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硫堇与寡核苷酸结合序列选择性的光谱研究
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作者 杜江燕 李静 +2 位作者 黄晓华 邢巍 陆天虹 《化学通报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期191-195,共5页
用UV-Vis吸收光谱、荧光光谱、圆二色谱以及核磁共振光谱等手段研究了硫堇(TH)与两个不同序列寡核苷酸的作用。TH与寡核苷酸作用后的吸收光谱和荧光光谱产生了明显的减色红移和荧光猝灭效应。分别计算了TH与[oligo d(GC)]2和[oligo d(AT... 用UV-Vis吸收光谱、荧光光谱、圆二色谱以及核磁共振光谱等手段研究了硫堇(TH)与两个不同序列寡核苷酸的作用。TH与寡核苷酸作用后的吸收光谱和荧光光谱产生了明显的减色红移和荧光猝灭效应。分别计算了TH与[oligo d(GC)]2和[oligo d(AT)]2作用的荧光猝灭常数和结合常数,结果表明TH与GC序列的结合能力比与AT序列更强。通过TH与[oligo d(GC)]2作用后双螺旋链构象变化以及TH质子的1HNMR谱峰明显变宽,进一步说明TH与寡核苷酸结合的序列选择性。 展开更多
关键词 硫堇 寡核苷酸 结合作用 序列选择性 吸收光谱 荧光光谱 圆二色谱 核磁共振光潜
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选择性捕获禽病原性大肠杆菌体内转录序列 被引量:8
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作者 陈祥 高崧 +2 位作者 王晓泉 焦新安 刘秀梵 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期407-412,共6页
采用选择性捕获转录序列(SCOTS)方法鉴定禽病原性大肠杆菌E037株(血清型O78)在感染SPF鸡过程中的转录表达基因。通过总RNA分离、cDNAs合成、PCR扩增和SCOTS对cDNAs选择和致病性特异转录序列的富集,致病性特异的cDNAs被分离鉴定,共获得3... 采用选择性捕获转录序列(SCOTS)方法鉴定禽病原性大肠杆菌E037株(血清型O78)在感染SPF鸡过程中的转录表达基因。通过总RNA分离、cDNAs合成、PCR扩增和SCOTS对cDNAs选择和致病性特异转录序列的富集,致病性特异的cDNAs被分离鉴定,共获得31个转录序列(命名为aec),其中分别有2、1、4、14、2和8个aec序列与黏附素、LPS的合成、铁的摄取系统、质粒编码基因、噬菌体编码基因和一些其它功能基因相关;从气囊中分离到16个aec序列,心包膜中分离到15个aec序列;有3种与质粒编码基因相关序列在气囊和心包膜中都被分离到。结果显示APEC致病性特异序列包括黏附素、LPS的合成、铁的转运、质粒编码基因、噬菌体编码基因和一些其它功能基因等。通过SCOTS方法建立了一种体内表达致病性特异基因的方法和APEC在自然宿主感染模型中致病性相关基因的表达谱的筛选方法。 展开更多
关键词 禽病原性大肠杆菌 选择性捕获转录序列 O78血清型 体内
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磁共振三维选择性水激发序列在膝关节软骨损伤中的应用价值 被引量:6
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作者 黄飞 吴伟 +1 位作者 郭大静 罗银灯 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期871-875,共5页
目的探讨三维选择性水激发序列(three dimensional water-selective excitation,3D-WATS)在膝关节软骨损伤中的应用价值。方法60例经重庆医科大学附属第二医院骨科证实膝关节软骨不同程度损伤患者,行磁共振T_(1)WI、T2WI、PDWI、T_(2)-m... 目的探讨三维选择性水激发序列(three dimensional water-selective excitation,3D-WATS)在膝关节软骨损伤中的应用价值。方法60例经重庆医科大学附属第二医院骨科证实膝关节软骨不同程度损伤患者,行磁共振T_(1)WI、T2WI、PDWI、T_(2)-mapping和3D-WATS成像;以关节镜检查结果为标准,PDWI、T_(2)-mapping和3D-WATS对软骨损伤的诊断效能采用卡方检验比较,分期一致性采用Spearman相关分析。结果PDWI、T2-mapping和3D-WATS 3种序列比较,对膝关节软骨损伤的诊断效能差异有统计学意义(AUC依次为0.842、0.934和0.974,P=0.000);对照关节镜结果,3D-WATS序列发现软骨损伤58例,分期与关节镜检查结果一致性较好(rho=1.00,P=0.00);T_(2)-mapping序列发现软骨损伤53例,一致性次之(rho=0.80,P=0.20);PDWI序列发现软骨损伤51例,一致性较差(rho=0.20,P=0.80),轻度损伤漏诊较多。结论3D-WATS序列对膝关节软骨损伤有较高的诊断效能及分期一致性,可作为磁共振膝关节成像的常规序列。 展开更多
