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基于RNA-seq测序的弓獭蛤(Lutraria rhynchaena)不同组织转录组差异研究
1
作者
王宏玲
陈琨
+2 位作者
吴斌
潘红平
廖馨
《广西科学院学报》
2024年第1期80-92,共13页
弓獭蛤(Lutraria rhynchaena)是我国南方沿海重要的海水养殖贝类,为探讨弓獭蛤不同组织的基因表达差异,本研究采用RNA-seq测序技术对北部湾海域弓獭蛤7种组织(肌肉、外套膜、鳃、肝胰腺、虹吸管、雌性性腺和雄性性腺)进行转录组测序及...
弓獭蛤(Lutraria rhynchaena)是我国南方沿海重要的海水养殖贝类,为探讨弓獭蛤不同组织的基因表达差异,本研究采用RNA-seq测序技术对北部湾海域弓獭蛤7种组织(肌肉、外套膜、鳃、肝胰腺、虹吸管、雌性性腺和雄性性腺)进行转录组测序及生物信息学分析。结果显示,21个样本共获得939 197 518条质控后序列,各组织质控后的碱基数为15.39—29.26 G。测序结果经过Denovo组装和ORF查找共获得56 773个Unigenes。在5个公共数据库NR (Non-Redundant protein sequence database)、GO (Gene Ontology)、eggNOG(evolutionary genealogy of genes:Non-supervised Orthologous Groups)、KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)和SWISS-Prot对比各注释分别得到24 557、13 094、17 524、10 352和13 857条有效注释信息。本研究获得了大量弓獭蛤组织间的差异表达基因,丰富了弓獭蛤的基因数据库,为更深入地了解弓獭蛤各组织功能,进一步挖掘和开发利用弓獭蛤功能基因提供基础数据。
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关键词
弓獭蛤
组织
高通量测序
转录组
生物信息学分析
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职称材料
弓獭蛤( Lutraria arcuata )的重金属富集特征及其对镉胁迫的生理响应
被引量:
1
2
作者
何智能
巫冷蝉
+3 位作者
王宏玲
潘红平
黄春梅
吴斌
《广西科学院学报》
2023年第2期169-178,共10页
底播经济贝类对重金属的高富集能力与食品安全问题密切相关,本研究对北部湾重要经济贝类弓獭蛤(Lutraria arcuata)的重金属污染指数、富集系数以及弓獭蛤对镉的生理响应进行探讨,为弓獭蛤的安全食用和底播经济贝类的安全养殖提供理论基...
底播经济贝类对重金属的高富集能力与食品安全问题密切相关,本研究对北部湾重要经济贝类弓獭蛤(Lutraria arcuata)的重金属污染指数、富集系数以及弓獭蛤对镉的生理响应进行探讨,为弓獭蛤的安全食用和底播经济贝类的安全养殖提供理论基础。研究测定北海市3处海域12个站位的海水和弓獭蛤中7种常见重金属Hg、As、Zn、Cd、Pb、Cu、Cr的含量,计算富集系数;对弓獭蛤进行不同浓度的Cd胁迫,检测弓獭蛤体内对Cd富集的组织时间剂量效应,同时检测其体内超氧化物歧化酶(SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(GPx)、过氧化氢酶(CAT)和丙二醛(MDA)等生理生化指标随胁迫时间的变化情况。结果显示,弓獭蛤对Cd的富集系数在7种重金属中最高,个别站位的弓獭蛤Cd污染指数达到轻度污染水平。弓獭蛤不同组织中的Cd含量均和胁迫浓度、时间呈正相关关系,内脏团对Cd的富集能力最强。SOD、GPx、CAT酶活力及MDA的含量整体上呈现前期上升后期下降的趋势,但4种指标受应激影响的变化并不强烈,各浓度实验组和对照组之间的差异不显著。弓獭蛤对环境中的重金属Cd吸收能力极强,若海水中的Cd浓度增加,则易造成食品安全问题,应引起警醒。
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关键词
弓獭蛤
富集系数
CD胁迫
酶活力
生理响应
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职称材料
弓獭蛤受精及早期卵裂过程核相变化的细胞学观察
被引量:
2
3
作者
郑淑雅
饶小珍
陈昭娜
《福建师范大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期98-103,共6页
采用Hoeehst33258染色和荧光显微镜技术,对弓獭蛤(Lutraria arcuata)受精和早期卵裂过程中的核相变化进行观察.其成熟未受精卵呈圆球形,卵径55~60μm,核相处于第1次成熟分裂前期;精子为鞭毛型,全长约50—55μm.精卵混合后,...
采用Hoeehst33258染色和荧光显微镜技术,对弓獭蛤(Lutraria arcuata)受精和早期卵裂过程中的核相变化进行观察.其成熟未受精卵呈圆球形,卵径55~60μm,核相处于第1次成熟分裂前期;精子为鞭毛型,全长约50—55μm.精卵混合后,精予迅速附着于卵子表面;受精后10~30min,精子入卵膨胀成球形;30—50min进行第1次成熟分裂,排出第1极体;50—60min进行第2次成熟分裂,排出第2极俸;同时精核和卵核体积膨胀,形成雄原核和雌原核;70min左右,雌、雄原核联合,形成第1次有丝分裂的中期分裂相;70—90min受精卵进行第1次卵裂,形成2个卵裂球;90~110min进行第2次卵裂,形成1大3小的4个卵裂球.
