从基于结构定义的序列模体识别蛋白质的超家族

以进化上相距较远的蛋白质酪氨酸磷酸酶Ⅰ和Ⅱ为例,通过结构比较和基于结构的序列比对及共同保守区域残基替换模式的分析,定义了基于结构的序列模体.利用这种新的模体对SWISS-PROT和TrEMBL蛋白质序列库进行搜索,可特异性地同时识别磷酸酶Ⅰ和Ⅱ,其识别正确率可达98.4％.而在此之前,尚未见可同时识别磷酸酶Ⅰ和Ⅱ序列模体的报道.

烟草富含锚蛋白重复结构域基因Nbar的克隆及序列分析

根据1个已报道的马铃薯富含锚蛋白重复结构域基因Star的全长cDNA序列,分别在含有起始密码子和终止密码子处设计基因特异引物,从感染了晚疫病原菌的本氏烟草叶片cDNA中克隆得到1个新的基因Nbar。此基因包含1个最大为1 539 bp的阅读框,与Star的碱基一致性达到90%。该基因编码513个氨基酸,序列中存在6个锚蛋白重复结构域和1个环指结构域。Nbar已提交GenBank,登录号为1231763。

组蛋白八聚体的装配及荧光标记检测体外组装核小体的效率

基于影响核小体定位的DNA序列TA 10-bp周期性和R5Y5序列模体,设计6条对组蛋白亲和性不同的DNA序列,将其克隆到重组质粒中,分别命名为CS1~CS6。通过PCR扩增的方法,在引物上标记Cy3荧光信号分子,获得大量标有Cy3的目的序列;同时,从大肠杆菌中表达纯化了H2A、H2B、H3、H4共4种组蛋白,经复性装配成组蛋白八聚体,利用盐透析法将目的 DNA序列与组蛋白八聚体组装成核小体结构;经荧光信号检测,分析6条目的序列形成核小体的能力。结果发现,CS2、CS3形成核小体的能力较强,该结果与Trifonov EN提出的核小体在该模体上的精确定位基本吻合,该试验方法的建立对核小体结构及相关表观遗传学领域的研究具有一定的意义。

水稻锚蛋白基因家族分析和锚定膜蛋白的表达模式研究

锚蛋白重复序列模体是生物体内最普遍的蛋白质序列模体之一,在多种细胞活动中主要介导蛋白质与蛋白质的相互作用。采用生物信息学的方法,在基因组水平上搜索和鉴定了水稻锚定重复序列蛋白,通过分析蛋白质二级结构,进行水稻锚蛋白基因家族的聚类分析,并在此基础上,用RT-PCR的方法分析水稻锚定膜蛋白的表达模式,为水稻锚蛋白基因的研究提供了理论依据。

Alzheimer’s疾病相关蛋白质相互作用网络构建及其相互作用预测

依据无标度网络的相关理论,提出一种预测蛋白质-蛋白质相互作用的算法,并预测潜在的作用位点。收集了所有与阿尔兹海默疾病(Alzheimer’s disease)相关疾病的人类蛋白,并找出与之能发生相互作用的蛋白质,绘制一个有关人类AD相关蛋白质相互作用网络。分析和计算了该网络的一些详细属性,并对网络进行生物信息学分析,找出网络中的蛋白质调控路径,该路径可能涉及到Apoptosis-antagonizing transcription factor(AATF)蛋白对于阿尔兹海默疾病的抑制作用。几个潜在与AATF蛋白作用的位点被自己开发的程序预测出,将它们的潜在作用位点做了比对,最后得到一个高度收敛的序列模体,其正则表达式为I-x(0,1)-E-x(2)-[AENT]-x-[EK].

植物锚蛋白研究进展

锚蛋白重复序列模体是生物体内最普遍的蛋白质序列模体之一,在多种细胞活动中主要介导蛋白质-蛋白质的相互作用。综述了近年来有关锚蛋白参与植物信号传导的研究进展。

基因组G-四链体与疾病的关系

G-四链体(G-quadruplex, G4)是一种特殊的核酸二级结构,形成于单链DNA或者RNA的富含鸟嘌呤的区域。其广泛存在于基因组中,多位于端粒、启动子和UTR等区域。G4结构检测的生物物理学方法可以获取G4具体的空间结构信息,而生物学检测方法通常与高通量测序技术结合,可以对G4做全基因组范围内的测序分析。G4结构在生物体内有着非常重要的调控功能,它可以影响染色质结构、基因调控以及基因组稳定性,因此与人类疾病密切相关,包括癌症、神经系统疾病、贫血症等。G4可以作为药物的靶标,迄今已有许多G4特异的配体被研发出来,在疾病治疗方面无疑具有很好的应用前景。