序列同源性分析软件Blast的WEB界面构建及其应用

基于局域网 (Intranet)内的PC/Linux服务器 ,构建了序列同源性分析软件Blast的WEB界面 .局域网内的所有计算机均可通过WEB方式访问该服务器进行公共数据库和自建数据库的查询 ,具有保密、高效、免费的优点 ,能够满足实验室和研究院所的大规模。

16s rRNA序列同源性分析与细菌系统分类鉴定

本文介绍了１６ｓｒＲＮＡ序列测定及同源性分析的方法，并阐述了其在细菌系统分类鉴定中的重要作用。

应用16S rDNA序列同源性分析鉴定放射线照射后的口腔链球菌

目的 对受放射线影响 ,糖发酵特征发生改变的口腔链球菌进行鉴定。方法 生理、生化试验 ;16SrDNA序列同源性分析 :提取待鉴定细菌的基因组DNA ,用多聚酶链式反应 (PCR)扩增 16SrDNA ,对其测序后输入GenBank中与已知序列进行比较。结果 应用 16SrDNA序列同源性分析方法可对因受放射线影响 ,糖发酵特征发生改变而无法通过生化试验进行鉴定的菌株做出准确鉴定。结论 在无法通过生化试验方法对细菌作出准确鉴定时 。

鲤鱼基因组同源框Hoxa3a序列同源性分析与分子进化研究

本文利用生物信息学软件分析了鲤(Cyprinus carpio)基因组中同源框基因Hoxa3a与多种鱼类及其它生物的同源性,构建了分子进化树。结果表明:鲤与斑马鱼(Danio rerio)的序列同源性最高为95%,与大西洋鲑(Salmo salar)等四种鱼类的同源性次之为84%,与米氏叶吻银鲛(Callorhinchus milii)和鳐(Leucoraja erinacea)的同源性最低为74.5%,与三种鸟类的同源性为75%左右。这结果也说明,Hox同源框基因序列在进化上高度保守。在序列比较的同时发现了2个鲤的SNP位点,T101C和A213G。上述研究结果,对于保护生物多样性(尤其是遗传多样性)的研究,揭示生物进化历程及机理具有十分重要的意义。

23种昆虫Cytb基因序列同源性分析与分子进化研究

本文利用生物信息学软件分析了23种昆虫线粒体Cytb基因序列的同源性,并构建分子进化树。序列同源性分析表明:蚕蛾科昆虫间的序列相似性较高,其次是螟蛾科,再次是大蚕蛾科;意大利蜜蜂与其它22种序列的相似性最低,东亚飞蝗与其它22种序列的相似性也较低。分子进化树分析表明:膜翅目的意大利蜜蜂与作为外群的斑节对虾聚为一支(A群);直翅目的东亚飞蝗与鳞翅目昆虫聚为一支(B群),双翅目昆虫聚为一支(C群)。

高价铁肠杆菌素受体蛋白FepA表面抗原决定簇基因的克隆及序列同源性分析

用PCR技术获取高价铁肠杆菌素受体蛋白FepA表面抗原决定簇基因,分析其在大肠杆菌种内的序列同源性。以提取的大肠杆菌基因组DNA为模板,设计一对基因特异引物,用PCR扩增的方法获得目的基因。将PCR扩增后得到的片段纯化并克隆至pMD19-T Simple Vector载体,用菌落PCR及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落进行测序,并与Gene Bank公布的大肠杆菌区段进行序列同源性分析。扩增出598bp的含有受体蛋白FepA表面抗原决定簇基因的目的片段,经测序分析其种内的序列同源性为95%～99%,为今后制备针对该区段的抗体奠定了基础。

多药耐药草绿色链球菌16S rDNA序列同源性分析

目的对临床分离多药耐药草绿色链球菌进行种间鉴定。方法生理、生化试验;16S r DNA序列同源性分析:提取待鉴定细菌基因组DNA,多聚酶链式反应(PCR)扩增16S r DNA,测序后上传至美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库与已知序列进行比较。结果应用16S r DNA序列同源性分析方法可对因受抗菌药治疗影响,培养困难,糖发酵特征发生改变而无法通过生化试验进行鉴定的菌株做出准确鉴定。结论在无法通过生化试验方法对细菌作出准确鉴定时,16S r DNA序列同源性分析是一种可靠的鉴定方法。

