苏姜猪背膘组织发育过程中lncRNA的差异表达谱分析

本实验旨在研究lncRNA在地方品种苏姜猪不同生长发育阶段的差异表达及其与脂肪沉积的关系。选择1、3、6、8月龄(M1、M3、M6、M8)4个生长时期苏姜猪背膘组织进行转录组测序,分别筛选4个阶段差异表达lncRNA,对4个阶段共同差异表达lncRNA进行顺式和反式靶基因预测,并对其进行GO功能和KEGG通路富集分析,最后利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证转录组测序结果。本研究共鉴定出134个共同差异表达lncRNA,功能富集显示,不同阶段共同差异表达lncRNA的靶基因显著富集于基因表达、脂肪代谢、细胞核及发育过程等GO条目中;KEGG分析表明,共同差异表达lncRNA的靶基因主要富集在胰岛素信号通路、MAPK信号通路、钙沉积通路、脂肪酸生物合成、PI3K-Akt信号通路和磷脂酶D信号通路等。通过qRT-PCR验证发现,定量结果和测序结果基本一致。本研究分析了苏姜猪在不同生长阶段lncRNA的表达谱差异,为进一步研究lncRNA在苏姜猪不同生长阶段脂肪发育的调节机制奠定了重要基础。

获得性血友病A患者血清miRNAs差异表达谱及功能miRNAs的初筛

目的 建立获得性血友病A(AHA)患者血清miRNAs差异表达谱,并探究潜在功能miRNAs分子。方法 收集13例AHA患者和13例健康对照的血清样本、人口统计学特征、APTT、FⅧ:C、FⅧ:Ab以及基础疾病情况,利用微列阵芯片技术分析其中3例AHA患者和3例健康对照血清样本,筛选差异表达miRNAs,并建立差异表达谱。在另外20例参试者(AHA和健康对照各10例)中,利用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析验证差异表达miRNAs,筛选出潜在功能miRNAs。结果 微列阵芯片分析结果表明,有23个miRNAs在AHA患者和健康对照血清中表达水平存在显著差异(P<0.05)。实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)分析结果表明,与健康对照相比,AHA患者血清中4个miRNAs(miR-206、miR-144-5p、miR-374b-5p、miR-432-3p)显著上调(P<0.05),1个miRNA(miR-92a-3p)显著下调(P<0.05),其余18个miRNAs表达水平的差异不明显(P>0.05)。筛选出的5个miRNAs中,miR-206和miR-374b-5p与患者FⅧ:Ab显著正相关(P<0.05),而miR-92a-3p则与FⅧ:Ab显著负相关(P<0.05)。此外,miR-206和miR-92a-3p与患者罹患风湿性疾病、产后并发症、恶性肿瘤类基础疾病也存在显著相关性(P<0.05)。结论 本研究基于AHA患者血清建立了miRNAs差异表达谱,并筛选得到5个显著差异表达的miRNAs,为未来预防、诊断和治疗AHA提供了候选分子。

5个不同肺癌细胞株的基因差异表达谱

目的 :希望获得细胞间基因表达的异同 ,对癌细胞的形成和发展中基因参与提供分析线索。方法 :选用 5个不同转移潜能及来源的体外培养肺癌细胞株H12 99,HLAMP ,PAa ,PGCL3和NiS作为研究对象 ,以永生化的支气管上皮细胞 16HBE为对照 ,采用含有 80 0个基因探针的肺癌相关基因芯片LUs,研究了基因表达的差异。结果 :5个肺癌细胞株差异表达的基因共有 35 5个 ,但共同上调或下调的基因仅有 4个 ,基因表达的变化在不同细胞株之间明显表现出多态性。比较三个高转移细胞株和两个低转移细胞株 ,有 12个基因表达改变出现在高转移细胞株而在低转移株未见明显变化 ,其中有 3个已报道的转移相关基因和 9个未报道和转移相关的基因 ,这些基因大多是膜蛋白、细胞骨架蛋白或 /和细胞信号转导有关 ,基因功能复习提示和肿瘤转移有可能的关联性。结论 :cDNA芯片对于肺癌相关基因的筛选是一个非常有效的研究手段 ;对于临床诊断应用 ,需要在大规模数据收集的基础上建立必要的模式 ,通过多基因系统分析 ,才能获得有效的应用。

