鸡PPARγ基因转录本5的两个上游开放阅读框功能分析

前期研究发现,鸡PPARγ基因转录本5(c PPARγ5)的5’非翻译区(5’untranslated region,5’UTR)存在两个上游开放阅读框(uORF1和uORF2)。为揭示这两个uORFs在鸡PPARγ基因表达转录后调控作用,试验使用报告基因、定点突变、q RT-PCR和Western blot等技术,分析两个uORFs对报告基因活性及PPARγmRNA和蛋白表达的影响。结果表明,与野生型相比,uORF1和uORF2分别突变和同时突变均显著促进报告基因活性及PPARγm RNA和蛋白表达(P<0.05)。mRNA稳定性分析发现,两个uORFs突变对报告基因mRNA稳定性无显著影响。启动子活性分析发现,c PPARγ的5’UTR区具有启动子活性。研究结果表明,cPPARγ5的两个u ORFs抑制其翻译。

19号染色体开放阅读框5蛋白调节自噬活性与结直肠癌恶性程度的关系

目的探讨19号染色体开放阅读框5(C19ORF5)蛋白在结直肠癌组织中的表达情况,分析C19ORF5蛋白调节自噬活性与结直肠癌恶性程度的关系。方法收集141例结直肠癌患者的结直肠癌组织和癌旁正常组织,分别采用免疫组织化学染色方法和实时定量聚合酶链反应(PCR)检测两种组织中C19ORF5蛋白和mRNA表达情况,在电镜下观察组织的超微结构,分析C19ORF5蛋白对自噬活性的调节作用,比较不同临床特征结直肠癌患者结直肠癌组织中C19ORF5蛋白的表达情况。结果结直肠癌组织中C19ORF5蛋白的染色强度明显高于癌旁正常组织,Ⅰ/Ⅱ期结直肠癌组织中C19ORF5蛋白的染色强度明显高于Ⅲ/Ⅳ期结直肠癌组织,Ⅰ/Ⅱ期结直肠癌组织的自噬活性较高,Ⅲ/Ⅳ期结直肠癌组织的自噬活性较低。结直肠癌组织中C19ORF5 mRNA的表达水平明显高于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P﹤0.01)。TNM分期为Ⅰ~Ⅱ期、癌胚抗原(CEA)升高、无肝转移结直肠癌患者结直肠癌组织中C19ORF5蛋白的高表达率分别高于TNM分期为Ⅲ~Ⅳ期、CEA正常、有肝转移的患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。结论在结直肠癌组织中,高表达的C19ORF5蛋白可增加肿瘤细胞的自噬活性,增加基因的稳定性,降低肿瘤的恶性程度。C19ORF5蛋白调节自噬活性与结直肠癌的恶性程度呈负相关,C19ORF5可能是一种重要的抑癌基因。

黑龙江省部分地区猪繁殖与呼吸综合征流行株ORF5基因遗传变异分析

猪繁殖与呼吸综合征（porcine reproductive andrespiratory syndrome,PRRS）是近年新发现的一种病毒性疾病。猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）基因组全长约15 kb,单股正链RNA,含有8个开放阅读框。ORF5、ORF6、ORF7是猪繁殖与呼吸综合征病毒的主要结构蛋白,其中ORF5变异最大,

人类珠蛋白相关基因上游开放阅读框的变异分析

β-地中海贫血症是一种珠蛋白生成障碍的常染色体隐性遗传病。而γ珠蛋白基因的开放表达和胎儿血红蛋白的合成,是缓解β地中海贫血病人临床表型的一个重要因素。本研究针对202个血红蛋白相关调控基因或mi RNA,对1802个β-地中海贫血症患者进行了目标区域捕获测序。通过生物信息学的分析,检测出了所有捕获区域内的突变。进一步对位于5′端非编码区(5′untranslated region,5′UTR)的突变进行系统扫描,共计寻找到41个影响u ORF(upstream open reading frame,u ORF)有或无的功能性突变。从中选取了CHTOP基因(chr1:153606541 C>T)和TGFB1基因(chr19:41859418 G>A)的两个突变,通过定点诱变和双荧光素酶报告实验,在体外证实这两个突变均可显著地改变下游基因的表达。该研究结果为β-地中海贫血症临床表型的精确诊断提供了潜在的筛查靶点。