丙型肝炎病毒基因分型及核心区序列同源性分析

目的 研究不同地区丙型肝炎病毒 (HCV)基因型构成及基因变异。方法 HCV感染者血清 6 4份分别采自中国河南省 (2 5份 )和河北省 (18份 ) ,以及瑞典 (11份 )和德国 (10份 ) ,分别进行HCVRNA和基因型检测 ,对 11株HCV分离株核心区基因序列进行测定 ,并用软件分析各地域HCV核心区基因序列的同源性。结果 从中国两省和欧洲两国分离的HCV基因型构成不同 ,在我国血清标本中发现 1b和 2a亚型 ,在瑞典和德国标本中还发现 1a、2c和 3a亚型。在同一地区分离的同一基因型HCV核心区序列的同源性高于不同地区。结论 HCV基因型的构成与地域有关 。

鼠疫菌6kb质粒核酸序列同源性比对分析

目的分析云南省鼠疫菌6kb（pYC）质粒核酸序列与GenBank中公开报道的多种细菌序列的同源性。方法通过美国国立图书馆网站序列比对搜索工具（BLAST），对鼠疫菌pYC质粒全序列和开放式读码框架（ORFs）以及翻译蛋白进行核酸与核酸、蛋白与蛋白比对分析。结果pYC质粒部分基因与宋内志贺菌质粒pKYM具有97．1％的同源性，与流感嗜血杆菌基因有92．1％的同源性，与伤寒沙门杆菌基因LT2和pIMVS1分别具有88.2％和87．2％的同源性，与大肠埃希菌O157：H7、K-12、ECOR31株局部基因分别具有81．4％、81．4％和84．7％的同源性。pYC质粒ORFs翻译蛋白ORF1与副鸡嗜血菌复制蛋白B具有47．2％的相似性，ORF4与大肠埃希菌推定蛋白具有52．7％的相似性，ORF5与假结核菌TriE蛋白具有48.3％的相似性．ORF6与大肠埃希菌Pilx5／VirB5相似蛋白具有42．3％的相似性、与小肠结肠炎耶尔森菌TriD蛋白具有38．5％的相似性，ORF10与伤寒沙门杆菌LT2细胞质蛋白具有83．1％的相似性，与大肠埃希菌O157：H7推定蛋白具有81．9％的相似性，ORF11与大肠埃希菌K12诱导损伤蛋白J具有81．4％的相似性。结论pYC质粒DNA序列与肠杆菌科部分基因具有高度同源性，可能编码类似埃希菌属和耶尔森菌属推定蛋白、诱导损伤蛋白、TriD和TilE蛋白、Pilx5／VirB5相似蛋白。

藻类及陆生高等植物叶绿体16Sr RNA基因进化谱系及同源性分析

目的 :了解杜氏盐藻与其他藻类和高等植物间的亲缘关系。方法 :将杜氏盐藻的叶绿体 1 6SrRNA序列与一些藻类和陆生植物叶绿体的 1 6SrRNA序列资料进行同源性比较与分析 ,并构建进化树。结果 :进化树显示整个植物界明显分为 3个大的类群 :蓝藻门、红藻门、隐藻门、金藻门、褐藻门、硅藻门和甲藻门形成一个类群 ,裸藻门单独形成一个类群 ,而绿藻门和陆生高等植物共同形成一个大的类群。陆生高等植物间的亲缘关系非常近 ,拥有一个共同的绿藻祖先 ,而杜氏盐藻、莱茵衣藻等所归属的团藻目则与其他绿藻及高等植物分离 ,独立形成一个极为分散的类群。结论 :杜氏盐藻所隶属的团藻目属于较为原始的绿藻 ,彼此之间亲缘关系较远 。

鲤春病毒糖蛋白(G)基因的分离及同源性比较

通过RT—PCR和巢氏PCR方法从疑似鲤春病毒（SVCV）侵染的镜鲤肝组织中获得了鲤眷病毒糖蛋白（G）基因。通过序列测定与分析，所获得的鲤春病毒糖蛋白（G）基因由606个核苷酸组成。编码一个由202个氨基酸组成的糖蛋白。通过NCBI blast与9个来自不同国家或地区的鲤春病毒糖蛋白（G）基因序列比对分析，发现获得的鲤鱼春季病毒糖蛋白G基因DNA序列与美国分离的AY527273株同源性最高为99．8％，与中国分离的AY842485株同源性次高为98．7％，与英国分离的两个序列SVI538065和SVI538066株的同源性为98．2％，而与其它国家的分离株如SVUI8101、SVI318079、SVI538061、SVI538062、SVI538063的同源性最差，仅为89．4％-90．0％。氨基酸同源性分析结果与DNA同源性分析结果一致，所获得的鲤春病毒糖蛋白G基因氨基酸推导序列与其它9个分离株的氨基酸同源性在89．6％-99．5％之间。对SVCV不同分离株遗传变异和进化关系的分析为下一步开展SVCV快速诊断方法的研究和疫苗的研制奠定了基础。

