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3种榕属叶绿体基因组密码子偏好性分析
被引量:
7
1
作者
夏晞
彭劲谕
+2 位作者
王大玮
张新洛
李江飞
《西北林学院学报》
CSCD
北大核心
2022年第5期88-94,共7页
为更好了解黄葛榕、榕树和异叶榕叶绿体基因组密码子的使用模式,利用Codon W、CUSP、EXCEL等软件对其叶绿体编码基因的密码子使用偏好性进行系统分析。结果表明,3种榕属植物的第3位碱基以A/T为主且GC3的含量远低于GC1和GC2;并且大部分的...
为更好了解黄葛榕、榕树和异叶榕叶绿体基因组密码子的使用模式,利用Codon W、CUSP、EXCEL等软件对其叶绿体编码基因的密码子使用偏好性进行系统分析。结果表明,3种榕属植物的第3位碱基以A/T为主且GC3的含量远低于GC1和GC2;并且大部分的ENC值都在40以上,说明3种榕属植物的密码子偏好性较弱;中性绘图、ENC-plot和PR2-plot绘图分析表明,3种榕属植物的密码子偏好性不仅受选择的影响,还受突变等多重因素的影响;此外,还确定了3种榕属植物的最优密码子,且都以A/U结尾。该研究结果可为榕属植物叶绿体基因组后续的外源基因改良奠定基础。
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关键词
黄葛榕
榕树
异叶榕
叶绿体基因组
最优密码子
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题名
3种榕属叶绿体基因组密码子偏好性分析
被引量:
7
1
作者
夏晞
彭劲谕
王大玮
张新洛
李江飞
机构
西南林业大学
出处
《西北林学院学报》
CSCD
北大核心
2022年第5期88-94,共7页
基金
云南森林资源培育与利用协同创新中心开放基金(201903611)。
文摘
为更好了解黄葛榕、榕树和异叶榕叶绿体基因组密码子的使用模式,利用Codon W、CUSP、EXCEL等软件对其叶绿体编码基因的密码子使用偏好性进行系统分析。结果表明,3种榕属植物的第3位碱基以A/T为主且GC3的含量远低于GC1和GC2;并且大部分的ENC值都在40以上,说明3种榕属植物的密码子偏好性较弱;中性绘图、ENC-plot和PR2-plot绘图分析表明,3种榕属植物的密码子偏好性不仅受选择的影响,还受突变等多重因素的影响;此外,还确定了3种榕属植物的最优密码子,且都以A/U结尾。该研究结果可为榕属植物叶绿体基因组后续的外源基因改良奠定基础。
关键词
黄葛榕
榕树
异叶榕
叶绿体基因组
最优密码子
Keywords
Ficus virens
F.microcarpa
F.heteromorpha
chloroplast genome
optimal codon
分类号
S796 [农业科学—林木遗传育种]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
3种榕属叶绿体基因组密码子偏好性分析
夏晞
彭劲谕
王大玮
张新洛
李江飞
《西北林学院学报》
CSCD
北大核心
2022
7
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