基于高通量测序技术的鱼类环境DNA研究中通用引物的筛选验证

为了筛选出一个或多个适宜研究环境DNA(environmental DNA,eDNA)的鱼类通用引物,本实验选取了5对引物,分别对鱼类线粒体细胞色素b(Cytochromeb,Cytb)基因、16SrDNA和细胞色素c氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因部分片段进行扩增。在对两个水样eDNA进行扩增后发现,引物CY45M和1634M均扩增出目的条带,且扩增产物质量适用于后续的高通量测序,而引物CYFM、16ACM和COⅠM均没有扩增出目的条带。继续对另外7个水样eDNA扩增后发现,引物CY45M和1634M在所有水样eDNA中均取得良好的扩增效果。对目的产物进行IlluminaMiseq测序后发现,引物CY45M和1634M扩增产物注释上的鱼类物种均为11种,二者获得的鱼类种类既存在差异也存在重复。综上所述,引物CY45M和1634M都可作为鱼类群落结构eDNA研究的通用引物。