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广东省三株蚊媒黄病毒的鉴定和系统进化分析
被引量:
2
1
作者
吴德
李柏生
+5 位作者
谈琦琪
张欣
张欢
曹玉玺
王环宇
梁国栋
《病毒学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第2期240-246,共7页
为了解广东省蚊媒病毒的种类和分子特征,本研究对从蚊子中分离的三株黄病毒提取病毒核酸并进行二代测序,经序列拼接和比对,基因组序列中缺失的gap通过RT-PCR进行扩增填补。用MEGA软件登录GenBank下载黄病毒代表株序列并绘制进化树,同时...
为了解广东省蚊媒病毒的种类和分子特征,本研究对从蚊子中分离的三株黄病毒提取病毒核酸并进行二代测序,经序列拼接和比对,基因组序列中缺失的gap通过RT-PCR进行扩增填补。用MEGA软件登录GenBank下载黄病毒代表株序列并绘制进化树,同时用ClustalW2软件与新毒株进行氨基酸同源性比对和编码框序列的分析。结果显示利用二代测序技术获得了三株病毒基因组序列的96.35%~98.26%,并用RT-PCR成功补齐所有gap,序列比对显示其中一株与黄斑库蚊病毒核苷酸和氨基酸同源性98.51%,两株病毒与广平病毒的核苷酸同源性分别为97.30%和89.78%。三株病毒都属于黄病毒家族中的未分类黄病毒或昆虫特异性黄病毒,编码区序列中C蛋白的同源性最低,NS5的同源性最高。本研究发现的三株蚊媒黄病毒中,库蚊黄斑病毒在国内为首次鉴定;两株广平病毒核苷酸同源性存在较大差异,可能存在不同基因亚型。
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关键词
致倦库蚊
黄斑库蚊
病毒
(CTFV)
广平
病毒
(
qbv
)
系统进化分析
原文传递
题名
广东省三株蚊媒黄病毒的鉴定和系统进化分析
被引量:
2
1
作者
吴德
李柏生
谈琦琪
张欣
张欢
曹玉玺
王环宇
梁国栋
机构
广东省疾病预防控制中心病原微生物检验所
中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所
出处
《病毒学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第2期240-246,共7页
基金
广东省医学科学技术研究基金项目(项目号:C2018007)
题目:广东省蚊媒病毒调查研究
+1 种基金
广东省医学科学技术研究基金项目(项目号:A2017482)
题目:基于高通量测序的未知病原体快速鉴定研究~~
文摘
为了解广东省蚊媒病毒的种类和分子特征,本研究对从蚊子中分离的三株黄病毒提取病毒核酸并进行二代测序,经序列拼接和比对,基因组序列中缺失的gap通过RT-PCR进行扩增填补。用MEGA软件登录GenBank下载黄病毒代表株序列并绘制进化树,同时用ClustalW2软件与新毒株进行氨基酸同源性比对和编码框序列的分析。结果显示利用二代测序技术获得了三株病毒基因组序列的96.35%~98.26%,并用RT-PCR成功补齐所有gap,序列比对显示其中一株与黄斑库蚊病毒核苷酸和氨基酸同源性98.51%,两株病毒与广平病毒的核苷酸同源性分别为97.30%和89.78%。三株病毒都属于黄病毒家族中的未分类黄病毒或昆虫特异性黄病毒,编码区序列中C蛋白的同源性最低,NS5的同源性最高。本研究发现的三株蚊媒黄病毒中,库蚊黄斑病毒在国内为首次鉴定;两株广平病毒核苷酸同源性存在较大差异,可能存在不同基因亚型。
关键词
致倦库蚊
黄斑库蚊
病毒
(CTFV)
广平
病毒
(
qbv
)
系统进化分析
Keywords
Culex pipiens fatigans
Culex theileri flavivirus(CTFV)
Quang Binh virus(
qbv
)
Phylogenetic analysis
分类号
R373.3 [医药卫生—病原生物学]
R511 [医药卫生—内科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
广东省三株蚊媒黄病毒的鉴定和系统进化分析
吴德
李柏生
谈琦琪
张欣
张欢
曹玉玺
王环宇
梁国栋
《病毒学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
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