蜃楼弗朗西斯菌血流感染1例及文献复习

蜃楼弗朗西斯菌感染是罕见的感染疾病。本文报告1例蜃楼弗朗西斯菌血流感染患者,复习国内外相关文献资料,总结分析感染患者临床特征。研究发现,慢性肉芽肿病、溺水、血液系统疾病、糖尿病、肾移植、风湿病、嗜酒等免疫功能低下或免疫屏障受破坏者是蜃楼弗朗西斯菌易感人群,接触咸水是其危险因素。以氨基糖苷类、氟喹诺酮类、多西环素为基础的联合抗感染方案可提高治疗成功率。

10株蜃楼弗朗西斯菌的鉴定与特征分析

目的对10株蜃楼弗朗西斯菌样细菌进行菌种鉴定和特征分析。方法对环境水源及临床患者样本中分离的10株实验菌株,进行菌体形态和生长特征观察、生化表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)鉴定和16S rRNA测序分析。E-test方法检测菌株对各种药物的最低抑菌浓度(MIC)。结果该10株菌均为着色较淡的革兰阴性小球杆菌;尿素酶阴性、硝酸盐还原试验阴性、V因子和X因子需求试验阴性,氧化酶和触酶试验阳性;在M-H平板和麦康凯平板上不生长,血平板、巧克力平板和BCYE平板上生长迅速,可形成白色不透明型、无色透明型和灰色光滑型,直径约2 mm大小的菌落。16S rRNA基因测序显示,该10株菌与蜃楼弗朗西斯菌ATCC 25015同源性在99.6%以上,系统发育分析亦位于同一个分枝上。MALDI-TOF MS分析显示,该10株均含有6 153 m/z、5 180 m/z、7 757 m/z和9 392 m/z等特征峰,与蜃楼弗朗西斯菌ATCC 25015类似。采用Vitek 2 GN卡及NH卡、API 20NE及NH试条则可能错误鉴定为少动鞘氨醇单胞菌、灰色奈瑟菌、气味黄杆菌和嗜血杆菌等。药敏试验显示,对氯霉素、多西环素、庆大霉素、四环素、氧氟沙星和环丙沙星等均敏感。结论该10株菌可鉴定为蜃楼弗朗西斯菌,其生化反应不活泼,常规方法鉴定会发生错误,应予以重视。

基于高通量测序的平均核苷酸一致性在1株弗朗西斯菌鉴定中的应用

目的对一溺水性肺炎患者血液标本中分离的弗朗西斯菌(编号Wenzhou1)进行菌种鉴定。方法采用Illumina二代测序平台2000/mi Seq系统对实验菌株进行高通量测序,Microbe Trakr Plus软件对测得的全基因组草图进行序列拼接。在Gen Bank数据库中,对实验菌株的16S rRNA基因、mdh基因、rpo B基因和sdh A基因序列进行NCBI BLAST分析,获得与实验菌株遗传关系接近的近缘菌种信息。Java 8运行环境,Ortho ANI软件对实验菌株和近缘菌种进行全基因组序列NCBI BLAST搜索和全基因组平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)分析。结果测得的弗朗西斯菌Wenzhou1的基因组大小为1.96×10~6bp,含74个重叠群(contigs)。基因组G+C mol%为32.1%,与其他弗朗西斯菌和另弗朗西斯菌一致。Gen Bank数据库NCBI BLAST分析结果显示,Wenzhou1的16S rRNA基因、mdh基因、rpo B基因和sdh A基因序列与西班牙弗朗西斯菌FSC454和"土拉弗朗西斯菌新凶手亚种"3523最为近缘。ANI分析显示,实验菌株Wenzhou1与西班牙弗朗西斯菌FSC454的ANI为97.8%,与"土拉弗朗西斯菌新凶手亚种"3523的ANI在97.5%~97.6%之间,而与土拉弗朗西斯菌的4个亚种的ANI在91.3%~91.5%之间。结论基于全基因组序列的ANI分析是一种准确和有效的菌种鉴定方法。Wenzhou1可明确鉴定为西班牙弗朗西斯菌。

