基于序列缺失的MRI多序列特征填补与融合互助模型:鉴别高低级别胶质瘤

目的探讨基于序列缺失的MRI多序列特征填补与融合互助模型应用于高级别胶质瘤(HGG)与低级别胶质瘤(LGG)鉴别的性能表现。方法回顾性收集305例胶质瘤患者(189例HGG,116例LGG)的MRI图像,分别勾画出T1加权成像(T1WI)、T2加权成像(T2WI)、T2液体翻转恢复衰减(T2_FLAIR)和T1WI增强图像(CE_T1WI)的感兴趣区(ROI),提取出4个ROI的影像组学特征。利用本研究提出的基于序列缺失的MRI多序列特征填补与融合互助模型对含有缺失数据的特征矩阵进行填补与融合双向学习得到互助模型。采用五折交叉验证方法和准确率(ACC)、平衡准确率(BAcc)、ROC曲线下的面积(AUC)、特异性和灵敏度评价该模型的鉴别能力。所提模型与其他非完整多模态分类模型在鉴别HGG与LGG上进行定量比较,对本文提出的特征填补与融合方法学习得到的潜在特征进行类可分性实验,观察样本在二维平面的分类效果,采用收敛性实验验证该模型的可行性。结果模型序列缺失率为10%时,其在鉴别HGG与LGG的ACC、BAcc、AUC、特异性、灵敏度分别为:0.777、0.768、0.826、0.754和0.780,融合的潜在特征在类可分性实验中有优秀表现,该算法可迭代至收敛。缺失率为30%、50%时,分类性能也优于其他方法。结论基于序列缺失的MRI多序列特征填补与融合互助模型在HGG和LGG的分类任务中具有优异的性能表现。与其他非完整多模态分类模型相比,该模型在鉴别HGG和LGG的分类性能更优,适用于非完整模态的多模态数据的处理。

贵州省部分少数民族线粒体DNA 9bp序列缺失频率研究

目的：研究中国贵州省部分少数民族线粒体DNA 9bp序列缺失情况。方法：采用PCR法扩增线粒体基因组细胞色素氧化酶Ⅱ和tRNA^lym基因间非编码序列中含9bp序列缺失的片段，3％琼脂糖凝胶电泳检测缺失情况。结果：各少数民族线粒体DNA9bp序列缺失频率为7．4％～23．4％，最低为银屏壮族，最高为沙井苗族。结论：贵州省部分少数民族线粒体DNA9bp序列缺失频率较高，各民族DNA9bp序列缺失频率有一定差异。

膜联蛋白AnxB1序列缺失突变体的结构模建及活性分析

为获得低分子量、低免疫原性的膜联蛋白AnxB1的序列缺失突变体 ,以AnxB1C端的 4个内部同源结构域为基础 ,模拟构建了 4个突变体群 .利用同源模建的方法对各突变体进行结构模建和分子优化 ,最后选择 4个结构最为合理的突变体在大肠杆菌GST融合表达系统中表达 .结果显示 :GST M3和GST M4均表达出较强的抗凝血活性 ,且免疫原性也降低为原来的 1 2 ,为进一步构建兼具抗凝、溶栓双重功能的靶向性溶栓药物奠定了基础 .

基于隐马氏模型对编码序列缺失与插入的检测(英文)

在基因组测序工作完成后 ,利用计算工具进行基因识别以及基因结构预测受到了越来越多人的重视 .人们开发了大量的相关应用软件 ,如GenScan ,Genemark ,GRAIL等 ,这些软件在寻找新基因方面提供了很重要的线索 .但基因的识别和预测问题仍未得到完全解决 ,当目标基因的编码序列有缺失和插入时 ,其预测结果和基因的实际结构相差很大 .为了消除测序错误对预测结果的影响 ,希望能找出编码序列区的测序错误 .基于这种想法 ,尝试根据DNA序列的一些统计特性 ,利用隐马尔科夫模型 (HiddenMarkovModel) ,引入缺失和插入状态 ,然后用Viterbi算法 ,从中找出含有缺失和插入的外显子序列片段 .在常用的Burset/Guigo检测集进行检测 ,得到的结果在外显子水平上 ,Sn (sensitivity)和Sp (specificity)均达到 84%以上 .