3种蝙蝠听力相关基因EYA4(eyes absent 4)开放阅读框序列的克隆与分析

EYA4基因是与果蝇(Drosophila melanogaster)的无眼基因eya同源的4个脊椎动物转录激活因子eya基因家族(EYA1-4)的一员。相关的研究表明EYA4基因与非综合征听觉障碍有关。蝙蝠特化的听觉系统在回声定位生理过程中负责回声信息的接收和处理,并起到重要作用。利用RT-PCR技术,通过克隆测序得到3种蝙蝠(大足鼠耳蝠Myotis ricketti,黑髯墓蝠Taphozous melanopogon,棕果蝠Rousettusles chenaulti)EYA4基因的开放阅读框序列。通过比对分析,发现这3种蝙蝠均没有第五外显子,而在第十一外显子与第十二外显子之间有一个其他哺乳动物所没有的外显子exon b。此外,实验结果还显示,在棕果蝠中没有发现其他已知哺乳动物EYA4基因的第二十外显子;在黑髯墓蝠EYA4基因中缺少第十九外显子,而且与其他哺乳动物相比,黑髯墓蝠EYA4基因具有较短的第十六外显子,即缺少了30个碱基;大足鼠耳蝠与非蝙蝠哺乳动物一样存在第十九和第二十外显子的可变剪接模式,且在第二与第三外显子中间存在外显子exon a。

2016—2018年我国华北部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析

为了了解2016—2018年华北部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的遗传变异情况,试验采用RT-PCR方法对采集的临床疑似猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)样品进行检测,然后对阳性样品进行开放阅读框5(ORF5)基因扩增和测序,并对获得毒株ORF5基因的核苷酸序列和推导氨基酸序列进行同源性分析,以及推导氨基酸序列的遗传变异分析。结果表明:所采集的198份临床疑似PRRS样品中有114份RT-PCR检测结果为阳性,阳性率为57.58%;测序共获得37条ORF5基因序列;所获毒株与基因Ⅱ型代表毒株ORF5基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为82.6%~99.5%、81.0%~99.5%;全部PRRSV毒株均为基因Ⅱ型,分属于Linage 1(代表毒株为NADC30)、Linage 5(代表毒株为VR-2332)和Linage 8(代表毒株为JXA1)3个亚群,其中Linage 1占比最高,为78.38%;各亚群毒株均具有各自特征性氨基酸,在非中和表位区域(aa27~30)的全部氨基酸均可发生突变,Linage 1亚群的HeBxtsh-1808株在胞外域存在1个氨基酸的插入。说明华北地区PRRSV流行毒株呈多样化,而且不断发生变异,类NADC30已成为该地区的优势流行毒株,提示应根据当地的流行情况及时调整该病的防控方案。

哺乳动物基因非翻译区开放阅读框架的分析

在所分析的5’UTR序列中约19%的序列在阅读框1下含有AUG,约22%和24%的序列分别在阅读框2和阅读框3下含有AUG,而在3’UTR序列当中,无论是在哪个阅读框下,约71%含有AUG.这些AUG绝大多数都是以小ORF的形式出现的;分析小ORF序列以及与它们相应的IC序列(阅读框间序列)长度,发现虽然3’UTR序列远远长于5’UTR序列,但是它们所包含的小ORF长度几乎没有差距,只是平均来说每一条3’UTR序列所包含的小ORF数量明显多于每一条5’UTR序列所包含的小ORF数量,而且dIC(下游阅读框间序列)比uIC(上游阅读框间序列)长很多,平均长50个碱基;第二类IC序列(UTR区相邻的两个阅读框之间的序列)的平均长度比其它两类IC序列(UTR区最后一个阅读框之后的序列)的平均长度小,而且又含有相对较多的终止密码;比较uORF序列与dORF序列密码子使用偏好的CAI值发现,尽管相差不大,但是无论在哪个阅读框下,uORF序列的CAI值都显著高于dORF序列的CAI值.

