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基于GEO数据库分析脓毒症相关性死亡的潜在差异表达基因和微小RNAs
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作者 吕卓辰 罗士元 +2 位作者 童尧 周瑶 王颖 《临床麻醉学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1184-1191,共8页
目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),... 目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),使用GEO2R在线工具对脓毒症存活患者和非存活患者进行差异表达基因(DEGs)筛选。通过基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究脓毒症相关性死亡DEGs涉及的病理生理过程和潜在信号通路。使用STRING在线工具构建DEGs蛋白-蛋白相互作用(PPI),使用Cytoscape软件构建PPI网络拓扑,使用CytoHubba工具筛选枢纽(Hub)基因。使用NetworkAnalyst构建Hub基因的目标miRNAs,使用RT-qPCR验证本院脓毒症存活患者和非存活患者相关基因表达变化。结果在脓毒症病程中,脓毒症存活患者和非存活患者基因表达呈现异质性,共筛选出15个DEGs。KEGG通路富集分析显示,金黄色葡萄球菌感染、NOD样受体信号通路、硫代谢和集管酸分泌四个途径存在显著富集。PPI和CytoHubba分析筛选出10个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LTF、LCN2、DEFA4、HBM、HBG1、GMPR、CAMP、OLFM4)。NetworkAnalyst分析预测了10个关键miRNAs。RT-qPCR验证结果显示,5个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LCN2、DEFA4、OLFM4)与上述分析中的趋势一致。结论基于GEO数据库的生物信息学分析,脓毒症存活患者和非存活患者在脓毒症病程中存在差异表达基因,为探索脓毒症相关性死亡的生物标志物提供了数据支持。 展开更多
关键词 GEO数据库 脓毒症相关性死亡 差异表达基因 微小RNAS
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多囊卵巢综合征相关基因的差异表达研究 被引量:25
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作者 胡振兴 乔杰 +4 位作者 李美芝 张小为 陈咏健 李蓉 孙春玲 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期600-604,共5页
目的:研究多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)患者相关基因的差异表达。方法:应用人类全基因组基因芯片 U133A,以体外受精-胚胎移植(in vitro fertilization embryo transfer,IVF-ET)的多囊卵巢综合征(polycystic ova... 目的:研究多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)患者相关基因的差异表达。方法:应用人类全基因组基因芯片 U133A,以体外受精-胚胎移植(in vitro fertilization embryo transfer,IVF-ET)的多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)患者和对照者取卵后所剩的卵泡颗粒细胞为研究对象,检测5例 PCOS 患者和5例对照者颗粒细胞中相关差异表达的基因。结果:与对照组比较,共筛查出与 PCOS 明显相关的差异表达基因46个,其中25个基因表达增加(上调),21个表达减少(下调)。这些差异表达基因具有多种生物学功能,如脂类代谢调节、细胞间的信号传导和免疫炎症反应,反映了 PCOS 患者临床症状的多样性。结论:应用基因芯片技术,可筛查出新的 PCOS 遗传相关候选基因。 展开更多
