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长江流域3个克氏原螯虾野生群体遗传结构的微卫星分析 被引量:9
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作者 彭刚 刘伟杰 +2 位作者 李佳佳 严维辉 唐建清 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第5期1115-1117,共3页
关键词 克氏原螯虾 微卫星(ssr) 遗传多样性
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基于高通量测序的带鱼肌肉组织转录组微卫星信息分析 被引量:5
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作者 刘玉萍 王棋 +4 位作者 黄新芯 徐开达 王忠明 高天翔 杨天燕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期725-734,共10页
【目的】通过高通量测序平台对带鱼肌肉组织进行转录组测序,从海量数据中查找微卫星(SSR)位点并进行生物信息学分析,为科学制定带鱼种质资源保护对策和管理措施提供参考依据。【方法】基于Illumina HiSeq^(TM) 2500高通量测序平台对采... 【目的】通过高通量测序平台对带鱼肌肉组织进行转录组测序,从海量数据中查找微卫星(SSR)位点并进行生物信息学分析,为科学制定带鱼种质资源保护对策和管理措施提供参考依据。【方法】基于Illumina HiSeq^(TM) 2500高通量测序平台对采自浙江舟山近海的带鱼肌肉组织进行转录组测序,经FastQC和Trimmomatic进行数据质量评估和过滤后,使用Trinity组装、去冗余得到Unigenes,再运用Micro-Satellite(MISA)挖掘SSR信息,并以Excel 2010计算SSR的数目、发生频率、出现频率、分布距离与密度、重复基元类别及重复区段长度等信息。【结果】带鱼肌肉组织转录组测序共获得40424018条Raw reads,经Trinity从头组装获得70113条Transcripts,去冗余后得到50482条Unigenes,其总长度为33886190 bp,平均长度为671.25 bp。使用MISA进行筛选,结果共发现18873个SSR位点,且这些SSR位点仅分布在其中的13082条Unigenes上,发生频率为25.91%,出现频率为37.39%。SSR按核苷酸重复类型进行分类,可分为单核苷酸重复、二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复6种类型,以单核苷酸重复SSR数最多(10763个),出现频率高达21.32%;带鱼肌肉组织转录组SSR中共检测出173种重复基元,以四核苷酸重复基元种类最多(66种)、单核苷酸重复基元种类最少(4种)。单核苷酸重复中以A碱基的数量最多,有5167个(占48.09%);二核苷酸重复基元以TG为主,有692个(占19.55%);三核苷酸重复基元中以GAG为主,有206个(占10.08%);四核苷酸重复基元出现频率较高的有AAAC、ATGG、ATGT、CTGT、CTTT和TCCA,出现频率均为3.64%;五核苷酸重复和六核苷酸重复的基元类型数量分布较均匀,无明显优势重复基元。SSR基元重复次数主要分布在5~6次和10~12次,共9864个,占SSR总数的52.27%。【结论】经高通量测序获得的带鱼肌肉转录组SSR可用性高且具有较高的多态性潜能,在此基础上可有针对性进行引物设计,为带鱼遗传多样性评价、遗传结构分析及功能基因克隆等研究提供有效的分子标记,进而为其种质资源的保护与利用提供遗传学数据资料。 展开更多
关键词 带鱼 肌肉组织 微卫星(ssr) 转录组 高通量测序
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枣瘿蚊微卫星标记筛选及微卫星多态性分析 被引量:1
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作者 马光皇 康淑媛 +3 位作者 李莉 肖海兵 熊仁次 杨明禄 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期888-894,共7页
