维甲酸对广义颅面短小畸形致病基因影响的生物信息学分析

目的通过生物信息学方法预测维甲酸影响广义颅面短小畸形(expanded spectrum of craniofacial macrosomia,eCFM)的致病基因。方法2021年5月,中国医学科学院整形外科医院颅颌面中心基于文献检索到eCFM的致病基因43个,结合比较毒理基因组学数据库(comparative toxicogenomics database,CTD)获得维甲酸作用的靶点基因。通过STRING数据库获取维甲酸靶点基因和致病基因的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络。通过子网络排序分析,预测潜在的致病基因。结果(1)通过文献检索获得43个eCFM致病基因。(2)CTD数据库中检索获得6027个维甲酸作用靶点基因。(3)构建PPI网络中包括73个节点蛋白和313条互作关系。平均节点度为8.58,聚集系数0.541。分析节点基因本体和通路。(4)筛选出15个维甲酸致畸最关键的基因:TP53、JUN、CTNNB1、MAPK1、CREB1、HIF1A、PPARG、RELA、SMAD3、NFKB1、SMAD4、GATA4、POU5F1、GATA3、PAX6、NKX2-5、PTPN11。结论对多病因复杂致病机制的广义颅面短小畸形使用生物信息学方法分析具有可行性。后期将重点研究CTNNB1、NKX2-5、PTPN11在维甲酸致病中的关键作用。