4种乳菇属真菌的形态学与rDNA-ITS鉴定

为明确内蒙古赤峰地区常见有毒乳菇种类,准确、快速地识别有毒乳菇,将采集的4个乳菇属Lactarius真菌标本采用传统形态学分类方法进行鉴定,同时提取子实体DNA,使用真菌通用引物ITS1/ITS4进行PCR扩增,用Blast对扩增产物纯化测序所得的序列进行比对,采用MEGA5.1软件构建系统发育树确定属和种。结果表明,2种方法鉴定结果一致,标本CFSZ10167为毛头乳菇[Lactarius torminosus(Schaeff.)Pers.],标本CFSZ10216为绒边乳菇[Lactarius pubescens(Fr.ex Kronbh.)Fr.],标本CFSZ13021为灰褐乳菇[Lactarius pyrogalus(Bull.)Fr.],3种均为胃肠炎型毒菌,CFSZ10044为皱乳菇(Lactarius ruginosus Romagn),为中国新记录种,主要特点是菌盖棕褐色、浅褐色,有绒质感,盖缘呈齿状,孢子球形具小刺,食毒不明。对4个种的形态学特征进行了详细描述,并附有生境图片和显微图像,研究结果为乳菇属物种鉴定和资源分布提供了重要补充,并为常见毒菌识别提供了理论依据。

新疆新地乡部分地区亚洲璃眼蜱的形态及分子生物学鉴定

目的了解新疆裕民县新地乡所采集蜱种的形态学及分子生物学情况。方法采集该地区家畜体表寄生蜱,借助超景深三维显微系统VHX 600对收集到的蜱进行初步的形态学鉴定。提取全蜱总DNA,采用PCR技术,基于COI和ITS2基因位点对蜱DNA进行扩增,将阳性的PCR产物进行测序。通过NCBI数据库中Blast在线分析软件,将测序所获序列与数据库中其他相关序列进行同源性比对分析。利用MEGA 7.0软件中的邻接法构建遗传进化树,确定蜱的进化生物学特性。结果经形态学鉴定,从裕民县新地乡采集的蜱均符合亚洲璃眼蜱的特征。基于COI和ITS2基因序列建立的遗传进化树表明,本次研究所采集的蜱与已知的亚洲璃眼蜱聚为一支。结论通过形态学及分子生物学鉴定,确定本次研究所采集的蜱为亚洲璃眼蜱。该结果为新疆新地乡蜱种分布提供一定数据资料,为蜱种鉴定和遗传进化特征分析提供参考。

‘脆蜜金柑’组织倍性鉴定及不同倍性金柑枝叶形态性状的比较

‘脆蜜金柑’是‘滑皮金柑’混合多倍体变异,其表型具有明显的差异特征,且其染色体倍性不稳定容易产生变异。本研究利用前期筛选到的‘脆蜜金柑’相关的不同倍性变异材料,开展了‘脆蜜金柑’组织倍性鉴定及其相关倍性变异植株的枝叶形态比较研究。结果发现‘脆蜜金柑’为2、4倍混合多倍体,17-1为‘脆蜜金柑’的6倍体变异,20-1为‘脆蜜金柑’的2倍体变异;‘脆蜜金柑’的不同组织倍性检测显示‘脆蜜金柑’2、4混合多倍体的组织发生层细胞可能为2-4-4多倍体化;倍性变异还对金柑的叶片大小、形状、枝条粗度和节间长度等产生了影响。本文为了解多倍体化对金柑形态的影响提供了帮助,也为‘脆蜜金柑’倍性纯化和金柑倍性育种提供支持。

