一种基于表达序列标签(EST)的新型目标分子标记技术——保守区域扩增多态性(CoRAP)

CoRAP分子标记技术是一种基于表达序列标签的目标分子标记新技术,具有操作简单、重复性高和特异性强等优点。该分子标记的原理是:根据表达序列标签来设计1个固定引物,根据大多数内含子内部的一段保守序列设计另1个随机引物,在退火温度为52℃的常规3步法PCR程序下,扩增产生偏向表达序列标签附近区域的显性或共显性标记。该分子标记可以作为SRAP、TRAP标记有效补充的目标分子标记新技术,在生物多样性分析、遗传图谱构建、重要性状基因标记、QTL定位及分子标记辅助育种等方面均有较大的应用潜力。

基于表达序列标签(EST)的基因克隆和基因表达分析研究进展

表达序列标签 (expressed sequence tag,EST)是在生物体特定时空表达基因的一段 c DNA序列。随着生物信息学的发展 ,EST已成为基因定位、基因克隆、基因表达分析的有力工具。文章对应用 EST克隆基因和分析基因表达的研究进展进行了综述 ,并讨论了利用

表达序列标签(EST)分析及其在林木研究中的应用

简要叙述了表达序列标签EST技术的原理和流程,综述了EST在研究林木木材形成和其它生物学过程时新基因的发现、基因表达分析和基因芯片方面的应用进展以及在开发林木单核苷酸多态性和简单序列重复等分子标记和构建遗传图谱方面的应用进展,并对其在林木基因组研究中的应用前景进行了展望。

苎麻茎皮表达序列标签(ESTs)分析

以生长中期的苎麻[Boehmeria nivea(L.) Gaud]茎皮为材料,构建库容量为2.2×105pfu/mL的cDNA文库并随机挑选部分克隆进行测序和生物信息学初步分析,得到275条有效序列。通过与NCBI等数据库比对分析,获得已知功能基因或具推测功能基因的EST91条,已知EST37条,新的EST147条,具已知或推测功能的ESTs大致分为9类,其中与蛋白质合成有关的ESTs所占比例最大。cDNA文库的构建和ESTs分析为苎麻功能基因组学研究提供了一条方便快捷的途径。

猪肝脏组织表达序列标签(ESTs)的初步分析

构建了猪肝脏组织cDNA文库 ,并对文库中随机挑选的 4 38个克隆的表达序列标签 (ESTs)进行了研究。结果表明 ,在所研究的 4 38个ESTs中 ,186个在猪种中已有匹配序列 ,37个在人类及其它物种中可以找到同源序列 ,2 15个为未知功能基因。试验还测定了文库中 4 5个cDNA克隆的全长插入序列 ,结果表明 ,19个为已知功能基因 ,11个没有发现开放阅读框 ,其它 15个具有开放阅读框 ,但基因的功能未知。这些结果初步代表了肝脏组织的功能基因表达谱。

日本七鳃鳗(Lampetra japonica)口腔腺表达序列标签(EST)分析

以日本七鳃鳗口腔腺为材料,构建库容量为2.1×106pfu/mL的cDNA文库。通过对文库中克隆子的序列测定和生物信息学初步分析,得到1323条有效EST序列。经BlastX及BlastN软件进行同源对比分析,653条(49.36%)EST可在蛋白质或核苷酸水平上找到同源序列,其中328条与七鳃鳗科物种同源。同源序列功能分类大致分为11类,与蛋白质合成有关的蛋白所占比例最大。1323条EST进行片段重叠群分析(contig analysis)获得包括547条序列在内的162组片段重叠群并确定了8条全长cDNA。日本七鳃鳗口腔腺cDNA文库以及EST文库的成功构建,为研究日本七鳃鳗口腔腺的功能基因和蛋白质组学奠定了基础。

西洋参cDNA文库构建及表达序列标签(EST)分析

为研究西洋参根的基因表达谱和挖掘其功能基因,采用表达序列标签(EST)技术首次建立了四年生西洋参根的EST文库。通过BLAST与Gene Ontology分析获得与人参皂苷生物合成相关、编码P450和糖基转移酶等的基因序列11个,与生长素调节生长发育相关、编码生长素响应因子4和生长素调节蛋白等的基因6个,与水分胁迫相关、编码蛋白dehydrin和DC2.15 like蛋白等的基因7个,与编码抗氧化酶如peroxidase和catalase相关的基因6个。另外,从西洋参根的EST文库获得抗病基因12个,分别编码转录因子WRKY家族蛋白和ribonuclease蛋白家族,62个EST是其他物种尚未报道的新基因。可见,EST技术作为功能基因组研究的重要手段可在西洋参功能基因的开发与研究中发挥重要作用,这些基因的发现为进一步克隆基因全长、研究基因功能、改良西洋参品质、阐明西洋参生长缓慢的分子机制等方面奠定了基础。

