发展相关的抑癌基因APC和错配修复基因MLH1的甲基化状态,同时以MSP检测结直肠癌组织中APC基因的甲基化状态。结果:根据FQ-PCR结果,结直肠癌组织中APC、MLH1基因甲基化阳性率显著高于癌旁组织(48.5%和54.5%对0%和0%,P=0.000)。FQ-PCR和MSP可检出的甲基化阳性对照DNA最低浓度分别为0.015 ng/μl和1.5 ng/μl,两者对APC基因甲基化状态的检测结果差异有统计学意义(P<0.05)。结论:在DNA甲基化的检测手段中,FQ-PCR的敏感度优于MSP。

巢式甲基化特异性PCR检测肝细胞癌患者血清中RASSF1A和CDH13基因启动子区甲基化

为了检测肝细胞癌患者血清中RASSF1A和CDH13基因启动子的甲基化状态,收集肝细胞癌患者及健康对照者的血清标本,采用巢式甲基化特异性PCR(nMSP)法检测RASSF1A和CDH13基因启动子区甲基化状态.结果肝细胞癌患者血清样品中RASSF1A和CDH13基因启动子区甲基化率为53.12%和31.25%,68.75%的患者血清可以检测到异常甲基化,正常对照血清中未检测到RASSF1A和CDH13基因启动子区甲基化,RASSF1A和CDH13基因甲基化与患者的临床病理资料无明显相关性(P>0.05);表明nMSP法检测血清中RASSF1A和CDH13基因启动子区甲基化具有较高的敏感性,可为肝细胞癌的筛查、早期诊断和预后判断提供有价值的信息.

甲基化特异性基因扩增检测过程中的质量控制

目的构建adenomatous polyposis coli(APC)基因启动子1A的甲基化阳性质粒标准品,对甲基化特异性基因扩增(meth-ylation specific PCR,MSP)的检测灵敏度进行质量控制。方法对脐血淋巴细胞DNA转甲基并化学修饰,制备甲基化阳性和阴性模板,MSP后获得目的片段,克隆到pMD18-T质粒载体,测序筛选阳性和阴性质粒标准品,紫外分光法对标准品定量,对10倍梯度稀释的质粒进行SYBR Green I荧光定量PCR来获得弱阳性质控品,对36份组织样本进行MSP检测。结果将MSP后电泳能显示的质粒(105拷贝/ml)作为弱阳性质控品。在加入弱阳性质控品后,2例阴性的样本最终定为阳性;11例未定结果的样本最终7例定为阳性,4例定为阴性。36例样本无质控品前的甲基化阳性率为25%,有质控品后的阳性率为50%,两次结果差异显著(P=0.001)。结论构建了携带甲基化阳性的APC基因启动子的质粒标准品并制备了低拷贝的弱阳性质控品,可以对MSP检测灵敏度进行质量控制,降低了检测的假阴性率。

甲基化特异性PCR法检测胰腺癌组织E-cadherin基因甲基化

目的:探讨胰腺癌组织E-cadherin(E-cad,上皮钙粘附素)5’-CpG岛异常甲基化情况;进一步讨论DNA异常甲基化在临床早期诊断、预后中的应用。方法:应用甲基化特异性PCR(MSP)检测27例胰腺癌组织和9例良性胰腺组织E-cad基因甲基化情况。结果:①在9例胰腺良性肿瘤及正常胰腺组织中,E-cad基因非甲基化PCR扩增均为阳性,未见甲基化PCR扩增。②在27例胰腺癌组织E-cad基因甲基化PCR扩增阳性9例(33.33%,9/27),其中完全甲基化6例,部分甲基化3例;而非甲基化PCR扩增阳性为18例(66.67%,18/27)。③E-cad基因异常甲基化与性别、年龄大小、肿瘤大小之间均无显著性差异(P>0.05),但与肿瘤的组织学分级相关。结论:在胰腺癌组织中E-cad基因异常甲基化是胰腺癌组织区别于其它胰腺良性病变的生物学标志之一。