用带有猪IL-15基因和PRRSV的ORF5基因的质粒免疫小鼠可提高免疫效果

猪PRRSV的开放阅读框5（ORF5）编码了主要的衣壳糖蛋白GP5。GP5蛋白作为一个候选基因可预防PRRSV感染。在本研究中，重组构建了表达GP5基因和IL-15基因的质粒。小鼠用质粒进行免疫，

不同非洲猪瘟病毒株j5R基因及其编码蛋白的比较

根据非洲猪瘟病毒ＭａｌａｗｉＬＩＬ２０／１株ｊ５Ｒ阅读框Ｃ端抗原决定簇序列制备的合成肽能被不同毒株感染康复猪的免疫血清识别。多聚酶链反应研究表明，９个不同毒株的ｊ５Ｒ基因长度略有差异；蛋白转印杂交试验证明，这种基因长度的差异导致相应蛋白多肽的长度多样性。这些结果进一步证明，长度多样性是非洲猪瘟病毒基因及其编码蛋白较为普遍的特点。

靠近5′端帽子的上游AUG不影响t-PA mRNA的翻译

大多数真核生物mRNA的翻译起始都符合Kozak提出的扫描学说,即40s小亚基携带相应的起始因子进入mRNA的5′末端,沿mRNA线性滑动,至第一个AUG起始密码处与60s大亚基结合,形成第一个肽键,然后进入肽链延伸阶段。本课题组所构建的重组质粒pMM 5065含人组织型纤溶酶原激活剂(t-PA)cDNA。序列分析证明,该质粒中t-PA起始密码子ATG的5′端序列为:AAGCTTGCATGCCTGCAGGTC ATG GAT……,可见转录后t-PA mRNA起妈密码子AUG的5′端还有一个AUG三联体(即上游AUG)。

非洲猪瘟病毒j5R膜蛋白的电脑预测和实验证实

蛋白多肽二级结构的电脑预测表明，非洲猪瘟病毒（ Ａｆｒｉｃａｎ ｓｗｉｎｅ ｆｅｖｅｒ ｖｉｒｕｓ ， Ａ Ｓ Ｆ Ｖ）ｊ５ Ｒ阅读框编码１２ ．９ ｋ Ｄａ 膜蛋白。该蛋白的 Ｃ 末端含有一个潜在抗原决定簇，针对其合成肽的抗体能在 Ａ Ｓ Ｆ Ｖ 感染细胞和病毒颗粒中检测到２３ 或２５ ｋ Ｄａ（ 取决于不同毒株） 特异蛋白。免疫荧光试验显示，ｊ５ Ｒ 蛋白主要位于感染细胞的病毒复制部位。油水两相分离和细胞分级分离试验结果证明ｊ５ Ｒ

H5N1亚型禽流感病毒ns1基因修饰

目的:对H5N1亚型禽流感病毒株(A Qa ST85201)的ns1基因进行修饰并构建ns1基因的真核表达载体。方法:用RT PCR方法扩增A Qa ST85201的ns1基因,之后以扩增产物为模板,采用多重PCR技术对ns1基因进行修饰,将缺失的15个核苷酸片段插入ns1基因中,并将其克隆到真核表达载体,构建pcDNA3.1ns1重组质粒。结果:RT PCR产物测序显示,A Qa ST85201ns1基因开放阅读框全长678bp,编码225个氨基酸。构建的重组质粒经酶切鉴定和序列测定与预期相一致。结论:成功将缺失的15个核苷酸片段引入A Qa ST85201的ns1基因中,重组质粒的构建为NS1蛋白功能研究奠定了基础。

5'UTR在基因表达调控中的研究进展

5'非翻译区(5'Untranslated Region,5'UTR)在基因表达调控中发挥重要作用,其不仅在翻译水平调控基因表达,还参与真核基因转录、转录后加工、成熟RNA运输等水平的调控。5'UTR介导的基因表达与自身存在的相关调控元件有关,主要包括内部核糖体进入位点、5'UTR二级结构、上游开放阅读框、上游起始密码子以及5'UTR内含子等元件,5'UTR异常可引起基因表达异常并引发疾病。本文综述了5'UTR调控基因表达的研究进展,以期为今后5'UTR的作用机制及相关疾病的诊断与治疗提供新的方向和理论依据。

美国新开发新城疫-H5亚型禽流感二联疫苗

美国马里兰大学的科学家先前通过反向遗传系统开发出了低毒力的新城疫（ND）疫苗。最近他们采用该体系构建了2个重组新城疫病毒（NDV）表达来自H5N1高致病性禽流感病毒（HPAIV）A／Vietnam／1203／2004。一个表达HA基因的开放阅读框（ORF），另一个将ORF的跨膜区采用NDVF基因进行替换。HAORF的插入不会影响NDV载体的毒力。

