生物信息学在克隆去势SD大鼠cDNA消减差异片段SCn4的全长cDNA及其序列分析中的应用

从去势SD大鼠cDNA消减文库中抽取消减差异未知基因的cDNA部分序列,利用生物信息学的方法延伸表达序列标签(Expression Sequence Tag,EST)序列,以获得基因的部分乃至全长cDNA序列,避免或部分避免构建与筛选cDNA文库等烦琐的实验室工作。该策略体现了后基因组生物信息学的重要性,它在克隆确定致病新基因方面提供了新思路、新方法。本研究利用生物信息学“电子”克隆了去势SD大鼠cDNA消减文库中的差异片段SCn4的全长cDNA并对其可能的全基因序列作了预测。

致病钩端螺旋体特异消减片段的序列测定与分析

对24个已鉴定的赖型致病钩端螺旋体特异消减片段进行DNA序列测定和生物信息学分析.结果显示,片段两端皆含有AluⅠ酶切位点,片段大小为149～1506bp,平均480bp,GC含量平均为36 63%.其中6个序列无任何同源匹配序列,提示可能来自新基因;18个同源序列可分为两类:与外膜蛋白或假想蛋白相关,与生化代谢修饰相关的酶.在Genbank中登记其中20个序列,序列号分别为AF300873-AF300877,AF325807-AF325821.这些基于生物信息学的功能预测,将有助于在此基础上进行相关的基因克隆鉴定、表达分析及功能验证.