现代罗布人mtDNA 9bp序列缺失频率与DYS287位点多态性研究

目的:研究现代罗布人线粒体DNA 9bp序列缺失频率与Y染色体DYS287位点多态性。方法:分别采用PCR扩增直接测序法和PCR结合琼脂糖凝胶电泳检测法对不同位点的多态性进行分析。结果:在48名无关现代罗布人群个体中,线粒体DNA9bp序列缺失频率为8.3%,在34名无关现代罗布人群男性个体中DYS287全部显示为YAP-。结论:获得现代罗布人线粒体DNA 9bp序列缺失频率与Y染色体DYS287位点多态性数据,为该群体遗传关系的分析、法医学鉴定及该群体的起源提供了一定的遗传背景资料。

转基因小鼠中外源基因部分内含子序列的缺失及其对转录的影响

利用PCR扩增及PCR测序在显微注射法产生的转基因小鼠中发现,整合在小鼠染色体上的肌球蛋白轻链2启动子(myosinlightchain2promoter,MLC2)-糜酶(chymase)外源融合基因存在两种形式,一种为全长的融合基因,另一种在糜酶结构基因的第一内含子中缺失了213bp的序列。RT-PCR结果表明,缺失了部分内含子序列的外源融合基因不能在转基因小鼠心脏中表达.而全长的外源融合基因则能较高水平地表达,竞争性PCR定量实验表明在200ng心脏总RNA反转录产物中约含5.05(±1.38)×106个糜酶cDNA分子。上述结果表明,糜酶结构基因的第一内含子可能对MLC2-糜酶基因的表达具有调控作用。

陕西省番茄黄化曲叶病毒基因间隔区缺失突变体的鉴定与不同分离物间群体进化研究

为明确番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)基因组的变异情况,分别从陕西省杨凌区、泾阳县、大荔县和阎良区采集了表现为番茄黄化曲叶病症状的抗病品种番茄样品20份以及感病品种番茄样品4份。经TYLCV特异性引物检测,24个样品均为阳性。通过全长扩增测序获得了15个TYLCV分离物的基因组序列。序列分析显示,其中7个分离物基因组大小为正常的2781 bp,而有8个TYLCV分离物基因组大小为2768 bp。与正常基因组相比,这8个分离物在基因间隔区(intergenic region,IR)的TATA-box与保守9核苷酸序列之间发生了13个核苷酸的缺失。对我国不同地区TYLCV分离物全基因组序列进行变异分析,发现IR区域是发生核苷酸变异最大的区域。系统进化分析表明,本研究分离到的15个TYLCV分离物均属于TYLCV-Israel进化分支下的中国亚群,其中8个TYLCV IR缺失突变体与国内已报道的IR缺失突变体BJ04和BJ06亲缘关系较远,而与本研究中分离得到的正常TYLCV分离物亲缘关系最近,疑似为陕西地区出现的一类新TYLCV IR缺失突变体。本研究首次对我国不同地区多个TYLCV分离物出现IR区缺失现象进行了报道。

Y染色体AZFc区缺失患者的治疗结局分析

目的:探讨Y染色体无精子症因素(azoospermia factor,AZF)c区缺失患者治疗方案的选择。方法:对既往183例在北京大学第三医院诊治的Y染色体AZFc区缺失患者的资料进行回顾性分析,整理诊疗过程及结局,找出AZFc区缺失患者精液情况的特点。结果:183例AZFc区缺失的患者中105例(57.4%,105/183)能够自行射出精子,其中103例(98.1%,103/105)为重度或者严重少精子症,98例通过规律的药物治疗后有6例(6.1%,6/98)自然受孕,其余99例行胞浆内单精子显微注射(intracytoplasmic sperm injection,ICSI)患者中有68例(68.7%,68/99)成功受孕。183例AZFc区缺失患者中78例临床表现为无精子症,其中49例(62.8%,49/78)先行睾丸穿刺取精术(testicular sperm aspiration,TESA),21例(26.9%,21/78)直接行显微取精术(micro-dissection testicular sperm extraction,micro-TESE)。行TESA的患者中,17例(34.7%,17/49)找到精子,32例(65.3%,32/49)未找到精子,包括12例(37.5%,12/32)放弃治疗及20例(62.5%,20/32)选择行micro-TESE患者。截至最后随访,41位选择micro-TESE的患者中已有19例(46.3%,19/41)完成手术,其中11例(57.9%,11/19)成功找到精子,包括TESA失败后行micro-TESE的患者(6例)中的4例(66.6%,4/6)。无精子症AZFc区缺失患者中已经有7例行ICSI,4例(57.1%,4/7)成功受孕。结论:AZFc区缺失的患者中有精子者大部分为重度或严重少精子症,长期的药物治疗效果不佳,应及时行ICSI治疗;无精子的患者通过TESA取到精子的概率稍低,TESA失败后行micro-TESE取精仍有一定的成功率,因此,在某些情况下直接选择micro-TESE可以减少患者的多次受创。