关键词 膝关节 软骨 三维选择性水激发序列 磁共振成像
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多目标选择性拆卸序列优化问题的分散搜索算法 被引量:3
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作者 郭希旺 刘士新 王大志 《系统工程学报》 CSCD 北大核心 2016年第3期307-316,共10页
针对多资源约束下顺序依赖的选择性拆卸序列优化问题,建立以最大拆卸收益和最小拆卸时间为优化目标的多目标数学模型,提出了一种多目标分散搜索优化算法进行求解.该算法针对本文问题的特点设计了一种保持足够多样性的初始解生成方法,满... 针对多资源约束下顺序依赖的选择性拆卸序列优化问题,建立以最大拆卸收益和最小拆卸时间为优化目标的多目标数学模型,提出了一种多目标分散搜索优化算法进行求解.该算法针对本文问题的特点设计了一种保持足够多样性的初始解生成方法,满足拆卸优先关系的交叉组合算子以及改进的参考集更新策略.为了进一步提高解的质量设计了一种局域搜索策略,并利用外部存档方法存放pareto解集.应用多组实例进行计算实验,并与其他求解该问题的算法进行比较,实验结果表明本文算法优于对比算法,证明本文模型和算法求解本类问题有效. 展开更多
关键词 选择性拆卸序列优化 多资源约束 多目标 分散搜索算法
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基于遗传蝙蝠算法的选择性拆卸序列规划 被引量:11
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作者 朱卓悦 徐志刚 +1 位作者 沈卫东 杨得玉 《浙江大学学报(工学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2120-2127,2135,共9页
针对产品选择性拆卸序列规划问题,提出一种基于遗传蝙蝠算法的产品拆卸序列规划方法.利用Python语言对传统蝙蝠算法进行离散化处理,并在种群更新过程中引入遗传算法的交叉与变异机制,生成遗传蝙蝠算法,以增强解搜索的多样性;在构建适应... 针对产品选择性拆卸序列规划问题,提出一种基于遗传蝙蝠算法的产品拆卸序列规划方法.利用Python语言对传统蝙蝠算法进行离散化处理,并在种群更新过程中引入遗传算法的交叉与变异机制,生成遗传蝙蝠算法,以增强解搜索的多样性;在构建适应度函数模型时以拆卸工具的变化次数与拆卸方向的重新定位次数作为评价指标,同时加入零部件的回收收益指标,使适应度函数更加完善.以工业机械臂为实例,利用所提方法进行产品拆卸序列规划求解,对比传统蝙蝠算法以及遗传算法的求解结果,发现在一定的种群数目下,所提方法收敛时间较短;在不同种群数目下,所提方法得到的适应度函数最优值质量较高,从而验证了遗传蝙蝠算法的搜索优越性. 展开更多
关键词 选择性拆卸序列规划 蝙蝠算法 遗传算法 拆卸混合图模型 拆卸求解
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基于改进蛙跳算法的多目标选择性拆卸序列规划方法 被引量:4
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作者 朱建峰 徐志刚 苏开远 《计算机集成制造系统》 EI CSCD 北大核心 2022年第3期676-689,共14页
为提高产品再制造拆卸效率与收益,提出基于多目标改进蛙跳算法的多目标件选择性拆卸序列规划方法。首先优化拆卸信息建模方法,利用紧固件约束矩阵和结构件约束矩阵,构建产品拆卸信息模型并构造可行解;以拆卸时间最小化和拆卸收益最大化... 为提高产品再制造拆卸效率与收益,提出基于多目标改进蛙跳算法的多目标件选择性拆卸序列规划方法。首先优化拆卸信息建模方法,利用紧固件约束矩阵和结构件约束矩阵,构建产品拆卸信息模型并构造可行解;以拆卸时间最小化和拆卸收益最大化为目标,以多目标件价值为导向构建一种新的多目标选择性序列评价方法,同时构建多目标件选择性拆卸序列规划数学模型。融入Pareto思想构建多目标改进蛙跳算法,提出三段式编码构建青蛙个体,以实现选择性拆卸序列的多样性调节;采用基于快速非支配排序与拥挤度比较思想的改进排序分组策略进行多目标优化蛙群分组;提出基于调节位置的调节序方法对子蛙群局部搜索方式进行离散化处理,并构建新的青蛙个体位置更新公式,同时通过构建青蛙个体更新次劣域增加信息源以实现子群体充分交流;为兼顾信息交互深度和多样,提出一种新的交叉和变异思想构建全局信息交互策略。最后,通过不同规模的拆卸实例,将改进后的多目标蛙跳算法与多目标算法NSGA-Ⅱ和粒子群算法进行多指标对比分析,验证了该算法的可行性与优越性。 展开更多
关键词 拆卸建模 选择性拆卸序列规划 多目标件 多目标蛙跳算法 拆卸求解