基于环境DNA技术和形态学鉴定的浮游植物多样性比较

浮游植物是湖泊生态系统的重要组成部分,检测其物种多样性和群落组成对了解湖泊生态系统功能具有重要意义。近年来,环境DNA技术越来越多地被应用于生态学调查中;但对于浮游植物的多样性检测,该方法与传统形态学鉴定获得结果的一致性尚不清楚,并且缺少基于环境DNA技术对真核浮游植物与原核浮游植物进行同时检测的研究。为此,本文比较研究了不同牧食强度下中宇宙实验体系中环境DNA技术和形态学鉴定在检测浮游植物(包括真核与原核浮游植物)物种多样性和群落组成上的异同。研究结果显示:(1)基于18S rRNA基因的环境DNA技术与形态学鉴定获得的浮游植物alpha多样性(物种多样性和Shannon-Wiener多样性指数)在不同牧食强度下中宇宙实验体系中的变化趋势一致;(2)与形态学鉴定结果相比,基于16S rRNA基因和18S rRNA基因的环境DNA技术能够检测到更多的浮游植物种类,并且能够很好地展现不同处理组中浮游植物群落组成的差异;(3)基于18S rRNA基因的环境DNA技术在浮游植物多样性检测上具有更高的精确性。尽管环境DNA技术在监测浮游植物生物量方面存在局限,但是其在浮游植物生物多样性检测方面比形态学鉴定具有显著的优势。本研究对环境DNA技术同时应用于真核和原核浮游植物检测进行了尝试,并证实了基于18S rRNA基因的环境DNA技术在浮游植物物种多样性和群落组成检测中具有更高的分辨率和精确性,可提供更加丰富的数据,为在浮游植物多样性研究和水生态环境监测中推广使用环境DNA技术提供了依据。

中国腐霉属新记录种Pythium nunn的形态学鉴定及rDNA-ITS系统发育分析

为了调查北京地区苗圃基地的腐霉属种类,采用花瓣、叶片诱捕法对采集到的土样进行诱导,以分离出腐霉菌。结果表明:有5株形态相似的菌株在形态及培养形状上较为一致,且异于中国已报道的其他腐霉种。运用改进的CTAB法提取菌株的基因组DNA,测定其rDNA-ITS序列,并与模式菌株CBS808.96进行多重序列比对,相似度为99.26%。选取与Pythium nunn同组的所有腐霉种以及其他组别的部分腐霉种,以Phytophthora polymorphica为外类群,采用NJ法构建了系统进化树。根据形态特征及分子序列分析结果,将此5株菌株鉴定为Pythium nunn。Pythium nunn是一种具有生防潜力的卵菌,可以为后续的生物防治研究提供试验基础。

一例海豚源典型异尖线虫形态观察和分子鉴定

旨在鉴定由海豚粪便样本中所分离所得线虫种类。首先对所分离虫体进行形态观察,然后提取虫体基因组DNA,并对样本28S rRNA D2-D3基因和ITS基因片段进行PCR扩增,以进行分子生物学鉴定。所得序列经BLAST比对并用邻接法构建系统进化树对所得序列进行分析。结果显示:虫体长120~140 mm,整体呈圆柱形,两端尖细,外观呈乳白色半透明,镜下观察其内部偏黄。可见食道前端细,向后逐渐膨大。PCR结果显示,28S rRNA D2-D3基因与ITS基因扩增长度分别为797和840 bp。BLAST比对结果显示:28S rRNA D2-D3基因(GenBank登录号OR345165)与已报道典型异尖线虫(Anisakis typical, GenBank登录号HF911524.1)的序列一致性为95.36%;ITS基因(GenBank登录号OR345164)与典型异尖线虫(GenBank登录号MF668919.1)一致性为97.11%,其中,ITS-1区域与典型异尖线虫(GenBank登录号MF668919.1)一致性为91.90%,ITS-2区域与典型异尖线虫(GenBank登录号JN968938.1)一致性为94.97%,5.8S rRNA区域与典型异尖线虫(GenBank登录号OQ244221.1)一致性为100.00%。基于ITS基因和28S rRNA D2-D3基因的系统发育分析结果显示,此次研究分离所得寄生虫样本与典型异尖线虫遗传距离最近,且同一分支上。本次分离所得寄生虫样本经过分子鉴定为典型异尖线虫。同源性分析结果显示,其与典型异尖线虫一致性均大于95%;同时,在28S rRNA D2-D3基因序列和ITS基因序列的系统发育分析方面,均与已报道的典型异尖线虫遗传距离最近。

