型特异性引物PCR研究HBV基因型与临床表现的关系

目的 :研究乙肝病毒 (HBV)基因型与临床表现的关系。方法 :收集湖南省慢性携带、慢性轻度、慢性中度、慢性重度和慢性重型等 5种临床类型的慢性乙肝病人的血清 2 2 0例 ,采用型特异性引物进行巢式PCR ,对血清中的HBV进行基因分型 ,比较不同基因型的临床资料。结果 :发现B ,C两种基因型 ,比例分别为 86 .4 %和 13.6 %。随着病情加重 ,基因C型的比例增加 (P <0 .0 5 )。C型的谷丙转氨酶 (ALT)、总胆红素 (TBIL)、HBV DNA等平均水平均较B型高 ,但无统计学意义。C型的ALT升高率 (96 .7% )显著高于B型 (75 .2 % ) (P <0 .0 5 )。B ,C两型的HBeAg阳性率总体无差别 ,但在慢性重型以及 2 130岁年龄段的患者中 ,C型的HBeAg阳性率 (35 .0 %和 5 0 .0 % )均显著高于B型 (14 .4 %和 2 4 .5 % ) (均P <0 .0 5 )。结论 :湖南省HBV基因型以B ,C型为主 ,基因型与临床表现有相关性 。

猪圆环病毒2型特异性荧光定量PCR检测方法的建立与应用

研究旨在建立基于SYBR Green I荧光定量PCR检测PCV 2的技术方法。根据GenBank中的猪圆环病毒2型(PCV 2)的基因序列(HQ148879),设计一对特异性引物,利用普通PCR技术扩增出PCV 2的ORF2基因702bp片段,并克隆到pVAX1载体,以纯化的质粒作为PCR检测的标准模板,以10倍梯度稀释质粒为阳性标准品,摸索荧光定量PCR试验,并绘制标准曲线,以此建立一种荧光定量PCR特异性检测猪圆环病毒的方法。结果表明,该方法对PCV 2有很好的特异性,其敏感性比常规PCR高100倍,批间与批内重复试验变异系数均小于2.5%。经临床应用表明荧光定量PCR方法的建立实现了对PCV 2特异性的快速诊断和定量检测。

多对型特异性引物巢式PCR检测湖南省乙肝病毒基因型

目的:采用多对型特异性引物,通过巢式PCR法检测湖南省乙肝患者血清中乙型肝炎病毒(HBV)基因型的分布情况.方法:根据从前S1基因到S基因中的保守序列设计出10条内外引物,并将其中8条内引物分成A、B两组,分别扩增A、B、C和D、E、F型HBV,然后将第2轮PCR的两组产物分别用3%琼脂糖进行电泳,根据PCR产物片断大小直接判定HBV基因型.与目前常用的PCR-RFLP法进行了比较,并做重复试验以证实该方法的可靠性和准确性.用此法检测了220例湖南籍慢性乙肝血清中的HBV基因型,以了解湖南人群的HBV基因型分布情况.结果:多对型特异性引物巢式PCR与PCR-RFLP法的检测结果完全一致,重现率(100%);湖南人群HBV基因分型结果为B型190例(86.4%)、C型30例(13.6%).结论:这种新的巢式PCR分型法能清晰直观地辨别HBV基因型,结果准确可靠.用此法证实了湖南人群的HBV优势基因型以B型为主,C型次之.

序列特异性引物联合RT-PCR在LRRK2基因多态性分型中的应用

目的建立帕金森病(PD)相关基因LRRK2疾病易感位点R1628P、G2385R的新检测方法。方法设计序列特异性引物,采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)的方法,对已知基因型的标准品进行分型检验;检测100例未知基因型的PD样品,并用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RLFP)的方法对待检样品基因型进行验证。结果标准品分型结果完全正确,待检的100例样品分型结果与PCR-RLFP分型结果完全吻合。结论序列特异性引物联合实时荧光定量PCR可成功实现对LRRK2疾病易感位点R1628P、G2385R的基因型分型。

ARMS实时PCR基因分型特异性的研究

以原癌基因Kras基因12位密码子的4种基因型(野生型为GGT,突变型为AGT、TGT、CGT)质粒DNA为研究模型,采用SYBRGreenⅠ为实时PCR指示剂,进行ARMS实时PCR基因分型特异性的研究.结果表明:在和模板匹配的ARMS引物3′端附近引入故意错配碱基,将ARMS引物浓度稀释10倍,并对传统三步PCR循环进行改良,即根据目的产物和引物二聚体的熔点差异,在传统延伸步骤之后增加一步恒温80℃检测荧光步骤,可消除引物二聚体的影响,使ARMS引物的特异性增强,得到清晰的基因分型结果.实验表明这种基于SYBRGreenⅠ的ARMS实时PCR基因分型方法,无需合成探针,实验设计简单,是一种快速、简便、经济、特异性好的基因分型方法,可推广用于其他基因的分型,并可望成为应用于临床的基因诊断技术之一.