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基于规则的递归选择性拆卸序列规划方法 被引量:2
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作者 丁勇 孙有朝 《飞机设计》 2011年第6期61-66,共6页
拆卸序列规划是产品维修性设计的一个重要内容。然而完全的拆卸序列通常是不实际的。选择性拆卸序列规划方法强调从产品中选择一个或多个零件用来维护。本文提出一个基于规则的递归方法用来生成拆卸序列。大多以前的方法枚举出所有的拆... 拆卸序列规划是产品维修性设计的一个重要内容。然而完全的拆卸序列通常是不实际的。选择性拆卸序列规划方法强调从产品中选择一个或多个零件用来维护。本文提出一个基于规则的递归方法用来生成拆卸序列。大多以前的方法枚举出所有的拆卸序列或利用随机的方法生成拆卸序列。相反,本文提出的方法利用规则消除那些不可能的拆卸序列。最后,结合机动煞车给出了应用实例,验证本文方法的有效性。 展开更多
关键词 选择性拆卸序列规划 规则 递归
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综合实践活动选择性课程序列设计的操作策略 被引量:1
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作者 查立舫 王骄 《生活教育》 2015年第19期115-116,共2页
通过建立选择性课程序列,对综合实践活动课程资源进行最优化配置,实现课程组合的多样性和选择性,形成适应多种情况、满足不同需求的菜单式课程组合,可以使育人效果得到更好的发挥。本文主要从六个方面阐述了我们在建立选择性课程序列中... 通过建立选择性课程序列,对综合实践活动课程资源进行最优化配置,实现课程组合的多样性和选择性,形成适应多种情况、满足不同需求的菜单式课程组合,可以使育人效果得到更好的发挥。本文主要从六个方面阐述了我们在建立选择性课程序列中的探索与实践。 展开更多
关键词 综合实践活动 选择性课程序列 操作策略
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利用SCOTS技术筛选鸡白痢沙门菌感染巨噬细胞的转录序列 被引量:1
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作者 李求春 方丽君 +5 位作者 陈静 谢晓蕾 陶明新 王晓春 吴颖斐 焦新安 《中国家禽》 北大核心 2014年第21期17-22,共6页
沙门菌在巨噬细胞内的存活是其在宿主内长期定植的主要因素之一,研究利用选择性捕获转录技术(SCOTS)筛选鸡白痢沙门菌S06004株在感染鸡巨噬细胞系HD-11过程中细菌表达的基因。结果显示:鸡白痢沙门菌以MOI值为100∶1感染HD-11细胞1 h后,... 沙门菌在巨噬细胞内的存活是其在宿主内长期定植的主要因素之一,研究利用选择性捕获转录技术(SCOTS)筛选鸡白痢沙门菌S06004株在感染鸡巨噬细胞系HD-11过程中细菌表达的基因。结果显示:鸡白痢沙门菌以MOI值为100∶1感染HD-11细胞1 h后,感染率达11.75%;选取感染1 h时间点作为研究对象,利用SCOTS技术获得了12个鸡白痢沙门菌的转录序列,包括与沙门菌感染相关的毒力基因调控因子inv F;构建了inv F、teh B和tol C基因插入突变株。突变株侵入HD-11的能力明显低于野生株,反映了SCOTS筛选获得的基因在鸡白痢沙门菌感染巨噬细胞时发挥重要的作用,为深入揭示鸡白痢沙门菌的感染机制提供了基础。 展开更多
关键词 鸡白痢沙门菌 巨噬细胞 选择性捕获转录序列(SCOTS)
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基于改进遗传算法的选择性拆卸序列规划 被引量:11
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作者 吴昊 左洪福 《航空学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第5期952-958,共7页
选择性拆卸序列规划(SDSP)是民用飞机维修规划的一个重要内容,也是在设计阶段对民用飞机产品维修性的评估。为了能以较高的效率求解出产品拆卸序列的方案,首先根据拆卸特点构建了产品拆卸混合图模型。该模型描述了零部件之间的连接关系... 选择性拆卸序列规划(SDSP)是民用飞机维修规划的一个重要内容,也是在设计阶段对民用飞机产品维修性的评估。为了能以较高的效率求解出产品拆卸序列的方案,首先根据拆卸特点构建了产品拆卸混合图模型。该模型描述了零部件之间的连接关系和优先关系,然后通过对目标零件的分析产生选择性拆卸零件集合。在此基础上建立目标函数并利用基于二叉树的遗传算法的计算速度和灵活性等特点对目标零件拆卸序列进行优化。最后,通过一个实例,验证了文中方法的可行性及优化算法的有效性。 展开更多
关键词 选择性拆卸序列规划 拆卸混合图 连接矩阵 优先矩阵 二叉树算法 遗传算法
