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应用广义多因子降维法分析数量性状的交互作用 被引量:32
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作者 陈卿 唐迅 胡永华 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期938-941,共4页
介绍广义多因子降维法(GMDR)在交互作用分析,尤其是数量性状的基因-基因交互作用分析中的应用.文中简述GMDR的原理、基本步骤及其特点,并结合实例说明如何在研究中对GMDR进行应用.GMDR是无模型的交互作用分析方法,能够处理连续型结局... 介绍广义多因子降维法(GMDR)在交互作用分析,尤其是数量性状的基因-基因交互作用分析中的应用.文中简述GMDR的原理、基本步骤及其特点,并结合实例说明如何在研究中对GMDR进行应用.GMDR是无模型的交互作用分析方法,能够处理连续型结局变量,还可纳入协变量改善预测准确率,目前已成功应用于尼古丁依赖等疾病的研究.GMDR能够处理多种样本类型和结局变量类型,与其他连续变量交互作用分析方法相比具有一定优势. 展开更多
关键词 广义多因子降维法 数量性状 交互作用
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血管紧张素转换酶2基因多态性与苯那普利降压水平的关联性分析 被引量:4
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作者 陈卿 唐迅 +10 位作者 余灿清 陈大方 田君 曹洋 范雯怡 曹卫华 詹思延 吕筠 郭晓霞 李立明 胡永华 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期293-298,共6页
目的:探讨血管紧张素转换酶2(angiotensin-converting enzyme2,ACE2)基因rs2106809多态性与服用苯那普利后血压变化情况的关联,以及rs2106809与血管紧张素Ⅱ的1型受体(angiotensinⅡtype1receptor,AGTR1)和血管紧张素原(angiotensinogen... 目的:探讨血管紧张素转换酶2(angiotensin-converting enzyme2,ACE2)基因rs2106809多态性与服用苯那普利后血压变化情况的关联,以及rs2106809与血管紧张素Ⅱ的1型受体(angiotensinⅡtype1receptor,AGTR1)和血管紧张素原(angiotensinogen,AGT)基因位点之间的交互作用。方法:在1831名高血压患者服用苯那普利2周的基础上,分析rs2106809与血压变化指标的关联,使用广义多因子降维法(generalized multifactor dimensionality reduc-tion,GMDR)分析rs2106809与AGTR1基因8个位点和AGT基因3个位点的交互作用。结果:rs2106809与女性服药后收缩压和脉压差变化情况相关,与男性脉压差变化情况相关,携带T等位基因者降压幅度较大。在男性收缩压变化情况的分析中发现了多基因参与的交互作用模型。结论:rs2106809可能以独立危险因素或交互作用组分的形式影响苯那普利的降压水平。 展开更多
关键词 肽基二肽酶A 血管紧张素转换酶抑制药 遗传药理学 血压 广义多因子降维法
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非吸烟人群肺癌危险因素的病例对照研究 被引量:7
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作者 郑玲玲 蔡琳 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1306-1310,共5页