关键词 PCOS 患者 多囊卵巢综合征 相关基因 差异表达基因 筛查 对照 细胞 基因 基因芯片
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心经经脉与心脏相关的差异表达基因的研究 被引量:11
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作者 周逸平 汪克明 +6 位作者 胡玲 吴子建 周美启 王月兰 杨黄恬 张发宝 孙露 《针刺研究》 CAS CSCD 2007年第1期3-8,共6页
目的:从基因差异表达方面探讨心经与心脏相关的特异性基础。方法:复制大鼠急性心肌缺血模型,分别电针心经“神门”至“通里”段、小肠经“养老”至“支正”段、肺经“太渊”至“列缺”段。刺激电压5V,频率2Hz,波宽300μs,正负向交替方波... 目的:从基因差异表达方面探讨心经与心脏相关的特异性基础。方法:复制大鼠急性心肌缺血模型,分别电针心经“神门”至“通里”段、小肠经“养老”至“支正”段、肺经“太渊”至“列缺”段。刺激电压5V,频率2Hz,波宽300μs,正负向交替方波,每次电刺激20min,1次/d,共3次。取缺血心肌组织,采用大鼠全基因U230序列芯片进行芯片检测,大规模筛选差异表达基因。结果:与模型组比较,差异表达2倍以上的基因,电针心经组有20个上调70个下调;电针小肠经组有18个上调26个下调;电针肺经组有14个上调20个下调,且3组之间鲜有相同的基因表达。结论:经脉脏腑相关具有确实的分子基础,电针心经、小肠经、肺经具有相对特异性作用途径。 展开更多
关键词 经脉脏腑相关 基因芯片 差异表达基因 心肌缺血 电针
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用DDRT—PCR技术分析快速老化模型鼠衰老相关基因的差异表达及针刺的作用 被引量:13
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作者 于建春 陆明霞 +3 位作者 于涛 王舒 刘庆忠 韩景献 《中医杂志》 CSCD 北大核心 2002年第6期431-432,共2页
目的:研究衰老相关基因的表达差异及针刺的作用,试图从分子水平说明针刺抗衰老的机理。方法:采用DDRT-PCR技术,以快速老化模型鼠(SAM—P/10)为材料,针刺“人中”、“内关”和“太冲”3穴,分析了SAM鼠伴加龄脑细胞基因表达的差异及针刺... 目的:研究衰老相关基因的表达差异及针刺的作用,试图从分子水平说明针刺抗衰老的机理。方法:采用DDRT-PCR技术,以快速老化模型鼠(SAM—P/10)为材料,针刺“人中”、“内关”和“太冲”3穴,分析了SAM鼠伴加龄脑细胞基因表达的差异及针刺的作用。结果:针刺前某些基因的表达随增龄发生一定的变化,显示与衰老相关;而针刺后,其表达均受到影响,其变化均趋同于年轻组。结论:针刺不仅具有调节作用及腧穴特异性,而且可能通过这种调节作用影响衰老相关基因的表达而干扰衰老进程。 展开更多
关键词 DDRT-PCR技术 衰老 相关基因 差异表达 针刺 动物实验 免疫学
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兔植入前移核胚中发育相关基因的差异表达分析 被引量:11
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作者 李文雍 齐冰 +3 位作者 王玉阁 郁卫东 杜淼 陈清轩 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第5期813-818,共6页
与早期胚胎发育相关的一些重要基因异常表达致使克隆胚细胞核的再程序化过程受阻,是导致动物克隆失败的重要原因.为了分离鉴定再程序化相关基因,我们改进了mRNA差异显示技术,成功地建立了单胚差示技术体系.以不同发育时期的兔克隆胚(M... 与早期胚胎发育相关的一些重要基因异常表达致使克隆胚细胞核的再程序化过程受阻,是导致动物克隆失败的重要原因.为了分离鉴定再程序化相关基因,我们改进了mRNA差异显示技术,成功地建立了单胚差示技术体系.以不同发育时期的兔克隆胚(MⅡ卵、2细胞、4细胞、8~ 16细胞克隆胚胎)为材料进行单胚差示,分离了 80个差异片段.经反向RNA印迹验证、亚克隆、序列分析及NCBIGenBank数据库检索,结果表明:A0 2 8片段与CstF3基因有 93%的同源性,在早期胚胎发育过程中的表达有阶段特异性,该基因在兔克隆胚的早期发育过程中起重要作用.RNA印迹显示:该基因在所检测的组织中,只在卵巢中有表达. 展开更多