老年大鼠耳蜗螺旋神经节及耳蜗核线粒体DNA缺失的研究

目的 探讨耳蜗螺旋神经节及耳蜗核线粒体DNA(mitochondrialDNA ,mtDNA)缺失在老年聋发病中的可能作用。方法 分别测试老年组及青年组大鼠听性脑干反应 (ABR)阈值 ,应用聚合酶链反应 (polymerasechainre action,PCR)技术对老年及青年大鼠耳蜗螺旋神经节及脑组织中耳蜗核mtDNA 4 834bp缺失片段进行检测。结果老年组及青年组大鼠ABR阈值分别为 71.0 0± 6 .75、39.83± 4 .4 5dBpeSPL。老年大鼠耳蜗螺旋神经节及脑组织中耳蜗核mtDNA483 4 缺失出现率分别为 6 6 .7%、10 0 % ;青年鼠耳蜗螺旋神经节及脑组织中耳蜗核均无此片段缺失。 结论 老年大鼠耳蜗螺旋神经节及脑组织中耳蜗核存在mtDNA片段缺失 ,并可能在老年聋发病中起重要作用。

慢性HBV感染者不同病程阶段HBV前S基因缺失突变的比较分析

目的探讨慢性HBV感染者不同病程阶段前S(pre-S)基因缺失的临床流行特点及其临床意义。方法采用巢式PCR方法扩增测序146例慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者(CHB组)、111例HBV相关肝硬化(liver cirrhosis,LC)患者(LC组)、146例慢加急性肝衰竭(acute-on-chronic liver failure,ACLF)患者(ACLF组)和136例HBV相关肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者(HCC组)的HBV pre-S基因(nt 2848-154)。分析比较不同组pre-S基因缺失发生率、缺失热点区域和缺失片段长度。结果 LC组和HCC组HBV pre-S基因缺失率显著高于CHB组(26.1%vs.15.8%,P=0.040;34.6%vs.15.8%,P<0.001);LC组pre-S1基因单独缺失率显著高于CHB组(17.1%vs.4.8%,P=0.001);HCC组pre-S2基因单独缺失率显著高于CHB组(19.1%vs.4.8%,P<0.001)。不同病程阶段患者发生缺失的热点区域也不相同,CHB组发生缺失的热点区域为nt 3031-3215(30.4%)和nt 24-57(30.4%);LC组为nt 2849-2866(55.2%)和nt 5-55(31.0%);ACLF组为nt 2849-2866(28.6%)和nt 1-54(25.7%);HCC组为nt 5-55(57.4%)和nt 2849-2866(12.8%)。不同病程阶段患者发生pre-S基因缺失的片段长度差异无统计学意义。结论慢性HBV感染者中,随着疾病进展HBV pre-S基因缺失率呈上升趋势,其中pre-S1基因缺失突变在LC患者中显著增高,pre-S2基因缺失突变在HCC患者中显著增高。pre-S基因缺失可能参与驱动HBV慢性感染的疾病进展。