荧光多重PCR与血清型特异性抗体检测HSV感染的比较

目的 :比较荧光多重PCR和血清型特异性抗体测定在生殖器疱疹临床诊断中的应用价值及评价各自的优缺点。方法 :以细胞培养法作为“金标准”对照 ,分别用荧光多重PCR和血清型特异性抗体检测法对 1 2 1例临床诊断为生殖器疱疹的标本进行检测。结果 :以培养法作标准 ,并通过结果的差异性分析 ,荧光多重PCR的敏感性为 1 0 0 % ,特异性为 88 89% ;血清型特异性抗体测定则分别为77 68%和 77 78% ,荧光多重PCR的敏感性和特异性均显著高于血清型特异性抗体测 (P <0 0 5 ) ,但前者不能检测出无皮损患者HSV的DNA ,而后者可检测出无皮损患者中的HSV抗体。结论 :荧光多重PCR和血清型特异性抗体检测各有其自身的优缺点 ,单独用PCR和其它病毒分离的方法或单独使用血清特异性抗体检测的方法来诊断生殖器疱疹都是不完整的 ,均可造成漏诊。临床上将两种方法有机的结合起来应用能发挥各自的优势 ,取长补短 ,对早期、准确。

ABO血液基因型引物特异性PCR体系的构建及在1个B_(w11)亚型家系分析中的应用

目的构建1个简单、有效,用于ABO基因分型的AS-PCR体系,及基于AS-PCR体系的PCR测序方法,并将此方案用于1个B亚型家系分析。方法参照ABO血液基因型cDNA的261,297,467和803位点,通过设计针对这些位点的AS-PCR引物构建可用于ABO血液基因型分型的AS-PCR体系,并将该AS-PCR体系应用于1个B亚型家系进行分析,并依据其分析结论设计PCR测序方法,以进行单体型分型。结果该家系成员母亲和两名子女的基因型分别为O01Bw11、O01Bw11和O02Bw11。结论 AS-PCR体系和PCR测序相结合的方案,操作简单、耗时短、结果准确,可用于ABO亚型的基因型分型。

等位基因差异特异性PCR检测HBVDNA的前C区1896突变位点及其临床意义

为了探讨ＨＢＶ前Ｃ区 １８９６突变位点检测的临床意义，采用３－末瑞等位基因差异特异性ＰＣＲ方法对９５例乙型肝炎病毒感染者的ＨＢＶＤＮＡ１ ８９６位点进行基因型（野生株／突变株）的检测，结果显示：总突变率为６４．２％，总野生率为５５．８％，纯野生型和纯突变型的检出率分别为２８．４％和２７．４％；不同临床类型的乙肝病毒感染者均可出现突变，其野生型、突变型和混合感染型的检出率之间的比较无显著性差异（Ｐ＞０．０５），急性乙肝与慢性乙肝、携带者、肝硬化和肝癌的总突变率存在差异（Ｐ＜０．０５）；血清不同ＨＢｅ系统均可发生突变．抗－ ＨＢｅ阳性组的突变率显著高于ＨＢｅＡｇ阳性和ＨＢｅ系统阴性组（Ｐ＜０．０５），提示：机体感染了ＨＢＶ后．变异主要是发生在慢性持续性感染过程中．突变株逐渐替代了野生株并成为优势株．使宿主得以持续感染ＨＢＶ。

心脏和软骨细胞特异性表达Cre重组酶转基因小鼠的基因型鉴定

我们曾经报道了分别在心脏(α-MHC-Cre)和软骨细胞(Col2A1-Cre)特异性表达Cre重组酶转基因小鼠的成功研制。为了对这2种转基因小鼠进行特异性的基因型鉴定,设计了2对特异性PCR引物,其中一条引物分别位于α-肌球蛋白重链基因(α-MHC)启动子和Ⅱ型胶原(Col2A1)启动子上。以6种不同组织特异性Cre重组酶转基因小鼠基因组DNA为模板,利用设计的特异性引物以及位于Cre编码区的通用引物进行PCR反应。结果显示,2对特异性引物可以分别将心肌细胞特异性和软骨细胞特异性Cre重组酶转基因小鼠与其他组织特异性Cre重组酶转基因小鼠有效区分开来。

