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蛋白质Cα原子接触数的数字特征分析 被引量:2
1
作者 范宁 《数字技术与应用》 2010年第4期91-93,共3页
Cα是蛋白质分子中的重要原子,是蛋白质折叠和设计中的重要研究对象。本文根据α-氨基酸和Cα原子的理化特性,引入接触数的概念,从数字特征方面研究蛋白质中Cα原子空间拓扑结构。主要利用结构规律统计与计算机模拟手段,对1653个蛋白质... Cα是蛋白质分子中的重要原子,是蛋白质折叠和设计中的重要研究对象。本文根据α-氨基酸和Cα原子的理化特性,引入接触数的概念,从数字特征方面研究蛋白质中Cα原子空间拓扑结构。主要利用结构规律统计与计算机模拟手段,对1653个蛋白质PDB进行了处理分析,对Cα原子数目所占比例、Cα原子平均接触数、接触数变化率进行了讨论。最后以1EXS为例加以说明,其中多于65%的Cα原子间距大于3个原子单位,平均接触数变化率在4-10之间波动较大,且Cα原子分布不均匀。本文是关于生物、统计学科结合的研究,在数字表征、数据挖掘层面上,分析了Cα原子,为人工组合蛋白质提供了数字支持;同时也对氨基酸理化特性指出了以Cα原子为基准的新方向。 展开更多
关键词 蛋白质 Cα原子 平均接触数 字特征
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循环荷载作用下砂土液化特性的非圆颗粒数值模拟 被引量:13
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作者 史旦达 周健 +1 位作者 刘文白 贾敏才 《水利学报》 EI CSCD 北大核心 2008年第9期1074-1082,共9页
针对纯圆颗粒模拟的缺陷,利用颗粒流计算程序的团颗粒方法开发了形状近似实际角粒砂的角粒团颗粒,研究了颗粒形状变化对数值试样液化特性的影响及其细观机理。利用自行开发的随机数制样方法制备出多种形状颗粒随机混合的仿真试样,分析... 针对纯圆颗粒模拟的缺陷,利用颗粒流计算程序的团颗粒方法开发了形状近似实际角粒砂的角粒团颗粒,研究了颗粒形状变化对数值试样液化特性的影响及其细观机理。利用自行开发的随机数制样方法制备出多种形状颗粒随机混合的仿真试样,分析了振动液化过程中细观组构的演化规律,并与砂土可视化模型试验结果进行了对比。结果表明,颗粒棱角度越大,试样抗液化能力越强,其在细观机理上与初始平均接触数大小有关;随机混合仿真试样可以从定性角度反映实际砂土振动液化过程中的细观组构演化规律,为今后进一步的定量研究奠定了基础。 展开更多
关键词 颗粒形状 角粒团颗粒 平均接触数 颗粒棱角度 细观组构
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初始组构影响砂土液化势的细观数值模拟 被引量:7
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作者 史旦达 周健 +1 位作者 刘文白 邓益兵 《水利学报》 EI CSCD 北大核心 2011年第7期766-774,共9页
基于PFC2D椭圆颗粒单元的二次开发,通过制备3种不同初始颗粒定向的数值试样,分别为随机定向(R试样)、水平定向(H试样)和竖直定向(V试样),研究了初始组构对砂土液化势的影响。数值试验采用常体积(面积)循环等应变幅加荷条件,试验过程在... 基于PFC2D椭圆颗粒单元的二次开发,通过制备3种不同初始颗粒定向的数值试样,分别为随机定向(R试样)、水平定向(H试样)和竖直定向(V试样),研究了初始组构对砂土液化势的影响。数值试验采用常体积(面积)循环等应变幅加荷条件,试验过程在对比分析3种不同颗粒定向试样液化宏观力学响应的同时,从颗粒尺度层面探讨了不同颗粒定向试样的初始组构特征,揭示了初始组构影响砂土液化势的细观力学机理。结果表明,颗粒规则定向的试样其抗液化强度要高于随机定向试样,在细观机理上与不同颗粒定向试样的初始平均接触数有关,砂土的液化过程是一个组构各向异性的演化过程。 展开更多
关键词 初始组构 液化势 初始平均接触数 颗粒定向 组构各向异性
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砂土单调剪切特性的非圆颗粒模拟 被引量:36
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作者 史旦达 周健 +1 位作者 刘文白 贾敏才 《岩土工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1361-1366,共6页