目的探讨中国非吸烟人群肺癌的危险因素,为防癌措施提供依据。方法采用病例对照研究的方法,按频数匹配收集非吸烟肺癌新发病例306例及非吸烟对照306例,利用统一编制的调查表对调查对象进行面访,收集病例和对照危险因素的暴露史等。结果... 目的探讨中国非吸烟人群肺癌的危险因素,为防癌措施提供依据。方法采用病例对照研究的方法,按频数匹配收集非吸烟肺癌新发病例306例及非吸烟对照306例,利用统一编制的调查表对调查对象进行面访,收集病例和对照危险因素的暴露史等。结果单因素分析发现25个因素与非吸烟人群肺癌的发病有关联;多因素分析后发现:非吸烟人群肺癌发病的危险因素是体重指数(body mass in-dex,BMI)<18.5,居住地周围有污染企业、装修刺激性气味、家庭被动吸烟、工作场所被动吸烟、使用农药、性格内向、食用油炸食品、肺部手术史、癌症家族史,而保护因素是BMI≥24、常吃蛋类、常吃水果、饮茶、常以散步作为锻炼(2年前),经广义多因子降维法(GWDR)拟合的最优的交互作用模型是居住地企业+装修刺激性气味+家庭被动吸烟+工作场所被动吸烟+农药接触史+癌症家族史。结论非吸烟者发生肺癌的影响因素较多,仍需进一步识别。 展开更多
关键词 非吸烟 肺癌 病例对照研究 危险因素 广义多因子降维法
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环氧化酶基因多态性及交互作用与脑梗死患者阿司匹林抵抗相关性 被引量:1
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作者 易兴阳 周强 +3 位作者 范真 林静 刘平 成文 《中国神经免疫学和神经病学杂志》 CAS 2016年第5期351-356,共6页
目的 探讨脑梗死患者阿司匹林抵抗(AR)发生率,环氧化酶(COX)基因多态性及其间交互作用与AR相关性。方法 收集2009-08—2011-08在温州医科大学第三附属医院和德阳市人民医院住院就诊的634例急性脑梗死患者,于入院当天开始服用阿司匹... 目的 探讨脑梗死患者阿司匹林抵抗(AR)发生率,环氧化酶(COX)基因多态性及其间交互作用与AR相关性。方法 收集2009-08—2011-08在温州医科大学第三附属医院和德阳市人民医院住院就诊的634例急性脑梗死患者,于入院当天开始服用阿司匹林,7~10d后检测血小板聚集率,筛选出AR者及阿司匹林敏感(AS)者。采用质谱法对患者COX-1和COX-2共4个基因位点多态性进行检测。采用广义多因子降维法(GMDR)分析多基因位点交互作用。多因素Logistic回归分析AR发生的独立危险因素。结果 634例脑梗死患者发生AR者129例(20.35%),半抵抗(ASR)者28例(4.42%),AS者477例(75.23%)。AR组和AS组间COX-1和COX-2各基因位点基因型分布差异无统计学意义(P〉0.05);GMDR分析显示,COX-1和COX-2基因存在交互作用,最优模型为rs3842787和rs20417两个基因位点的联合作用模型,交叉检验一致性为10/10,符号检验P=0.0116。糖尿病(OR=2.16,95%CI:1.25~4.67,P〈0.01)、rs3842787和rs20417高风险交互(OR=2.51,95%CI:1.38~5.96,P〈0.01)为发生AR的独立危险因素。结论 中国脑梗死患者AR发生率高,rs3842787和rs20417联合交互作用可能增加了AR风险,对基因与基因间的交互作用分析有助于深入研究AR的机制。 展开更多
关键词 阿司匹林抵抗 脑梗死 环氧化酶 基因多态性 广义多因子降维法
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脂肪细胞因子通路基因多态性与肥胖儿童非酒精性脂肪性肝病的关联
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作者 王洁 潘雄峰 +6 位作者 韦佳 李雄伟 周海湘 徐宁安 康如彤 钟燕 罗家有 《中南大学学报(医学版)》 CAS 2024年第5期775-783,共9页
目的:非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)存在明显的遗传易感性,脂肪细胞因子通过参与胰岛素抵抗和肝脏脂肪变性等过程,在NAFLD的发生和发展中发挥重要作用,但参与脂肪细胞因子通路的基因与NAFLD之间的关联... 目的:非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)存在明显的遗传易感性,脂肪细胞因子通过参与胰岛素抵抗和肝脏脂肪变性等过程,在NAFLD的发生和发展中发挥重要作用,但参与脂肪细胞因子通路的基因与NAFLD之间的关联仍不明确。本研究旨在探索脂肪细胞因子通路的基因多态性位点及其交互作用与肥胖儿童NAFLD的关联。方法:采用病例对照研究,将肥胖儿童分为NAFLD组和对照组。采集受试者外周静脉血2 mL,提取DNA后采用多重PCR和高通量测序对脂肪细胞因子通路的14个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行分型检测。