序列特异性PCR在HLA-DRB1基因分型中的应用

参照HLAⅡ型基因序列设计8条序列特异性引物，应用分别代表HLA－DR1－18血清学特异性的11株DNA标准品建立序列特异性PCR（PCR-SSP）和套式PCR方法，并对64例IDDM病人和72例健康对照者进行HLA－DRB1基因分型。结果：（1）方法学鉴定示各序列特异性引物均能从11株DNA标准品中扩增出相应的等位基因，并能检出来合子。除HLA－DR3组特异引物对DR1发生交叉外，其余序列特异性引物扩增中均未出现交叉现象，且重复性好；（2）样本测定显示IDDM组与对照组HLA－DR1、DR2、DR4、DR7、DR8和DR10各等位基因频率无显著差异。结果表明，PCR-SSP不仅具有较好的敏感性、特异性和重复性，而且显得简便、快速经济，有较好的应用前景。

序列特异性DNA断裂蛋白质

序列特异性ＤＮＡ断裂蛋白质是在序列特异性ＤＮＡ结合蛋白质及小分子ＤＮＡ断裂试剂基础上设计合成的。其基本原理是在含有ＤＮＡ结合域的蛋白质上引入一个金属螯合剂并螯合一个适当的金属离子，其中序列特异性ＤＮＡ结合蛋白质具有与ＤＮＡ特定序列结合的能力，从而可以起导向物的作用；而引入的金属螯合剂与金属离子复合物具有断裂ＤＮＡ的功能，两者协同作用可以达到序列特异性断裂ＤＮＡ的目的。

序列特异性引物联合RT-PCR在LRRK2基因多态性分型中的应用

目的建立帕金森病(PD)相关基因LRRK2疾病易感位点R1628P、G2385R的新检测方法。方法设计序列特异性引物,采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)的方法,对已知基因型的标准品进行分型检验;检测100例未知基因型的PD样品,并用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RLFP)的方法对待检样品基因型进行验证。结果标准品分型结果完全正确,待检的100例样品分型结果与PCR-RLFP分型结果完全吻合。结论序列特异性引物联合实时荧光定量PCR可成功实现对LRRK2疾病易感位点R1628P、G2385R的基因型分型。

建立序列特异性引物PCR检测儿茶酚胺氧位转移酶与单胺氧化酶基因多态性的方法

目的建立用PCR-SSP检测儿茶酚胺氧位转移酶(COMT)与单胺氧化酶(MAOA)的基因多态性的方法。方法根据COMT与MAOA的基因序列,采用针对变异位点的点突变方式设计出顺序特异性引物(SSP)进行PCR扩增,并借助常规电泳确定基因型。结果用PCR-SSP来研究COMT与MAOA基因多态性的方法特异性强,重复性好,而且简便、经济、快速。结论PCR-SSP可对具有单核苷酸突变的基因分型,应用前景良好。

序列特异性引物PCR法检测MN血型基因型

目的 建立MN血型系统基因分型的方法 ,检测人群中MN基因的频率。方法 用快速盐析法抽提样本DNA ,序列特异性引物PCR法检测MN基因。结果 115例汉族人群中MM基因型为 2 5例 ,MN基因型为 6 0例 ,NN基因型为 30例。M基因频率为 0 .4 78,N基因频率为 0 .5 2 2。结论 该方法可以检测MN血型基因型。

应用富含GC区SNP分型的序列特异性PCR新方法检测子宫内膜癌特定位点C729T多态性

目的建立适合富含GC区SNP分型的序列特异性PCR方法,分析子宫内膜癌特定ERα Exon3位点C729T多态性基因分型。方法选择22例子宫内膜癌患者与42例良性病患者为研究对象。建立富含GC区序列特异性PCR(SS-PCR)。将两对引物分别进行PCR扩增,所设计的两条特异性引物即内引物分别与DNA 双链的两条单链相同,其3′端正好与SNP位点重合,由引物的3′端控制着引物的延伸反应,根据延伸产物的条带确定SNP类型;并通过在引物的3′端区域倒数第3位引入一个人为不匹配碱基来提高延伸反应的特异性。应用该方法鉴别Exon3 SNP位点C729T基因型,并通过直接测序法验证。结果建立的序列特异性PCR方法适合富含GC区SNP分型,能够准确分析子宫内膜癌的特定ERα Exon3位点C729T多态性基因分型。结论富含GC区SNP分型的序列特异性PCR方法,可以用于子宫内膜癌的特定ERα Exon3位点C729T多态性基因分型。

盐酸小檗碱与DNA作用的序列特异性研究

基于分子吸收和发射测量,研究了盐酸小檗碱与特定序列DNA间的相互作用。结果发现双链DNA中含有不配对G碱基时,其与盐酸小檗碱作用后产生的光谱特征将明显不同于完全互补的双链DNA。该特征可被用于检测1个错配碱基的双链DNA。利用Hyperchem Professional软件包计算了4种寡聚核苷酸的电荷分布情况,并在此基础上进一步探讨了盐酸小檗碱与寡聚核苷酸之间的作用机理。

