实时定量PCR与传统微生物培养法诊断呼吸机相关性肺炎病原体的性能比较

目的基于分子的实时定量PCR方法与常规微生物培养法诊断呼吸机相关性肺炎(VAP)病原体的性能比较。方法通过气管内抽吸物(EAT)与支气管肺泡灌洗(BAL)两种方法采集了我院112例机械通气>48 h的疑似VAP患者的样本,使用常规微生物培养方法与实时定量PCR法对两种样本均进行微生物分析。结果共收集了112份BAL样本,101份ETA样本,主要分离的细菌是金黄色葡萄球菌,铜绿假单胞菌和流感嗜血杆菌。将分子生物学方法与常规培养方法进行比较,以常规培养方法作为标准,BAL样本灵敏度为89.5%,特异性为96.7%,ETA样本的灵敏度为73.8%,特异性为95.9%。结论采用基于分子的实时定量PCR法在诊断VAP时,与常规微生物培养法结果没有差异,对VAP中常见的病原体具有很高的特异性和良好的灵敏度。

蘑菇基肥中真菌多样性的研究

应用 18SrDNA同源性分析和常规微生物培养方法 ,对蘑菇基肥中的真菌种群进行了研究 .采用纯培养技术分离基肥中的真菌 ,机械破壁法提取分离真菌总DNA ,真菌特异引物对EF4 /EF3扩增18SrDNA ,并进行测序及序列相似性比较 ,结果表明 :纯培养技术分离自基肥中的真菌种属较少 ,从 11株分离菌中只鉴定获得 2株不同真菌Chaetomiumelatum和Penicilliumexpansum .18SrDNA部分片段 2次聚合酶链反应 (PCR)扩增及温度梯度凝胶电泳 (TGGE)分析结果表明 :不同时间取自同一地点的原始蘑菇基肥样本中的真菌种群结构要比纯培养技术的分析结果复杂得多 .研究结果表明 。

57例脊柱感染手术患者NGS检测分析

目的探讨宏基因二代测序(next-generation sequencing technology,NGS)在脊柱感染治疗中的临床价值。方法收集2018年6月至2020年12月年在青岛大学附属上海德济医院行开放手术治疗的57例脊柱感染患者的临床资料进行回顾性对比分析研究,其中男性41例,女性16例;年龄21~76岁,平均年龄为(55.32±12.56)岁。感染部位:颈椎10例,胸椎20例,腰椎27例。对病灶组织采用常规微生物培养和NGS检测,观察检测报告阳性率和检测报告时间。结果38例患者的病灶组织中NGS检测出致病原,阳性率为66.7%,其中葡萄球菌12例,链球菌6例,肠球菌5例,大肠埃希菌2例,肺炎克雷伯菌2例,布氏杆菌1例;真菌8例,病毒12例,结核分支杆菌12例,检测周期24~36 h;10例患者中常规微生物培养出病原菌,阳性率为26.3%,其中葡萄球菌4例、链球菌2例、肠球菌2例、大肠埃希菌1例,真菌1例,检测周期3~7 d。NGS相比于常规微生物培养,检测阳性率显著提高,检测报告时间明显减少,差异有统计学意义(P<0.001)。结论NGS能够更加快速、准确检测出脊柱感染致病原,为临床早期针对致病原治疗提供重要依据。

宏基因二代测序技术对非结核分枝杆菌感染病原学诊断的价值

目的:探讨宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技术对非结核分枝杆菌(non-tuberculosis mycobacteria,NTM)感染病原学诊断的价值。方法:回顾性选取2018年9月至2019年12月复旦大学附属中山医院感染病科收治的疑似NTM感染患者183例,共计样本388例,比较常规微生物培养法和mNGS技术对NTM病原体的检出率差异及不同样本类型的亚组分析。结果:常规微生物培养法和mNGS总体检测阳性率差异无统计学意义(21.9%vs 24.7%)。痰液样本培养法的阳性率明显高于mNGS(56.6%vs 22.9%,P<0.0001),而组织样本却低于mNGS(7.8%vs 27.8%,P<0.0001)。另外,mNGS对患者抗菌药物调整频率低于培养法(20.3%vs 40.2%,P<0.05)。结论:mNGS对NTM灵敏度较低,需重点改进以促进此技术更好地应用于临床。

支气管肺泡灌洗液高通量测序技术在老年难治性肺炎中的应用价值研究

目的 研究支气管肺泡灌洗液(Bronchoalveolar lavage fluid,BALF)高通量测序技术在老年难治性肺炎治疗中的应用价值。方法 选取我院收治的420例老年难治性肺炎患者作为研究对象,通过纤维支气管镜检查收集其BALF,分为两份,一份行常规微生物学培养,另一份行感染病原体高通量检测,对比两种检测方法的病原体阳性检出率、病原体报告时间及病原体检出结果。结果 高通量测序技术对BALF的病原体阳性检出率较常规微生物学培养更高,病原体报告时间短于常规微生物学培养(P<0.05)。高通量测序技术与常规微生物学培养检出的病原体均以肺炎链球菌为主,其次为铜绿假单胞菌、埃及嗜血杆菌等。结论 BALF高通量测序技术可有效提高老年难治性肺炎病原体的阳性检出率、明确病原体类型、缩短病原体报告时间,为临床治疗提供指导依据。