针对纯圆颗粒模拟的缺陷,利用颗粒流"团颗粒"方法开发了形状近似椭圆的"椭圆团颗粒",研究了颗粒形状变化对数值试样宏观剪切特性的影响及其细观机理;分析了加荷过程中平均接触数的变化规律以及颗粒形状对临界接触... 针对纯圆颗粒模拟的缺陷,利用颗粒流"团颗粒"方法开发了形状近似椭圆的"椭圆团颗粒",研究了颗粒形状变化对数值试样宏观剪切特性的影响及其细观机理;分析了加荷过程中平均接触数的变化规律以及颗粒形状对临界接触数的影响;对比了纯圆颗粒和椭圆团颗粒的不同颗粒旋转特性,并初步探讨其机理;分析了剪切过程中椭圆团颗粒试样的组构各向异性演化规律。结果表明,颗粒形状对试样的强度和变形特性具有重要影响,其在细观机理上与平均接触数有关;剪切荷载作用下椭圆团颗粒试样呈现明显的组构各向异性,颗粒长轴逐渐趋于水平定向,接触法向逐渐偏于加荷的大主应力方向。 展开更多
关键词 颗粒形状 椭圆团颗粒 平均接触数 颗粒旋转 组构各向异性
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双分散颗粒体系在临界堵塞态的结构特征 被引量:1
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作者 张威 胡林 张兴刚 《物理学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2016年第2期217-222,共6页
堵塞行为是颗粒体系中一种常见的现象,其力学性质与堆积结构的关联非常复杂.本文采用离散元法研究了由两种不同半径颗粒组成的二维双分散无摩擦球形颗粒体系在临界堵塞态所呈现的结构特征,讨论了大小颗粒粒径比与大颗粒百分比对临界堵... 堵塞行为是颗粒体系中一种常见的现象,其力学性质与堆积结构的关联非常复杂.本文采用离散元法研究了由两种不同半径颗粒组成的二维双分散无摩擦球形颗粒体系在临界堵塞态所呈现的结构特征,讨论了大小颗粒粒径比与大颗粒百分比对临界堵塞态的影响.数值模拟结果表明,当粒径比小于1.4时,临界平均接触数与大颗粒百分比关系不大,当粒径比大于1.4时随着大颗粒百分比的增大临界平均接触数先减小再增大.而临界体积分数在粒径比小于1.8时随着大颗粒百分比的增加先减小后增大,大于1.8时又基本不随大颗粒百分比而变化.大颗粒百分比在接近0或1时,系统近似为单分散体系,临界平均接触数与体积分数基本不随半径比的增大而变化;在接近0.5时,临界平均接触数随着半径比的增大逐渐减小,而临界体积分数则是先减小后增大.文中对大-小颗粒这一接触类型的百分比也进行了探讨,其值随着大颗粒百分比的增大呈二次函数的变化趋势,粒径比对这一变化趋势只有较小的影响. 展开更多
关键词 堵塞态 平均接触数 体积分 接触类型
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考虑滚子位置变化的圆柱滚子轴承非线性刚度特性分析 被引量:9
6
作者 刘光辉 洪军 +1 位作者 孙岩辉 吴文武 《中国机械工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第5期505-512,共8页
以圆柱滚子轴承为研究对象,考虑轴承运转过程中滚子周向位置分布的周期性变化,对经典圆柱滚子轴承载荷分布理论进行改进,并对由此引起的轴承刚度时变特性进行分析,同时研究圆柱滚子轴承平均刚度及平均接触滚子数随径向力的非线性变化规... 以圆柱滚子轴承为研究对象,考虑轴承运转过程中滚子周向位置分布的周期性变化,对经典圆柱滚子轴承载荷分布理论进行改进,并对由此引起的轴承刚度时变特性进行分析,同时研究圆柱滚子轴承平均刚度及平均接触滚子数随径向力的非线性变化规律。为了对改进理论算法进行验证,采用有限元接触分析方法对圆柱滚子轴承刚度及滚子接触状态进行分析。研究结果表明,改进理论算法和有限元接触法均能准确预测轴承瞬时刚度的时变特性及平均刚度随径向力的非线性变化特性,同时证明轴承平均接触滚子数的改变是轴承刚度变化的根源。基于改进理论算法进而分析轴承初始径向游隙、径向力、滚子设计数量等关键参数对圆柱滚子轴承性能的定量影响规律。 展开更多
关键词 圆柱滚子轴承 时变轴承刚度 非线性 平均接触滚子
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摩擦对二维颗粒体系中临界阻塞态的影响
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作者 张兴刚 胡林 《山东大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期40-44,共5页
采用离散元法(discrete element method,DEM)对双分散圆盘颗粒体系在均匀压缩过程中的阻塞转变进行数值模拟,讨论了摩擦对临界阻塞态的影响。随着摩擦系数的增大,临界阻塞态的体积分数与平均接触数减小,其力学平均接触数与几何平均接触... 采用离散元法(discrete element method,DEM)对双分散圆盘颗粒体系在均匀压缩过程中的阻塞转变进行数值模拟,讨论了摩擦对临界阻塞态的影响。随着摩擦系数的增大,临界阻塞态的体积分数与平均接触数减小,其力学平均接触数与几何平均接触数的差异增大,同时各种接触类型的百分比也在发生改变。模拟结果还表明,摩擦系数为零以及无穷大的临界阻塞态是等静态堆积,临界阻塞态的体积分数随力学平均接触数呈线性增长的关系。 展开更多