启动子CpGs位点甲基化所致BRCA1基因转录抑制作用的位点特异性

目的 研究 BRCA1基因 Cp G岛内各个 Cp Gs位点甲基化与转录水平的关系 ,探讨甲基化所致转录抑制作用的特异性 Cp G位点 ,以阐明 DNA甲基化的作用方式。方法 以 Rice等研究数据为材料 ,用方差分析和多因素线性回归模型等方法进行统计再分析。结果 BRCA1基因 Cp G岛 +8～ +44、- 189～ - 19、- 379～ - 2 5 8、- 37～ - 19和 - 80～ - 19区段内 Cp Gs的甲基化与基因转录抑制有关 ,这些区段内 Cp Gs位点的甲基化数目越多 ,基因转录水平越低。多因素线性回归模型分析表明 ,- 80～ - 19区段的甲基化与转录抑制关系密切。并以 - 2 9Cp G位点甲基化引起的转录抑制作用最强。结论 Cp G岛甲基化引起的转录抑制与 Cp Gs位点有关 ,具有位点的特异性。

甲基化特异性PCR检测PRAME基因启动子低甲基化30例及其临床应用

目的建立实时定量甲基化特异性PCR（RQ-MSP）法检测急性髓系白血病（AML）患者黑色素瘤优先表达的抗原（PRAME）基因低甲基化水平,初步评价其临床意义。方法用亚硫酸氢盐修饰后的基因组DNA为模板,建立EvaGreen染料法RQ-MSP检测PRAME基因低甲基化水平方法 ,检测18例（对照组）和30例（AML组）患者的骨髓单个核细胞中PRAME基因启动子低甲基化水平。结果 RQ-MSP融解曲线呈单一峰,标准品5×10^7-5×10^2copy/μL重复性良好;AML患者PRAME基因低甲基化水平（0.96-4 508.96,中位772.42）明显高于对照组（0-100.00,中位25.29）,差异有统计学意义（P=0.002）。结论建立的PRAME基因低甲基化RQ-MSP法特异性、重复性和灵敏性良好,可用于AML初诊和病情监测。

甲基化特异性PCR检测肺癌p16基因甲基化及其临床意义

目的:探讨甲基化特异性聚合酶链反应(methylation-specificPCR,MSPCR)在肺癌临床诊断中的应用价值。方法:选取56例肺部疾病住院患者手术切除的病变肺组织和相应的支气管肺泡灌洗液(BALF)及痰标本,其中32例为肺癌,24例为良性肺部疾病。标本经一般处理,PCR扩增后,产物经电泳EB染色,紫外灯下观察。结果:32例肺癌组织标本中,14例(43.8%)在p16基因启动子区域呈现异常甲基化,其中9例(64.3%)在相应的BALF中检测出甲基化存在,5例(35.8%)在相应的痰标本中也检测出甲基化存在。24例良性肺部疾病,其中肺囊肿10例,肺结核14例,手术切除标本和BALF及痰标本中均未检测出p16基因甲基化存在。结论:MSPCR技术对肺癌患者BALF及痰标本中的异常甲基化检测具有高度特异性,是一项有潜力的肺癌早期诊断新技术。

特异性PCR法检测胰腺癌p16基因甲基化改变

目的 探讨胰腺癌p16基因启动子区5’CpG岛甲基化改变的特点及其与临床病理特征的关系。方法 应用甲基化特异性PCR法进行甲基化检测。结果 14/36例胰腺癌标本的p16基因启动子区5’CpG岛检测到甲基化,甲基化频率为38.9％,5例癌旁组织、1例正常胰腺组织、7例慢性胰腺炎及2例胰腺粘液性囊腺瘤未发现相应区域的甲基化。结论 p16基因启动子区5’CpG岛甲基化是胰腺癌p16基因失活的机制之一,是胰腺癌细胞区别与正常细胞的分子事件。检测p16基因甲基化可能有助于胰腺癌的诊断及鉴别诊断。

