酵母蛋白质的序列相似性分析

介绍了蛋白质序列相似性分析的进展 ,并以对酵母蛋白质所做的工作为例 ,详细说明了蛋白质序列相似性分析的过程和有关算法 ,阐明了将蛋白质的结构分析和功能预测结合起来对序列相似性分析的意义 ,还针对蛋白质结构分析和功能预测的方法 ,提出了一些目前存在的问题 ,作为以后研究工作的出发点 .

基于时间序列相似性分析探讨中风方剂中的症—药演变规律

【目的】基于中医古籍智能检索平台,采用时间序列相似性分析方法探索治疗中风方剂的症-药演变规律,为中风的临床诊疗提供参考。【方法】筛选治疗中风的方剂,对中风相关症状与治疗中风方剂的药物进行提取与标准化,依据方剂所属古籍的成书或刊刻时间,形成时间序列数据,依据形态相似距离评估不同历史时期的症-症、药-药、症-药间相似性,从而探寻治疗中风方剂中症-药的演变规律。【结果】共收集公元341-1949年间的2065首治疗中风的方剂,涉及中医古籍258本。症-症相关性分析得到3类有关中风的症状群;全时期的症-药时间序列中共记录中药643味,频次居前100位的中药可聚为4类中药群。症-药相关性分析结果显示症状群Ⅰ(真中风症状群)与中药群Ⅰ相关性最显著,症状群Ⅱ(类中风症状群)与中药群Ⅱ相关性最显著,症状群Ⅲ(急中风症状群)与中药群Ⅰ相关性最显著。【结论】通过中风症-药时间序列相似性分析发现,中风相关症状逐渐形成真中风、类中风与急中风3组症状群,与其密切相关的中药可分为4类,各症状群与各中药群关系迥异,其中药配伍日益丰富,治法组合也逐渐完善。挖掘所得结果可为中医药治疗中风的理论发展和临床应用提供一定的参考。

基于相似性序列分析的三维模型检索性能评价

普林斯顿形状基准数据库已经成为当前三维模型检索研究人员使用最为广泛的基准数据库之一。但是该基准数据库存在着一个重要的缺陷,那便是模型类别之间的相似性没有被考虑,这导致在对检索结果进行性能评价时出现与人类直观感觉不一致的结论。为了克服这个缺陷,提出了一种新的基准数据库分类方案,并且在此基础上提出了一种基于相似性序列分析的检索性能评估方法。

一株新型鸭呼肠孤病毒的分离鉴定

本研究对一例临床疑似由新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)感染的雏鸭病例进行RT-PCR鉴定、鸡胚及细胞培养的特性、病毒基因同源性分析等研究。结果显示,从该病例样品中扩增到NDRVσB部分基因片段的特异性条带;组织样品接种鸡胚后引起鸡胚发育迟缓、死亡,胚体全身及多脏器出血;对扩增的病毒分离株GX-Y5的σB基因部分序列的测序分析结果表明,该分离株与NDRV参考毒株的核苷酸序列相似性高,其中与GX-Y7的最高,为99.49%;接种DEF后产生空泡、细胞崩解等细胞病变。综上结果,本研究从临床发病雏鸭中分离鉴定到一株NDRV。

虫生真菌非核糖体多肽活性产物生物合成潜力预测

肉座菌目虫生真菌合成的非核糖体多肽类天然产物具有抗菌、杀虫、抗癌、调节免疫等生物活性,在临床和农业等领域有重要应用价值。近年来,随着真菌基因组测序数量的迅速增加、注释和分析工具的不断进步,人们发现真菌基因组中存在大量产物未知的天然产物合成基因。准确有效地预测这些基因的功能,筛选最有潜力合成新颖天然产物的基因簇,可以提高天然产物挖掘的效率。本研究选取40株肉座菌目虫生真菌基因组,系统分析了编码非核糖体多肽合成酶的基因及基因簇。基于隐马尔可夫模型,预测了445个模块型非核糖体多肽合成酶和1243个类非核糖体多肽合成酶;通过提取腺苷酰化结构域,构建序列相似性网络,以已知功能的非核糖体多肽合成酶作为标签,利用马尔可夫聚类算法,分析了非核糖体多肽产物的主要类别,发现了可能合成线性多肽、环缩肽、脂多肽、生物碱等新型结构化合物的基因簇。研究结果不仅揭示了肉座菌目虫生真菌合成非核糖体多肽活性产物的巨大潜力,而且为通过激活沉默基因簇挖掘新产物、利用合成生物学手段改造合成途径提供参考。