新疆8个地域维吾尔族群线粒体DNAV-区9 bp缺失频率与Y-染色体DYS287位点多态性研究

为研究新疆8个地域维吾尔族群体的线粒体DNA 9 bp序列缺失频率与Y染色体DYS287位点多态性,分别采用PCR扩增直接测序法和PCR结合琼脂糖凝胶电泳检测法对群线粒体DNA 9 bp缺失频率与Y-染色体DYS287位点多态性进行分析。结果表明在新疆的喀什、和田、库车、且木、哈密、吐鲁番、伊梨和尉梨县的240个无关现代维吾尔族群体中,线粒体DNA 9 bp缺失频率为3.3%,3.3%,6.6%,3.3%,6.6%,3.3%,3.3%,10%。在180个无关现代维吾尔族群男性个体中Y染色体DYS287位点全部显示为YAP-,没有显示为YAP+。结果提示新疆不同地域现代维吾尔族群体的线粒体DNA 9 bp缺失频率相当低,9 bp缺失不是现代维吾尔族的母系遗传传结构特征,而且不同地域维吾尔族群体线粒体DNA 9 bp缺失频率没有显著性的差异。父系遗传结构单一,YAP+不是现代维吾尔族群体的父系遗传特征。研究获得了新疆不同地域维吾尔族群体的线粒体DNA 9 bp序列缺失频率与Y染色体DYS287位点多态性数据,为不同地域维吾尔族群体遗传关系的分析,法医鉴定及不同地域维吾尔族群体之间的起源关系差异提供了一定的遗传背景资料。

原发性无精症及少精症患者遗传学病因分析

目的:了解染色体核型异常和Y染色体微缺失与精子生成障碍的关系。方法:87例原发性无精子症或少精子症患者,45例行外周血染色体核型分析,42例行Y染色体微缺失多重PCR筛查,以精液常规检查显示正常男性的外周血作为对照,探讨染色体核型异常和Y染色体微缺失与精子生成障碍的关系。结果:45例原发性无精子症或少精子症患者中,外周血染色体核型异常17例(37.8%),无精子症患者中有13例,占56.5%;少精子症患者中有4例,占18.2%;对照中发现染色体核型异常8例(16.0%),原发性无精子症或少精子症患者染色体异常检出率显著高于对照(P<0.05);42例原发性无精子症或少精子症患者中Y染色体微缺失多重PCR筛查显示5例(11.9%)有Y染色体STS位点的缺失,3例发现染色体核型异常,对照组未检出Y染色体STS位点缺失。结论:染色体畸变和Y染色体微缺失可能是男性精子生成障碍的重要原因之一。

线粒体DNA损伤与人肝癌细胞多药耐药关系的研究

目的:建立线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)缺失肝癌SK-Hep1细胞(ρ°SK-Hep1)的转线粒体模型(cybrid,Cyb),探讨mtDNA缺失诱导人肝癌细胞多药耐药表型产生的可能机制。方法:采用聚乙二醇融合法,将正常人血小板融合入ρ°SK-Hep1细胞,建立ρ°SK-Hep1细胞转线粒体模型SK-Hep1Cyb,并采用PCR、Southern杂交进行鉴定;计数法描绘细胞生长曲线,计算倍增时间;Transwell实验检测细胞侵袭能力,MTT法检测药物敏感性,Western印迹法检测细胞中P-糖蛋白(P-glycoprotein,P-gp)、多药耐药相关蛋白1(multidrug resistance-associated protein 1,MRP1)和Bcl-2的表达水平。结果:PCR、Southern杂交证实ρ°SK-Hep1融合了正常人血小板线粒体,成功建立了转线粒体细胞模型SK-Hep1Cyb。ρ°SK-Hep1细胞群体倍增时间明显缩短(P<0.01),生长速度加快,侵袭能力增强;与SK-Hep1细胞和SK-Hep1Cyb细胞相比,ρ°SK-Hep1细胞对化疗药物耐药性增强,细胞内P-gp、MRP1和Bcl-2蛋白表达增加。结论:采用细胞融合技术成功建立了ρ°SK-Hep1细胞的转线粒体模型。P-gp、MRP1和Bcl-2蛋白表达增加在mtDNA缺失诱导多药耐药表型产生中可能具有一定的作用。