采用单因素及多因素Logistic回归分析各SNP与肥胖儿童NAFLD的关联。基于显性模型,联合使用交叉分析和Logistic回归分析相加或相乘交互作用。采用广义多因子降维法(generalized multifactor dimensionality reduction,GMDR)检测14个SNP之间基因-基因交互作用与肥胖儿童NAFLD之间的关联。结果:共纳入1 022例儿童,NAFLD组与对照组各511例。在调整年龄、性别、BMI后,多因素Logistic回归结果显示:PPARG rs1801282在3个遗传模型中与肥胖儿童NAFLD存在关联,分别是杂合子模型(CG vs CC,OR=0.58,95%CI 0.36~0.95,P=0.029)、显性模型(CG+GG vs CC,OR=0.62,95%CI 0.38~1.00,P=0.049)、超显性模型(CC+GG vs CG,OR=1.72,95%CI 1.06~2.80,P=0.028);PRKAG2 rs12703159在4个遗传模型中与肥胖儿童NAFLD存在关联,分别是杂合子模型(CT vs CC,OR=1.51,95%CI 1.10~2.07,P=0.011)、显性模型(CT+TT vs CC,OR=1.50,95%CI 1.10~2.03,P=0.010)、超显性模型(CC+TT vs CT,OR=0.67,95%CI 0.49~0.92,P=0.012)、加性模型(CC vs CT vs TT,OR=1.40,95%CI 1.07~1.83,P=0.015)。但PPARG rs1801282与PRKAG2 rs12703159间的相乘及相加交互作用均与肥胖儿童NAFLD不存在关联。经GMDR分析,调整年龄、性别、BMI后,14个SNP之间的交互作用均无统计学意义(均P>0.05)。结论:PPARG rs1801282、PRKAG2 rs12703159突变型与肥胖儿童NAFLD存在关联,但未发现SNP交互作用与肥胖儿童NAFLD之间的关联。 展开更多
关键词 肥胖儿童 非酒精性脂肪性肝病 脂肪细胞因子 单核苷酸多态性 交互作用 广义多因子降维法
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反复发作抑郁症与5-羟色胺1A和5-羟色胺2A受体基因多态性的关联性研究 被引量:14
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作者 姚静 庞剑月 +3 位作者 何瑾 冯婷婷 张淑绮 李恒芬 《中国神经精神疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期13-18,共6页
目的探讨反复发作抑郁症(recurrent major depressive disorder,RMDD)与5-羟色胺1A受体(5-hydroxytryptamine 1A receptor,5-HTR1A)和5-羟色胺2A受体(5-hydroxytryptamine 2A receptor,5-HTR2A)基因单核苷酸多态性(single nucleotide po... 目的探讨反复发作抑郁症(recurrent major depressive disorder,RMDD)与5-羟色胺1A受体(5-hydroxytryptamine 1A receptor,5-HTR1A)和5-羟色胺2A受体(5-hydroxytryptamine 2A receptor,5-HTR2A)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)的关系。方法选取5-HTR1A(rs878567)和5-HTR2A(rs1328683、rs17068986、rs9534495)基因的4个标签SNPs(tagging SNPs,tagSNPs),使用Sequenom质谱分析对1030例RMDD患者(病例组)和851名健康对照(对照组)的DNA样本进行基因分型检测,采用关联分析和广义多因子降维法(generalized multifactor dimensionality reduction,GMDR)分析RMDD与4个tagSNPs的关系。结果5-HTR2A rs17068986基因型(=8.727,P=0.013)及等位基因(=4.955,P=0.025)频率在两组间分布差异均具有统计学意义;病例组T等位基因频率高于对照组(55.3%vs.51.6%,OR=1.158,95%CI:1.018~1.318)。