广东汉族妊娠期糖尿病妇女胎盘组织microRNA差异表达谱分析

目的 :探索妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus,GDM)与正常妊娠胎盘组织微小RNA(microRNA,miRNA)的差异表达,为深入研究GDM发病机制提供基础。方法:选取于2013年1月—2014年1月在武警广东省总队医院、南方医科大学珠江医院就诊并分娩的GDM孕妇20例作为观察组(GDM组),均为粤籍汉族并且相互之间无亲缘关系,随机选取同期无妊娠合并症的正常广东汉族孕妇20例作为对照组。胎儿分娩后收集胎盘组织,用TRIzol法进行总RNA提取,经过质量和纯度分析鉴定合格后分别选取5个样本混合成GDM和对照组,采用逆转录法构建小RNA文库,使用第二代高通量测序采用边合成边测序的方法对miRNA进行测序并分析结果。结果:从胎盘组织提取到的总RNA纯度较高,D(260 nm)/D(280 nm)>1.90,并成功构建小RNA的c DNA文库。采用高通量测序得到长度为10~35 nt的小RNA片段,其中文库数量最多的小RNA长度21~24 nt,miRNA量占所有小RNA总量的30%以上,最终获得洁净的片段超过10 000 000。将得到的片段与Genebank及Rfram数据库比对,去除其他小RNA筛选出miRNA达7 000多种。通过样本两两比较分析,与对照组相比,发现GDM组有138种已知的miRNA表达明显上调,包括hsa-miR-548au-5p、hsa-miR-95a-5p、hsa-miR-373-5p、hsa-miR-216-5p等(log2-ratio>1,P<0.01);16种已知miRNAs明显表达下调,如hsa-miR-5699-5p、hsa-miR-4286等(log2-ratio<-1,P<0.01)。Mireap软件预测出27种新miRNA,其中有9种在GDM表达升高,6种表达降低。结论:GDM的胎盘组织miRNAs与对照组存在表达差异,胎盘组织miRNA可能在GDM发病过程中起一定的调节作用。

玉米杂交种与亲本雌穗花器官形成期蛋白差异表达谱分析

为探讨玉米穗粒数杂种优势形成的分子机制,以玉米强优势杂交种豫玉22及其亲本综3和87-1的花器官形成期雌穗为材料,采用高通量的2-DE和MALDI TOF MS技术,建立蛋白差异表达谱,并对差异蛋白进行了质谱鉴定。结果显示,在检测到的1290个蛋白点中,有114个(8.84%)在杂交种与亲本之间的表达差异达到显著水平,其中表现单亲沉默、偏高亲、中亲表达、偏低亲、杂种上调、杂种下调、亲本特异和杂种特异表达模式的蛋白点分别为27、25、15、13、11、11、10和2个。另外,成功鉴定出其中的104个差异表达蛋白点,涉及代谢、信号转导、能量、转录、蛋白质合成、蛋白运输与储藏、细胞生长与分裂、细胞结构、抗病防御、次生代谢、转座子及功能未知和假定蛋白等12个功能类别。玉米杂交种与亲本蛋白在丰度上的明显差异及涉及多个功能类别,可能与玉米穗粒数杂种优势的形成有关。