关键词 差异表达分析 发育相关基因 兔克隆胚胎 再程序化 单胚差异显示技术
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重症肌无力患者免疫相关基因差异表达的基因芯片研究 被引量:8
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作者 李吕力 李晓峰 +3 位作者 罗永坚 秦岭 肖继东 刘晓春 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1005-1007,共3页
目的:使用基因芯片技术研究重症肌无力(MG)患者外周血单个核细胞免疫相关基因的差异表达。方法:采用BIOSTAR Human-6-V3型人类全长基因cDNA表达谱芯片筛选30例初次发病MG患者差异表达的免疫相关基因,酶联免疫吸附法(ELISA)检测患者外周... 目的:使用基因芯片技术研究重症肌无力(MG)患者外周血单个核细胞免疫相关基因的差异表达。方法:采用BIOSTAR Human-6-V3型人类全长基因cDNA表达谱芯片筛选30例初次发病MG患者差异表达的免疫相关基因,酶联免疫吸附法(ELISA)检测患者外周血IL-6、TNF-α的水平,对MG患者病情按许贤豪绝对评分法进行评分,并比较其临床意义。结果:158条差异表达免疫相关基因中,表达上调的基因76条(Ratio值2.0倍以上),表达下调的基因82条(Ratio值0.5倍以下),差异表达的免疫相关基因主要涉及细胞因子及其受体、趋化因子及其受体、细胞黏附分子、白细胞分化抗原、免疫转录调节分子、天然免疫分子等,细胞因子中IL-6、TNF-αmRNA表达水平显著上调,与MG患者血清IL-6、TNF-α水平检测结果一致,血清IL-6、TNF-α水平与MG临床绝对评分呈正相关。结论:人类全基因芯片技术可以快速、高通量筛选出MG患者差异表达的免疫相关基因,结果证实多个免疫基因参与了MG发病过程,为进一步阐明MG发病的免疫机制及治疗提供新的思路。 展开更多
关键词 重症肌无力 基因芯片 免疫相关基因 差异表达
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蛋鸡与肉鸡卵巢组织基因差异表达与产蛋数杂种优势的相关性研究 被引量:7
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作者 王慧 张沅 +1 位作者 孙东晓 俞英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期111-115,共5页
以白莱航蛋鸡(AA)、农大褐蛋鸡(DD)和白洛克肉鸡(EE)3 个纯系及其正反杂交产生的 6 个杂交系为试验材料,应用mRNA差异显示技术,研究了产蛋高峰期(32 周龄)纯种鸡与正反交杂种群卵巢组织的基因差异表达,及其差异表达模式与32周龄产蛋数... 以白莱航蛋鸡(AA)、农大褐蛋鸡(DD)和白洛克肉鸡(EE)3 个纯系及其正反杂交产生的 6 个杂交系为试验材料,应用mRNA差异显示技术,研究了产蛋高峰期(32 周龄)纯种鸡与正反交杂种群卵巢组织的基因差异表达,及其差异表达模式与32周龄产蛋数的杂种优势率的相关性。结果:24 种引物组合共扩增出 1 572 条带,其中能够重现的有1 126条,重现率为71.63%。在6个正反杂交群中检测到7类基因差异表达模式:P1杂种超强表达(22 .29%);P2杂种特异表达(9. 84%); P3 杂种减弱表达(9. 85%); P4 杂种沉默(3. 42%); P5 单亲特异表达(22. 91%);P6单亲显性表达(25.74%);P7共显性表达(5.95%)。相关性分析表明:32 周龄产蛋数的杂种优势率与杂种特异型表达模式(P2)呈显著的负相关(P<0 05);而与杂种减弱型表达模式呈显著的正相关(P<0. 05)。这一研究结果为探索鸡的产蛋性状杂种优势的分子遗传机理奠定了基础,同时探讨了差异表达基因与杂种优势的关系。 展开更多
关键词 杂种优势 产蛋 蛋鸡 肉鸡 周龄 基因差异表达 杂交 卵巢组织 相关性研究 减弱
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大豆异黄酮合成途径相关基因差异表达分析 被引量:7
