ORF1编码的四种非结构蛋白可用于戊型肝炎病毒的基因分型

目的探讨人类戊型肝炎病毒(HEV)开放阅读框(ORF)1编码的四种非结构蛋白的基因序列能否用于其基因组的分型。方法从Gen Bank中查找并下载能感染人类测序完整的全基因组的HEV基因组及蛋白序列共35株,用Clustal W程序对35株HEV的ORF1编码区序列进行多序列比对,并用treev32绘制基因进化树,研究其进化关系。结果 HEV的基因组全长为7.5kb;而RNA依赖的RNA聚合酶只有1460bp,其他的基因序列则更短,木瓜样半胱氨酸蛋白酶为479bp、解旋酶为734bp,多聚脯氨酸铰链只有200bp。这四种蛋白的多序列比对和进化分析结果与Gen Bank中的分型结果相符。结论 HEV ORF1编码表达的木瓜样半胱氨酸蛋白酶、多聚脯氨酸铰链、解旋酶和RNA依赖的RNA聚合酶的基因序列更短,且可作为HEV的分型依据,从而为HEV的分型找到了一种更简便、快捷的方法。

长散在核元件LINE1与细胞衰老

DNA损伤是细胞衰老的共同通路,在DNA损伤过程中,长散在核元件LINE1发挥着重要的作用。LINE1一方面通过逆转录转座使遗传信息能够在胞质和胞核之间传递,使生物得以不断进化,另一方面转座过程中造成的DNA损伤,随时间累积可引起基因改变,造成细胞衰老及各种遗传性疾病。

基于高通量数据分析DNA甲基化和拷贝数畸变对C1orf26基因表达的影响

目的:揭示乳腺癌中1号染色体开放阅读框26(Chromosome 1 Open Reading Frame 26,C1orf26)DNA甲基化和拷贝数畸变对表达的影响。方法:利用癌症多组学和临床数据库LinkedOmics分析DNA甲基化和拷贝数畸变对乳腺癌组织中C1orf26基因表达的影响。结果:C1orf26 mRNA水平与其基因拷贝数变化拷贝数畸变正相关(P<0.01),而与其DNA甲基化水平负相关(P<0.01);且LinkedOmics分析结果显示乳腺癌中C1orf26 mRNA水平分别受到组织学类型、肿瘤纯度和患者种族影响(P<0.05、P<0.01、P<0.01)。结论:C1orf26基因拷贝数畸变和DNA甲基化水平影响其表达,C1orf26可作为乳腺癌预后的潜在标志物。

基于TCGA分析乳腺癌中C1orf26基因的表达变化

目的:揭示1号染色体开放阅读框26(Chromosome 1 Open Reading Frame 26,C1orf26)在乳腺癌中的表达及其临床意义。方法:利用TCGA数据库门户网站cBioPortal、癌症芯片数据库Oncomine分析乳腺癌组织中C1orf26基因表达变化,C1orf26表达变化与患者预后关系。结果:cBioPortal网站分析结果显示963例乳腺癌患者中有223例患者C1orf26基因发生包括突变、拷贝数畸变和mRNA水平上调等变化,其中mRNA水平上调超过默认阈值(EXP>=2)的占比例为15%,且C1orf26高表达不利于患者预后(P<0.05);Oncomine分析结果显示浸润性乳腺癌中C1orf26 mRNA水平显著高于癌旁组织(P<0.01)。结论:乳腺癌中C1orf26基因表达上调,且不利于预后,C1orf26可作为乳腺癌预后的潜在标志物。