子痫前期胎盘组织miRNA差异表达谱生物学分析及miR-365a-3p参与发病的机制探讨

目的建立子痫前期胎盘组织miRNA差异表达谱并对其生物学功能进行分析,探讨差异表达谱中变化最显著的miR-365a-3p参与子痫前期发病的相关机制。方法采用高通量测序技术对子痫前期和正常胎盘组织(各3例份)进行miRNA表达谱测序,DeSeq2分析差异表达,对差异表达miRNA的靶基因进行GO及KEGG功能富集分析。可视化软件StarBase 3.0显示miR-365a-3p(差异表达谱中表达上调最显著的miRNA)与TGF-β通路关键基因SMAD2、MAPK1的3′非编码区均存在靶向结合位点。采用real-time PCR法检测子痫前期和正常胎盘组织(各41例份)miR-365a-3p及SMAD2、MAPK1 mRNA表达,并分析其相关性。结果与正常胎盘组织相比,子痫前期胎盘组织中有44个miRNA差异表达,其中12个miRNA表达显著上调、32个miRNA表达显著下调。GO及KEGG富集分析结果显示,差异表达miRNA潜在靶基因主要参与子宫内膜癌、TGF-β信号通路、Wnt信号通路、急性粒细胞白血病、mTOR信号通路、醛固酮调节钠的重吸收、慢性粒细胞白血病、胰岛素信号通路、ErbB信号通路、癌症发生等。子痫前期胎盘组织miR-365a-3p相对表达量高于正常胎盘组织,SMAD2、MAPK1 mRNA相对表达量均低于正常胎盘组织(P均<0.01)。子痫前期胎盘组织中miR-365a-3p与SMAD2、MAPK1 mRNA表达均呈显著负相关关系(P均<0.05)。结论子痫前期胎盘组织存在异常表达的miRNA,并参与诸多信号通路;子痫前期胎盘组织miR-365a-3p表达升高,其可能通过负性调控TGF-β信号通路参与子痫前期的发病。

基于文献的气滞血瘀证差异表达谱生物信息学研究

目的:运用生物信息学方法分析气滞血瘀证差异表达谱,以探索气滞血瘀证可能的生物学基础与发生机制。方法:①检索中国知网和PubMed数据库中气滞血瘀证组学层面研究的相关文献331篇,提取并总结基本资料与RNA差异表达谱;②应用GeneCards数据库进行基因功能注释;③借助DAVID平台对差异表达RNA进行生物功能与信号通路富集分析;④利用starBase v2.0平台中的miRNA-target interactions模块、miRNA-lncRNA interactions模块、miRNA-circRNA interactions模块与STRING Version 10.5平台中的Multiple proteins模块建立气滞血瘀证ceRNA-mRNA-protein相互作用网络。结果:①文献分析显示,共有41篇文献报道了气滞血瘀证组学层面研究的结果,其中蛋白表达研究数量最多,其次为mRNA、SNP、miRNA、DNA甲基化、lncRNA、circRNA;②差异表达谱GO功能富集显示,在生物过程方面,气滞血瘀证相关基因主要与细胞对环状化合物的反应、对转录、神经元凋亡基因表达的负性调控以及炎症反应相关;在细胞组成方面,气滞血瘀证相关基因主要与蛋白复合物、核质、细胞表面相关;在分子功能方面,气滞血瘀证相关基因主要与可识别蛋白结合、酶结合、转录调控区域的基因结合相关,其中炎症反应与目前气滞血瘀证生物学基础研究联系最为密切。③差异表达谱KEGG信号通路分析显示,与气滞血瘀证相关基因可能有关的信号通路包括肿瘤相关蛋白多糖、肿瘤坏死因子信号通路、肿瘤相关信号通路、人类T淋巴细胞病毒感染,其中肿瘤坏死因子信号通路与目前气滞血瘀证生物学基础研究联系较为密切。结论:气滞血瘀证相关基因涉及多种生物功能、多条信号通路,其中与炎症反应与肿瘤坏死因子信号通路联系最为密切。

应用iTRAQ技术构建胃癌唾液的蛋白质组差异表达谱

目的:应用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术标记定量蛋白组技术对胃癌患者唾液的全组蛋白进行鉴定和定量分析,初步获得胃癌患者唾液的蛋白组差异表达图谱。方法:胃癌患者与正常人唾液各10例,各组等量混合后利用iTRAQ 8标试剂标记后的样本,采用Nano-LC-Ms/Ms分离、分析肽段,运用Proteinpilot 4.0软件对蛋白进行鉴定和定量分析,并比较这些蛋白的表达差异。结果:对样品进行了2次Nano-LC-Ms/Ms,标记率>95%,错误发现率<1%,鉴定出符合假阳性率<1%,共鉴定了747个蛋白。与正常对照组相比,胃癌组共出现了2倍以上表达差异的蛋白质21个,其中上调的12个,下调的9个。结论:iTRAQ联合Nano LC-MS/MS技术能高通量地筛选胃癌患者唾液中相关的蛋白,为胃癌患者早期诊断和预后提供可能的生物学标志物或治疗靶点,建立一种无创、简便、快捷实用的检测评估手段。