同一植物群落中基于光学显微镜荧光和亮场成像的花粉形态鉴定:以一个横断山脉高山草甸为例

花粉形态具有物种特异性,是花粉识别的关键属性。花粉的精确识别可为植物分类、物种演化、花粉传递网络等研究提供基础信息。本研究采集了滇西北香格里拉区域高山草甸群落36科92属135个植物物种的花粉,归纳总结了花粉的提取、测量和特征描述方法。首次利用光学显微镜荧光和亮场成像描述花粉的形态特征,并绘制了完备的花粉图像库。本研究使用多重因子分析对花粉形态特征进行了贡献值排序,建立了定距式花粉检索表。本文为区域群落传粉生态学等研究中基础花粉库的建立提供了参考。

四个口蘑科真菌形态学及rDNA-ITS测序鉴定

利用形态学与rDNA-ITS序列分析相结合的方法对4个口蘑科真菌样本(CFSZ10080、CFSZ10305、CFSZ11669、CFSZ10245)进行鉴定。结果表明,CFSZ10080为黄褐口蘑[Tricholoma fulvum (DC.) Bigeard&H. Guill],CFSZ10245为鳞柄口蘑[Tricholoma psammopus (Kalchbr.) Quél],CFSZ11669为银灰口蘑[Tricholoma argyraceum (Bull.) Gillet],CFSZ10305为毛边菇[Ripartites tricholoma (Alb.&Schwein.)P.Karst],为内蒙古新记录种。4种口蘑科真菌均为优质食用菌。

三种角孔珊瑚的形态学鉴定及辅助特征分析

由于传统形态学鉴定参考资料不足,近缘种在分子分类学地位上接近,使角孔珊瑚属常发生同种异名、异种同名的现象。因此,为了准确区分团块角孔珊瑚Goniopora lobata(Milne Edwards,1860)、扁平角孔珊瑚Goniopora planulata(Ehrenberg,1834)、诺福克角孔珊瑚Goniopora norfolkensis(Veron et al,1982)三种近缘种,利用电子显微镜、正置荧光显微镜、倒置荧光显微镜对三种角孔珊瑚宏观形态特征及辅助特征进行连续观察,记录其宏观结构特征、微观骨骼形态、细胞结构特征、刺丝囊形态。二代测序技术分析虫黄藻共生系群种类、qPCR测定荧光蛋白基因的表达量。结果表明:(1)团块角孔珊瑚杯直径为(3.32±0.06)mm,隔片数量为(21.71±2.36)个;扁平角孔珊瑚杯直径为(4.80±0.4)mm,隔片数量为(21.10±1.8)个;诺福克角孔珊瑚杯直径为(3.20±0.63)mm,隔片数量为(14.00±2.81)个。(2)团块、扁平、诺福克角孔珊瑚隔片刺形状分别为匀称、平缓、弯曲稀疏;诺福克角孔珊瑚隔片刺数量最多,扁平角孔珊瑚最少;诺福克角孔珊瑚隔片刺无颗粒。(3)刺丝囊囊长、刺长长度从大到小依次为:扁平角孔珊瑚、诺福克角孔珊瑚、团块角孔珊瑚;囊宽三者无明显差异。三种珊瑚共生虫黄藻系群组成无明显差别。团块角孔珊瑚的绿色荧光基因表达量显著高于另外两种珊瑚,紫蓝非荧光色蛋白基因表达量显著低于另外两种珊瑚。研究表明三种角孔珊瑚骨骼微观结构是角孔珊瑚属内物种鉴定的重要特征,而刺丝囊形态和荧光蛋白表达量可作为辅助的鉴别依据。