小麦条锈菌cDNA文库构建和表达序列标签(ESTs)分析(英文)

小麦条锈菌(Puccinia striiformisf.sp.tritici)是全世界范围内小麦生产上的重要病原真菌,但是对小麦条锈菌的基因组和基因功能却了解甚少。为了促进小麦条锈菌基因组学的发展和大规模基因发现,我们以噬菌体λTrip1Ex2为载体,采用SMART技术构建了小麦条锈菌萌发夏孢子的cDNA文库。原始文库的滴度为1.1×106pfu/mL,平均插入片段长度为750 bp。从文库中随机挑取279个cDNA克隆测序,分析发现这些ESTs的平均GC含量为45.08%。通过聚类分析,279个ESTs拼接成31个contigs和80 singletons。BLASTx分析表明,47%的ESTs与GenBank中报道的功能已知或未知蛋白具有相似性。tBLASTx分析表明12个uniseqs与EST数据库中的序列具有相似性,其中9个是来自担子菌的cDNA文库。几个EST与已知的真菌致病相关基因具有高度相似性。RT-PCR分析了几个基因在小麦条锈菌侵染过程中的表达水平。这些结果为小麦条锈菌夏孢子萌发以及侵染寄主过程中的基因表达研究奠定了很好的分子生物学基础。

新疆雪莲全长cDNA文库构建及表达序列标签(ESTs)特性分析

以野生新疆雪莲(Saussurea involucrata Kar.et Kit)为研究材料,利用Creator SMARTTMcDNA Library Construction技术构建了雪莲全长cDNA文库,从野生雪莲中提取总RNA和mRNA,用分离到的微量mRNA合成cDNA第1链。通过长距离PCR扩增得到足够量的双链cDNA。将SfiⅠ酶切后并纯化的cDNA片段连接到经SfiⅠ酶切的噬菌体λTripIEX2上,并对噬菌体进行包装,建成cDNA的全长库。经大肠杆菌XL1-Blue平板检测,原始文库滴度达4.03×107(pfu/mL)。随机挑选500个克隆进行序列测定,PCR鉴定结果显示多数插入片段均在500 bp以上。将所测序列经GenBank检索和生物信息学比较,共有56个序列为非冗余数据。其中有14个cDNA片段序列在GenBank上无明显的同源性,42个片段与已报道的基因有较高的同源性。这些EST数据为进一步筛选和克隆雪莲特异性表达基因提供了材料平台,为雪莲基因组数据增补了大量信息。

植物基因组表达序列标签(EST)计划研究进展

植物表达序列标签 (EST)计划是随机挑选cDNA克隆 ,并对其 3′或 5′端进行大规模一次性测序 ,将得到的 15 0～ 5 0 0bp长度的DNA片段与数据库中的序列进行比较 ,获得对基因组结构、组织、表达等认识的基因组研究策略 .就近年来国际植物EST计划的实施情况、植物EST计划的研究范围、生物信息学在EST研究中的应用、EST数据库及查询。

白粉病菌诱导的小麦表达序列标签(EST)研究(英)

白粉病是我国小麦的主要病害之一。尝试用表达序列标签 (expressedsequencetags,EST)技术 ,研究了经白粉病菌诱导后的小麦基因表达。从构建的普通cDNA文库中随机挑取约 15 0 0个阳性克隆并进行测序 ,获不重复ESTs序列 387条。不重复序列均获GenBank的存储号。其中 4 9.4 %的序列与已知基因同源 ,196条序列功能未知 ,84条序列为新ESTs。将不重复序列制备成高密度点阵膜 ,用差示杂交法筛选到几个抗病相关序列。

美洲黑杨雄性花芽cDNA克隆测序及表达序列标签(ESTs)特性分析

采用SMART技术构建美洲黑杨雄性花芽cDNA文库。随机挑选4200个克隆进行序列测定,获得原始序列3092个ESTs,去除插入片段短于150bp的序列和污染序列后,获得有效ESTs序列3087个,平均长度515bp。对聚类后的416个Clusters分别进行单独拼接,得到相应的Contigs和Singletons分别为451和1104个,并通过与NCBI等核酸数据库进行比对、查询和注释,获得已知功能和未知功能的基因1015个,无序列相似性的新基因540个。这些数据为进一步研究高等植物花发育提供了一个极有价值的资源。

表达序列标签(EST)分析及藻类EST文库的研究进展

随着生物信息学的发展,表达序列标签(EST)在基因组作图、克隆基因、新基因的识别、蛋白质组研究等方面具有重要作用。笔者简要介绍了EST技术的原理及其在构建遗传图谱、分离与鉴定新基因等方面的应用。综述了藻类EST文库的研究现状,并对EST的应用前景进行了展望。