甲基化特异性PCR检测肺癌p16基因甲基化及其临床意义

目的 :探讨甲基化特异性聚合酶链反应 ( MSPCR)在肺癌临床诊断中的应用价值。方法 :选取 5 6例肺部疾病住院患者手术切除的病变肺组织和相应的支气管肺泡灌洗液( BALF)及痰标本 ,其中 32例为肺癌 ,2 4例为良性肺部疾病。标本经一般处理 ,PCR扩增后 ,产物经电泳 EB染色 ,紫外灯下观察。结果 :32例肺癌组织标本中 ,1 4例 ( 4 3.8% )在 p1 6基因启动子区域呈现异常甲基化 ,其中 9例 ( 64.3% )在相应的 BALF中检出甲基化存在 ,5例 ( 35 .8% )在相应的痰标本中也检出甲基化存在。良性肺部疾病 2 4例 ,其中肺囊肿 1 0例 ,肺结核 1 4例 ,无论在手术切除标本还是 BALF和痰标本中均未检出 p1 6基因甲基化存在。结论 :MSPCR技术对肺癌患者 BALF及痰标本中的异常甲基化检测具有高度特异性 ,是一项很有潜力的肺癌早期诊断新技术。

甲基化特异性PCR检测胃癌p16基因甲基化及其临床意义

目的初步探讨甲基化特异性聚合酶链反应(MSPCR)在胃癌临床诊断中的应用价值。方法选取47例胃癌患者的癌组织及配对的癌旁组织,11例远离肿瘤的正常胃黏膜组织。标本经一般处理,PCR扩增后,产物经电泳EB染色,紫外灯下观察。结果47例胃癌组织标本中,22例(46.2%)在p16基因的启动子区域呈现异常甲基化;47例癌旁组织标本中,28例(58.6%)也检测出甲基化存在;11例正常胃黏膜组织标本中均未检测出p16基因甲基化存在。结论MSPCR技术对胃癌患者组织标本中的异常甲基化检测具有高度特异性,是一项具有潜力的胃癌早期诊断新技术。

位点特异DNA甲基化调控细胞周期素D1基因

DNA甲基化是基因表达调控的重要方式,一般被认为以CpG岛形式发挥作用;近年的研究表明,位点特异的DNA甲基化以元件(cis-regulatory element)的形式在生物微进化以及基因精细调控中发挥重要作用。我们的研究结果显示,曲古抑菌素A(trichostatin A,TSA)导致细胞周期蛋白D1基因表达下调,以及其核心启动子的+65到+77之间的两段串联CpG序列发生DNA甲基化。报告基因结果显示,由细胞周期素D1核心启动子片段驱动的报告基因活性在TSA处理后下降到原来0.12,而前段(A)突变与后段(B)突变时,报告基因活性分别下降到原来1/7.6与1/8.36,双突变则下降到原来1/7.51。对于CMV启动子嵌合15 bp片段驱动的报告基因活性,野生型、A、B与AB双突变型报告基因活性分别下降1/1.48、1/1.17、1/1.51以及1/1.21。体外甲基化研究结果显示,与对照组相比,M.SssⅠ处理组的启动子活性中,野生型活性下降到原来1/8800,A突变型活性下降到原来1/2700,B突变型活性下降到原来1/4156,双突变型活性下降到原来1/6222。应用M.HhaⅠ处理进一步区分甲基化位点,A和B突变型报告基因活性分别下降到原来1/1.11和1/1.40。有趣的是,比对发现劳亚兽总目的+66位点为T。由此,我们联合应用DNA定点突变与体外DNA甲基化模拟技术,研究了细胞周期蛋白D1基因位点DNA甲基化元件的作用。我们的研究表明,细胞周期蛋白D1基因核心启动子的+65位点的甲基化在转录调控过程中可能发挥关键作用,为位点特异甲基化在基因精细调控的机制研究提供实验数据。