5-HTR2A rs17068986基因型分布最符合显性遗传模型(P=0.003),病例组TT+TC基因型频率高于对照组(81.0%vs.75.4%,OR=1.410,95豫CI:1.120~1.760)。GMDR分析显示四阶交互模型(rs878567、rs1328683、rs17068986、rs9534495)为最优模型(P=0.001,1000次置换检验),交叉验证一致性为10/10,检验精确度为0.534。结论5-HTR2A rs17068986可能存在或连锁RMDD的易感位点,5-HTR1A和5-HTR2A基因的交互作用也与RMDD的发病有一定关系。 展开更多
关键词 反复发作抑郁症 5-羟色胺受体 标签 SNPS 广义多因子降维法
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PPARs基因多态性与高甘油三酯性腰围的相关性分析 被引量:2
7
作者 朱秋荣 武鸣 +6 位作者 陈秋 周正元 刘景超 骆文书 丁一 顾淑君 郭志荣 《中华内分泌代谢杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期484-489,共6页
目的探讨PPARs基因多态性及其多个SNPs之间的基因一基因交互作用与高甘油三酯性腰围(HTGW)的关系.方法该研究的820名研究对象均来自于“江苏省多代谢异常和代谢综合征综合防治研究(PMMJS)”队列人群。HTGW判定标准为腰围男性≥85c... 目的探讨PPARs基因多态性及其多个SNPs之间的基因一基因交互作用与高甘油三酯性腰围(HTGW)的关系.方法该研究的820名研究对象均来自于“江苏省多代谢异常和代谢综合征综合防治研究(PMMJS)”队列人群。HTGW判定标准为腰围男性≥85cm,女性≥80cm,同时甘油三脂≥1.70mmol/L;选取PPARs3个亚型(PPARα/β/γ)的10个位点进行多态性检测,其中rs4253778使用聚合酶链反应一限制性片段长度多态性(PCR—RFLP)方法分析,其余位点应用TaqMan荧光探针法;采用logistic回归模型分析SNPs与HTGW之间的关联:应用广义多因子降维法(GMDR)分析基因-基因之间的交互作朋。结果单因素logistic回归分析显示,PPARα的rs1800206、PPARβ的rs2016520和PPARy的rs3856806均与HTGW显著关联,OR(95%CI)分别为2.48(1.75~3.52)、0.63(0.42~0.83)和1.60(1.16~2.21),这种关联即使在多变量调整后[分别为2.41(1.68~3.46)、0.58(0.41~0.79)和1.43(1.02~1.97)]也依然具有统计学意义(P〈0.05)。GMDR基因-基因交互作用分析显示4阶模型最优,不仅包含厂关联分析中显著的PPARαrs1800206.PPAR$rs2016520和PPARyrs3856806,也包括了关联分析不显著的PPARars4253778.结论PPARα/β/γ的多个SNPs即通过显著的主效应又通过相互之间的交互作用影响HTGW的发生. 展开更多
关键词 高甘油三酯性腰围 PPAR 广义多因子降维法 多态现象 遗传
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过氧化物酶体增殖物激活受体基因-基因交互作用对原发性高血压的影响 被引量:1
8
作者 俞浩 陈秋 +4 位作者 杨婕 胡晓抒 周正元 郭志荣 武鸣 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期326-330,共5页
目的探讨过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)α/δ/γ单核苷酸多态性(SNP)基因-基因交互作用对原发性高血压(EH)的影响。方法研究对象均来自于“江苏省多代谢异常和代谢综合征综合防治研究(PMMJS)”队列人群。采用单纯随机抽... 目的探讨过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)α/δ/γ单核苷酸多态性(SNP)基因-基因交互作用对原发性高血压(EH)的影响。方法研究对象均来自于“江苏省多代谢异常和代谢综合征综合防治研究(PMMJS)”队列人群。