19号染色体开放阅读框5调节自噬活性与结直肠癌恶性程度和紫杉醇化疗敏感性的关系

目的观察19号染色体开放阅读框5(C19ORF5)调节自噬活性与结直肠癌恶性程度和紫杉醇化疗敏感性的关系。方法选取哈尔滨医科大学附属第二医院2015—2017年141例结直肠癌患者的肿瘤组织和癌旁正常组织,采用免疫组织化学法和实时定量聚合酶链反应法检测C19ORF5蛋白和mRNA的表达情况,探讨C19ORF5蛋白调节自噬活性与结直肠癌恶性程度的相关性。141例患者均行术后化疗,91例采用常规化疗方案(卡培他滨联合奥沙利铂,常规化疗组),50例采用常规方案联合紫杉醇化疗(紫杉醇组),两组均治疗6个疗程。结果癌组织在透射电镜下可见自噬体,C19ORF5蛋白为淡黄色至棕褐色颗粒,表达于细胞质;癌组织C19ORF5蛋白染色强度明显强于正常组织,且Ⅱ期染色强度明显高于Ⅳ期。Ⅰ~Ⅱ期患者C19ORF5蛋白高表达率明显高于Ⅲ~Ⅳ期患者[83.3%(25/30)比17.1%(19/111)],差异有统计学意义(P<0.01)。癌组织C19ORF5 mRNA表达水平明显高于正常组织(1.17±0.45比0.82±0.29),差异有统计学意义(P<0.05)。癌组织C19ORF5蛋白表达水平与肿瘤分期、癌胚抗原和肝转移有关(P<0.01或<0.05),癌组织C19ORF5蛋白表达水平与淋巴结转移无关(P>0.05)。常规化疗组91例患者中,有效70例(76.9%),无效21例(23.1%);紫杉醇组50例患者中,有效42例(84.0%),无效8例(16.0%),两组有效率比较差异无统计学意义(P>0.05)。在常规化疗组中,有效患者和无效患者化疗前癌组织与化疗后血清C19ORF5蛋白表达水平比较差异均无统计学意义(P>0.05);有效患者与无效患者化疗后血清C19ORF5蛋白表达水平比较差异无统计学意义(P>0.05)。在紫杉醇组中,有效患者化疗前癌组织C19ORF5蛋白表达水平明显高于化疗后血清C19ORF5蛋白表达水平(0.9±0.3比0.5±0.2),有效患者化疗后血清C19ORF5蛋白表达水平明显低于无效患者(0.5±0.2比0.8±0.2),差异有统计学意义(P<0.05)。结论C19ORF5蛋白的高表达可以提高结直肠癌组织的自噬活性;C19ORF5蛋白调节自噬活性与结直肠癌的恶性程度呈负相关;C19ORF5蛋白可能通过增强自噬活性提高紫杉醇化疗的敏感性。

5′UTR在植物基因表达调控中的功能研究进展

植物5′非翻译区(untranslated region,UTR)存在众多的调控元件,如内部核糖体进入位点、上游开放阅读框、内含子及各种二级结构,在基因表达调控中发挥重要作用。5′UTR还能够通过保留、删除或突变调控元件产生多个mRNA变体,从而影响翻译效率。本文对植物5′UTR中涉及的各种调控元件及二级结构的作用机制进行了总结归纳,期望较为全面展示植物5′UTR的结构和功能,并为研究植物5′UTR的调控机制提供参考。

PAQosome各亚基的基本功能研究概况

PAQosome可协助热激蛋白90组装大量的大型多亚基蛋白复合物,并参与蛋白质合成、核糖体生物发生、转录、剪接等基本细胞功能。目前,PAQosome各亚基作用的相关研究主要集中在肿瘤方面,其在多数肿瘤中上调,且与肿瘤的发生、发展、预后密切相关。此外,其还与阿尔茨海默病的发生、淋巴细胞和生殖细胞的发育、纤维化的形成有关,而上述功能的实现依赖于PAQosome各亚基的功能差异。因此,深入认识PAQosome各亚基的基本功能有助于进一步指导后续PAQosome在非肿瘤疾病中功能的研究。