柔红霉素与DNA作用的序列特异性研究

采用紫外 -可见光谱法和紫外 -可见光谱电化学法研究了柔红霉素 (DNR)与不同寡聚核苷酸之间的相互作用 .结果表明 ,DNR优先作用于寡聚核苷酸的 Cp G位点 ,然后是 Ap G和 Ap C.因为 DNR可与鸟嘌呤之间形成 3个氢键 .与双链寡聚核苷酸作用时 ,DNR最先插入的位点是 (Cp G) 2 碱基对之间 ,其次是 (Tp G)(Cp A)和 (Gp C) (Ap C)碱基对之间 .当 DNR与存在未配对 G碱基的 DNA链作用时 ,因游离的 DNR量增加使其电化学活性增加 ,导致 DNA构象和构型的变化 ,使 DNA生理功能受到损伤 ,DNA碱基增色效应显著上升 .此法可用于 G碱基未配对 DNA链的检测 .

聚合酶链反应-序列特异性引物方法检测儿科疾病基因多态性

目的建立多个基因多态性分型的聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)的方法,以推广其在儿科疾病分子水平研究中的应用。方法应用PCR-SSP的方法分析以下基因的多态性,TNF-α-308A/G和-238G/A变异,IL-6-174G/C变异。结果应用同一个PCR扩增程序,可同时对多个基因、多个临床样本的多态性进行分析,基因型清晰,且基因分型快速、准确。结论PCR-SSP适合对大样本、多基因的多态性进行分析,成本低、快速、准确,在儿科疾病分子水平研究中前景良好。

博莱霉素A_5与DNA结合序列特异性研究

利用荧光淬灭法研究了博莱霉素Ａ５与小牛胸腺ＤＮＡ及ＤＮＡ类似物多聚ｄＧＣ、多聚ｄＡＴ的相互作用，其作用力为疏水作用及氢键，结合常数分别为０．５７×１０５，１．０７×１０５，０．４７×１０５ｍｏｌ－１Ｌ，每结合一个博莱霉素Ａ５所需碱基对数分别为２２～２３，５～６，２７～２８。

一个深度学习DNA序列特异性的预测模型

DNA序列特异性是指DNA序列对特异性蛋白质的结合能力.基于深度学习的框架去预测DNA和蛋白质是否结合.首先对DNA序列进行词切分,然后利用词向量模型学习DNA序列词向量,将提取的序列词向量输入卷积神经网络以此提取高层特征,随后利用双向长短周期网络对序列特征进行再累积提取,最后用累积特征进行分类.本文在权威的690个数据集上进行了实验.实验结果与当今权威方法的结果相比具有很强的竞争力.

药物-DNA相互作用的序列特异性的研究进展

综述了测定与 DNA作用的药物的序列特异性的定性和定量方法。对于剪切 DNA或与 DNA共价结合的药物 ,可以通过它们在 DNA螺旋上留下的永久性痕迹来确定其序列特异性 ;对于与 DNA进行平衡结合的药物 ,足印迹法和转录法是比较好的实验方法。另外还有通过酶间接作用于 DNA的药物的序列特异性的测定方法。

AT 序列特异性结合蛋白2在骨肉瘤病理诊断中的价值

目的：探讨AT序列特异性结合蛋白2（ SATB2）在骨肉瘤病理诊断及鉴别诊断中的价值。方法收集安徽科大学第一附属医院2008至2014年间确诊的47例骨肉瘤（普通型骨肉瘤、小细胞性骨肉瘤、髓内高分化骨肉瘤和其他类型骨肉瘤）、5例骨母细胞瘤、4例纤维结构不良、5例骨化性肌炎、10例软骨母细胞瘤、8例软骨肉瘤、5例Ewing肉瘤、5例未分化多形性肉瘤、6例纤维肉瘤和2例平滑肌肉瘤，采用免疫组织化学EnVision法分别检测SATB2蛋白在这些病变中表达的情况。结果 SATB2在骨肉瘤中阳性表达率为83.0％（39／47），在骨母细胞瘤中阳性表达比例为5／5，在骨化性肌炎中阳性表达比例为5／5，在软骨母细胞瘤中阳性表达比例为2／10，但在纤维结构不良、软骨肉瘤、Ewing肉瘤和骨原发性梭形细胞肉瘤（未分化多形性肉瘤、纤维肉瘤和平滑肌肉瘤）中均为阴性。结论 SATB2做为可靠的成骨细胞标志物，对于鉴别骨肉瘤和其他非成骨性肉瘤具有重要意义。但值得注意的是SATB2对于区分骨肉瘤和其他成骨性病变意义有限。