近海浅海海水弗朗西斯菌的分离培养和鉴定

目的对广东地区近海浅海海水弗朗西斯菌进行分离培养,以了解弗朗西斯菌在近海浅海海水中的分布情况。方法在广东近海浅海地区水域内,选取茂名市电白区水东湾(2019年10月4日)以及惠州市两大湾(巽寮湾、双月湾,2019年8月12日)进行多点采集水样,分别19份和29份。利用前期探索出针对分离弗朗西斯菌的有效海水前处理手段(浓缩、酸处理)以及分离培养基(BHI-2216E-GVPC和BCYEα-2216E-GVPC)进行分离培养,依据弗朗西斯菌的菌落特征,初步将可疑菌株进行分纯培养,并对纯培养后的可疑菌株进行传统形态特征、生理生化特征、16S rRNA分子特征等鉴定。结果19份水东湾水样中有14份(阳性率为73.7%)成功分离到共60株目标菌(含邻近兼性胞内寄生菌);29份惠州地区水样中有17份(阳性率为58.6%)成功分离到共79株目标菌(含邻近兼性胞内寄生菌)。经菌落特征、细菌形态学检查、生化反应以及测序结果比对后,水东地区60株目标菌分离出弗朗西斯菌属(含潜在新种)12株(20.0%),潜在新科2株(2.9%),惠州地区79株目标菌分离出弗朗西斯菌属(含潜在新种)22株(27.8%),潜在新科18株(22.8%)。结论广东地区近海浅海海水中弗朗西斯菌菌种资源丰富,且存在不同的该菌属内新种以及可能存在邻近新属。

弗朗西斯菌DNA序列破译

近期，包括英国国防部科学家在内的一个国际科研小组宣称：他们已经破译出了世界上最具传染性的细菌之一——弗朗西斯菌的完整DNA序列，基因测序工作的完成加速了对抗这种致命细菌疫苗的研究速度。

海盐弗朗西斯菌的系统发育与毒力基因分析

目的:研究海盐弗朗西斯菌( Francisella salimarina)的系统发育和毒力基因分布情况。 方法:纳入GenBank数据库中的相关基因组数据,对海盐弗朗西斯菌及邻近菌种进行系统发育分析,分析16S rRNA基因、 rpoB基因、 mdh基因等单个基因与核心基因组系统发育的一致性,基于毒力因子数据库和抗生素耐药基因数据库注释并分析毒力基因及耐药基因。以蜃楼弗朗西斯菌( Francisella philomiragia) ATCC 25015 T为参考,采用大蜡螟幼虫感染试验评估海盐弗朗西斯菌的毒力。 结果:海盐弗朗西斯菌在系统发育上与蜃楼弗朗西斯菌亲缘关系最为相近。系统发育树比较发现, mdh基因系统发育树与核心基因组系统发育树高度相似。而单基因系统发育分析显示,基于16S rRNA基因和 mdh基因序列分析均能鉴别海盐弗朗西斯菌及邻近菌种,但 mdh基因具有更强的区分能力。8株海盐弗朗西斯菌共检出多种毒力基因,主要与分泌系统、黏附、免疫调节、运动和应激生存相关。此外,8株菌均检测到β-内酰胺类耐药基因 blaFPH。该菌在大蜡螟幼虫感染试验中表现出较高的致死能力,与蜃楼弗朗西斯菌ATCC 25015 T相近。 结论:海盐弗朗西斯菌是一种致病能力与蜃楼弗朗西斯菌相近的罕见病原体, mdh基因可作为快速鉴定海盐弗朗西斯菌的分子靶标。

在辽宁省长角血蜱中检测出土拉弗朗西斯菌

目的检测辽宁省长角血蜱中弗朗西斯菌属及其内共生体的携带情况。方法 2013年7月,在辽宁省采集长角血蜱357只共分成38组,进行土拉弗朗西斯菌(土拉菌)的特异培养和弗朗西斯菌属及其共生体16S r RNA的巢式PCR检测。对有目的片段扩增的PCR产物进行测序和同源性比对,并与网上已公布的弗朗西斯菌属和弗朗西斯菌属(类)内共生体的序列进行系统进化分析。结果有测序结果的13组蜱中,5组为土拉菌,8组为弗朗西斯菌属(类)内共生体。由此推算,河栏镇长角血蜱对于土拉菌的最小携带率为2.12%。系统进化分析显示,5组蜱和土拉菌聚在一个分支上,其余8组和弗朗西斯菌属(类)内共生体聚在一个主干分支上。结论首次发现辽宁省长角血蜱携带土拉菌及弗朗西斯菌属(类)内共生体,对于提醒当地卫生部门做好土拉热防控具有一定意义。

从中哈边境亚洲璃眼蜱中检测到弗朗西斯氏菌样内共生体核酸

目的对中哈边境铁路线区域的亚洲璃眼蜱中弗朗西斯菌属及内共生体检测。方法 2015年在中哈边境采集的游离蜱进行形态学与分子学鉴定后,扩增弗朗西斯菌属及共生体16SrRNA和sdhA基因,对阳性产物测序后进行Blast分析,用Mega 6.0构建分子遗传进化树。结果对243只游离蜱经形态学与分子学鉴定为亚洲璃眼蜱后,经PCR病原学检测及测序得到35份(只)阳性,阳性率为14.4%。分析得到两株(Seq1和Seq2)不同基因型的序列,遗传进化树显示,这两株弗朗西斯菌属内共生体聚到1支,未检测到土拉弗朗西斯菌。结论在中哈边境铁路线区域亚洲璃眼蜱中首次检测到弗朗西斯菌样核酸。