子宫内膜异位症恶变组织中RASSF2A启动子甲基化的表达差异性检测及其临床意义

目的通过运用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)检测子宫内膜异位囊肿(EC)组织、子宫内膜异位相关的卵巢癌(EAOC)中RASSF2A基因启动子甲基化(以下简称甲基化)的情况。探讨该基因启动子甲基化在子宫内膜异位恶变组织中的表达及临床意义。方法选取在宁波市妇女儿童医院进行手术治疗患者的石蜡包埋标本。30份正常子宫内膜组织,30份EC组织,30例卵巢透明细胞癌(OCC)组织,30份卵巢子宫内膜样腺癌(OEA)组织,比较甲基化在不同组织类型患者中的表达差异。显微镜观察筛选20份EAOC样本,比较甲基化与各种临床病理特征的关系。结果 OCC组织中RASSF2A启动子甲基化阳性率明显高于EC和正常子宫内膜组织(均P <0.05),OEA组织中RASSF2A启动子甲基化阳性率明显高于EC组织和正常子宫内膜组织(均P<0.05),EC组织中RASSF2A启动子甲基化阳性率高于正常子宫内膜组织(P<0.05)。EAOC组织中RASSF2A基因启动子甲基化率与患者年龄、临床分期、组织学分级及临床病理类型无关(均P> 0.05);RASSF2A基因启动子甲基化程度与淋巴结转移有关(P <0.05)。结论 RASSF2A基因启动子甲基化与子宫内膜异位症恶变存在联系。

卵巢透明细胞癌低甲基化在特异性基因网络中发挥作用

卵巢透明细胞癌（CCC）常发生ARID1A基因突变和HNF1B基因过表达，但其表观基因学特征并不确定。美国杜克大学医学中心亚马古基（Yamaguchi）等曾报道过一些由启动子甲基化调控的卵巢CCC特异性基因（如HNF1B）。在本届SGO年会上，他们的研究进一步证实，与卵巢其他组织学亚型相比，CCC有显著的甲基化谱，且低甲基化在HINFI网络异常中起重要作用。

巢式MSP法检测恶性血液病细胞株p16基因启动子甲基化状态的研究

本研究应用改进的甲基化特异性PCR(MSP)法,即巢式甲基化特异性PCR法检测6种肿瘤细胞株p16基因启动子的甲基化状态效率,探讨其在筛选p16基因启动子高甲基化的肿瘤细胞株,及将其作为研究基因甲基化与表达关系的理想细胞模型中的应用。6种肿瘤细胞株基因组DNA经碱变性后以亚硫酸盐修饰,再用巢式甲基化特异性聚合酶链反应扩增,分析检测其p16启动子区CpG岛的甲基化状态。结果表明:CA46、U266都有不同程度的p16基因启动子区甲基化,而Molt4、K562、HL-60、Jurkat的p16基因启动子区均未甲基化。结论:用巢式甲基化特异性PCR可以准确的检测出恶性血液病细胞株p16基因的甲基化状态,方法简单,灵敏且重复性强,可以广泛用于筛选各种p16基因启动子区甲基化的恶性血液病细胞株以及恶性血液病诊断。

宫颈癌组织中FHIT基因5'端CpG岛甲基化及其与基因失活的关系

背景与目的:脆性组氨酸三联基因(fragile histidine triad gene,FHIT)作为抑癌基因与多种实体瘤的发生有关,并在多种肿瘤中因甲基化而失活。本研究拟探讨宫颈癌组织中FHIT基因5'端CpG岛甲基化状况及其与基因失活的关系。方法:采用甲基化特异性聚合酶链反应(methylation鄄specificPCR,MSP)和免疫组织化学法分别检测10例正常宫颈鳞状上皮、40例宫颈癌组织中FHIT基因5'端CpG岛的甲基化发生状况和FHIT蛋白表达情况。结果:(1)正常宫颈鳞状上皮组织中未发现存在FHIT基因甲基化状态,而宫颈癌组织中FHIT基因5'端CpG岛的甲基化率为40.0%(16/40);(2)临床Ⅱ期宫颈癌病例中FHIT基因甲基化的发生率为56.5%(13/23),明显高于Ⅰ期的14.3%(2/14)(P<0.05);(3)宫颈癌组织中存在FHIT蛋白表达降低或缺失,阳性率仅为30.0%(12/40),显著低于正常宫颈组织的100.0%(10/10)(P<0.05)。结论:FHIT基因5'端CpG岛甲基化是宫颈癌中该基因失活的机制之一,可能与宫颈癌的发生发展有关。