鸡后口吸虫的形态学特征及分子鉴定

许多地方都报道过鸡盲肠中的吸虫,但对其详细的形态学和分子鉴定的研究较少。为对辽宁锦州地区家鸡盲肠中分离到的数条吸虫做虫种鉴定,观察了其成虫和虫卵的形态学特征,对成虫和虫卵进行了分子生物学分析。结果显示,分离到的吸虫形态呈舌状,口吸盘和咽部十分发达,食道短,2条盲肠弯曲,伸达到虫体的末端。睾丸前后排列于虫体的后部,卵巢位于睾丸的对侧。卵黄腺发达,直伸到虫体前部。虫卵淡黄色,呈芝麻状,有卵盖,卵内含有毛蚴。形态学观察鉴定为鸡后口吸虫。利用PCR扩增该吸虫的rDNA ITS序列,测序后经NCBI数据库比对分析,测序所得序列与鸡后口吸虫(MH915391)的序列相似性为99.76%;基于ITS-2序列构建系统进化树,分析显示分离的吸虫与鸡后口吸虫聚集在同一个分支。结果表明,病鸡盲肠中分离鉴定出鸡后口吸虫,为该虫的分子检测提供依据。

诃子基原物种及其混伪品的形态鉴别与分子鉴定

目的:建立能够准确鉴别诃子、绒毛诃子及其混伪品的分子鉴定方法。方法:对诃子、绒毛诃子及其混伪品的新鲜果实进行烘干,观察其干燥前后的形态;提取样品DNA,采用DNA条形码内转录间隔区2(ITS2)序列和psbA-trnH序列进行聚合酶链式反应扩增并测序,采用DANMAN 7、MAGE 6软件对测序结果进行序列比对,计算Kimura 2-paramete遗传距离,并构建邻接法系统发育树。结果:形态观察发现,诃子、绒毛诃子果实干燥前后与混伪品有较大的差异,可以通过形态差异进行鉴别;DNA条形码序列表明,诃子和绒毛诃子ITS2序列基本一致,仅发现4个单核苷酸多态性位点,但不能由此对两者进行区分;诃子和绒毛诃子的psbA-trnH序列存在2处明显差异,可对两者进行准确区分;绒毛诃子中存在2种类型的单倍型,其明显差异在于是否在psbA-trnH序列上存在1段16 bp的串联重复序列;混伪品与诃子、绒毛诃子之间具有较大的psbA-trnH序列差异,可直接在美国国家生物技术信息中心比对进行区分;对市场上流通的诃子炮制品进行鉴定发现,其多为2种单倍型绒毛诃子,且存在毛诃子混伪的情况。结论:利用psbA-trnH序列可准确鉴别诃子、绒毛诃子及其混伪品,发现绒毛诃子中存在2种类型的单倍型。

6种红菇的形态学及rDNA-ITS测序鉴定

利用形态学和rDNA-ITS序列分析相结合的鉴定方法对采自赛罕乌拉自然保护区六个未知红菇进行鉴定,结果显示,标本CFSZ13020鉴定为Russula atroglauca Einhell.,CFSZ 10356鉴定为佩拉妮娅红菇Russula pelargonia Niolle.,CFSZ 10391鉴定为非白红菇Russula exalbicans Melzer&Zvára.,苋菜红菇Russula depallens Fr.,CFSZ 13005鉴定为菱红菇Russula vesca Fr.,CFSZ11336香红菇Russula odorata Romagn。非白红菇R.exalbicans Melzer&Zvára.和苋菜红菇R.depallens Fr.为内蒙古新记录种,其中R.atroglauca Einhell.和佩拉妮娅红菇R.pelargonia Niolle.为中国新记录种。

内蒙古五个环柄菇形态学及rDNA-ITS鉴定

采用形态学和rDNA-ITS序列分析相结合的方法对5个有毒环柄菇(CFSZ11379、CFSZ11356、CF?SZ10575、CFSZ11339、CFSZ10555)的标本进行了鉴定,最终鉴定结果如下:CFSZ11379为肉褐鳞环柄菇Lepiota brunneoincarnata Chodat&C. Martín,CFSZ11356为冠状环柄菇Lepiota cristata(Bolton)P. Kumm.,CFSZ10575为红盖白环菇Leucoagaricus rubrotinctus(Peck)Singer,CF?SZ11339为粉褶白环菇Leucoagaricus leucothites(Vittadi?ni)P. D. Orton;CFSZ10555为球孢青褶伞Chlorophyllum sphaerosporum Z. W. Ge&Zhu L. Yang。其中球孢青褶伞为内蒙古特有种;红盖白环菇为内蒙古新记录种;肉褐鳞环柄菇为极毒菌,误食后会导致肝肾、呼吸衰竭,死亡率极高;其他三种均为胃肠型症状,冠状环柄菇Lepiota cristata(Bolton)P. Kumm.含重金属较多。

