酵母基因组数据库的比较研究

通过对三个不同版本酵母基因组数据库的比较,给出了近几年酵母基因组中开阅读框架(ORF)和基因的变化情况;发现短的ORF变化不稳定,并给出造成这种不稳定的可能原因是序列的随机性;给出了TY*类ORF和以其它方式命名的ORF(*类ORF)的特点,对所有*类ORF在2001年和2002年的数据库中不复存在提出质疑.

预测酵母基因组中基因数目的一种方法

分析了酵母(Saccharomyces cerevisiae,Scer)、大肠杆菌(Escherichia,Ecoli)和枯草杆菌(Bacillus sub- tilis,Bsub)基因组中基因和开阅读框架(open reading frame,ORF)的数目随长度的分布,发现不同生物的分布相似且有明显的规律性,并依照此规律估计了酵母基因组中基因数目约为5752个．本文的方法对于评估理论预测基因的可靠性具有建设性意义．

酵母基因组中ORF数目与长度的关系

根据NCBI数据库中基因注释序列及相关注释文件,统计了酿酒酵母基因组中不同长度的开阅读框架(Open ReadingFrame,ORF)的数目,分析了开阅读框架的数目随长度的分布关系,结果发现有明显的规律性。根据分布的特点用各种分布模型进行拟合比较,提出这类分布是Г(α,β)分布的假设。进一步根据Г(α,β)分布估算了酵母基因组蛋白质编码序列的数目为5870个。该结果对于基因注释具有一定的参考价值。

酵母螺旋酶(YRF)基因的结构域及其基因家族的演化

以基因序列内所含较小的 ORF作为探测基因结构的亚单元 ,研究酵母螺旋酶蛋白(YRF)的主要结构域分布以及 YRF家族基因的演化特征 .研究表明 ,YRF基因有 2个较保守的主结构域 .此外 ,在酵母染色体 5′和 3′端有一些与 YRF基因同源性很高的已知 ORF,与YRF基因对比发现 ,这些 ORF是 YRF基因 2个主结构域分离或第 1主结构域内部分离的结果 ,分离位点均在各个亚单元之间发生 ,说明得到的亚单元序列在

随机DNA序列中ORF的分布

研究了组分约束下的随机 DNA序列中 ORF数目、ORF的长度与随机序列总长度和GC含量之间的关系 .结果表明 ,ORF数目的对数与 ORF的长度之间存在很好的线性关系 ;ORF的最大长度随序列长度的增加而变长 ,ORF的总数与序列长度成正比 ;ORF的总数目随着 GC含量的增加明显减少 ;随着 GC含量的增加 ,长度较短的 ORF数目相对减少 ,长度较长的 ORF数目相对增加 ;随着序列长度的增加 ,长度较短的 ORF相对增多 .