采用单纯随机抽样方法抽取820名研究对象的基线血标本进行PPAR α/δ/γ(PPARα:rs135539、rs1800206和rs4253778;PPARδ:rs2016520和rs9794;PPARγ:rs10865710、rs1805192、rs4684847、rs709158和rs3856806)多态性检测,运用广义多因子降维法(GMDR)模型检测10个SNP的基因-基因交互作用与EH的关联。结果调整性别、年龄、体重指数、空腹血糖、甘油三酯、高密度脂蛋白胆固醇、高脂饮食、低纤饮食和体力活动后,以EH、SBP和DBP质量性状为结局的GMDR最优模型分别为七、九维度模型(EH:交叉一致性为9/10和10/10,平均检验准确度为0.5862和0.5885)、五、九维度模型(SBP:交叉一致性为10/10和8/10,平均检验准确度为0.6055和0.6011)和八、九维度模型(DBP:交叉一致性均为10/10,平均检验准确度为0.5926和0.5972)。SBP和DBP数量性状的最优模型分别为四、五维度模型(SBP:交叉一致性为10/10和8/10,平均检验准确度为0.6111和0.6072)和五维度模型(DBP:交叉一致性为9/10,平均检验准确度为0.5753)。结论PPAR的10个SNP中多个SNP之间存在交互作用,且对血压水平具有显著影响。 展开更多
关键词 原发性高血压 过氧化物酶体增殖物激活受体 广义多因子降维法 交互作用
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过氧化物酶体增殖物激活受体多态性及基因-基因交互作用对脉压的影响 被引量:3
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作者 周慧 丁一 +7 位作者 武鸣 范伟 俞浩 周正元 顾淑君 张丽君 董晨 郭志荣 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1404-1409,共6页
目的探讨过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)单核苷酸多态性(SNP)以及基因-基因交互作用对脉压差的影响。方法基于江苏省代谢综合征和多代谢异常综合防治研究(PMMJS)队列,采用单纯随机抽样方法随机抽取其中研究对象820例,选取3个... 目的探讨过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)单核苷酸多态性(SNP)以及基因-基因交互作用对脉压差的影响。方法基于江苏省代谢综合征和多代谢异常综合防治研究(PMMJS)队列,采用单纯随机抽样方法随机抽取其中研究对象820例,选取3个PPARα、2个PPAR8和5个PPARy的SNP位点并进行检测,运用广义多因子降维法(GMDR)模型检测10个SNP的基因-基因交互作用与高血压的关联。结果PPAR7的rs1805192的突变基因型(PA+AA)携带者与野生型(PP)相比,脉压差水平显著变化(1.341mmHg,95%CI:0.431~2.252mmHg)。GMDR模型分析显示,在脉压差≥30mmHg的亚组中,PPARα基因的rs135539、PPARδ的rs2016520、PPARγ的rs10865710、rs1805192、rs709158、rs3856806组成的六阶模型平均检验准确度为0.577,交叉验证一致性为10/10,为最优模型。而在脉压差≤40mmHg的亚组中,二阶交互作用模型与脉压差显著相关,平均检验准确度为0.628,交叉验证一致性为10/10。结论PPARγ的rs1805192多态性与脉压差水平有关联,PPARa基因的rs135539、PPAR8的rs2016520和PPARγ的rs10865710、rs1805192、rs709158、rs3856806六个SNP间基因-基因交互作用与脉压差间具有显著性关联。 展开更多
关键词 脉压差 过氧化物酶体增殖物激活受体 广义多因子降维法 交互作用
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基因-基因间交互作用对学龄儿童腹型肥胖的影响 被引量:4
10
作者 付利万 张美仙 +2 位作者 吴丽君 高利旺 米杰 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期883-888,共6页