等位基因特异性PCR检测脂联素基因SNP位点方法的建立

目的:建立等位基因特异性PCR检测脂联素基因与2型糖尿病相关SNP位点的方法。方法:针对脂联素基因G531A,G545C,G11963T,T12194G和T13320C5个SNP位点设计野生型和突变型特异性引物,第一轮PCR的上游引物或下游引物与等位基因特异性引物进行半巢式PCR。在同一SNP位点如果野生型引物出现扩增产物而突变型引物未出现扩增产物,则判定该位点为野生型,反之,为突变型;如两引物均出现扩增产物则为杂合子。DNA测序证实等位基因特异性PCR检测结果。结果:该等位基因特异性PCR检测方法对研究样本均有扩增,且每个SNP位点均检出相应的野生型、突变型和混合型个体。测序结果与等位基因特异性PCR检测结果吻合。结论:建立的等位基因特异性PCR检测脂联素基因SNP的方法灵敏可靠,可快速检测与2型糖尿病相关的5个SNP位点。

特异性标签序列快速鉴定乙肝病毒B、C基因型的方法及应用

目的建立一种乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV)基因分型方法,并观察其临床应用效果。方法利用HBV大S区的型间特异性位点密集序列,建立了一种直接多重PCR方法,并对重庆地区250例临床样本进行应用性观察。结果使用该方法对重庆地区250例随机临床HBV阳性血清进行了检测,结果显示B基因型占73.6%(184/250),C基因型占16.4%(41/250),BC混合型占6.4%(16/250),总检出率为97%左右,与重庆周边地区HBV基因型的区域分布具有一致性。结论该方法能够快捷而准确地鉴定乙肝病毒B、C基因型。

玉米大斑病菌和小斑病菌交配型多重PCR检测方法的建立与应用

【目的】由大斑突脐蠕孢(Exserohilum turcicum)和玉蜀黍平脐蠕孢(Bipolaris maydis)引起的玉米大斑病和小斑病是玉米生产上重要的叶部真菌病害,本研究旨在建立玉米大斑病菌和小斑病菌交配型多重PCR检测方法,为玉米大斑病菌和小斑病菌的交配型田间分布和有性生殖研究提供技术方法。【方法】根据GenBank中已登录的玉米大斑病菌(登录号MAT1-1:GU997138和MAT1-2:GU997137)和小斑病菌(登录号MAT1-1:X68399和MAT1-2:X68398)交配型基因序列,利用Primer Premier 5.0软件设计2种病原菌交配型多重PCR检测特异性引物,采用单因素法对引物的退火温度以及扩增程序中延伸时间和循环数等重要参数进行优化,建立玉米大斑病菌和小斑病菌交配型多重PCR检测方法,并对2种病原菌的交配型多重PCR检测灵敏度和特异性进行检验。同时,对田间采集的129株玉米大斑病菌和194株玉米小斑病菌单孢菌株的交配型进行多重PCR检测,以明确建立的交配型多重PCR检测方法的适用性。【结果】建立的多重PCR方法和设计的交配型特异引物StMAT01-2F/R、StMAT02-3F/R、ChMAT01-3F/R和ChMAT02-2F/R可分别扩增出MAT1-1、MAT1-2型菌株大小为816、132 bp(大病斑菌)与490、136 bp(小病斑菌)的特异性目的条带。25μL多重PCR扩增体系:2×Multiplex PCR Mix 12.5μL,引物各10 pmol,DNA模板100 ng,退火温度为57.2℃(大病斑菌)和55.0℃(小斑病菌),35个循环。该多重PCR对玉米大斑病菌MAT1-1、MAT1-2型单孢菌株的检测灵敏度分别为0.1、0.01 ng基因组DNA,而对玉米小斑病菌MAT1-1、MAT1-2交配型的检测灵敏度均为0.1 ng基因组DNA。该交配型多重PCR检测方法对玉米大斑病菌和小斑病菌特异性很强,能够很好地区分玉米大斑病菌和小斑病菌相应的近缘种和14株其他真菌菌株。不同地理来源的玉米大斑病菌和小斑病菌交配型检测结果表明,该多重PCR能够准确地检出129株玉米大斑病菌和194株玉米小斑病菌的交配型,且检测结果与随机抽取的菌株杂交验证结果完全吻合。【结论】构建的玉米大斑病菌和小斑病菌交配型多重PCR检测方法灵敏度高、特异性好、操作简便,能够准确、快速地检测出玉米大斑病菌和小斑病菌的交配型,为玉米大斑病菌和小斑病菌的交配型田间分布和监测及有性生殖研究提供了可靠的技术方法。

