反转录酶在微小RNA实时荧光定量聚合酶链反应中的作用

目的以微小RNA(miRNA)作为检测样本,考察影响实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测结果的关键点,并筛选出最优的检测方法。方法采用3种miRNA提取方法(分别使用EasyPure^(■)miRNA提取试剂盒、miRNA提取试剂盒、TransZol Up Plus RNA提取试剂盒)和3种反转录方法(分别使用TransScript^(■)第一链cDNA反转录试剂盒、Evo M-MLV反转录试剂盒、miRNA第一链cDNA合成试剂盒)处理大鼠纹状体脑区,检测miRNA与c DNA的质量和效率,并使用常规RT-qPCR检测miRNA水平,比较不同方法所得结果。结果3种RNA提取方法得到的miRNA质量和效率比较差异均有统计学意义,其中方法2的效果较好,但方法1、2、3的RT-qPCR结果比较差异无统计学意义(miR-132:25.91±9.79、25.26±10.25、27.28±7.39,miR-U6:27.98±11.25、25.98±9.78、29.62±9.65,均P>0.05);3种反转录方法所得实验结果比较差异有统计学意义,方法3所得结果明显低于方法1、方法2(miR-132:16.53±3.17比35.20±1.06、31.42±2.95,miR-U6:16.63±1.73比36.06±2.57、35.59±1.54,均P<0.05),主要影响RT-qPCR的扩增效率和扩增特异性。结论使用能高效富集约18 nt大小RNA的提取方法和在miRNA的3’末端加多聚A尾(Poly A)的反转录酶,可以得到更可靠的RT-qPCR结果。

应用反转录聚合酶链式反应快速检测蕃茄环斑病毒

应用反转录聚合酶链式反应快速检测蕃茄环斑病毒陈京，胡伟贞，于嘉林，韩成贵关键词反转录聚合酶链式反应，蕃茄环斑病毒近年来发展起来的分子生物学新技术一聚合酶链式反应（ＰｏｌｙｍｅｒａｓｅＣｈａｉｎＲｅａｃｔｉｏｎ，ＰＣＲ）已在检测和分子生物学研究等许多领...

聚合酶链反应检测4种猪源细胞系中的内源性反转录病毒(英文)

为了建立检测猪内源性反转录病毒 (porcine endogenous retrovirus,PERV)的特异性方法 ,根据已发表的 PERV的序列 ,设计并合成了针对 PERV核心蛋白 (gag)、多聚酶 (pol)、囊膜蛋白 (env)基因的 3对引物 ,预期扩增片段分别为 36 1、15 0、2 6 5 bp。应用 PCR技术检测了 PERV在 4株猪源细胞中的整合情况。结果表明 ,在所有被检细胞的基因组中均存在有 PERV的前病毒序列 ;应用 RT- PCR检测上述 4株猪源细胞中 PERV特异性 m RNA的表达 ,结果均为阳性。试验还对建立的上述 2种方法的特异性进行了探讨 ,结果表明试验建立的 PERV检测法具有较高的特异性。该方法的建立为进一步研究 PERV奠定了基础 ,还可对异种移植动物模型及异种移植受体进行病原安全性监测。

用反转录─聚合酶链反应快速鉴别新城疫病毒

根据新城疫病毒基因结构特点及强、弱毒株Ｆ０ 裂解位点的序列差异设计２ 对引物，建立了快速诊断新城疫并能鉴别诊断新城疫强、弱毒株的反转录聚合酶链反应（ ＲＴＰＣＲ） 技术。试验表明，该方法具有快速特异和操作简便等特点，不仅适用于对鸡胚毒的检测，也适用于对病鸡组织匀浆液的检测，是新城疫鉴别诊断和流行病学调查的颇具潜力的分子诊断方法。

H5和H7亚型禽流感病毒多重反转录聚合酶链反应快速检测及鉴别方法的建立

参考禽流感病毒(AIV)M基因和HA基因序列设计了3对引物,其中1对为针对不同HA亚型AIV的通用引物,另外2对为分别针对AIVH5和H7亚型的特异性引物。这些引物所扩增的cDNA片段大小分别为244、860和634bp。利用这3对引物,通过对多重RTPCR扩增条件的优化,成功建立了快速检测鉴别AIVH5、H7亚型的多重RTPCR技术。特异性和敏感性试验结果表明,该技术对AIVH5亚型同时扩增出2条大小分别为244bp和860bp的cDNA片段;对AIVH7亚型同时扩增出2条大小分别为244bp和634bp的cDNA片段;对AIVH5和H7亚型混合样品能同时扩增出3条大小分别为244、860和634bp的cDNA片段;对其他AIVHA亚型只扩增出1条244bp的cDNA片段;对其他常见禽病病原扩增均为阴性;该多重RTPCR对AIVRNA、AIVH5和AIVH7亚型RNA的最低检出量分别为10、100和100pg。