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关键词
弓獭蛤
受精
早期卵裂
核相
原文传递
题名
基于RNA-seq测序的弓獭蛤(Lutraria rhynchaena)不同组织转录组差异研究
1
作者
王宏玲
陈琨
吴斌
潘红平
廖馨
机构
广西大学动物科学技术学院
广西科学院
出处
《广西科学院学报》
2024年第1期80-92,共13页
基金
广西创新驱动发展专项(广西科技重大专项,桂科AA19254008-2)资助。
文摘
弓獭蛤(Lutraria rhynchaena)是我国南方沿海重要的海水养殖贝类,为探讨弓獭蛤不同组织的基因表达差异,本研究采用RNA-seq测序技术对北部湾海域弓獭蛤7种组织(肌肉、外套膜、鳃、肝胰腺、虹吸管、雌性性腺和雄性性腺)进行转录组测序及生物信息学分析。结果显示,21个样本共获得939 197 518条质控后序列,各组织质控后的碱基数为15.39—29.26 G。测序结果经过Denovo组装和ORF查找共获得56 773个Unigenes。在5个公共数据库NR (Non-Redundant protein sequence database)、GO (Gene Ontology)、eggNOG(evolutionary genealogy of genes:Non-supervised Orthologous Groups)、KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)和SWISS-Prot对比各注释分别得到24 557、13 094、17 524、10 352和13 857条有效注释信息。本研究获得了大量弓獭蛤组织间的差异表达基因,丰富了弓獭蛤的基因数据库,为更深入地了解弓獭蛤各组织功能,进一步挖掘和开发利用弓獭蛤功能基因提供基础数据。
关键词
弓獭蛤
组织
高通量测序
转录组
生物信息学分析
Keywords
Lutraria rhynchaena
tissues
high throughput sequencing
transcriptome
bioinformatics analysis
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
弓獭蛤( Lutraria arcuata )的重金属富集特征及其对镉胁迫的生理响应
被引量:
1
2
作者
何智能
巫冷蝉
王宏玲
潘红平
黄春梅
吴斌
机构
广西大学动物科学技术学院
广西海洋科学院(广西红树林研究中心)
南宁市蛭澳生物科技有限公司
出处
《广西科学院学报》
2023年第2期169-178,共10页
基金
广西创新驱动发展专项资金项目(广西科技重大专项,桂科AA192540082)资助。
文摘
底播经济贝类对重金属的高富集能力与食品安全问题密切相关,本研究对北部湾重要经济贝类弓獭蛤(Lutraria arcuata)的重金属污染指数、富集系数以及弓獭蛤对镉的生理响应进行探讨,为弓獭蛤的安全食用和底播经济贝类的安全养殖提供理论基础。研究测定北海市3处海域12个站位的海水和弓獭蛤中7种常见重金属Hg、As、Zn、Cd、Pb、Cu、Cr的含量,计算富集系数;对弓獭蛤进行不同浓度的Cd胁迫,检测弓獭蛤体内对Cd富集的组织时间剂量效应,同时检测其体内超氧化物歧化酶(SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(GPx)、过氧化氢酶(CAT)和丙二醛(MDA)等生理生化指标随胁迫时间的变化情况。结果显示,弓獭蛤对Cd的富集系数在7种重金属中最高,个别站位的弓獭蛤Cd污染指数达到轻度污染水平。弓獭蛤不同组织中的Cd含量均和胁迫浓度、时间呈正相关关系,内脏团对Cd的富集能力最强。SOD、GPx、CAT酶活力及MDA的含量整体上呈现前期上升后期下降的趋势,但4种指标受应激影响的变化并不强烈,各浓度实验组和对照组之间的差异不显著。弓獭蛤对环境中的重金属Cd吸收能力极强,若海水中的Cd浓度增加,则易造成食品安全问题,应引起警醒。
关键词
弓獭蛤
富集系数
CD胁迫
酶活力
生理响应
Keywords
Lutraria arcuate
enrichment coefficient
Cd stress
enzyme activity
physiological response
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
下载PDF
职称材料
题名
弓獭蛤受精及早期卵裂过程核相变化的细胞学观察
被引量:
2
3
作者
郑淑雅
饶小珍
陈昭娜
机构
福建师范大学生命科学学院
出处
《福建师范大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期98-103,共6页
文摘
采用Hoeehst33258染色和荧光显微镜技术,对弓獭蛤(Lutraria arcuata)受精和早期卵裂过程中的核相变化进行观察.其成熟未受精卵呈圆球形,卵径55~60μm,核相处于第1次成熟分裂前期;精子为鞭毛型,全长约50—55μm.精卵混合后,精予迅速附着于卵子表面;受精后10~30min,精子入卵膨胀成球形;30—50min进行第1次成熟分裂,排出第1极体;50—60min进行第2次成熟分裂,排出第2极俸;同时精核和卵核体积膨胀,形成雄原核和雌原核;70min左右,雌、雄原核联合,形成第1次有丝分裂的中期分裂相;70—90min受精卵进行第1次卵裂,形成2个卵裂球;90~110min进行第2次卵裂,形成1大3小的4个卵裂球.
关键词
弓獭蛤
受精
早期卵裂
核相
Keywords
Lutraria arcuata
fertilization
early cleavage
nuclear stages
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于RNA-seq测序的弓獭蛤(Lutraria rhynchaena)不同组织转录组差异研究
王宏玲
陈琨
吴斌
潘红平
廖馨
《广西科学院学报》
2024
0
下载PDF
职称材料
2
弓獭蛤( Lutraria arcuata )的重金属富集特征及其对镉胁迫的生理响应
何智能
巫冷蝉
王宏玲
潘红平
黄春梅
吴斌
《广西科学院学报》
2023
1
下载PDF
职称材料
3
弓獭蛤受精及早期卵裂过程核相变化的细胞学观察
郑淑雅
饶小珍
陈昭娜
《福建师范大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2014
2
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