集中空调系统中弗朗西斯菌的分离与鉴定

目的 对集中空调系统中的弗朗西斯菌进行分离鉴定. 方法 收集2008—2014年广州市集中空调系统的324份冷却水和36份冷凝水水样,经负压膜过滤集菌、酸处理后接种军团菌选择性甘氨酸-万古霉素-多黏霉素B-放线菌酮（ BCYEα-GVPC）培养基进行细菌分离培养,通过培养特征、生化反应特性等表型分析及弗朗西斯菌属特异性引物PCR鉴定、16S rRNA 基因序列分析、基因组DNA-DNA杂交等方法进行菌种鉴定. 结果 从14份集中空调冷却水中分离到15株菌,经表型分析和弗朗西斯菌属特异性引物PCR扩增确定为弗朗西斯菌,水样的阳性率分别为：冷却水4.3%,冷凝水0%. 15个分离菌株的16S rRNA 基因序列分析及系统发育分析显示,其可分为4个分支,包括为广州弗朗西斯菌9株,蜃楼弗朗西斯菌1株,另2个分支的5株菌与广州弗朗西斯菌亲缘关系最接近,但基因组DNA-DNA杂交证明与广州弗朗西斯菌同源性〈70%,初步确定为弗朗西斯菌属内的候选新种. 结论 广州市集中空调系统水样弗朗西斯菌阳性率低,且未发现强致病性的土拉热弗朗西斯菌.

广州弗朗西斯菌的鉴定与命名以及获得国际认可的经验介绍

本文以广州弗朗西斯菌（ Francisella guangzhouensis）为实例，阐述如何利用生物信息资源进行细菌新种的鉴定、如何进行新种的命名和命名的拉丁化、如何进行新种的合格化、以及《国际细菌命名法》中与新种命名和鉴定相关的一些内容，从而为临床微生物学工作者发现和命名新的病原菌提供指导。

弗朗西斯菌DNA序列破译

近期，包括英国国防部科学家在内的一个国际科研小组宣称：他们已经破译出了世界上最具传染性的细菌之一——弗朗西斯菌的完整DNA序列．基因测序工作的完成加速了对抗这种致命细菌疫苗的研究速度。

土拉菌菌株的基因型别

最近的一项分子流行病调查显示,来自黑龙江、吉林、内蒙古的33份阳性标本的Ft—M3基因座共有7种基因型,重复数在七至十五之间。其中,七次重复的基因型在holarctica亚种中尚属首次发现,而过去这种基因型往往在tularensis亚种中才能检测到。Xhol酶切可以将弗朗西斯菌分为五种菌型,而利用Bam HI可以分为四种型。

野兔热的诊断与防治

综述野兔热的病原学、临床症状、流行病学、病理变化,总结了野兔热的诊断方法,并结合目前家畜生产实际提出本病的防治对策。

糖尿病足合并土拉菌感染患者行截肢术的护理

报告5例糖尿病足合并土拉菌感染患者行截肢术的护理。护理要点包括:术前重视患者的心理疏导,冲洗患肢感染创面、监测体温和控制血糖。术后重点观察并保持封闭式负压引流(VSD)的密闭和通畅,通过VSD引流管行臭氧治疗液密闭式灌洗,严密监测控制血糖;同时加强基础护理,协助患者康复,指导糖尿病饮食和按时复查。本组4例康复,1例死于肺栓塞。

弗郎西斯菌分类鉴定与流行趋势的研究进展

弗朗西斯菌是一类革兰氏阴性染色的苛养性细菌。该菌属的模式菌种——土拉热弗朗西斯菌是人畜共患病土拉热病的病原体。弗朗西斯菌广泛存在于土壤、草丛、沼泽等自然环境和被感染的动物宿主体内,可以通过空气气溶胶、节肢动物叮咬以及直接接触受污染的环境、物品和饮食等多种方式传播。近年来,世界各地有大量新型的弗朗西斯菌种的发现报道。我们课题组于2008年始,从城市集中空调冷凝水系统中分离了多株弗朗西斯菌,并初步发现了两个弗朗西斯菌属的新种,其中广州弗朗西斯菌已获得正式命名。然而这些新细菌的鉴定方法,流行病学特征均不十分明确。本文简要综述了弗朗西斯菌的分类现状、分离鉴定方法等最新的研究进展情况,供国内学者参考。