犬瘟热病毒反转录—聚合酶链反应检测方法的建立及初步应用

根据 Gen Bank中 Barrett报道的犬瘟热病毒弱毒株 Onderstepoort的血凝蛋白基因序列 ,设计合成了一对能扩增 76 0 bp基因片段的引物。用异硫氰酸胍 -酚 -仿一步抽提法提取细胞总 RNA进行反转录 ,再以此产物为模板进行 PCR扩增 ,筛选出最佳扩增条件。结果以此对引物进行 PCR扩增能得到与设计片段大小相同的产物 ,并且不扩增犬细小病毒、犬 I型腺病毒、犬冠状病毒、狂犬病病毒的核酸。敏感性试验证实 ,此法能扩增出稀释 1 0 0 0倍的 CDV强毒细胞培养物 ( 1 0 5 .1 TCID5 0 /0 .1 ml)的反转录产物 ,其敏感性远高于电镜负染和荧光抗体染色法。经初步应用表明 ,此法可用于犬瘟热的临床诊断和实验研究。

应用反转录聚合酶链反应检测鸽Ⅰ型副粘病毒的研究

根据鸡新城疫病毒（ ＮＤＶ） 和鸽Ⅰ型副粘病毒Ｆ 基因的保守序列，设计合成１ 对引物ＸＺ９ 、ＸＺ１０ ，用反转录聚合酶链反应（ＲＴＰＣＲ） 对３ 株鸽Ⅰ型副粘病毒和６ 种其它禽病原体进行检测。结果，该引物对３ 株鸽Ⅰ型副粘病毒均扩增出与预期大小相符的ＲＴＰＣＲ 产物，而对鸡传染性支气管炎病毒、禽呼肠孤病毒、鸡传染性喉气管炎病毒、大肠埃希氏菌、禽腺病毒、禽巴氏杆菌扩增结果均为阴性；ＲＴＰＣＲ 最低能检出１ ｐｇ 的鸽Ⅰ型副粘病毒的核酸模板。

多重反转录聚合酶链反应快速检测鉴别H9亚型禽流感病毒方法的建立

目的参考AIV M基因和HA基因序列,设计了两对引物。其中XZ145-2和XZ146为通用引物,可以检测所有亚型AIV,跨幅244 bp;XZ H9-1和XZ H9-2为H9亚型特异性引物,跨幅488 bp。方法利用这两对引物,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,成功建立了快速检测鉴别H9亚型AIV的多重RT-PCR技术。结果与结论特异性和敏感性试验结果表明,该技术对H9亚型AIV同时扩增出两条大小分别为244 bp和488 bp的cDNA片段,对其他亚型AIV只扩增出244bp的cDNA片段,对其他常见禽病病原无特异性扩增,结果为阴性;该多重RT-PCR的通用引物对AIV RNA的最低检出量为1pg,对H9亚型RNA的最低检出量为10 pg。

肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型多重反转录-聚合酶链反应的建立及初步应用

本文旨在建立一种快速、高效的检测肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)的方法,用于儿童手足口病的病原学监测。通过设计肠道病毒通用引物和CA16、EV71的型特异性引物,建立以不同引物浓度配比及两阶段退火温度提高检测敏感度和特异度的多重反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,并对首都儿科研究所附属儿童医院2010年3～10月收集的371例手足口病患儿381份临床标本同时进行病毒分离和核酸检测。结果显示,本研究建立的多重RT-PCR方法对CA16和EV71的最低模板检测浓度分别为5.32pg/ml和0.64pg/ml,反应特异度为100%。应用该方法检测381份手足口病临床标本的总阳性率为77.4%,其中CA16与EV71的检测阳性率分别为31.8%和35.4%,两者检测阳性比为1∶1.1。以病毒分离为标准,多重RT-PCR对CA16及EV71检测的准确率分别为95.2%和98.6%。因此,本研究新建立的多重RT-PCR方法准确、简便,适用于较大量样本的手足口病病原学监测。2010年引起北京地区儿童手足口病的主要病原为CA16和EV71。