碳青霉烯类耐药大肠埃希菌耐药基因型检测及同源性分析

目的检测临床分离碳青霉烯类耐药大肠埃希菌的耐药基因型,并对其同源性进行分析,研究其流行情况。方法收集铜陵市人民医院2012年9月至2016年10月临床分离碳青霉烯类耐药大肠埃希菌,采用VITEK-2 Compact全自动微生物鉴定仪进行鉴定,改良Hodge试验检测碳青霉烯酶表型,EDTA双纸片协同试验进行金属酶初筛,聚合酶链反应(PCR)检测碳青霉烯酶基因(bla KPC、bla IMP、bla VIM、bla NDM和bla OXA-48),并对阳性扩增产物进行基因测序;同源性分析采用肠杆菌科基因间重复一致序列聚合酶链反应技术(ERIC-PCR)。结果共收集碳青霉烯类耐药大肠埃希菌25株,8株改良Hodge试验阳性,13株金属酶初筛试验阳性,其中4株携带bla NDM-1基因,1株携带bla IMP-4基因,1株携带bla KPC-2基因;ERIC-PCR检测分为10种型别。结论碳青霉烯类耐药大肠埃希菌的耐药机制主要是产金属酶,携带NDM-1型碳青霉烯酶大肠埃希菌需重点监测;碳青霉烯类耐药大肠埃希菌未在医院引起克隆流行。

禽流感病毒分离株NS基因同源性及等位基因类型分析

目的 克隆测定国内具有代表性的禽流感病毒 (AIV)的非结构 (NS)蛋白基因核苷酸序列 ,分析其同源性和等位基因类型 ,为进一步探索禽流感NS蛋白抗体监测方法奠定基础。方法 经RT PCR扩增了国内 3株H9N2、2株H5N1、2株H7N2亚型AIV分离株的NS蛋白基因 ,并把扩增的基因片段克隆到pGEM T载体中测序 ,将测序结果与GenBank中的核苷酸序列进行同源性比较 ,绘制基因进化树。结果 经测序获得了各AIV分离株NS基因的完整编码序列。同源性分析表明 ,3株H9亚型AIV的NS基因之间的同源性为 96 %～ 98% ;两株H5亚型AIVNS基因同源性为 91 6 % ;两株H7亚型AIV的NS基因同源性为 98 9%。H5和H9亚型分离株的NS基因之间的同源性均高于 90 % ;而H7N2亚型分离株与其它两种亚型分离株的NS基因同源性约为 6 0 %～ 70 %。在AIVNS基因系统发育进化树中 ,H5、H9亚型分离株都处于等位基因A群内 ;3株H9亚型分离株的进化关系较近 ,与香港、广东的部分H5N1病毒株起源相同 ,而 2株H5病毒的NS基因则处于不同分枝内 ;2株H7亚型分离株的NS基因都处于等位基因B群内 ,进化关系较近。结论 这 7株国内AIV分离株的NS基因之间的同源性差异较大 ,约为 6 0 %～ 99% ,且包括A。

棒状杆菌临床分离株药物敏感性及同源性分析

目的了解棒状杆菌感染在临床中的耐药状况及同源性。方法用肉汤微量细菌定量法检测抗菌药物的最低抑菌浓度(MIC),随机扩增多态性DNA(RAPD-PCR)并对棒状杆菌进行基因分型。结果 184株棒状杆菌对青霉素、头孢噻肟、红霉素、环丙沙星、四环素、克林霉素的耐药率均超过50%,对多西环素、亚胺培南、庆大霉素、利福平的耐药率在60%～80%之间,未发现对万古霉素和利奈唑胺耐药。18株纹带分离株可分成5型,其中A型占14株(77.8%)。结论棒状杆菌对多种抗菌药物的敏感性降低,纹带棒状杆菌存在院内传播的趋势。

重症监护病房鲍曼不动杆菌的耐药性及同源性

目的 检测分离自重症监护病房（ICU）的鲍曼不动杆菌的耐药性及其间的同源性。方法 20株鲍曼不动杆菌分离自2005年5-8月我院ICU病人的标本，物体表面，肥皂盒，呼吸机管道和穿刺导管以及医务人员的手。采用纸片扩散法及E-test法进行药敏试验及MIC值测定，用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对20株鲍曼不动杆菌进行分型。结果 15株对包括碳青霉烯类在内的多种抗生素耐药，2株仅对碳青霉烯类等少数抗生素敏感，3株对大多数抗生素敏感。14株有高度同源性，3、14号株同源，12、19号株同源。结论 分离自ICU的鲍曼不动杆菌耐药率高。大多数菌株有高度同源性，1号株可能是交叉感染的源头。