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作者 崔艳伟 李文龙 +2 位作者 常文锁 李喜焕 张彩英 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期719-725,共7页
大豆异黄酮是一种应用广泛、具有医用和保健功能的活性物质。为揭示异黄酮合成途径相关基因表达差异,本研究采用实时定量PCR技术分析相关基因在不同大豆品种、发育时期及组织部位的表达。结果发现,苯丙氨酸解氨酶基因PAL、肉桂酸羟化酶... 大豆异黄酮是一种应用广泛、具有医用和保健功能的活性物质。为揭示异黄酮合成途径相关基因表达差异,本研究采用实时定量PCR技术分析相关基因在不同大豆品种、发育时期及组织部位的表达。结果发现,苯丙氨酸解氨酶基因PAL、肉桂酸羟化酶基因C4H、香豆酸辅酶A连接酶基因4CL在高异黄酮品种中豆27 R2期叶片中的表达量显著高于低异黄酮品种楚秀;查尔酮合成酶基因CHS、异黄酮合成酶基因IFS在中豆27 R8期子粒中的表达量显著高于楚秀;细胞色素还原酶基因CPR在中豆27 R7期叶片与子粒的表达量与楚秀相比显著降低。这些差异表达的基因可能是形成大豆品种异黄酮含量高低的重要原因。 展开更多
关键词 大豆 异黄酮合成 相关基因 差异表达
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低温胁迫下鹅掌楸抗寒性相关基因的差异表达分析 被引量:8
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作者 陆畅 李斌 郑勇奇 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期25-31,共7页
对4℃和-30℃低温条件下引种自安徽大别山的1株鹅掌楸〔Liriodendron chinense(Hemsl.)Sarg.〕植株顶芽总RNA进行了数字基因表达谱构建和差异表达基因筛选,并对筛选出的抗寒性相关基因进行了实时荧光定量PCR分析。结果表明:获得的总... 对4℃和-30℃低温条件下引种自安徽大别山的1株鹅掌楸〔Liriodendron chinense(Hemsl.)Sarg.〕植株顶芽总RNA进行了数字基因表达谱构建和差异表达基因筛选,并对筛选出的抗寒性相关基因进行了实时荧光定量PCR分析。结果表明:获得的总RNA样品质量符合实验要求。数字基因表达谱分析结果表明:每个样品的质量控制后序列的总长度均在0.5 Gbp以上,碱基错误率为0.01%,Q20值超过99%,Q30值为96.99%~97.23%,GC含量为44.97%~47.06%,并且每个样品比对成功的序列条数占质量控制后序列总数的百分率均在90%以上。差异表达基因筛选结果显示:共发现9个与鹅掌楸抗寒性有关的差异表达基因,分别为HSP、MYB、NAC、AP2、Zinc finger、WRKY、FAD、Phospholipase和β-amylase基因。实时荧光定量PCR分析结果表明这9个基因共有3种表达模式,其中,HSP和FAD基因的相对表达量均随着温度的降低而减少,表现为基因下调表达;AP2、NAC和Zinc finger基因的相对表达量随着温度的降低而增多,表现为基因上调表达;而β-amylase、WRKY、Phospholipase和MYB基因的相对表达量则表现为4℃时增加、-30℃时减少。从基因的相对表达量来看,最大相对表达量超过5的基因有NAC和WRKY,介于2~5之间的基因有AP2、Zinc finger、β-amylase和MYB,低于2的基因有Phospholipase、HSP和FAD。结果显示NAC和WRKY基因可能在鹅掌楸的抗寒过程中起主要作用。 展开更多
关键词 鹅掌楸 低温胁迫 抗寒性相关基因 数字基因表达 差异表达基因 相对表达
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正常与退变椎间盘纤维环细胞相关基因的差异表达 被引量:6
10
作者 叶冬平 梁伟国 +2 位作者 戴丽冰 沈雁 陈鸿辉 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期168-172,共5页