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磁共振3D-WATS对膝关节软骨损伤的诊断价值研究
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作者 彭龙辉 吴贵成 +2 位作者 杨志杰 蔡立杰 蔡素娇 《现代医药卫生》 2024年第24期4202-4205,共4页
目的探讨磁共振三维选择性水激发序列(3D-WATS)对膝关节软骨损伤的诊断价值。方法选择2022年1月至2023年9月该院诊治的疑似膝关节软骨损伤患者76例。所有入选者均进行磁共振成像(MRI)检查。以膝关节镜检查结果作为“金标准”,分析不同序... 目的探讨磁共振三维选择性水激发序列(3D-WATS)对膝关节软骨损伤的诊断价值。方法选择2022年1月至2023年9月该院诊治的疑似膝关节软骨损伤患者76例。所有入选者均进行磁共振成像(MRI)检查。以膝关节镜检查结果作为“金标准”,分析不同序列[T2弛豫时间图成像(T2-mapping)、质子密度加权成像(PDWI)、3D-WATS]诊断膝关节软骨损伤的临床价值,并计算不同序列检查结果与“金标准”检查结果的一致性。另外对比不同序列检查软骨非缺损处与缺损处信号强度比值。结果76例疑似膝关节软骨损伤患者中有52例确诊。3D-WATS诊断膝关节软骨损伤的灵敏度、特异度、准确度、阳性预测值、阴性预测值[96.15%(50/52)、95.83%(23/24)、96.05%(73/76)、98.04%(50/51)、92.00%(23/25)]均高于PDWI、T2-mapping检查[分别为73.08%(38/52)、58.33%(14/24)、68.42%(52/76)、79.17%(38/48)、50.00%(14/28)及80.77%(42/52)、66.67%(16/24)、76.32%(58/76)、84.00%(42/50)、61.54%(16/26)],差异均有统计学意义(P<0.05)。PDWI序列诊断膝关节软骨损伤的结果与“金标准”结果一致性较差(Kappa=0.301,P<0.05),T2-mapping序列诊断膝关节软骨损伤的结果与“金标准”结果一致性理想(Kappa=0.464,P<0.05),3D-WATS诊断膝关节软骨损伤的结果与“金标准”结果一致性极好(Kappa=0.910,P<0.05)。3D-WATS、PDWI、T2-mapping检查软骨非缺损处与缺损处信号强度比值分别为(1.79±0.43)、(1.31±0.38)、(1.04±0.27),各序列间对比差异有统计学意义(P<0.05)。结论膝关节软骨损伤诊断中应用磁共振3D-WATS具有较高的准确度、灵敏度,可为临床诊断提供更多有价值的参考信息,值得推广应用。 展开更多
关键词 膝关节软骨损伤 磁共振三维选择性水激发序列 诊断效能
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2D FSE MARS与MAVRIC-SL在全膝关节置换术后减低金属伪影的效果分析
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作者 穆萌 《黑龙江医学》 2024年第21期2631-2633,共3页
目的:对比分析二维快速自旋回波金属伪影减少序列(2D FSE MARS)与多采集变谐波图像融合-选择性激发序列(MAVRIC-SL)在全膝关节置换术后减低金属伪影中的效果。方法:选取2022年1—12月濮阳市中医医院接受全膝关节置换术的96例患者作为研... 目的:对比分析二维快速自旋回波金属伪影减少序列(2D FSE MARS)与多采集变谐波图像融合-选择性激发序列(MAVRIC-SL)在全膝关节置换术后减低金属伪影中的效果。方法:选取2022年1—12月濮阳市中医医院接受全膝关节置换术的96例患者作为研究对象,共125侧膝关节。所有患者均于术后2周进行MRI检查,扫描的序列有横断面、矢状面、冠状面2D FSE MARS及质子密度加权MAVRIC-SL。分析假体伪影范围、假体清晰度评分、解剖结构清晰度评分的一致性,对比2D FSE MARS和MAVRIC-SL横断面、矢状面、冠状面的假体伪影范围,对比2D FSE MARS和MAVRIC-SL假体清晰度和重要解剖结构清晰度评分,对比两种序列关节积液诊断评分。结果:假体伪影范围组内相关系数(ICC值)为0.69~0.89,假体清晰度评分的Kappa值为0.80~0.89,解剖结构清晰度评分的Kappa值为0.73~0.91。2D FSE MARS横断面、矢状面、冠状面的假体伪影范围均大于MAVRIC-SL,差异有统计学意义(t=13.609、17.386、19.493,P<0.05)。MAVRIC-SL假体清晰度评分、解剖结构清晰度评分均高于2D FSE MARS,差异有统计学意义(P<0.05)。MAVRIC-SL关节积液诊断评分高于2D FSE MARS,差异有统计学意义(t=96.476,P<0.05)。结论:在全膝关节置换术后,相较于2D FSE MARS,MAVRIC-SL可使假体伪影范围缩小,有助于提高假体和重要解剖结构的清晰度。 展开更多