目的探讨我国学龄儿童6个肥胖相关基因多态性位点(SNPs)及其交互作用与腹型肥胖的关联。方法以“北京市儿童青少年代谢综合征(BCAMS)研究”中1196名肥胖儿童和2306名非肥胖儿童为研究对象。采用盐析法从外周血白细胞中提取DNA。使用... 目的探讨我国学龄儿童6个肥胖相关基因多态性位点(SNPs)及其交互作用与腹型肥胖的关联。方法以“北京市儿童青少年代谢综合征(BCAMS)研究”中1196名肥胖儿童和2306名非肥胖儿童为研究对象。采用盐析法从外周血白细胞中提取DNA。使用ABIPrismsTM-7900实时荧光定量PCR仪对6个SNPs(FTOrs9939609、MC4Rrs17782313、BDNFrs6265、PCSK1rs6235、SH281rs4788102和CSK rs 1378942)进行分型检测。采用BCAMS基线总人群腰围的性别年龄别第90百分位值判定腹型肥胖。运用logistic回归模型分析6个SNPs与腹型肥胖的关联。采用广义多因子降维法(GMDR)模型检测6个SNPs之间的基因一基因交互作用,并使用多因素logistic回归模型验证。结果在加性遗传模型下,调整性别、年龄、Tanner分期、体力活动和肥胖家族史后,FTOrs9939609-A、MC4Rrs17782313-C和BDNFrs6265-G等位基因增加儿童腹型肥胖罹患风险(OR=1.24,95%CI:1.06~1.45,P=0.008;OR=1.26,95%CI:1.11~1.43,P=2.98×10。;OR=1.18,95%CI:1.06~1.32,P=0.003)。GMDR模型分析显示,在调整同样的影响因素后,MC4Rrsl7782313和BDNFrs6265之间交互作用的差异有统计学意义(P=0.001),交叉验证一致性为10/10,平均检验准确度为0.539,为最优模型;logistic回归分析显示,MC4Rrs17782313-C和BDNFrs6265-G可能存在正交互作用。结论FTOrs9939609-A、MC4Rrs17782313-C和BDNFrs6265-G增加儿童腹型肥胖罹患风险;MC4Rrs17782313与BDNFrs6265可能存在交互作用,对学龄儿童腹型肥胖的罹患风险存在影响。 展开更多
关键词 肥胖 基因-基因 交互作用 广义多因子降维法 儿童期
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色氨酸羟化酶2单核苷酸位点多态性和负性生活事件交互作用与抑郁症的关联研究
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作者 张春阳 赵雪妍 +4 位作者 王琳 杨秀贤 邱晓惠 张健 杨艳杰 《中华行为医学与脑科学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期511-515,共5页
目的探讨色氨酸羟化酶2(TPH2)单核苷酸多态性(rs4570625、rs11178997、rs120074175)与负性生活事件交互作用与抑郁症患病的关联。方法提取中国北方地区300例抑郁症患者(病例组)和300名健康对照者(对照组)基因组DNA,采用PCR技... 目的探讨色氨酸羟化酶2(TPH2)单核苷酸多态性(rs4570625、rs11178997、rs120074175)与负性生活事件交互作用与抑郁症患病的关联。方法提取中国北方地区300例抑郁症患者(病例组)和300名健康对照者(对照组)基因组DNA,采用PCR技术扩增DNA片段,检测病例组及对照组的基因型。应用生活事件量表对病例组和对照组进行问卷调查。采用χ2检验分析抑郁组和对照组的等位基因和基因型的频率分布差异,广义多因素降维法(GMDR)分析基因和环境的交互作用及二元Logistic回归分析SNP位点和负性生活事件对患病风险的预测。结果调整性别和年龄后,GMDR分析发现四阶模型rs4570625、rs11178997、rs120074175与负性生活事件为最优模型,样本测试精确度为0.7838,交叉验证一致性为10/10,且对抑郁症的患病风险有统计学意义(P=0.001);二元Logistic回归分析最优模型,发现带有rs11178997A+等位基因(AA,AT)和rs120074175A+等位基因(AA,AG)的个体,有负性生活事件时OR值分别为24.307(95%CI=13.007~45.427)和38.250(95%CI=21.148—69.181),显示出了较高的抑郁症患病风险。结论TPH2基因(rs11178997、rs120074175)、负性生活事件的交互作用与抑郁症患病存在一定联系。 展开更多
关键词 抑郁症 色氨酸羟化酶2 基因多态性 负性生活事件 广义多因子降维法
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