目的:研究人正常和退变椎间盘纤维环细胞椎间盘退变相关基因表达量的差异,探讨这些相关基因与椎间盘退变的关系,筛选明显差异基因作为退变纤维环细胞体外刺激因子,逆转椎间盘退变。方法:实时荧光定量PCR(real-time qRT-PCR,SYBR Green)... 目的:研究人正常和退变椎间盘纤维环细胞椎间盘退变相关基因表达量的差异,探讨这些相关基因与椎间盘退变的关系,筛选明显差异基因作为退变纤维环细胞体外刺激因子,逆转椎间盘退变。方法:实时荧光定量PCR(real-time qRT-PCR,SYBR Green)技术检测人正常和退变纤维环细胞TGF-β、IGF-1、bFGF、IL-1、TIMP-1、COL1A1、BMP-14、PDGF、aggrecan、COL2A1、SOX 9、BMP-2、iNOS、EGF、MMP3、BMP-4和BMP-7mRNA表达水平。结果:与正常纤维环细胞相比,退变纤维环细胞TGF-β、IL-1、PDGF和IGF-1 mRNA表达量降低(P<0.01,P<0.05);bFGF、TIMP-1、BMP-14和COL1A1 mRNA表达升量高(P<0.01);正常纤维环细胞aggrecan和BMP-2 mRNA高表达,退变纤维环细胞两者表达阴性;COL2A1、iNOS和MMP3在正常纤维环细胞mR-NA有表达,在退变纤维环细胞表达阴性;EGF在正常纤维环细胞mRNA表达阴性,而在退变纤维环细胞有表达。Sox-9、BMP-4和BMP-7在正常和退变纤维环细胞mRNA表达均为阴性。结论:椎间盘纤维环退变与TGF-β、IL-1、PDGF、IGF-1、aggrecan和BMP-2 mRNA低表达,bFGF、TIMP-1、BMP-14和COL1A1 mRNA高表达相关;BMP-2、TGF-β、PDGF和IGF-1可作为退变纤维环细胞体外刺激因子,用于逆转椎间盘退变的研究;bFGF、TIMP-1和BMP-14可能是椎间盘纤维环细胞退变的标志物。 展开更多
关键词 正常纤维环细胞 退变纤维环细胞 差异表达 椎间盘退变相关基因
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基于表达谱芯片挖掘抗猪瘟病毒相关基因及其在不同猪瘟抗体水平下的表达差异 被引量:2
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作者 王晓铄 俞英 +4 位作者 刘会杰 肖丽 翟立维 敖红 王楚端 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期14-22,共9页
本研究旨在筛选抗猪瘟病毒相关基因,并分析不同猪瘟抗体水平下这些相关基因在大白和长白猪中的表达差异。首先,基于表达谱芯片技术,采用Agilent猪4×44K全基因组表达谱芯片,分析4组试验材料(病毒模拟物PolyI:C转染的猪PK15细胞、甲... 本研究旨在筛选抗猪瘟病毒相关基因,并分析不同猪瘟抗体水平下这些相关基因在大白和长白猪中的表达差异。首先,基于表达谱芯片技术,采用Agilent猪4×44K全基因组表达谱芯片,分析4组试验材料(病毒模拟物PolyI:C转染的猪PK15细胞、甲基化酶抑制剂Aza-CdR转染的PK15细胞、PolyI:C及Aza-CdR共同转染的PK15细胞、无处理的mock细胞),获得试验组间显著性差异表达基因。进而对差异表达基因进行聚类分析和Gene Ontology(GO)分析。结果表明,存在显著差异表达的抗粘液病基因(MX1)和双链RNA依赖的蛋白激酶R基因(PKR)主要参与抗病毒相关的生物学过程。分析2个基因在不同猪瘟抗体水平下大白猪与长白猪外周血中的表达情况发现,2个基因在猪瘟高抗组中的表达量均显著高于未免疫组(P<0.05)。此外,MX1在猪瘟高抗组中的表达存在品种间差异,大白猪中的表达量极显著高于长白猪(P<0.01)。鉴于MX1和PKR基因都是干扰素通路中的重要基因,本研究结果提示,MX1和PKR基因可作为针对抗猪瘟病毒感染的重要候选基因。 展开更多
关键词 表达 差异表达基因 抗猪瘟病毒相关基因 PolyI:C Aza-CdR
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拟南芥抗灰霉病菌相关基因的差异表达分析 被引量:5
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作者 邢继红 瓮巧云 董金皋 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期562-565,共4页
