细胞色素P450 BM3催化正十六烷动力学计算

细胞色素P450BM3作为烷烃羟基化酶,能催化正链烷烃,已被广发研究和应用。利用动力学模拟软件对BM3酶与烷烃底物复合物进行构象、酶的活性位点以及结合能的预测,并通过模拟水以及离子环境下对复合物的影响,从能量及构象位移的角度阐述BM3酶与底物结合的机理,从而用分子动力学观点来解释细胞色素P450催化烷烃机理。用Autodock等软件将BM3与十六烷对接,发现底物C16与铁原子间距为7.57?,并发现与底物结合的活性位点关键残基:ALA330,ALA74,SER72,GLN73,ALA328,LEU188,LEU437。经Gromacs动力学模拟步长为1ns,温度在298K,压力为常压1.0,复合物结合稳定。