猪链球菌2型实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

试验根据猪链球菌2型荚膜多糖（CPS）抗原设计 CPS2J 基因特异性引物,建立猪链球菌2型实时荧光定量 PCR 检测方法。结果显示,该方法的标准曲线为 y=-3.073x＋36.87,r=0.995,熔解曲线只有单一的特异峰。敏感性试验显示,该方法可以检测出模板最低浓度为1.0×10^1拷贝/μL,是普通 PCR 的10倍；特异性试验显示,对猪链球菌2型具有良好的特异性,能够区分其他血清型猪链球菌和其他细菌；重复性试验变异系数为0.37%-0.63%,均低于2.5%。临床检测显示该方法的敏感性明显高于常规 PCR 方法和细菌分离的方法。以上结果表明,本研究建立的方法敏感性高、特异性强、重复性好,有利于对猪链球菌2型的快速检测。

A型肉毒神经毒素基因的PCR检测

目的:建立快速筛查A型肉毒毒素的PCR方法。方法:根据GenBank中报道的肉毒毒素基因序列,综合应用多种生物软件分析设计特异的检测引物,从提取的基因组DNA、热裂解产物和菌液等不同形式的模板中扩增大小为457bp的A型肉毒毒素特异基因片段,以肉毒梭菌其他血清型及破伤风梭菌为对照。结果:检测方法无交叉反应,灵敏度可达10pgDNA,3×103个菌。结论:建立的检测方法特异性强、灵敏度高,可以用于A型肉毒毒素基因的快速筛查。

猪圆环病毒3型套式PCR检测方法的建立及应用

为了建立一种准确、快速检测猪圆环病毒3型(PCV-3)的方法,试验根据GenBank中PCV-3基因序列设计合成了内、外两对引物,建立了套式PCR方法,并检验了该方法的特异性、敏感性、重复性,同时用该方法对124份临床疑似病料进行检测。结果表明:用建立的套式PCR方法检测PCV-2、PRV、PPV、PRRSV、CSFV、TGEV、PEDV,均为阴性,外引物PCR扩增的检测灵敏度为17 ng DNA,内引物PCR扩增的检测灵敏度为0. 17 ng DNA。用该方法检测124份临床病料样品,外引物共检测出阳性样品22份,内引物共检测出阳性样品28份,青海省部分地区PCV-3的感染率达22. 58%(28/124)。说明该套式PCR具有良好的特异性、敏感性、重复性和临床适用性,可以用于临床病料中低含量PCV-3的快速检测。

巢式PCR检测北京地区乙型肝炎病毒基因型的分布

目的了解北京地区乙型肝炎病毒(HBV)感染者HBV基因型分布情况。方法从前S1基因到S基因中的保守序列设计出10条内外引物,将其中8条内引物分成A、B组,分别扩增A、B、C、D、E、F型HBV,根据PCR产物片断判定HBV基因型。结果用此种方法检测HBV感染的不同转归类型患者血清728份,对HBV DNA阳性标本进行基因型分析。HBV DNA阳性者276例,其中自限性感染者阳性率为5.8%(14/243),慢性无症状HBV携带者血清HBV阳性率为42.6%(113/265),慢性肝炎患者HBV阳性率为67.7%(149/220)。慢性肝炎组HBV DNA检出率与其他2组比较差异有统计学意义(P<0.05)。在276例HBV DNA阳性标本中,各基因型在不同组分布不同,但差异无统计学意义。HBV基因型总检出率以C型为主,占76.8%,B型占21·7%,同时检出B型和C型为1.5%,未检出A、D、E、F基因型。结论北京地区感染HBV基因型为B型和C型,以C型为主,感染结局不同组间基因型分布比较差异无统计学意义。

