蛋白质折叠速率的Kramers理论分析

理解蛋白质的快速折叠机制对于现代分子生物学具有基本的重要性.以蛋白质天然态非局域接触数的1/n次幂估计折叠自由能垒高度(n为耦合振动自由度),基于弱碰撞极限情形的Kramers逃逸速率理论,得到一个蛋白质折叠速率预测模型.在包含150个蛋白质折叠速率的实验数据集上检验该模型,n=3时,模型获得了对实验值约80%的拟合度.结果表明,天然态非局域接触数是蛋白质折叠速率的决定因素之一.此外,在n=1时模型退化为拓扑异构体搜索模型.