应用16S rDNA序列同源性分析鉴定放射线照射后的口腔链球菌

目的 对受放射线影响 ,糖发酵特征发生改变的口腔链球菌进行鉴定。方法 生理、生化试验 ;16SrDNA序列同源性分析 :提取待鉴定细菌的基因组DNA ,用多聚酶链式反应 (PCR)扩增 16SrDNA ,对其测序后输入GenBank中与已知序列进行比较。结果 应用 16SrDNA序列同源性分析方法可对因受放射线影响 ,糖发酵特征发生改变而无法通过生化试验进行鉴定的菌株做出准确鉴定。结论 在无法通过生化试验方法对细菌作出准确鉴定时 。

多药耐药草绿色链球菌16S rDNA序列同源性分析

目的对临床分离多药耐药草绿色链球菌进行种间鉴定。方法生理、生化试验;16S r DNA序列同源性分析:提取待鉴定细菌基因组DNA,多聚酶链式反应(PCR)扩增16S r DNA,测序后上传至美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库与已知序列进行比较。结果应用16S r DNA序列同源性分析方法可对因受抗菌药治疗影响,培养困难,糖发酵特征发生改变而无法通过生化试验进行鉴定的菌株做出准确鉴定。结论在无法通过生化试验方法对细菌作出准确鉴定时,16S r DNA序列同源性分析是一种可靠的鉴定方法。

2株间日疟原虫18SrDNA的克隆及其同源性分析

目的克隆间日疟原虫河南分离株与湖北分离株红内期18SrDNA，并进行同源性分析。方法采用PCR方法从间日疟患者血样DNA中扩增间日疟原虫18SrDNA，纯化后与pGEM．Teasy质粒连接，转化大肠埃希氏菌JMl09；阳性克隆质粒经双酶切鉴定后，进行序列测定，采用BLAST和MEGA4生物软件分析同源性。结果间日疟原虫18SrDNA扩增片段大小为998bp：阳性克隆重组质粒经双酶切鉴定，与预期结果相符；序列测定结果显示，河南、湖北2分离株间日疟原虫18SrDNA序列完全相同．与GenBank中报道的12株间日疟原虫相同序列进行比对，其同源性均大于99％：用邻位连接法（neigh—bor-joining，NJ）和非加权组平均法（UPGMA）2种方法构建系统发生树发现，河南分离株、湖北分离株与间日疟原虫X13926．1株遗传距离小．同属一个分支。结论克隆了间日疟原虫河南与湖北分离株红内期18SrDNA，该基因序列在不同地理株间遗传稳定。

昆虫质多角体病毒研究的若干新进展

质多角体病毒隶属呼肠孤病毒科质多角体病毒属 ,病毒粒子为二十面体球形颗粒 ,具有 3～ 5种结构蛋白 ,基因组由10或 11个节段双链RNA构成。按病毒基因组RNA片段在聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶中电泳图谱的差异 ,将质多角体病毒分为 15个电泳型。随着RNA病毒序列测定策略的逐步成熟与完善 ,质多角体病毒的序列测定方面取得一定的进展 ,家蚕质多角体病毒 1的两个毒株 (H株和I株 ) ,舞毒蛾质多角体病毒 1和 14 ,及粉纹夜蛾质多角体病毒 15的基因组全序列得到了测定 ,但质多角体病毒的进化与起源的研究因缺乏足够的遗传信息仍受到限制。

朱砂叶螨HSP90基因克隆及原核表达

采用RT-PCR及RACE技术克隆朱砂叶螨Tetranychus cinnabarinus的热激蛋白90(HSP90)基因,并进行序列分析,得到一条长2595bp的cDNA序列,该序列开放阅读框(open reading frame,ORF)为2169bp,编码722个氨基酸,分子量约为83.45kDa,理论等电点为4.81,3′非编码区(untranslated region,UTR)为249bp,5′UTR为177bp。通过Antheprot分析发现5个HSP90家族的签名序列及胞质HSP90特征序列MEEVD。同源性分析表明,朱砂叶螨HSP90编码区核苷酸序列和其他已知的HSP90,尤其是节肢动物昆虫的HSP90,具有很高的相似性。将鉴定正确的原核重组表达质粒pET43a-TcHSP90,转化大肠杆菌Escherichia coli BL21(origami)进行原核表达,应用SDS-PAGE和Western blotting技术分离并检测融合蛋白,结果表明构建的原核表达质粒可以在宿主菌中稳定、正确表达。朱砂叶螨TcHSP90基因的克隆、原核表达,为进一步研究HSP90的性质和功能的研究提供有用的实验材料。