Differential display reverse transcription-PCR method was utilized to analyze the differential expression genes in different Arabidopsis ecotypes after inoculating Botrytis cinerea.Total 150 differentially expressed c... Differential display reverse transcription-PCR method was utilized to analyze the differential expression genes in different Arabidopsis ecotypes after inoculating Botrytis cinerea.Total 150 differentially expressed cDNA fragments were obtained,49 cDNA fragments were found to hybridize to cDNA and 5 cDNA fragments were cloned and then sequenced among them.Three fragments displayed high homology(96.1%,99.6% and 100.0%) to phosphatidylinositol transfer-like protein IV(Sec14p protein),TAC clone K9I9 and NADH-dehydrogenase subunit 4L of Arabidopsis thaliana,while alignment with NCBI databases using BLAST program.It was speculated that these fragments might relate to disease-resistance of Arabidopsis to B.cinerea. 展开更多
关键词 差异表达分析 拟南芥 相关基因 灰霉病菌 丁香假单胞杆菌 抗性基因 无毒基因 生态型
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世居藏族与移居汉族胎盘组织线粒体相关基因表达差异 被引量:2
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作者 高文祥 罗勇军 +1 位作者 刘福玉 高钰琪 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第A10期2065-2065,共1页
关键词 组织线粒体 胎盘组织 基因表达差异 低氧习服 基因表达 线粒体结构 高原低氧 细胞黏附分子 功能相关 细胞增殖
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血吸虫性别差异表达相关基因及其功能的研究 被引量:1
14
作者 夏艳勋 李国清 林矫矫 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 2008年第6期481-484,共4页
关键词 血吸虫病 差异表达 相关基因 性别 生殖发育 致病机制 发育特点 免疫途径
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差异表达分析法在细菌致病相关基因研究中的应用 被引量:2
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作者 李超伦 梁景平 《微生物学免疫学进展》 2005年第1期48-51,共4页
差异表达分析是比较相关细胞特殊表型基因背景的研究方法,应用于致病菌可以研究细菌的致病性、抗药性、遗传特性等。基因差异表达分析主要分四类,其代表性的方法分别为差异显示、消减杂交、基于数据库的基因表达连续分析和DNA微阵列。... 差异表达分析是比较相关细胞特殊表型基因背景的研究方法,应用于致病菌可以研究细菌的致病性、抗药性、遗传特性等。基因差异表达分析主要分四类,其代表性的方法分别为差异显示、消减杂交、基于数据库的基因表达连续分析和DNA微阵列。本文综述此四类方法及其衍生技术的基本策略、应用特点及近年来在细菌致病相关基因研究中的成功应用。 展开更多
关键词 致病相关基因 差异表达 细菌
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犬弓首蛔虫性别相关基因Tc-vit、Tc-iom、Tc-tpk、Tc-stp在不同生殖器官中的差异表达分析 被引量:1