关键词 颗粒体系 临界阻塞态 平均接触数 体积分
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Discovery and implications of catenary-bead subaqueous dunes 被引量:5
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作者 ZHENG Shu Wei CHENG He Qin +3 位作者 WU Shuai Hu LIU Gao Wei LU XueJun XU WenXiao 《Science China Earth Sciences》 SCIE EI CAS CSCD 2016年第3期495-502,共8页
Measurements of topography at the segment of bifurcation between the South Channel and North Channel in the Yangtze Estuary were conducted, and a new type of subaqueous dune was discovered. This structure, newly defin... Measurements of topography at the segment of bifurcation between the South Channel and North Channel in the Yangtze Estuary were conducted, and a new type of subaqueous dune was discovered. This structure, newly defined as a catenary-bead dune, consists of a catenary dune and its associated elliptical pit bedform. Based on this finding, the nomenclature of "morphology of dune associated with accompanying bedform" is first proposed. The measured data indicate a mean height and wavelength of 1.29 m and 31.89 m, respectively; wavelength/height ratio(L/H) of 14 to 56; and elliptical pits of mean and maximum depth 0.98 m and 1.98 m, respectively. Flow information was obtained using an Acoustic Doppler Current Profile(ADCP), and the bed material components were gathered with a bottom sampler. The results show mean flood and ebb velocities of 0.27 and 0.78 m s?1, respectively, with shorter duration of flood tide than ebb tide. The silt, very fine sand, and fine sand fractions were within the ranges 21.6–23.4%, 28.2–32.2%, and 39.7–41.6%, respectively, revealing complex bed material composition. Water depth at the study site varies from 13 to 17 m. This finding will enrich the study of dunes and provide important data for geomorphological research. Moreover, the results are significant for engineering applications to estuaries. 展开更多
关键词 Catenary-bead dune Elliptical pits Morphological nomenclature High resolution Yangtze estuary
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