大白菜蜡质缺失突变体YW71的遗传及序列变异分析

以大白菜蜡质突变体YW71为对象,研究其亮绿无蜡粉性状的遗传规律和调控基因。通过遗传分析,表明YW71中的亮绿无蜡粉性状由隐性单基因控制。通过等位基因互补实验证明YW71的亮绿性状是BrWAX2等位突变引起的。序列分析表明,在YW71中BrWAX2基因在第3个外显子末端发生了39 bp的缺失,进而引起转录水平的可变剪切和翻译水平的提前终止。表达模式分析表明,BrWAX2基因在YW71茎和叶中表达量显著下降。此外,研究针对39 bp的变异开发并验证了共显性标记BrWAX2-In Del1。研究结果丰富了白菜类蔬菜蜡质突变遗传资源,将为亮绿无蜡粉品种的分子育种提供理论指导和技术支持。

白鱀豚MHC基因类DQB1座位第二外元的序列变异分析

测定了 4 5个克隆的白豚 (Lipotesvexillifer)MHCⅡ类基因DQB座位第二外元 172bp的核苷酸序列 ,共获得 15种序列 ,发现了 2 2个变异位点。核苷酸的非同义替换明显多于同义替换 ,并造成了 15个氨基酸的改变。氨基酸的替换趋于集中在假定的与抗原的选择性识别相关的位点附近。白豚DQB基因的核苷酸和氨基酸序列与文献报道的白鲸 (Delphinapterusleucas)和一角鲸 (Monodonmonoceros)DQB1序列具有较高的同源性。氨基酸序列不具备人及其它一些灵长类动物DQB2基因所共有的基序 (Motif) ,而与牛DQB1基因的基序相近 ,说明本研究得到的白豚MHC序列应属于类DQB1基因。同一个体出现了多种序列的情况 ,提示白豚的DQB基因可能存在着座位重复。白豚的类DQB1座位的序列中存在多种基序的不同组合 ,推测是由于基因转换造成的.

丙型肝炎病毒核心蛋白基因序列变异分析

为了研究西安地区丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）基因组中Ｃ区基因的变异性，采用单链构象多态性（Ｓｉｎｇｌｅ－ＳｔｒａｎｄＣｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＰｏｌｒｍｏｒｐｈｉｓｍ，ＳＳＣＰ）分析万法，对３６份ＨＣＶＲＮＡ阳性血清的ＰＣＲ产物进行分析，结果有３１份样品的ＳＳＣＰ图谱相同，对其中二份样品进行测序，证明序列是相同的；另外５价样品ＳＳＣＰ图谱不相同，其序列与前者也有差异。说明本地区ＨＣＶ基因组中Ｃ区基因存在一个主要的基因类型。该实验为本地区ＨＣＶ诊断试剂和疫苗的研究确定了研究材料。

平耳孔蜈蚣细胞色素b基因序列变异分析

[目的]对中国平耳孔蜈蚣种群的地理变异进行初步探讨。[方法]中国平耳孔蜈蚣标本经95%乙醇浸制后进行总基因组提取、PCR扩增和测序,最后进行序列分析。[结果]共定义26个单元型,单元型之间的平均遗传距离为0.13。种群的遗传多样性波动范围较大,系统发生树中各样地平耳孔蜈蚣的单元型呈现一种混杂的分布格局。[结论]根据节肢动物分子钟,推断现代平耳孔蜈蚣遗传分布格局均比较古老,早在第三纪中期就已经形成,可见更新世冰期对平耳孔蜈蚣种群没有影响。

沈阳市人类免疫缺陷病毒的基因序列分析

从10份沈阳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)血浆标本中提取核糖核酸(RNA),经逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和套式聚合酶链反应(nest-PCR)扩增HIV-1的p17与p24交界部分的基因片断并进行测序。将所测序列与各亚型国际参考株及亚洲流行参考序列进行比对,确定被检标本的亚型,并进行基因序列分析。同时将所得亚型结果与经过亚型特异性引物的复合套氏PCR鉴定基因亚型的方法所获结果进行比较。结果表明,10份HIV-1病毒株分属B′、CRF07-BC和CRF01-AE3种基因亚型。本文所研究样本的p17区段的ks/ka值小于1,而p24区段的ks/ka值大于1;p24部分的基因同源性高于p17部分,即我国HIV-1B′、CRF07-BC和CRF01-AE3种亚型毒株的p17区段的基因变异较大,而p24区段相对较为保守。提示上述3种亚型HIV-1病毒株的p24区段更适合于HIV-1疫苗的研制。