关键词 二维快速自旋回波金属伪影减少序列 多采集变谐波图像融合-选择性激发序列 全膝关节置换术 金属伪影
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三维有序金掺杂纳米TiO_2修饰电极用于抗肿瘤药物与DNA相互作用的研究 被引量:1
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作者 彭心声 朱丽丽 +1 位作者 刘彦蕊 杜江燕 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期277-284,共8页
利用模板法在氧化铟锡(ITO)电极表面制备了三维有序多孔结构的金掺杂纳米Ti O2薄膜修饰电极(3DOM GTD/ITO),并在此修饰电极上成功固定小牛胸腺DNA(ct DNA),从而构建了一种新型的DNA生物传感器(DNA/3DOM GTD/ITO),并通过透射电镜(TEM)、... 利用模板法在氧化铟锡(ITO)电极表面制备了三维有序多孔结构的金掺杂纳米Ti O2薄膜修饰电极(3DOM GTD/ITO),并在此修饰电极上成功固定小牛胸腺DNA(ct DNA),从而构建了一种新型的DNA生物传感器(DNA/3DOM GTD/ITO),并通过透射电镜(TEM)、扫描电镜(SEM)对修饰电极的表面形貌进行表征。采用电化学交流阻抗(EIS)法研究了ct DNA在3DOM GTD/ITO修饰电极表面的固定情况,结果表明,ct DNA已被成功地固定在3DOM GTD/ITO修饰电极表面。采用循环伏安法、微分脉冲伏安法等电化学方法研究了抗肿瘤药物槲皮素(Qu)在3DOM GTD/ITO修饰电极表面的电化学性质及与ct DNA的相互作用。结果表明,Qu在3DOM GTD/ITO修饰电极表面有1对准可逆的氧化还原峰,其氧化还原反应为2电子和2质子的转移过程。Qu可与固定在修饰电极上的ct DNA发生较强的结合作用,其结合常数(K)为3.61×106L/mol。循环伏安实验、紫外-可见吸收光谱、分子荧光光谱、圆二色性光谱均表明Qu与ct DNA之间的相互作用模式为嵌插作用。Qu与ct DNA的碱基结合具有序列选择性,对Qu与聚(d G-d C)及聚(d A-d T)的结合常数进行计算,得到结合常数比K(d G-d C)/K(d A-d T)=3.5,表明Qu与ct DNA发生嵌插作用时更倾向于结合在GC富集区域。 展开更多
关键词 三维有序多孔结构 金掺杂纳米TiO2 DNA修饰电极 槲皮素 嵌插作用 序列选择性
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使用联合方法降低OFDM系统PAPR
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作者 谭周文 刘述钢 马子骥 《物联网技术》 2015年第9期48-50,共3页
针对正交频分复用(O FDM)系统的高峰均功率比(PAPR)问题,介绍了选择性映射方法(SLM)和部分传输序列(PTS)方法,提出了一种将SLM和PT S相结合的改进方法用来降低OFDM系统的PA PR,并将改进的方法与传统SLM方法进行仿真比较。仿真结果表明,... 针对正交频分复用(O FDM)系统的高峰均功率比(PAPR)问题,介绍了选择性映射方法(SLM)和部分传输序列(PTS)方法,提出了一种将SLM和PT S相结合的改进方法用来降低OFDM系统的PA PR,并将改进的方法与传统SLM方法进行仿真比较。仿真结果表明,改进方法比传统SLM方法更能有效降低系统的PAPR,也更适合应用于OFDM数据通信。 展开更多
关键词 正交频分复用 峰均功率比 部分传输序列:选择性映射
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A Strong Limit Theorem on Generalized Random Selection for m-valued Random Sequences
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作者 汪忠志 徐付霞 《Chinese Quarterly Journal of Mathematics》 CSCD 2003年第4期343-348,共6页
In this paper, a strong limit theorem on gambling strategy for binary Bernoulli sequence, (i.e.) irregularity theorem, is extended to random selection for dependent m-valued random variables, via using a new method-di... In this paper, a strong limit theorem on gambling strategy for binary Bernoulli sequence, (i.e.) irregularity theorem, is extended to random selection for dependent m-valued random variables, via using a new method-differentiability on net. Furthermore, by allowing the selection function to take value in finite interval [-M,M], the conception of random selection is generalized. 展开更多