内蒙古四个毒丝盖伞形态学及rDNA-ITS鉴定

采用形态学和rDNA-ITS序列分析相结合的方法对4个外生菌根菌丝盖伞属真菌(CFSZ11663、CFSZ13074、CFSZ10362、CFSZ11344)的标本进行了鉴定,最终鉴定结果如下:CFSZ11663为华美丝盖伞Inocybe splendens R. Heim,CFSZ13074为污白丝盖伞紫色变种Inocybe geophylla var. lilacina(Peck)Gille,CFSZ10362为斑纹丝盖伞Inocybe maculata Boud.,CFSZ11344为茶褐丝盖伞Inocybe umbrinella Bres.,其中3种为毒菌类:污白丝盖伞紫色变种Inocybe geophylla var. lilacina(Peck)Gille、斑纹丝盖伞Inocybe maculata和华美丝盖伞Inocybe umbrinella误食之后会产生神经精神性症状。

寄生于金鱼肌肉和肝胰脏的吴李碘泡虫形态特征与分子鉴定

2021年9月,北京市通州区相邻两家观赏鱼养殖场的金鱼(Carassius auratus)发生孢子虫病,患病鱼头背部肌肉隆起或腹部膨大而失去观赏价值,并造成少量死亡。为鉴定金鱼源孢子虫的种类,采集具有临床症状的病鱼,取病灶组织制作水封片进行孢子虫形态观察和形状测量,并进一步对孢子虫的18S rDNA进行克隆、测序和生物信息学分析。结果表明:造成金鱼头背部肌肉隆起或肝胰脏膨大的孢子虫壳面观均呈梨形,前端有2个八字形排列的极囊,极囊约占孢子虫全长的一半,极丝圈数为7~9圈,形态特征和形状测量数据与吴李碘泡虫(Myxobolus wulii)相似。孢子虫的18S rDNA序列经Blast同源性检索,与吴李碘泡虫同源性最高,相似性在99%以上,构建的系统发育树也与吴李碘泡虫聚为一枝。因此,确认这两起金鱼孢子虫病的病原为吴李碘泡虫,这是该碘泡虫寄生于金鱼肌肉的首次报道,为其在金鱼寄生部位的研究提供了资料。

2种有毒鹅膏菌形态学及rDNA-ITS测序鉴定

以采自内蒙古赤峰地区2个鹅膏属(Amanita)标本为研究材料,采用形态学和rDNA-ITS序列特征分析相结合的方法进行鉴定。结果为CFSZ 10250为毒蝇鹅膏A.muscaria(L.)Lam.,CFSZ 13024为豹斑鹅膏A.pantherina(DC.)Krombh。研究结果为鹅膏菌的分类鉴定,尤其是有毒鹅膏的准确识别提供依据和方法。