甘蔗MOC1基因(ScMOC1)的克隆与表达分析

MONOCULM 1(MOC1)基因在植物腋分生组织和腋芽的形成中发挥重要作用,是植物分蘖关键调控基因。本研究利用同源基因克隆法结合RT-PCR、RACE技术从甘蔗品种ROC22中克隆获得MOC1的同源基因,命名为Sc MOC1。生物信息学分析发现该基因的c DNA序列包含一个长度为1299 bp的开放阅读框,编码432个氨基酸残基组成的含有GRAS保守结构域的非分泌蛋白,其分子量为45.43 k D,理化等电点p I为6.98。序列比对分析显示Sc MOC1与高粱(Sorghum bicolor(L.)Moench)、赖草(Leymus secalinus(Georgi)Tzvel.)、水稻(Oryza sativa L.)等禾本科植物同源蛋白氨基酸序列一致性较高;系统进化树分析显示其与高粱、小米草(Setaria italica(L.)P.Beauv.)、玉米(Zea mays L.)等禾本科植物MOC1同源蛋白亲缘关系最近;Sc MOC1在甘蔗品种ROC22中的序列变异分析发现,30个克隆得到的序列中共有46个SNP位点和29处In Del位点,其中1个位点发生的单个碱基缺失和另一个位点的4个碱基插入是造成基因编码蛋白序列变化的主要原因。中性检测表明,Sc MOC1在ROC22中遵循中性进化模型。采用实时荧光定量PCR分析Sc MOC1在甘蔗品种ROC22分蘖期不同组织部位(根、茎、叶、分蘖芽、叶鞘、生长点)、茎尖生长点和不同发育阶段腋芽(幼嫩腋芽、半大腋芽、较大腋芽、成熟休眠腋芽)的表达特征,结果显示Sc MOC1在分蘖期的ROC22中的表达具有组织特异性,在生命活跃的茎尖生长点处表达量最高;在腋芽形成发育过程中该基因表达总体呈现出"升-降-升-降"的趋势,说明Sc MOC1基因可能在甘蔗腋芽形成发育阶段中发挥作用。以上研究可推测Sc MOC1在甘蔗的分蘖性状调控上扮演重要的角色。本研究为Sc MOC1的功能研究及其在甘蔗产量分子辅助育种中的利用奠定基础。

基因组分析证实免疫系统导致自闭症

据Saxena V 2012年12月4日[PLoS ONE,2012,7（12）：e48835]报道,在一项新的研究中,研究人员利用鉴定出促进自闭症产生的基因的新方法而发现证据证实几种与免疫系统相关联的途径遭受扰乱后促进自闭症谱系障碍产生。通过整合与自闭症相关联的DNA序列变异分析和在研究受到自闭症影响的家庭中鉴定出的标志物分析,这项研究强有力地表明免疫功能在自闭症中发挥着作用。

阿德福韦治疗过程中乙型肝炎病毒核酸序列的变化

目的研究新药阿德福韦抗病毒过程中乙型肝炎病毒(HBV)核酸序列的变化情况,以有效的指导临床用药。方法选取4例服用阿德福韦患者的系列血清,包括用药前血清及用药后半年(28周)、1年(52周)、2年(92周) 血清,将4例系列血清用一片段聚合酶链反应法进行全基因组克隆、测序;并对测序结果进行基因型及血清型分析、全基因序列同源性及差异性比较、HBV各编码区氨基酸变异等生物信息学分析。结果 4例系列血清的基因型及血清型分析为:1例为C基因型／adrq+血清型,1例为B、C混合基因型／adw2、adrq+昆合血清型,2例为B基因型／adw2血清型。全基因序列同源性比较情况为:同例血清组内序列同源性为97．5％-99．8％;B、C混合型感染者其组内同源性为 90．9％-99．3％。不同例血清组间序列同源性为90．6％-100％。各编码区氨基酸变异情况为:治疗52周时碱基突变数明显高于28周和92周。存在热点突变位点。在P基因的逆转录酶区,有几处非常有意义的有义突变,很可能会影响逆转录酶的活性,而使HBV对阿德福韦产生耐药逃逸。结论 HBV全基因组序列分析发现了几处有意义的氨基酸变异,这可能与HBV对阿德福韦的耐药逃逸有关。

DNA芯片技术在微生物研究中的应用

DNA微点阵 (DNA芯片 )技术已经被广泛应用于基因表达分析、比较基因组学、DNA序列变异分析和基因分型等多方面的研究。随着越来越多的微生物种类完成全基因组测序 ,在微生物生理、致病机制、流行病学、生态学、系统发育学、途径工程、发酵最优化等研究领域中 。