新疆维吾尔族溃疡性结肠炎患者相关的长链非编码RNA差异表达谱及功能研究

目的:利用微阵列芯片和生物信息学技术,分析溃疡性结肠炎(UC)中长链非编码RNA(lncRNA)表达特征。方法:选取医院确诊的3例维吾尔族UC患者,将其纳入观察组,另选3名维吾尔族健康体检者纳入对照组,运用lncRNA芯片检测两组结肠组织中lncRNAs和信使核糖核酸(mRNAs)表达谱,分析两组间差异表达的lncRNAs。运用在线生物信息学软件对差异lncRNAs的生物学功能和lncRNAs预测的靶向mRNAs进行全基因组关联分析。结果:芯片结果预处理分析中,两组的芯片结果在总体基因的表达一致。通过对lncRNA和mRNA的数据进行聚类分析发现,在两组样本中,lncRNA和mRNA的基因表达存在明显的差异。观察组患者病变结肠组织中表达的lnc RNAs筛选差异倍数≥2,共有1242个,其中表达上调579个,下调663个;差异表达的lncRNAs主要在免疫系统进展、炎症通路及B细胞的激活等功能上显著富集;基因座信息预测差异表达的lncRNA靶基因中有8个与UC发病机制相关的lncRNA-mRNA分子调控机制。结论:新疆维吾尔族UC患者与维吾尔族健康者的结肠组织存在差异表达的lncRNAs,且可能参与UC的致病调控过程。

邻苯二甲酸二酯诱导果蝇脑组织基因差异表达谱的研究

[目的]获得邻苯二甲酸二(2- 乙基己基)酯[di(2 -ethylhexyl)phthalate ,DEHP]诱导果蝇脑组织的基因差异表达谱。[方法]设喂饲0 .2 %DEHP浓度的果蝇为实验组,乳化剂为对照组,2周后断头进行总RNA抽提,DNaseΙ消化去除DNA污染;用OligotexmRNAMiNiKit(QIAGEN)得到纯的mRNA ;合成双链cDNA ;采用体外转录的方法获得大量cRNA与Affymetrix的果蝇表达谱芯片进行杂交,计算机扫描处理数据。[结果]差异表达的基因片段共计3 5个:①上调的基因有2 0个,包括CYP6A2、CYP6A8、CYP6W1、CYP4P1、UGT3 6Bb、GST、羧酸酯酶、转甲基酶、氧化还原酶、EST10、JHEH1、KEAP1、CG690 8、CG1942、CG10 5 60、CG115 2 9、CG10 5 5 3、CG12 83、CG12 5 0 5等;②下调的基因有15个,包括MST5 7Da、MST5 7Db、ACP95EF、OS E、OS C、PBPRP3、PBPRP1、A10、CG1862 8、CG113 91、CG182 84、CG842 4、CG5 2 90、CG13 947、CG15 2 63等。差异表达基因中大多数与信号传导、细胞代谢、生长、发育、组织分化及转录因子等功能相关,尚有一些基因功能未知。[结论]运用高通量基因芯片技术获得DEHP诱导果蝇脑组织的基因差异表达谱,为从分子水平系统研究DEHP的毒性机制提供有益的线索。