表达序列标签(EST)在基因组学研究中的应用

表达序列标签 (expressedsequencetags)是一种快捷、高效的揭示基因组信息的方法。本文对EST的产生、概念。

中国地方品种香猪的肌肉特异组织表达序列标签(ESTs)的分析(英文)

通过构建香猪肌肉组织cDNA文库,并在文库中随机挑选克隆进行测序的方法,获得了131个香猪肌肉EST序列。在这131个EST序列所代表的109个单一克隆中,有99个为人类及其他物种的同源序列,3个为已知的猪的ESTs,7个为未知ESTs。对这10个已知、未知ESTs进行开放阅读框预测并进行BlastX分析,没有找到高度同源的氨基酸序列。对上述EST所对应的基因功能分析结果表明,除去27.27%的EST未能分类外,克隆到的EST大多来自与基因/蛋白的表达调控相关的基因(占45.46%)。来自具有其他功能的基因的EST依次是细胞代谢占10.10%、细胞结构/迁移占10.10%、细胞/机体防御占5.05%和细胞信号/传导占2.02%。没有发现和细胞分裂相关的已知功能基因。本研究结果为中国地方品种香猪提供了第一个骨骼肌的基因表达谱,为今后寻找猪肌肉生长和肉用品质的候选基因奠定了基础。

猪脂肪组织表达序列标签 (ESTs)大规模测序及分析

利用大规模DNA序列测定的方法 ,对猪脂肪组织进行了表达序列标签 (ExpressedSequenceTag ,EST)序列测定 ,获得高质量EST共 7790个 ,并对此进行了初步分析。使用STACK_PACK软件进行聚类分析 ,得到 4 35 4个基因聚类 ,包括 36 0 9个单拷贝基因和 74 5个多拷贝基因 ;将候选基因序列用BlastN与nr库进行比较 (e =1e 10 ) ,从 4 35 4个候选基因中得到 2 712个已知基因 ,其中单基因为 1987个 ,多拷贝基因为 72 5 (36 94克隆 )个 ;未知功能基因和新EST有 2 10 9个克隆。根据BlastN结果 ,利用基因组文库添加序号 (GenBankAccessionNo .)为索引 ,构建了猪脂肪组织已知功能基因表达谱。从基因表达谱可以看出 ,在猪脂肪组织中参与代谢的基因所占比例最高 ,在某些方面也显示了脂肪组织旺盛的代谢活性。同时发现在猪脂肪组织中主组织相容性抗原 (MajorHistocompatibilityComplex ,MHC)或与MHC相关的基因表达丰度很高。其中单拷贝基因 181个 ,多拷贝基因 4 4个 ,共计 2 5 7个克隆 ,占细胞机体防御 (cellandorganismdefense)总数的 4 4 9%。占总已知基因数的 5 4 %。提取出全部与MHC相关的EST序列 (2 5 7个克隆 ) ,发现所有EST的部分序列 (长约 2 0 0个碱基 ) ,几乎分布在每一个已知猪BAC的所有编码序列上。据此推测 ,

表达序列标签(EST)分析方法及在植物抗病研究中的应用

在国际最大公共数据库GenBank的dbEST数据库中收录了大量各种生物的ESTs,这些大量的EST序列对发现、克隆和定位新基因,构建遗传图谱,开发分子标记,研究基因差异表达、功能及基因间互作是非常有价值的资源。为了充分挖掘EST数据资源所蕴含的生物学信息,掌握系统的分析方法对其研究显得尤为重要。参照目前广泛运用的多种EST数据分析软件,系统地简述了EST的序列分析方法,主要包括EST的序列分析前处理、序列的聚类拼接以及注释、功能分类,指出应根据EST数据的特征来选择合适的序列分析软件,并阐释EST技术在植物抗病基因的发现、克隆和定位研究中的应用。

大规模筛选表达序列标签(ESTs)方法的改进

介绍一种改进的大规模ESTs筛选的方法。以SMARTTM cDNA Library Construction Kit所构建的毛冠鹿大脑cDNA文库为研究材料,基于该文库噬菌体可自发转化为质粒的特点,直接把噬菌体文库转化为质粒文库。随机选取平板中转化后的质粒cDNA文库克隆,振荡培养后运用菌液电泳的方法代替传统的PCR筛选法,对重组克隆进行筛选。改进的菌液电泳法可以准确鉴定出重组的质粒,并估计出插入片段的大小。该方法能更好地保持SMARTTM cDNA Library Construction Kit所构建文库的完整性,是一种简单、高效、适用于大规模表达序列标签筛选的有效方法。