上海及新疆地区猪戊型肝炎病毒开放阅读码框架2序列的克隆与分析

通过已建立的动物戊型肝炎病毒（Hepatitis E virus,HEV）RT-nPCR方法,检测上海地区和新疆地区猪群样品。扩增HEV开放读码框架2（open reading frame 2,ORF2）保守区,产物为507 bp。经克隆、测序,获得20株上海株、3株新疆株序列,采用分子生物学软件与47株已知HEV进行同源性、进化关系分析。结果23株序列从同源性比对和进化关系分析均属HEVⅣ型,上海株间507 bp的核苷酸同源性为94.1%~100.0%,与上海猪源（DQ450072）、日本人源Japan1（AB369690）亲缘关系近;3株新疆株507 bp间的核苷酸同源性为86.1%~98.2%,与新疆猪源China SW1（AY594199）、中国人源T1株（AJ272108）亲缘关系近;上海株与新疆株间的核苷酸同源性为82.6%~100.0%,提示上海株与新疆株间存在差异。23株HEV在时间和地域关系分析,提示不同年份的新疆株存在差异,同年份不同猪场的新疆株进化关系存在差异,不同年份、不同区县的上海株进化关系也存在差异。