猪链球菌2型PCR快速检测试剂盒的研制及初步应用

根据猪链球菌2型荚膜多糖抗原编码基因簇中的cps2J基因序列设计1对可扩增560 bp片段的特异性引物,成功地建立了一种检测猪链球菌2型的PCR方法,并通过优化研制出PCR检测试剂盒。进一步的研究结果表明,试剂盒具有很好的特异性、敏感性和稳定性。试剂盒能从病料8 h增菌的混合菌群中快速检测出猪链球菌2型菌株。试剂盒对临床样本的检测结果表明,猪链球菌2型在我国猪群发生的链球菌病例中不占主导地位。

特异性检测胰腺组织表达Cre重组酶转基因小鼠的方法

利用组织特异性分子标志物启动子调控Cre重组酶,研制了6种在不同组织中特异性表达Cre重组酶的转基因小鼠。这些转基因小鼠的基因型鉴定均使用设计在Cre基因编码区的通用引物。为了特异性检测胰腺组织表达Cre重组酶的转基因小鼠,在大鼠胰岛素RIP启动子上和Cre基因上设计1对引物进行PCR扩增,并通过凝胶电泳进行分析。PCR结果显示,设计在Cre基因上的通用引物可以从6种不同组织特异性Cre重组酶转基因小鼠基因组DNA中扩增获得480bp产物;利用本研究设计的特异性引物可以从胰腺组织表达Cre重组酶转基因小鼠基因组DNA中扩增200bp的目的条带。这一结果表明,利用特异性引物进行PCR反应,可有效地将胰腺组织表达Cre重组酶转基因小鼠与其他多种组织的Cre重组酶转基因小鼠鉴别开来。

应用实时荧光定量PCR检测母血浆胎儿DNA进行RhD基因型产前诊断

目的建立实时荧光定量PCR(real time PCR)技术检测RhD阴性孕妇血浆中游离胎儿DNA进行无创性产前诊断胎儿RhD基因型的方法。方法通过微量DNA抽提技术提取母血浆中胎儿游离DNA,利用Real time PCR检测22例妊娠15～40周的单胎RhD阴性孕妇血浆中胎儿游离DNA,进行男性性别决定基因(SRY)和RhD基因外显子7、10和内含子4的特异性扩增,基因型结果与血清学RhD定型结果对比,评价该技术方法的准确性。结果孕妇血浆中存在游离胎儿DNA。19例RhD真阴性孕妇血浆中,14例均检测到胎儿游离DNA的RhD基因外显子7、10和内含子4的特异性扩增,判断为RhD阳性,基因定型结果与血清学表型相符。3例未检测到胎儿游离DNA的RhD基因特异性扩增,结果与胎儿血清学表型相符。因此检测胎儿游离DNA的RhD基因型准确率达到89.5%。另外2例只检测到RhD基因外显子10扩增,通过新生儿脐血血清学吸收放散试验确定为RhDel型。3例RhDel型孕妇血浆中检测到RhD基因扩增,不适于胎儿RhD基因型的分型。结论实时荧光定量PCR方法检测RhD阴性孕妇血浆中游离胎儿DNA进行无创性诊断胎儿RhD基因型,是一种简便、准确、快速的产前基因诊断的可行性方法,值得临床推广应用。

病毒分离和PCR-RFLP法对急性结膜炎标本中腺病毒感染及其型别的分析

目的 分析2 0 0 3年下半年收集的哈尔滨医科大学第一临床医学院急性结膜炎标本中的腺病毒( Adenovirus,Ad V)感染情况及其型别。方法 采集5 9例临床确诊为急性结膜炎患者的结膜拭子标本,在观察和分析接种细胞的病变( CPE)情况的基础上,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析( PCR- RFL P)法,特异性检测CPE阳性细胞中腺病毒核酸的存在情况,并对PCR阳性扩增产物进行病毒型别的分析。结果 70 .7% ( 4 1/5 9)的急性结膜炎标本接种于培养细胞后可以引起明显的CPE;其中,5 3.6 % ( 2 2 / 4 1)的CPE阳性标本可以扩增出腺病毒核酸,RFL P分析证实6 8.18% ( 15 / 2 2 )的腺病毒感染为Ad3型,31.82 % ( 7/ 2 2 )的腺病毒感染为Ad7。结论2 0 0 3年下半年哈尔滨市急性结膜炎主要以腺病毒3、7型感染为主。提示结合病毒分离培养和PCR- RFL P方法。