关键词 generalized random selection differentiability on net a.e.convergence
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TIME SERIES FORECASTING WITH MULTIPLE CANDIDATE MODELS:SELECTING OR COMBINING? 被引量:5
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作者 YULean WANGShouyang +1 位作者 K.K.Lai Y.Nakamori 《Journal of Systems Science & Complexity》 SCIE EI CSCD 2005年第1期1-18,共18页
Various mathematical models have been commonly used in time series analysis and forecasting. In these processes, academic researchers and business practitioners often come up against two important problems. One is whe... Various mathematical models have been commonly used in time series analysis and forecasting. In these processes, academic researchers and business practitioners often come up against two important problems. One is whether to select an appropriate modeling approach for prediction purposes or to combine these different individual approaches into a single forecast for the different/dissimilar modeling approaches. Another is whether to select the best candidate model for forecasting or to mix the various candidate models with different parameters into a new forecast for the same/similar modeling approaches. In this study, we propose a set of computational procedures to solve the above two issues via two judgmental criteria. Meanwhile, in view of the problems presented in the literature, a novel modeling technique is also proposed to overcome the drawbacks of existing combined forecasting methods. To verify the efficiency and reliability of the proposed procedure and modeling technique, the simulations and real data examples are conducted in this study.The results obtained reveal that the proposed procedure and modeling technique can be used as a feasible solution for time series forecasting with multiple candidate models. 展开更多
关键词 time series forecasting model selection STABILITY ROBUSTNESS combiningforecasts
