广西黄瓜地方品种鉴定评价及遗传多样性分析

【目的】鉴定评价广西黄瓜地方品种的农艺性状,并进行遗传多样性分析,筛选出具有潜力的地方品种,为我国南方黄瓜育种提供亲本材料。【方法】从广西各地区收集10个黄瓜地方品种,利用相关性分析、主成分分析和聚类分析等方法对其19个质量性状和8个数量性状进行鉴定评价及遗传多样性分析。【结果】10个广西黄瓜地方品种在各性状上存在明显差异,其中,8个数量性状的平均变异系数(20.4653%)较19个质量性状(45.8433%)低,但平均多样性指数(1.5943)较质量性状(1.0265)高。19个质量性状中,以瓜棱的变异系数最高,其次为种瓜裂纹类型和瓜刺色;以叶形的遗传多样性指数最高,其次为瓜形和瓜刺色。8个数量性状中,以单瓜重的变异系数最高,其次为瓜肉硬度和瓜长;以瓜肉厚和瓜肉硬度遗传多样性指数最高。27个农艺性状中,除瓜长与其他指标均不存在显著相关(P>0.05)外,其他性状间存在极显著(P<0.01)或显著(P<0.05,下同)相关性,其中单瓜重与瓜肉厚和瓜横径呈显著正相关,说明提高黄瓜产量可从改良瓜肉厚、瓜横径等性状着手;瓜皮硬度与瓜肉硬度、叶色和种瓜皮色呈显著正相关,与瓜肉糖度呈显著负相关,表明口感脆嫩的黄瓜品种糖度相对较高。主成分分析结果显示,前8个主成分因子(PC1~PC8),包含23个农艺性状,累计贡献率达97.311%,表明这些性状是广西黄瓜地方品种鉴定与评价的主要指标。以遗传距离15为阈值,可将10个广西黄瓜地方品种被分为四大类群(Ⅰ~Ⅳ),各类群的数量性状和质量性状存在明显差异,虽然少部分来源于同一地区的种质资源分布在不同群类,但大部分种质的聚类结果与海拔高度和地理分布相关,其中第Ⅲ类包含白皮且无刺的黄瓜种质,可用来选育白皮品种;第Ⅳ类群属于大瓜形种质,具有较高丰产潜力。【结论】广西黄瓜地方品种具有丰富的遗传多样性,在瓜棱、瓜裂纹、种瓜斑纹和瓜刺色等性状方面具有较大的应用潜力,可为黄瓜育种提供优异的亲本材料。

广西地方猪群体遗传结构、选择信号分析和ROH检测

为深入挖掘广西地方猪种的种质特性相关基因,用50K芯片对巴马香猪和隆林猪进行了基因分型,并下载了陆川猪、东山猪、杜洛克、长白猪和大白猪的60K芯片数据,将数据整合后通过多种软件进行群体遗传结构分析、选择信号分析和ROH检测,并对相关位点和区域进行了基因定位与富集分析。结果显示:隆林猪近交程度最低但可能已经受西方商业猪种血液入侵,血统不纯;陆川猪近交程度最高,且与东山猪在遗传距离和亲缘关系上都比较近;去除隆林猪后,共有435个位点受到了选择,以50 kb作为受选择区域共定位到了175个基因,参与了31条信号通路,其中分别有5、9、7、9、1个基因与脂肪、糖尿病或胰岛功能、免疫、繁殖、热应激相关;广西地方猪种共检测到4491个ROH区域,高频ROH区域主要位于1、4、7、14号染色体,共定位到了48个基因,参与8条信号通路,其中4、3、2个基因分别与免疫、繁殖和肉质相关,4号染色体还存在一个区域被7个品种同时定位,包含的DECR1基因可能与广西地方猪种的独特肉质性状有关。本研究结论为广西地方品种中有DECR1、TNNC1和MTCH2等基因与肉质相关;IL12A、BCL11B和TLR9等基因与免疫功能相关;GNRHR、RBBP4和ALAS1等基因与繁殖性状相关;该结论为广西地方猪种种质资源开发、利用提供了重要理论依据。

广西地方葛根种质资源遗传多样性的SCoT分析

为了解广西地方葛根种质资源之间的亲缘关系,本研究以SCoT分子标记对44份广西葛根种质资源的基因组DNA进行PCR扩增,并进行遗传多样性分析。结果表明,25条SCoT引物共扩增出223个条带,其中具有多态性的条带有194条,平均每条引物获得7.76个多态性条带,多态性比例为86.99%。聚类分析表明,44份葛根种质资源的遗传相似系数在0.587～0.982之间。在系数0.65处,44份葛根分为两大类,37号材料单独成为一类;在系数为0.74处,可聚为六类。综上所述,SCoT分子标记适用于葛根种质资源遗传多样性分析,本研究结果为广西葛根种质资源鉴定评价和新品种选育奠定了一定的理论基础。

广西地方葛根种质资源遗传多样性的SCoT分析

为了解广西地方葛根种质资源之间的亲缘关系,本研究以SCoT分子标记对44份广西葛根种质资源的基因组DNA进行PCR扩增,并进行遗传多样性分析。结果表明,25条SCoT引物共扩增出223个条带,其中具有多态性的条带有194条,平均每条引物获得7.76个多态性条带,多态性比例为86.99%。聚类分析表明,44份葛根种质资源的遗传相似系数在0.587~0.982之间。在系数0.65处,44份葛根分为两大类,37号材料单独成为一类;在系数为0.74处,可聚为六类。综上所述,SCoT分子标记适用于葛根种质资源遗传多样性分析,本研究结果为广西葛根种质资源鉴定评价和新品种选育奠定了一定的理论基础。