口腔白斑病组织中环状RNA的差异表达谱分析

目的探讨环状RNA(circRNA)在口腔白斑(oral leukoplakia,OLK)组织及正常口腔黏膜组织(nor⁃mal oral mucosal,NOM)中表达谱的差异及临床意义。方法采用高通量测序技术检测6对OLK和NOM组织中差异表达circRNA,利用qRT⁃PCR验证所筛选的10个circRNA在6对OLK与NOM组织中的表达情况。通过酶耐受实验和sanger测序验证目标circRNA成环情况,对20对OLK与NOM组织中目标circHLA⁃C进行qRT⁃PCR验证。分别使用UCSC基因组浏览器对circHLA⁃C进行可视化分析;利用GO和KEGG富集分析对差异表达circRNA进行功能分析;TargetScan、MiRanda预测目标circRNA下游miRNA、mRNA,并构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络。结果测序数据显示OLK组织中共有366个显著差异表达的cir⁃cRNA,包括65个上调和301个下调circRNA。经qRT⁃PCR验证,筛选的10个circRNA中有7个表达结果同测序一致。且经酶耐受和sanger测序验证,确定上调的circHLA⁃C是具有反式剪接位点的真正的circRNA。相关性分析显示circHLA⁃C与OLK的异常增生程度呈正相关。ROC曲线分析提示circHLA⁃C具有诊断OLK的潜在价值,且具有较高的准确性和特异性。结论circRNA在OLK组织中异常表达,上调的circHLA⁃C表达可能与OLK异常增生程度相关,对OLK诊断具有指导价值。

不同病理类型的葡萄膜黑色素瘤中微小RNA差异表达谱分析

背景目前研究证实微小RNA（miRNA）参与大多数人类肿瘤疾病的发生和发展，其作用类似于抑癌基因或癌基因。葡萄膜黑色素瘤（UM）是成人常见的眼部恶性肿瘤，其发生和转移机制仍未完全阐明。探讨UM组织中miRNA的差异表达情况有望为UM的靶向治疗提供依据。目的筛选不同病理类型的UM组织中特异性miRNA表达谱。方法收集于2013年3月至2015年10月在北京同仁医院手术局部切除并经常规组织病理学和免疫组织化学检测证实为梭型细胞型UM的标本4例和上皮细胞型UM标本4例，采用miRNA芯片分别检测2种UM组织中miRNA的表达，收集同期死于非肿瘤疾病的8个供体眼的正常葡萄膜组织作为对照，利用组间差异倍数筛选出差异≥2倍差异表达的miRNA；用在线软件预测差异表达miRNA的靶基因，采用生物信息学方法分析靶基因参与的信号功能通路。采用实时定量PCR法验证芯片检测结果。结果收集的梭形细胞型和上皮细胞型UM标本经组织病理学检查均得到确诊，免疫组织化学检测梭形细胞型及上皮细胞型UM组织中HMB45、黑色素-A和S-100均呈阳性反应。与正常葡萄膜组织比较，在梭形细胞型UM组织中差异表达的miRNA有109个，其中29个上调，80个下调，上调的miRNA包括miR-146a-5P、miR-25-3P和miR-29b-1-5P，下调的miRNA包括miR-126-5P、miR-183-5P和miR-96-5P；上皮细胞型UM中差异表达的miRNA有50个，其中23个上调，27个下调，上调的miRNA包括miR-155-5p、miR-210和miR-378a-5p；下调的miRNA包括miR-199a-5p、miR-143-3p和miR-143-5p。在梭形细胞型和上皮细胞型UM组织中共同上调的miRNA为miR-132-3p、miR-21-5P、miR-34a-5P和miR-34b-5P，共同下调的miRNA为miR-125b-2-3P、miR-126-3p、miR-199a-3P和miR-214-3P。梭形细胞型和上皮细胞型UM组织中差异表达的miRNA所预测的靶基因分别参与癌症通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、Wnt信号通路、细胞间黏附、胞吞作用、前列腺癌通路、结直肠癌通路和细胞黏附通路。结论与正常葡萄膜组织相比，梭形细胞型UM和上皮细胞型UM组织中存在多种miRNA的差异表达，梭形细胞型UM和上皮细胞型UM组织之间也存在明显的miRNA差异表达，这些差异表达的miRNA可通过不同的信号转导通路参与调控UM的生物学行为。