16
作者 马光旭 朱宏宏 +3 位作者 胡铃 李蔚林 林洁 周荣琼 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期461-466,共6页
为对犬弓首蛔虫(T.canis)免疫抑制卵巢信息蛋白(Tc-iom)、卵黄原蛋白(Tc-vit)、酪氨酸蛋白激酶(Tctpk)和丝/苏氨酸蛋白磷酸酶(Tc-stp)四个性别相关基因进行差异表达分析。本研究采用SYBR Green I qRT-PCR方法检测Tc-vit、Tc-iom、Tc-tpk... 为对犬弓首蛔虫(T.canis)免疫抑制卵巢信息蛋白(Tc-iom)、卵黄原蛋白(Tc-vit)、酪氨酸蛋白激酶(Tctpk)和丝/苏氨酸蛋白磷酸酶(Tc-stp)四个性别相关基因进行差异表达分析。本研究采用SYBR Green I qRT-PCR方法检测Tc-vit、Tc-iom、Tc-tpk、Tc-stp在T.canis雌虫卵巢、输卵管、子宫和雄虫精巢、贮精囊、输精管的转录情况。结果显示,Tc-vit在雌虫卵巢、输卵管和子宫中均有转录,在雄虫精巢和贮精囊中也有转录,但在输精管中无转录;Tc-iom在雌虫卵巢、输卵管和子宫中高水平转录,在雄虫精巢和贮精囊中转录量较低,输精管中无转录;Tc-tpk在雄虫精巢和贮精囊中的转录明显高于其他生殖组织;Tc-stp在雄虫精巢和输精管中转录量较高,在雌虫卵巢、输卵管和子宫中转录量较低。本试验为T.canis性别相关基因的进一步研究奠定了基础。 展开更多
关键词 犬弓首蛔虫 性别相关基因 实时荧光定量PCR 差异表达分析
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基于生物信息学鉴定ANCA相关性血管炎与新型冠状病毒感染的关键表达基因及潜在治疗靶点
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作者 钭张琪 杨华 +2 位作者 张彬娥 张旭珍 金烈 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期9-12,共4页
目的:利用生物信息学方法挖掘抗中性粒细胞胞浆抗体(ANCA)相关性血管炎(AAV)与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的关键表达基因,寻找潜在治疗靶点。方法:在GEO数据库中下载GSE104948数据集,利用R语言筛选AAV的差异表达基因(DEGs);在基因数据... 目的:利用生物信息学方法挖掘抗中性粒细胞胞浆抗体(ANCA)相关性血管炎(AAV)与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的关键表达基因,寻找潜在治疗靶点。方法:在GEO数据库中下载GSE104948数据集,利用R语言筛选AAV的差异表达基因(DEGs);在基因数据库Gene Card、NCBI、KEGG和OMIM中下载COVID-19相关基因;将这两种疾病的基因簇取交集,以获取AAV和COVID-19的重叠基因(co-DEGs)。对co-DEGs进行GO和KEGG功能富集分析。利用STRING在线数据库对co-DEGs进行蛋白互作分析,Cytoscape软件用于构建并可视化互作网络,其插件MCODE和Cyto Hubba分别用于关键基因的筛选。最后,对关键基因进行诊断价值分析。结果:在AAV的基因表达谱中,共鉴定385个DEGs,包括161个上调基因和224个下调基因;四个基因数据库中共有4434个与COVID-19相关的基因;两者取交集共鉴定得到45个与AAV和COVID-19相关的关键表达基因。功能富集分析结果显示,co-DEGs与白细胞游走、补体和凝血级联反应、病毒蛋白与细胞因子及细胞因子受体的相互作用等通路密切相关。最后,基于多种算法得到潜在候选基因CCR1、CCR2、MMP9、CASP1以及CD163,并发现这些基因都具有较高地诊断价值。结论:本研究表明CCR1、CCR2、MMP9、CASP1、CD163可能是诊断AAV和COVID-19的关键基因。 展开更多
关键词 抗中性粒细胞胞浆抗体相关性血管炎 新型冠状病毒肺炎 GEO数据库 生物信息学分析 差异表达基因 关键基因
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胰腺癌干细胞中胚胎干性相关基因的表达及意义
18