对巴通体及其所致疾病的新认识

早在1907年,秘鲁科学家Alberto Barton首次在Carrion病患者红细胞内发现杆菌状致病性病原体,后将其命名为杆菌状巴通体(Bartonella bacilli-formis),其所引起的疾病称之为巴通体病(bartonel-losis).长期以来,杆菌状巴通体被认为是巴通体属中唯一的一种病原体.在其分类上,<伯杰系统细菌学分类手册>中将巴通体科、立克次体科和无形体科归属为立克次体目.其中,巴通体科包括巴通体属和格雷汉体属(Grahamella).巴通体属仅有杆菌状巴通体1个种,格雷汉体属有2个种,分别为G-tal-pae和G.peromysci;立克次体科包括罗卡利马属(Rochalimaea)、立克次体属和柯克斯体属,其中罗卡利马属有2个种,分别为R.quintana和R.vinsonii,但在1992年又新增2个种,即R.henselae和R.eliza-bethae.

反相液相色谱-串联质谱法筛选牙鲆鱼蛋白质中潜在的过敏原

目的建立反相液相色谱-串联质谱法(reversed phase liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry, RPLC-MS/MS)筛选牙鲆鱼(Paralichthys olivaceus)中潜在过敏原。方法采用RPLC-MS/MS技术对牙鲆鱼的蛋白质样品进行蛋白质组学分析。再将牙鲆鱼蛋白质样品在体外模拟胃液中消化,通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis, SDS-PAGE)电泳观察不同酶解时间下鱼蛋白的酶解情况,将耐酶解的蛋白通过胶内酶解处理后采用RPLC-MS/MS法进行分析。最后将鉴定到的蛋白质与已知过敏原进行序列同源性分析。结果在SDS-PAGE中酶解时间为3 h时位于40 kDa处的条带仍清晰可见,此处的蛋白为耐酶解的蛋白质,经胶内酶解后共鉴定到5种蛋白质。与已知过敏原蛋白进行蛋白序列同源性分析,牙鲆鱼的原肌球蛋白alpha-1与已知过敏原Ore m4的序列相似度较高。2种蛋白质的一致性和相似性分别为96.5%和97.9%。甘油醛-3-磷酸脱氢酶与已知过敏原Tri a 34序列对比一致性和相似性分别为72%和83%。肌酸激酶1与已知过敏原Penm2序列对比的一致性和相似性分别为42%和63%,2组序列相似度大于35%,说明也具有相似性。结论耐胃蛋白酶酶解的大部分蛋白质是潜在的过敏原,其序列与其他物种已知的蛋白过敏原高度相似。该方法可作为筛选食物中潜在过敏原的一种新方法。

肠道病毒71型福建分离株(FJ08089)全基因组序列分析

[目的]分析2008年福建省手足口病患儿标本肠道病毒71型(EV71)分离株FJ08089全基因组序列特征。[方法]应用RD细胞,从患者疱疹液标本分离EV71,用RT-PCR方法扩增分离株病毒的全基因组,分析其基因组特征。[结果]FJ08089株的基因组长度为7 404 bp,其中包括5′端非编码区(5′UTR)长743 bp,病毒基因组编码区(ORF)全长6 576个核苷酸及3′端非编码区(3′UTR)长81 bp。ORF编码含2 192个氨基酸残基的多聚蛋白。[结论]FJ08089株基因组的结构与安徽地方株ANHUI703814十分相近,整个基因组的核苷酸同源性为93.8%,氨基酸同源性为92.6%,均属于C4亚型,而与Cox.A16国际标准株G10(U05876)差别较大,两者核苷酸同源性仅为77.9%,氨基酸同源性为84.0%。

鼠伤寒沙门氏菌purB受purR调控的实验证据

通过遗传图和序列同源性分析获得了鼠伤寒沙门氏菌purB核苷酸序列. 为揭示鼠伤寒沙门氏菌purB是否受purR调控, 对purB基因的PUR box进行了功能分析. PCR扩增野生型PUR box和其第14位保守碱基发生突变(C→T)的DNA片段, 分别与从鼠伤寒沙门氏菌野生型菌株LT2提取的PurR粗制品进行了凝胶阻滞实验. 结果表明, purB基因的PUR box与PurR阻遏蛋白有很好的结合能力, 而突变的PUR box则不能与PurR阻遏蛋白结合. 可见, 野生型鼠伤寒沙门氏菌purB与嘌呤从头合成途径中其他结构基因一样是受purR基因协同调控的. 此外还对不受调控的实验现象的机制做了研究. 结果表明purB组成型表达是purB∷MudJ基因融合发生在PUR box上游(-554 bp)的结果. 这一结果还为鼠伤寒沙门氏菌purB基因与其上游ycfC基因属于同一个操纵子提供了有力的证据.