小鼠肾脏缺血-再灌注损伤miRNAs差异表达谱研究

目的筛选小鼠肾脏缺血-再灌注损伤(IRI)差异性表达的微小核糖核酸(miRNAs),为进一步深入阐明肾脏IRI发生、发展的分子机制奠定基础。方法应用微型动脉夹夹闭小鼠双侧肾动脉制备急性肾缺血损伤模型,将15只小鼠分为IRI组和假手术组(E组),IRI组再分为A组(缺血时间45 min,再灌注时间24 h)、B组(缺血时间25 min,再灌注时间24 h)、C组(缺血时间45 min,再灌注时间4 h)、D组(缺血时间25 min,再灌注时间4 h),每组3只。采用肾脏组织形态学改变和肾功能评估结果来鉴定各组小鼠的IRI程度;采用miRNAs芯片聚类分析对小鼠IRI特定缺血时间(25、45 min)和再灌注时间(4、24 h)下肾脏差异性表达差异表达的miRNAs进行筛选鉴定;采用实时定量逆转录聚合酶链反应(q RT-PCR)对小鼠IRI后差异表达miRNAs芯片miR-695与miR-145进行验证。结果肾脏组织形态学改变和肾功能评估结果显示成功建立IRI模型。与假手术组相比,肾脏IRI组共检出71种差异性表达显著的miRNAs,其中30种下调表达,41种上调表达。q RT-PCR法检测结果表明,以E组特定miRNAs的表达量标准化为1,miR-695及miR-145在肾脏IRI组的相对表达量分别为11.82和0.31(均为P<0.05),与芯片结果基本一致。结论肾脏IRI后,miRNAs表达谱发生差异性改变,这些差异性表达的miRNAs将可作为肾脏IRI的分子标志物而具有潜在的临床及科研应用价值。

梗死后大鼠缺血心肌基因差异表达谱构建

为寻找梗死后大鼠缺血心肌差异表达基因,采用结扎Wistar大鼠冠状动脉左前降支的方法,建立急性心肌梗死(AMI)模型,饲养7d后处死大鼠,提取正常和缺血心肌总RNA,应用长标签基因表达系列分析(long serial analysis of gene expression,LongSAGE)构建AMI后大鼠缺血心肌基因差异表达谱,荧光定量PCR鉴定部分差异基因的表达.结果显示,在建立的AMI后缺血心肌和正常心肌组织LongSAGE标签库中,共获得标签15966个,正常心肌获得9646个,梗死后缺血心肌获得9563个.通过NCBI网站BLAST同源性分析后,发现新核苷酸序列标签7665个.与正常组比较,142个基因在AMI大鼠心肌组织中的表达有显著性差异(P<0.05),这些差异基因主要与氧化磷酸化、三磷酸腺苷(ATP)合成、糖异生等能量代谢通路相关.荧光定量PCR的鉴定结果与LongSAGE差异表达结果基本一致.结果表明,AMI可引起多基因表达异常,能量代谢作用通路相关基因的异常表达是造成AMI后心肌损伤的重要分子机制.

基因表达差异谱数据的显著性分析方法

cDNA微阵列实验的基因表达差异水平的检测,在癌症诊断中鉴别肿瘤特异性基因分型的方法,可采用比较条件下的两个基因的表达差异,发现与疾病相关的基因的特异性表达。在实验中对相同样品通常有两次或多次的重复,来提高实验数据的可靠性、稳定性,但是不能重复足以满足对实验数据的分析的要求,因为cDNA微阵列费用仍然比较昂贵,对实验数据的表达差异分析就是要识别在不同条件下有显著表达差异的基因,因此需要采用分析这些数据的统计方法,这样有助于揭示生命体的奥秘,而且还可以为基因诊断与基因治疗提供重要的科学依据和为复杂疾病的发病机制研究提供重要的方法。

基于DDRT-PCR研究茶树对茶尺蠖取食诱导的基因表达谱差异

利用DDRT-PCR技术初步研究了茶树被害虫茶尺蠖取食后基因表达谱差异。结果表明:接头引物A3、A4、A6、A7和A8分别与随机引物R1-R8,R12组合扩增后,总共得到222条差异片段,占总条带数的32.8%。在所鉴定的20个差异片段中,有8个片段序列没有发现同源序列;有5个片段序列与未知功能蛋白相关;其余7个差异表达的片段序列可分为6类,即分别与光合系统II色素蛋白(C15)、非生物抗性诱导蛋白(D22)、糖苷代谢酶(A45)、核酸和蛋白转录调控因子(A12,D63)、生长素调节蛋白(E94)和营养性抗虫蛋白(D73)。其中差异表达片段C15、A45、D22、D73和E94在植物与害虫相互作用相关分子机制研究中首次被发现。

