急性早期前体T淋巴细胞白血病核心基因的筛选及其调控网络分析

目的:筛选急性早期前体T淋巴细胞白血病(ETP ALL)核心基因并分析其与上游互作miRNA、lncRNA和参与通路的相互作用,探讨ETP ALL发生发展过程中的调控机制并寻找可用于临床诊疗的分子靶点。方法:利用基因表达公共数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库的2者交集,筛选ETP ALL差异表达基因集(differentially expressed genes,DEG)分别进行功能富集和相互作用的分析;再利用网络模块划分方法筛选DEG核心基因,并利用mirDIP、star Base在线工具对核心基因上游miRNA、lncRNA进行预测。结果:获得高可信度的差异表达基因424个,基因本体(gene ontology,GO)功能富集于转录调控、信号通路及蛋白功能活化等生物学活性,KEGG通路富集于造血、缺氧应激反应、转录失调、免疫等功能;通过两者相互关联分析。获得7个核心基因,并先后预测到7个miRNA和19个lncRNA符合筛选标准,最后构建出1个lncRNA-miRNA-mRNA-pathway调控网络。结论:基于数据挖掘方法筛选获得ETP ALL中的差异表达基因集,通过共表达分析寻找到其中的核心基因,并对核心基因上游miRNA,lncRNA进行预测,为ETP ALL的早期诊断和合理治疗提供了理论依据,有助于寻找新的区别于经典T-ALL的ETP ALL肿瘤标志物。

基于蒙特卡洛模拟分析不同基因集方法的效能

目的:探索差异表达基因集(DEGs)筛选的有效方法。方法:基于蒙特卡洛模拟比较Efron's GSA、SAFE、Globaltest、PCOT2等四种基因集方法在分析微阵列数据时的统计推断能力。结果:Globaltest和PCOT2两种基于模型构建的基因集方法在处理模拟微阵列数据时效能相当,Globaltest略优于PCOT2,而Efron's GSA、SAFE方法检验效能低下。结论:Globaltest是一种较有效的微阵列数据分析方法。

基于整合转录组学分析丝氨酸蛋白酶抑制剂Hespintor抑制肝癌裸鼠移植瘤生长的潜在机制

目的利用转录物组测序技术探寻差异表达长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)、mRNA与Hespintor抗肿瘤潜在机制的关联性。方法首先建立人肝癌裸鼠移植瘤模型,分组给药4周后取瘤体,分别构建Hespintor治疗组、溶剂对照组瘤组织cDNA文库并进行转录物组测序,基于RNA-seq数据筛选差异表达lncRNA、mRNA基因集,继而进行功能富集及相互作用分析,再利用网络模块划分方法寻找Hespintor作用靶点基因并构建调控网络。结果筛选获得Hespintor治疗组高可信度的差异表达基因集lncRNA(DEGs lncRNA)2003个和mRNA(DEGs mRNA)1038个,DEGs lncRNA调控靶mRNA主要富集于PIP3激活Akt信号、p53信号通路、FOXO介导的转录和细胞周期等功能,DEGs mRNA主要富集于趋化因子信号通路、细胞外基质受体相互作用、补体和凝血级联等功能,两者关联性侧重体现在细胞行为、转录调控和细胞周期等三方面。结论PI3K/Akt信号通路可能在Hespintor抑制肿瘤效应中发挥主导作用,诱导细胞周期阻滞于G1/S期并引起细胞凋亡。