阿根廷EH油田浅层气识别解释新方法及应用

El Huemul油田目的层主要为新生界古新统,试油试采揭示主要储层为Rio Chico组。利用研究区内有限的测井资料,采用交会图版法,利用深感应电阻率ILD、自然电位幅度值SP及自然电位最大幅度值SSP曲线建立浅层气识别图版,结合三孔隙测井曲线,在参数定量计算基础上对各层进行解释,结合图版最终确定浅层气解释标准。总结阿根廷EH区块浅层气识别解释的新方法及应用,对气田开发及可行性评价均具有重要意义。

人类白细胞抗原G基因14bp缺失多态性与重度子痫前期发病的关系

目的 探讨人类白细胞抗原G（HLA-G）基因第8外显子14 bp缺失多态性与重度子痫前期发病的关系.方法 选择2008年10月至2009年2月在郑州大学第三附属医院妇产科住院的42例孕晚期重度子痫前期孕妇及其新生儿为重度子痫前期组.另选择同期正常孕晚期孕妇及其新生儿45例为健康晚孕组,两组孕妇均为汉族居民.采用PCR技术对两组孕妇及其新生儿进行HLA-G基因第8外显子14 bp缺失多态性的等位基因分析,分别比较两组孕妇及其新生儿之间等位基因及基因型的频率分布,通过母、儿基因型配伍,比较两组间基因型配伍频率分布的差异.结果 （1）重度子痫前期组中母、儿均为14 bp缺失纯合子（-14 bp/-14 bp）的基因型配伍的频率为14%（6/42）,显著低于健康晚孕组的33%（15/45）,两组比较,差异有统计学意义（P=0.038）;（2）重度子痫前期组孕妇HIA-G第8外显子14 bp缺失多态性的等位基因频率、基因型频率与健康晚孕组比较,差异均尤统计学意义（P〉0.05）;（3）重度子痫前期组新生儿HLA-G第8外显子14 bp缺失多态性等位基因＋14 bp频率为44%（37/84）、-14 bp为56%（47/84）,健康晚孕组新生儿＋14 bp为30%（27/90）、-14 bp为70%（63/90）,两组比较,差异虽无统计学意义,但存在差异性趋势（P=0.055）;重度子痫前期组新生儿（-14 bp/-14 bp）基因型频率为29%（12/42）,与健康晚孕组的49%（22/45）相比,存在差异性趋势（P=0.052）.结论 中国汉族孕妇中,HIJA-G第8外显子14 bp缺失多态性与重度子痫前期的发病有关;母、儿均为缺失纯合子（-14 bp/-14 bp）基因型配伍者,发生重度子痫前期的风险会降低.

广西地区缺失型α地中海贫血基因分布特征

目的 分析广西地区缺失型α地中海贫血（地贫）检出情况及基因分布特征,为基因诊断与遗传咨询提供理论依据.方法 采用跨越缺U PCR检测中国人群3种常见缺失型α地贫基因（-SEA、-α37、-α4.2）突变情况,对于常规地贫检测基大型与临床表型不相符的标本,采用多重连接探针扩增及α或β珠蛋白基大测序技术检测基因突变情况.分析广西地区缺失型α地贫的基因分布特征.结果 51 191名疑诊地贫者中,共检出缺失型α地贫19 853例,占39.9％,其中中国人群常见缺失型（--SEA、-α3 7、-α4.2）19 780例,泰国型缺失61例,三联体（香港型）（αααHK）9例,21.9 kb缺失1例及809 bp缺失2例.结论 广西地区缺失型α地贫所占比例高,类型复杂多样,对于基因型与临床表型不符的人群,进一步基因诊断可能检出罕见类型的地贫基因型,避免漏诊误诊,更好的为临床遗传咨询和产前诊断提供依据.