反转录-聚合酶链反应在呼吸道合胞病毒感染检测的应用

为呼吸道合胞病毒（ＲＳＶ）感染的临床诊断寻求敏感、特异的检测方法。采用ＲＴ－ＰＣＲ技术扩增病毒培养液和急性呼吸道感染患者鼻咽分泌物中的ＲＳＶ基因，并应用地高辛标记ｃＤＮＡ探针对扩增产物进行鉴定。结果成功地提取了ＲＳＶｍＲＮＡ，反转录合成ｃＤＮＡ，经扩增得到４７１ｂｐ左右ｃＤＮＡ区带。流感病毒Ｂ、副流感病毒２型、腺病毒７型对照无扩增带。ＲＳＶ培养液１０倍连续稀释至１∶１０００，经ＲＴ－ＰＣＲ扩增仍可见４７１ｂｐｃＤＮＡ区带。１３例患者鼻咽分泌物中的ＲＳＶ基因得到扩增，并经Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹与斑点杂交证实。建立了ＲＳＶＲＴ－ＰＣＲ的方法，特异性、敏感性均较好，在临床标本的检测中将会有重要应用。

实时定量反转录聚合酶链反应检测患儿急性粒细胞性白血病1-ETO融合基因的临床意义

目的分析实时定量RT-PCR在检测急性粒细胞性白血病（AML）1-ETO融合基因阳性AML微小残留病中的临床意义。方法对2000年1月-2007年1月收治的32例AML1-ETO阳性AML患儿进行实时定量RT-PCR检测。诱导化疗结束后及在巩固化疗阶段每1.5-2.0个月行AML1-ETO融合基因定量检测。使用Kaplan-Meier法分析不同融合基因水平患儿生存率。采用SPSS10.0软件进行统计学分析。结果共32例患儿进行诱导化疗,其中29例（90.625%）达到形态学完全缓解,3例形态学未缓解后放弃。达到分子生物学缓解患儿有更高的无瘤生存率（P=0.0018）。AML1-ETO高拷贝数组生存率低于低拷贝数组（P=0.1080）。诱导缓解化疗结束后AML1-ETO定量结果示〉10^-3组生存率低于定量〈10^-3组生存率（P=0.0230）。化疗6个月时AML1-ETO定量结果示〉10^-3组生存率高于定量〈10^-3组生存率（P=0.0001）。巩固化疗结束时AML1-ETO定量〉10^-5组生存率低于定量〈10^-5组生存率（P=0.0049）。结论定量评估AML1-ETO阳性的小儿AML微小残留病十分重要,有可能对治疗方案的选择提供重要信息。

用反转录-聚合酶链反应检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的研究

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型毒株的基因序列设计了一对特异性引物P1/P2,扩增的片段为550bp,根据欧洲型毒株设计了一对特异性检测引物P3/P4,扩增的片段为433bp,建立PRRSV的RT-PCR的检测与血清型鉴别方法。特异性试验表明,这2对引物均不能扩增其他常见的繁殖障碍相关病毒的RNA或DNA。敏感性试验表明,这2对引物可以分别到检测10-5TCID50和10-4TCID50的病毒含量。利用该方法对重庆、四川某些猪场中临床上疑似为PRRS的20份送检组织样品进行检测,只有引物P1/P2能扩增出与预期大小相符的RT-PCR产物;其中有15份样品呈PRRSV阳性结果,阳性率为75%,说明送检的样品感染的PRRSV为美洲型。试验结果表明该方法快速检测病料组织中PRRSV是可行的,是临床上对PRRS进行快速诊断和分子流行病学调查的实用方法。

反转录聚合酶链反应方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎

目的评估RT-PCR方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎的应用价值。方法对象包括脑膜炎组104例和对照组39例,检测脑脊液中肠道小RNA病毒应用RT-PCR方法。结果脑膜炎组的肠道小RNA病毒阳性率为41.3%(43/104),对照组未测出肠道小RNA病毒阳性结果。结论肠道小RNA病毒是导致脑膜炎的重要病原体,RT-PCR方法诊断肠道小RNA病毒性脑膜炎具有较高的应用价值。