基因表达谱差异显示技术及其在植物对害虫取食诱导反应研究中的应用(综述)

基因表达谱差异显示技术是最近兴起的研究同种细胞在不同状态下基因表达差异的一种有效手段。目前已成功地应用于植物对害虫取食诱导防御的分子机制和发掘植物内源抗虫基因的研究领域,并显示出独特的优势。本文仅就植物被害虫取食前后基因表达谱差异研究中所涉及的技术、原理、问题和取得的进展进行综述和展望。

经程序化冷冻的小鼠休眠胚胎的基因表达谱差异分析

目的探讨小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后基因表达谱的变化及相关信号通路的改变趋势。方法采用Affymetrix基因芯片检测小鼠正常休眠胚胎和经程序化冷冻后的休眠胚胎的差异表达基因;采用GO分析和Pathway分析等生物信息学方法进一步了解相关信号通路的改变。结果经程序化冷冻后的小鼠休眠胚胎与正常休眠胚胎相比,存在228个差异表达基因,其中50个基因表达上调,178个基因表达下调。Pathway分析显示黏着斑通路、细胞外基质受体相互作用通路、肌动蛋白细胞骨架调节通路、细胞凋亡通路、细胞通讯通路、泛素介导的蛋白质水解通路、甘油磷脂代谢通路、小细胞肺癌通路、TGF-β信号通路、MAPK信号通路等基因差异表达变化趋势明显。结论小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后会导致一系列基因调控变化,并可能影响多条信号通路的协同变化。

肾阳虚证骨关节炎温针疗效的差异基因表达谱研究

目的:探讨温针治疗肾阳虚证骨关节炎的分子机制,为其疗效提供科学依据。方法:根据肾阳虚证评定量表,选取典型肾阳虚证患者10名给予温针治疗两周,然后以其中疗效最好的4例治疗前后作基因芯片杂交测试,采用SAM基因芯片数据分析软件,筛选显著表达基因作进一步的基因功能分析。结果:4例患者皆为典型肾阳虚证,经温针治疗后效果明显。通过SAM软件筛选到32个显著表达基因,基因功能注释结果提示炎症反应、信号转导类基因显著表达;分子通路主要集中于免疫及信号转导通路。讨论:温针治疗肾阳虚证膝骨关节炎的疗效的分子机制是多方面的,涉及到炎症反应、免疫功能、信号系统等多方面的修复作用。

儿童脊髓性肌萎缩症2型患者血浆中环状RNA的表达谱分析

目的分析儿童脊髓性肌萎缩症(SMA)2型患者血浆中环状RNA(circRNA)的表达谱变化。方法选取2021年9月—2022年3月安徽省儿童医院神经内科住院治疗的儿童SMA2型患者5例为SMA组,同期健康对照者5例为对照组。采用高通量测序技术检测并筛选出血浆中差异表达的circRNA,应用生物信息学进行基因本体论(GO)注释、京都基因和基因组百科全书(KEGG)和Reactome通路富集分析。利用在线数据库预测circRNA可能靶向的微小RNA(miRNA)。结果与对照组相比,SMA组患者血浆中共有136个circRNA呈显著差异性表达(P<0.05,差异倍数≥1.5),包括55个表达上调和81个表达下调的circRNA。生物信息学分析发现,同源重组修复、DNA复制等通路在SMA的发生发展中具有重要作用。应用TargetScan和miRanda软件预测了差异表达circRNA与miRNA的关系,绘制了circRNA-miRNA调控网络图。结论SMA组与对照组存在差异表达的circRNA。这些circRNA可能参与SMA的发生、发展,或可成为SMA的新型诊断和治疗的潜在分子标志物。