沈阳汉族群体HLA Ⅰ类基因座PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型研究

目的检测和分析沈阳汉族HLA-A、-B、-Cw位点等位基因的多态性。方法采用聚合酶链反应-寡核苷酸探针杂交分型方法对108名沈阳籍健康献血员进行HLA-A、-B、-Cw等位基因分型。结果检出等位基因HLA-A位点21个,B位点43个,Cw位点23个;所有位点的等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。结论从基因水平分析了HLAⅠ类基因的群体分布特征,提供了沈阳汉族群体HLAⅠ类基因座更准确的基因频率。

序列特异性核酸酶及其在植物基因组定向修饰中的应用

通过对基因组特定区域进行精确定向遗传修饰,一方面可以针对目标序列进行精确突变,获得突变材料,对目标基因功能进行明确鉴定;另一方面可以进行目标序列的精确置换或插入,将外源基因随机导入造成的表达及遗传的不确定性降至最低。传统的基因定向修饰技术仅依赖于细胞自身的同源重组,修饰效率低下,而且还存在位置效应和遗传不稳定等诸多问题。通过引入序列特异性核酸酶(sequence-specific nucleases,SSN),可以在基因组特定位点造成DNA双链断裂(double strand break,DSB),促进依赖于细胞内源"同源重组"及"非同源末端连接"的DNA修复事件的定向发生,实现基因组定向遗传修饰效率的大幅提升。迄今为止,在基因组定向遗传修饰研究及应用领域,已经有多种不同类型的序列特异性核酸酶被有效使用,在多种生物中实现了不同类型的基因组定向遗传修饰。该文首先综述了SSN的结构特征及技术原理,然后对SSN技术在植物基因组定向遗传修饰中的研究进展和应用前景进行了重点介绍。

羊水细胞ABO血型序列特异性引物-PCR法基因定型研究

目的探讨羊水细胞采用序列特异性引物-聚合酶链反应(PCR-sequence specific primers,PCR-SSP)法进行胎儿ABO血型基因定型检测的可靠性。方法 28例孕妇羊水细胞采用PCR-SSP法进行胎儿ABO血型基因定型检测,对应胎儿出生后进行ABO血型血清学定型。结果 28份羊水细胞中27份ABO基因定型结果与胎儿出生后血清学定型结果相符。结论 PCR-SSP方法检测羊水细胞ABO基因型能较准确判定胎儿ABO血型,可用于产前胎儿ABO血型检测。

流式细胞仪结合序列特异性寡核苷酸探针基因分型方法在血小板供者资料库建立中的应用

目的探讨高通量流式细胞仪结合序列特异性寡核苷酸探针（FLOWlSs0）技术在人类血小板抗原（HPA）基因分型中的应用。方法采用FLOW—SSO技术对1378例汉族血小板捐献者HPA1～6，15系统的基因型进行检测；并以10份国际输血协会（IsBT）第12届血小板免疫学术研讨会提供的质控样品对FLOW-SSO技术的可靠性进行考核。以3家供应商提供的不同聚合酶链反应一序列特异引物法（PCR—SSP）试剂，对50份血小板样品的基因分型结果进行比对试验。分型结果采用Y。检验考察HPA系统的基因型频率分布是否符合Hardy—Weinberg遗传平衡定律。结果通过FLOW-SSO方法获得的1379例血小板供者HPA等位基因频率如下，HPA—1a为0．9927，HPA-1b为0．0073，HPA-2a为0．9536，HPA-2b为0．0464，HPA-3a为0．5700，HPA-3b为0．4300，HPA-4a为0．9982，HPA-4b为0．0018，HPA-5a为0．9804，HPA-5b为0．0196，HPA-6a为0．9822，HPA-6b为0．0178，HPA-15a为0．5337及HPA-15b为0．4663。基因频率检测结果经Y。检验，其分布符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律。ISBT提供的10份样品考核结果相符率为100％。50份血小板样本采用3种不同的PCR—SSP试剂测定的HPA1～6，15基因分型结果，与FLOW—SSO技术测定结果完全一致。结论FLOW—Ss0基因分型技术有便捷、重复性好及高通量等特点，适用于血小板供者资料库的血小板基因分型。

改良型序列特异性引物PCR用于脂联素基因单核苷酸多态性的检测

目的运用序列特异性引物PCR技术(SSP-PCR)研究基因单核苷酸多态性。方法根据GenBank中人脂联素基因(APM1)序列及SNP信息,利用Primer5.0设计引物,通过PCR技术检测APM1的SNPs。结果建立并优化了序列特异性引物PCR(SSP-PCR)技术,并可快速、直观、准确地进行基因分型。结论改良的SSP-PCR技术是一种特异性更高、操作简便的SNP检测方法。