CNE、SPC-A1和MCF-7人类肿瘤细胞Ku80基因同源性研究

目的 :研究人鼻咽鳞癌 (CNE)、肺腺癌 (SPC A1)和乳腺腺癌 (MCF 7)细胞Ku80基因功能区的保守性 ,探讨该基因突变与肿瘤放射和化学治疗疗效的关系。方法 :采用聚合酶链式反应和克隆技术测定 3种肿瘤细胞内与DNA损伤修复有关的Ku80基因序列 ,分析他们的功能区保守性变化 ,模拟和比较突变产物亲疏水性差异。结果 :人CNE、SPC A1和MCF 7肿瘤细胞Ku80基因同源性分别为99 95 %、99 5 %和 99 7% ,包括碱基转换和颠换突变。部分突变碱基导致产物氨基酸替代并影响他们的亲疏水结构。SPC A1细胞发生 15 0aaIle→Val、4 70aaAsp→Gly、5 5 3aaPhe→Ile替代和 5 70aaGln→ 0缺失 ;MCF 7细胞发生 2 0 9aaLys→Glu、2 31aaLeu→Arg和 2 97aa→Ser替代 ;而CNE细胞功能区高度保守。结论 :SPC A1和MCF 7细胞Ku80p功能区存在氨基酸替代 ,影响其结构和活性变化 。

日本血吸虫表达基因EST测定及同源性分析

【目的】建立日本血吸虫 (Schistosomajaponicum ,Sj)表达基因的大规模随机测序体系。【方法】从SjcDNA文库中随机挑选出单个重组克隆 ,扩增出cDNA插入片段 ,采用PCR直接序列测定方法对插入片段 5′端进行部分序列测定。通过互联网将获得的表达序列标签 (expressedsequencetags ,EST)送入WHO血吸虫基因库进行同源性检索。【结果】完成了 16 0个Sj表达基因EST序列测定 ,获得了 12 6个可用于分析的EST ,并在GenBank登录。 10个为Sj已知编码基因 ,其中 3个为Sj抗原基因全长cDNA。【结论】建立了Sj表达基因EST测序及同源分析体系 ,为进一步开展Sj表达基因的研究奠定了基础。

一株急性散发性戊型肝炎病毒基因结构及核苷酸同源性分析

目的：分析一株长春地区散发戊型肝炎病毒（HEV）的基因结构和核苷酸同源性。方法：采用RT—nPCR方法检测HEVRNA，应用全自动测序仪进行序列测定。结果：所获得的HEV-CCC220全长7193bp，编码2397个氨基酸，由5＇-UTR（nt1-9）、3＇-UTR（nt 7152—7193）和3个开放读码框架（ORFs）组成。与HEVIV型核苷酸同源性明显高于HEVⅠ～Ⅲ型，全基因序列核苷酸同源性为83．2％～85．0％；与ORF2间300nt和98nt部分基因序列核苷酸同源性分别为85．0％～93．9％和80．6％～86．7％。结论：长春地区散发性HEV-CCC220属HEVIV型，ORF2间300nt部分核苷酸序列可以代替全基因序列进行HEV基因型分析。

引起肝脓肿的肺炎克雷伯菌毒力基因检测及同源性分析

目的探讨院内肝脓肿肺炎克雷伯菌荚膜血清型及毒力基因携带情况,且对这些菌株进行同源性分析。方法收集佳木斯大学附属第一医院2018年10月-2019年10月从肝脓肿患者分离出的肺炎克雷伯菌非重复菌株26株,且这些菌株经Vitek-2 Compact全自动微生物分析仪鉴定是肺炎克雷伯菌,对这些菌株进行拉丝试验,使用PCR方法检测这些菌株的主要荚膜血清型及相关毒力基因;并通过多位点序列分型技术分析菌株同源性。计数资料组间比较采用Fisher’s确切检验。结果26株肝脓肿肺炎克雷伯菌拉丝试验阳性率达100%;检测出K1型(17株)、K2型(5株)、K5型(1株)、K57型(1株)、未知血清型2株。毒力基因rmpA、aero、ureA阳性率达100%(26/26);uge、mrkD阳性率为96.2%(25/26);fimH阳性率为80.8%(21/26);iucB阳性率为73.1%(19/26);wcaG、magA、kfu阳性率为65.4%(17/26);allS阳性率为61.5%(16/26);kpn阳性率为30.8%(8/26);iroNB阳性率为7.7%(2/26);未检出cf29a基因;wcaG、magA、allS只在K1血清型中检出;uge未在K57血清型菌中检出。多位点序列分型发现ST23型(17株)、ST86型(3株)、ST65型(2株)、ST1934型(2株)、ST485型(1株)、ST592型(1株)。结论本实验菌株以K1、K2血清型为主,ST23型为本院主要感染序列型。