作者 徐兆国 张晓晔 +1 位作者 齐晓莹 于莉 《中国生化药物杂志》 CAS 北大核心 2014年第3期55-56,共2页
目的观察和分析胰腺癌干细胞中胚胎干性相关基因的表达变化及意义。方法以中科院细胞库人胰腺癌细胞株PANC-1为研究对象,将其配置成单细胞悬液,与CD24、CD44等进行抗体孵育,分选出CD24^+、CD44^+等胰腺癌干细胞,显微镜下观察胰腺癌干细... 目的观察和分析胰腺癌干细胞中胚胎干性相关基因的表达变化及意义。方法以中科院细胞库人胰腺癌细胞株PANC-1为研究对象,将其配置成单细胞悬液,与CD24、CD44等进行抗体孵育,分选出CD24^+、CD44^+等胰腺癌干细胞,显微镜下观察胰腺癌干细胞的形成速度;采用1640培养液诱导干细胞球细胞进行分化,流式检测CD24^+、CD44^+表达。免疫组化法检测胚胎干细胞标志物Oct4和Nano的表达,CCK8法比较Oct4和Nano细胞化疗药物的体外耐药差别。结果从人胰腺癌细胞株PANC-1分离出的CD24^+、CD44^+的胰腺癌干细胞在1%~3%之间,Oct4和Nano在分选出的细胞中表达明显高于未分选组,差异具有统计学意义(P<0.05)。结论 CD24^+、CD44^+细胞具有胰腺癌干细胞的高耐药性等特性,且Oct4和Nano等胚胎干性相关基因在胰腺癌干细胞中表达性高。 展开更多
关键词 胰腺癌干细胞 胚胎干性相关基因 表达 变化
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晕船与能量代谢相关基因的差异表达
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作者 周利梅 郭俊生 李敏 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2005年第9期1035-1036,共2页
目的探讨部分能量代谢相关基因的表达与发生晕船的可能机制。方法利用实时荧光定量PCR技术检测部分能量代谢相关基因在晕船差异个体脑干中的表达。结果与有氧氧化相关的细胞色素氧化酶、ATP合酶和还原型辅酶I(NADH)脱氢酶在晕船大鼠和... 目的探讨部分能量代谢相关基因的表达与发生晕船的可能机制。方法利用实时荧光定量PCR技术检测部分能量代谢相关基因在晕船差异个体脑干中的表达。结果与有氧氧化相关的细胞色素氧化酶、ATP合酶和还原型辅酶I(NADH)脱氢酶在晕船大鼠和晕船易感大鼠脑干中低表达;与无氧酵解有关的磷酸果糖激酶在晕船大鼠和晕船易感大鼠脑干中高表达。结论晕船刺激可能导致机体脑部组织缺血或缺氧。 展开更多
关键词 晕船 能量代谢相关基因 差异表达
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肺癌细胞株肺癌相关基因差异表达分析 被引量:2
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作者 宋春林 陈耀勇 +2 位作者 邹东霆 李冰 葛曰萍 《江西医学检验》 2004年第5期392-394,457,共4页
目的通过芯片技术检测肺癌细胞株基因差异表达探讨肺癌的发病机制,并尝试寻找可能用于肺癌的预防、诊断和治疗的基因。方法对四株肺癌细胞(PGCl3、PAa、H1299、NiS成瘤)作肺癌相关基因的芯片检测,分析其与对照组永生化细胞株(16HBE)之... 目的通过芯片技术检测肺癌细胞株基因差异表达探讨肺癌的发病机制,并尝试寻找可能用于肺癌的预防、诊断和治疗的基因。方法对四株肺癌细胞(PGCl3、PAa、H1299、NiS成瘤)作肺癌相关基因的芯片检测,分析其与对照组永生化细胞株(16HBE)之间的表达差异。从检测结果中选取了三个基因作RT-PCR鉴定。结果H1299有89个基因表达改变,PAa有59个基因表达改变,PGCL3有93个基因表达改变,NiS成瘤有78个基因表达改变。经RT-PCR鉴定的三个基因:L6A在各肿瘤细胞株中呈高表达,RXRB在各肿瘤细胞中呈低表达,vimentin除在无恶性转移株PAa中无显著差异外,在其他肿瘤细胞株中均呈高表达,结果与芯片结果一致。结论肿瘤的发生发展是多基因多阶段相互作用的结果,L6抗原可能作为肿瘤的特异性标记物,vimentin可能与肺肿瘤的转移有关,RXRB的表达水平可能与肿瘤细胞的分化相关。 展开更多
关键词 改变 肺癌细胞株 肿瘤细胞株 基因表达 相关基因 表达 PA 显著差异 一致 阶段
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