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Evolution of quasispecies diversity for porcine reproductive and respiratory syndrome virus under antibody selective pressure 被引量:4
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作者 ZHAO Peng MA ChengTai +1 位作者 DONG Xuan CUI ZhiZhong 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2012年第9期788-792,共5页
To study the quasispecies diversity of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV), open reading frame 5 (ORF5) of strain SD0612 was amplified and cloned. Sixty clones of ORF5 were sequenced and analyz... To study the quasispecies diversity of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV), open reading frame 5 (ORF5) of strain SD0612 was amplified and cloned. Sixty clones of ORF5 were sequenced and analyzed with DNAStar software. Nucleic acid sequence homology was 97.7%-100%, with 78 mutations observed. Among these 60 clones, the sequences of 17 clones were identical and recognized as the dominant quasispecies of strain SD0612. Evolution of SD0612 quasispecies diversity under antibody selective pressure was also studied. SD0612 was passed continuously in the Marc-145 cell line over 40 passages in 6 independent lineages. SD0612 antiserum was not added to lineage A, B, and C cultures; however, antiserum was added to culture medium for lineages D, E, and F. PRRSV ORF5 was then amplified, cloned, and sequenced from each of the 6 lineages, designated as A40-F40. F40 was further passed in Marc-145 cells using 6 independent lineages with or without F40 antiserum for another 40 passages. ORF5 from the 6 newly-derived virus lineages, which we designated as a40-f40, were amplified, cloned and sequenced. The proportion of dominant quasispecies increased with passage number in cell cultures supplemented with antibodies, but decreased when antibodies were lacking. Our work has demonstrated a diversity of quasispecies for ORF5 in PRRSV SD0612. Antibody selective pressure was able to significantly influence quasispecies diversity and promote a dominant quasispecies that was able to evade immune reactions. 展开更多
关键词 porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) antibody selective pressure quasispecies diversity ORF5 ORF6
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