用反转录-聚合酶链反应检测狐狸感染犬瘟热病毒的研究

应用反转录——聚合酶链反应技术成功地从发病银黑狐的脾脏中扩增出一条特异性的核酸带,为狐狸犬瘟热病的诊断提供了一个特异敏感的方法。

反转录聚合酶链反应和核酸探针检测禽呼肠孤病毒研究的概述

根据禽呼肠孤病毒 (ARV )参考毒株S1 1 3 3S1基因序列 ,设计合成 4对引物而分别建立了RT -PCR、半套式PCR和一步法PCR三种用于检测ARV的方法。它们能检测到的最近ARVRNA量分别为 1pg、1fg和 0 1 6ngRNA ;研制出禽呼肠孤病毒地高辛核酸探针 ,并建立了地高辛核酸探针检测ARV的方法 ,该核酸探针最低能检测到 0 45ng的ARVRNA ;对广西部分鸡场血清学调查表明 ,ARV平均阳性率为 2 7% ;对广西ARV野毒株进行了分离和鉴定 ,并对获得的 2个地方分离株的S1基因片段进行测序及分析 ,两分离株与标准株S1 1 3 3的同源性分别为98 5 %和 98 3 % ;用所建立的RT -PCR和地高辛核酸探针方法对用ARV人工感染鸡采集的各种样品的检测 ,并和传统病原分离方法进行比较 ,结果RT -PCR检出率为 92 5 % ( 2 2 2 /2 40 ) ,地高辛核酸探针检出率为 74 2 % ( 1 78/2 40 ) ,病原分离鉴定方法检出率为 5 5 % ( 1 3 2 /2 40 )。用ARV强毒分别对免疫种鸡后代和无母源抗体或SPF的雏鸡进行攻毒试验 ,结果油苗免疫的种鸡后代对本病有很强的抵抗力 ,能抵抗ARV强毒的攻击 ,其平均保护率 90 8% ( 1 0 9/1 2 0 )。而无母源抗体或SPF的雏鸡攻毒后均 1 0 0 % ( 2 40 /2 40 )死亡。

介绍一种快速反转录聚合酶链反应

目的 介绍一种特异、高效的快速PCR方法。方法 总RNA分成 2份 ,采用相同反应体系 ,分别用普通PCR方法和快速PCR方法同时扩增FasL。结果 虽然两种方法均能成功扩增FasL基因 ,但普通PCR方法耗时 3h 4 8min ,而且还存在非特异性片段 ;而快速PCR方法耗时仅 2h 6min ,而且没有出现非特异片段。结论 快速PCR方法不仅极大的缩短了反应时间 ,同时提高了反应的特异性。

反转录聚合酶链反应检测水产品中甲型肝炎病毒的研究

目的:建立一种特异、灵敏的RT-PCR方法检测水产品中甲肝病毒。方法:采用抗体捕获RT-PCR和直接RNA提取RT-PCR对细胞传代的甲肝病毒、模拟染毒水产品中甲肝病毒、上海农贸市场水产品中的甲肝病毒进行检测。结果:2种RT-PCR检测细胞传代的甲肝病毒,检测灵敏度无明显区别;而对模拟染毒水产品中甲肝病毒的检测,两者检测灵敏度有显著差异。对农贸市场94份水产品中的甲肝病毒检测,检出率分别为2.13%、13.83%。结论:对于水产品中的甲肝病毒的检测,直接RNA提取RT-PCR要比抗体捕获RT-PCR方法灵敏。

两种反转录聚合酶链反应检测甲型肝炎病毒

目的 建立一种灵敏、特异的 RT- PCR方法检测环境中的 HAV。方法 对两种 RT- PCR,即常规两步法 RT-PCR和一步法 RT- PCR检测 HAV的效果进行了观察 ,并采用半套式 PCR对扩增产物的特异性进行验证。结果 两种RT- PCR与半套式 PCR检测 HAV均得到预期条带 ,所设计的引物对其它的肠道病毒扩增呈阴性 ;在同等反应条件下 ,一步 RT- PCR的反应效率远高于常规 RT- PCR,二者的检测灵敏度也有显著性差异 ,一步 RT- PCR的检测灵敏度为 10TCID5 0 / ml,两步法 RT- PCR检测灵敏度为 10 3TCID5 0 / ml。结论 一步 RT- PCR较常规 RT- PCR易于操作 ,重复性好 ,不易污染 ,具有更高的反应效率和灵敏度。

排除β-肌动蛋白假基因对反转录聚合酶链反应的干扰

目的筛选合适的β-肌动蛋白(β-actin)引物以排除RNA样本中残存的DNA对人类基因表达分析的干扰。方法利用EMBL、PSEUDOGENE等生物信息数据库,寻找β-actin的假基因。同时自行设计和从国内外文献中筛选了众多β-actin引物。选用其中具有代表性的5对跨过内含子的引物,分别将基因组DNA、未经逆转录的RNA、cDNA作为模板,对这5对引物进行聚合酶链反应(PCR)扩增。结果生物信息学分析发现β-actin有37个假基因并且发现绝大多数的研究者所使用的引物都存在假基因干扰问题。当分别用DNA和cDNA作为模板时,5对引物中的1对跨过内含子的引物能扩增出大小不同的条带。结论使用该对引物能有效发现和排除RNA样本中所残存的DNA的干扰,令人类基因表达分析得出更准确的结果。