猕猴桃果实贮藏期主要真菌病害的rDNA-ITS鉴定及序列分析

【目的】对陕西省周至县猕猴桃主栽品种‘华优’、‘海沃德’及‘秦美’贮藏期霉烂果实中的病原菌进行分离与鉴定,分析比较病原菌rDNA-ITS序列的差异和种内与种间群体分化状况,确定优势菌,为病害防治提供依据。【方法】采用病原菌形态鉴定与rDNA-ITS鉴定相结合的方法,确定引起猕猴桃霉烂的病原菌种类;通过构建系统发育树,分析病原菌种之间的亲缘关系。【结果】从贮藏期霉烂的猕猴桃果实中共分离出30株病原菌,主要为青霉属(Penicillium)、木霉属(Trichoderma)、交链孢霉属(Alternaria)、毛霉属(Mucor)、拟青霉属(Simplicillium)等5个属。其中青霉属(Penicillium)19株占63.3%,为优势菌,包括Penicillium sp.、Penicillium chrysogenum、Penicillium paneum、Penicillium purpurogenum和Penicillium commune;木霉属(Trichoderma)8株占26.7%较次之,包括Trichoderma longibrachiatum和Trichoderma sp;交链孢霉属(Alternaria)、毛霉属(Mucor)、拟青霉属(Simplicillium)各1株,各占3.3%;聚类分析表明,30株病原聚为五大类群。【结论】引起陕西省周至县‘华优’、‘海沃德’和‘秦美‘猕猴桃贮藏期果实霉烂优势病原菌为Penicillium sp.、Penicillium chrysogenum、Penicillium paneum、Penicillium purpurogenum和Penicilliumcommune;rDNA-ITS区序列在青霉菌属内种间差异鉴别具有较高的参考价值。

家猫感染东方次睾吸虫形态学特征及分子鉴定

目的了解家猫感染东方次睾吸虫的形态学及基因特征,为当地开展东方次睾吸虫病防控工作提供理论依据。方法采集浦城县感染有东方次睾吸虫囊蚴的麦穗鱼,剪碎囊蚴寄生处的鱼尾部肌肉,喂食2个月龄家猫。45 d后连续多天检测家猫粪便中的虫卵,直至发现虫卵后进一步深入检查。观察肝脏及胆囊变化和虫体寄生部位,捡出虫体置于生理盐水中,对虫体的形态学特征进行观察与鉴定描述。提取虫体基因组DNA,PCR扩增ITS基因序列,测序后在GenBank上进行BLAST比对,采用邻接法构建系统进化树。结果从胆囊和肝脏分离获得13条东方次睾吸虫。东方次睾吸虫为雌雄同体,虫体大小约为(1.95~2.86)mm×(0.61~0.93)mm;虫卵呈长椭圆形,似葵花籽状,虫卵大小约(28~32)μm×(16~18)μm。PCR结果显示,ITS基因序列扩增产物260 bp。BLAST比对结果显示,与国内已报道家鸭及黑天鹅感染的东方次睾吸虫(GenBank登入号分别为MT231323.1、MK482055.1、MK482052.1)的序列一致性均为99.62%。基于ITS基因的系统进化树显示,本研究分离获得的吸虫ITS序列属于次睾属,与东方次睾吸虫(GenBank登入号分别为HM347224、KX832894、MK482055、MT231323、KX857496、MK482052)属于同一个分支。结论从家猫分离的虫体经形态学及基因分析与文献报道的一致,鉴定为东方次睾吸虫。

两个侧耳科真菌的形态学及ITS鉴定

对采自内蒙古自治区2个可食侧耳标本采用形态学与rDNA-ITS序列特征分析相结合的方法进行鉴定。结果 CFSZ10112为肺形侧耳Pleurotus pulmonarius(Fr.)Quél.,CFSZ10286为暗蓝亚侧耳Hohenbuehelia atrocoerulea(Fr.)Singer,两者都为优质食用菌,其中暗蓝亚侧耳为内蒙古新记录种。

豇豆根腐病病原分离鉴定及其核糖体rDNA-ITS序列分析

采用形态学及分子生物学的方法对采集自武汉的豇豆根腐病分离物进行形态学和分子生物学鉴定。结果表明,菌株JGF形态学上为茄腐皮镰孢菌;对JGF菌株的核糖体RNA基因内转录间隔区(rD-NA-ITS)进行了PCR扩增和序列测定,并在GenBank中进行了Blast搜索和比对分析,根据rDNA-ITS序列分析结果结合豇豆病株症状和病菌的形态学特征,认为武汉地区豇豆根腐病的病原菌为茄腐皮镰孢菌(Fusarium solani Schl.)