番茄黄化曲叶病毒基因间区缺失突变体在北京的发现与证实

在北京发现两种致病性有差异的番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)毒株,得到两个不同的TYLCV分离物BJ03和BJ04,并对它们进行了全长扩增测序。TYLCV-BJ03全长为2 781 bp,TYLCV-BJ04全长为2 740 bp。进化树分析显示,这两个毒株分别属于以色列株系TYLCV-IL进化分支下中国的两个不同亚群。二者核酸序列的同源性为99.15%,主要差异在基因间区(intergenic region,IR)。BJ04比BJ03的IR区在互补链方向TATA-box与保守的9核苷酸序列之间缺失41个碱基。通过针对缺失片段设计的特异引物验证,进一步证实了TYLCV的IR区缺失突变体的存在。在对温室中不同发病番茄样本的检测中,同时检测到被两种毒株单独侵染和复合侵染的植株。

HBx缺失突变体介导RhoGDIα表达下调对肝癌细胞迁移和侵袭的影响

目的 探讨乙型肝炎病毒X蛋白（HBx）缺失突变体（HBxΔ31）抑制Rho蛋白二磷酸鸟苷解离抑制因子α（RhoGDIα）表达的作用机制及其对肝细胞癌（HCC）转移的影响.方法 选取稳定表达野生型HBx及其缺失突变体HBxΔ31蛋白的HCC细胞株HepG2为研究对象,采用实时定量反转录聚合酶链反应（RT-qPCR）及蛋白印迹法检测HBxΔ31对RhoGDIα表达的影响.构建RhoGDIα启动子区系列缺失报告基因载体,与真核表达载体HA-HBx及HA-HBxΔ31共转染HepG2细胞,荧光素酶活性检测确定HBxΔ31关键作用区域.免疫共沉淀（Co-IP）鉴定HBxΔ31与转录因子myc相关锌指蛋白（MAZ）间的相互作用,凝胶电泳迁移率实验（EMSA）分析HBxΔ31对MAZ与RhoGDIα启动子结合的影响.体外迁移和侵袭实验观察RhoGDIα对HBxΔ31介导HepG2细胞迁移和侵袭能力的影响.结果 HBxΔ31在转录水平抑制了RhoGDIα基因的表达,其作用核心区位于其启动子的-460--242bp区域,对该区域3个转录因子MAZ结合位点突变分析,证实MAZ参与HBxΔ31对RhoGDIα的表达调控.Co-IP提示HBxΔ31能与MAZ相互作用,EMSA分析显示MAZ通过与RhoGDIα启动子结合发挥作用,而HBxΔ31增强了这种效应.体外侵袭和迁移实验表明,对照组与RhoGDIα干扰组的HepG2细胞迁移数分别为（58±5）个和（98±7）个,侵袭细胞数分别为（55±6）个和（113±6）个,差异均有统计学意义（t=18.91和t=20.12,均P〈0.01）;而转染HBxΔ31的HepG2细胞迁移数[（115±6）个]和侵袭细胞数[（102±5）个]均多于共转染RhoGDIα与HBxΔ31的HepG2细胞迁移数[（40±4）个]和侵袭细胞数[（42±4）个]（t=18.14和t=16.31,均P〈0.001）.结论 HBxΔ31通过与MAZ相互作用增强其与RhoGDIα启动子的结合,导致RhoGDIα表达下调,从而促进肝癌细胞的侵袭和迁移.

应用LSI9q34探针及ES／DCDF探针检测慢性粒细胞白血病患者der（9）缺失的研究

目的研究慢性粒细胞性白血病（CML）患者衍生9号染色体[der（9）1部分序列缺失情况，探讨LSI9q34探针在检测der（9）缺失中的联合应用价值。方法对52例CML患者采用不加任何刺激剂的骨髓进行24h短期培养法制备染色体，吉姆萨显带进行核型分析。应用ES／DCDF探针及LSI9q34探针对骨髓间期细胞进行荧光原位杂交，并检测der（9）部分序列缺失。结果52例中经ES／DCDF探针检测全部为bcr-abl融合基因阳性，其中12例患者伴有der（9）部分缺失，占23．0％，经LSI9q34探针检测有11例患者伴有der（9）部分缺失。结论LSl9q34探针在判断CML患者是否伴有der（9）缺失方面有较好的特异性。伴有缺失的患者疾病进展较快，预后较差，甲磺酸依马替尼治疗不能完全逆转其负性作用，建议所有bcr-abl融合基因阳性的CML患者均应行LSI 9q34探针检测，以指导临床治疗。