嗜水气单胞菌感染暗纹东方鲀脾脏的蛋白质组学分析

为了解暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)受到病原菌感染后参与应答的主要蛋白的功能与调控作用,采用TMT标记、高效液相色谱(HPLC)分级技术以及基于质谱的定量蛋白质组学技术,分析了暗纹东方鲀感染嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)12 h后脾脏组织的蛋白表达水平,鉴定差异表达蛋白,并通过亚细胞定位、GO(Gene Oncology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)对差异表达蛋白进行进一步分析.本次实验共鉴定到306个差异表达蛋白,其中120个上调表达蛋白,186个下调表达蛋白;利用平行反应检测实验(PRM)对4个(1个上调,3个下调)与免疫相关的差异蛋白进行验证,其结果与蛋白质测序结果一致;亚细胞定位结果显示:差异表达蛋白主要定位在细胞质、细胞核和胞外;GO分析发现:差异表达蛋白参与的主要生物进程有代谢过程、细胞进程和单一生物进程,主要的分子功能有结合、催化活性和机构分析活性;KEGG通路分析结果显示:差异表达蛋白主要参与了核糖体、视黄醇代谢、卟啉和叶绿素代谢、ECM受体相互作用、吞噬体、叶酸生物合成、药物代谢、酪氨酸代谢等通路.研究结果为进一步探究病原菌感染暗纹东方鲀的致病机理提供了一定的理论基础.

基于叶绿素代谢途径的不同类型厚朴转录组与蛋白质组学研究

厚朴是一种传统中药材,在其多年的种植过程中,由于不同种源种子的交换,导致厚朴叶片呈现较多的分化类型。笔者经走访调查发现四川省大部分地区分布有厚朴(CH)、凹叶厚朴(DA)、小凹叶厚朴(XA)及柳叶厚朴(LY)4种类型,且不同类型厚朴在生长速率、化学成分、叶形及叶色等方面存在明显差异。该研究以川产不同类型的厚朴叶(DA,XA,LY,CH)为研究对象,测定其叶绿素含量,采用高通量技术对不同类型的厚朴叶片组织进行转录组学测序,使用一种包含TMT标记和LC-MS/MS的整合方法来量化不同类型厚朴叶整个蛋白质组的动态变化。结果表明CH的叶绿素含量最低,DA的叶绿素含量最高;转录组和蛋白质组学检测发现DA中参与叶绿素合成途径的谷氨酰-tRNA还原酶、尿卟啉原脱羧酶(UROD)、氧依赖性原卟啉原-Ⅲ氧化酶(ODCO)、原卟啉原氧化酶(PPO)、镁螯合酶亚基ChlD、原卟啉镁Ⅸ单甲酯[氧化]环化酶(MPPMC)等较CH,XA,LY中均显著上调,与DA在4个类型中叶绿素质量分数最高(37.56 mg·g^-1 FW)检测结果一致。将参与叶绿素合成途径相关的部分限速酶如ODCO,PPO,MPPMC等进行平行反应检测(parallel reaction monitoring,PRM)验证,结果表明DA中限速酶的含量均高于其他3个类型。因此,该研究基于不同类型厚朴叶色差异,通过对不同类型厚朴叶片中叶绿素代谢途径进行初步研究,从分子水平上探究引起叶色差异的相关基因和蛋白,以期为研究不同类型厚朴在生长发育上的差异奠定基础。