【目的】研究枣瘿蚊基因遗传变异程度,分析基因多态性。【方法】从枣瘿蚊部分基因组序列中搜索SSR并设计相应引物,挑选引物48对进行有效筛选。枣瘿蚊样本来自新疆阿拉尔市、昆玉市、且末县等地区,以枣瘿蚊DNA为模板进行PCR扩增,筛选特... 【目的】研究枣瘿蚊基因遗传变异程度,分析基因多态性。【方法】从枣瘿蚊部分基因组序列中搜索SSR并设计相应引物,挑选引物48对进行有效筛选。枣瘿蚊样本来自新疆阿拉尔市、昆玉市、且末县等地区,以枣瘿蚊DNA为模板进行PCR扩增,筛选特异性微卫星引物;通过琼脂糖凝胶电泳进行定性检测,再以毛细管电泳检测其多态性。【结果】有42对引物能扩增出条带,选择其中20对特异性较好的引物进行多态性分析。观测杂合度(Observed heterozygosity,Ho)、期望杂合度(Expected heterozygosity,He)和多态信息含量(PIC)平均值分别是0.358、0.649和0.635,其中18对引物PIC值>0.5,具有较高的多态性。【结论】开发的微卫星标记多态性较高,可用于枣瘿蚊种群遗传多样性及遗传结构研究。 展开更多
关键词 枣瘿蚊 微卫星(ssr) 多态性 遗传多样性
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濒危特有种掌叶木的微卫星遗传多样性研究 被引量:4
4
作者 滕婕华 卫家贤 +4 位作者 李象钦 李超群 倪敏 翁乐逸 谢国文 《广西植物》 CSCD 北大核心 2017年第11期1471-1479,共9页
掌叶木居群具有较丰富的遗传多样性,该研究利用9对微卫星(SSR)分子标记揭示了掌叶木(Handeliodendron bodinieri)的遗传多样性。结果表明:观测等位基因数(Na)平均为3.903,有效等位基因数(Ne)平均为2.545,期望杂合度(He)平均为0.521,Shan... 掌叶木居群具有较丰富的遗传多样性,该研究利用9对微卫星(SSR)分子标记揭示了掌叶木(Handeliodendron bodinieri)的遗传多样性。结果表明:观测等位基因数(Na)平均为3.903,有效等位基因数(Ne)平均为2.545,期望杂合度(He)平均为0.521,Shannon’s多态性信息指数(I)为0.962,PIC平均值为0.465。掌叶木的自然分布居群有相对较高的遗传多样性,但由于人为破坏等因素导致该群体濒危,而濒危并不是因为遗传多样性降低而造成的。居群间的遗传分化为掌叶木8个居群间的遗传一致度为(GI=0.849~0.970),遗传距离为(GD=0.032~0.164)。基于Nei’s遗传距离用UPGMA法对掌叶木居群进行聚类,Nei’s的基因分化系数为(G_(st))为0.027,平均Nei标准遗传分化系数(G'_(st)N)为0.031,平均Herick’s标准遗传分化系数(G'_(st)H)为0.064,基因流(N_m)为3.368。AMOVA分析结果表明:掌叶木居群间变异占3%,居群内变异占97%,居群内的遗传分化大于居群间的分化。利用Mantel检测发现,居群间的遗传距离与地理距离显著正相关(r=0.299,P<0.05)。该研究结果为掌叶木生物多样性和资源保护与利用提供了更充分的科学依据。 展开更多
关键词 掌叶木 微卫星(ssr) 濒危植物 遗传多样性 毛细管电泳
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美洲鲥脑转录组多态性EST-SSR的规模化开发与利用 被引量:1
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作者 于爱清 施永海 +1 位作者 徐嘉波 刘永士 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第11期1-12,共12页
【目的】挖掘美洲鲥脑组织转录组数据中的EST-SSR,规模化开发多态性较好的EST-SSR,为美洲鲥种质资源评估提供分子标记。【方法】采集2龄美洲鲥雌雄个体(各3尾)的脑组织,提取其RNA,构建cDNA文库,进行高通量转录组测序。用MISA软件进行脑... 【目的】挖掘美洲鲥脑组织转录组数据中的EST-SSR,规模化开发多态性较好的EST-SSR,为美洲鲥种质资源评估提供分子标记。【方法】采集2龄美洲鲥雌雄个体(各3尾)的脑组织,提取其RNA,构建cDNA文库,进行高通量转录组测序。用MISA软件进行脑组织转录组EST-SSR挖掘和特征分析,利用SSRMMD软件规模化开发多态性EST-SSR。从获得的多态性位点中随机选取20对4核苷酸重复的EST-SSR设计引物,对24尾1龄美洲鲥进行遗传多样性评估,验证这些多态性EST-SSR的应用效果。【结果】从雌性美洲鲥脑组织转录组189 428个非冗余基因中鉴定到117 751个EST-SSR,从雄性美洲鲥脑组织转录组185 419个非冗余基因中鉴定到114 809个EST-SSR。美洲鲥雌雄个体脑组织转录组中不同类型微卫星的重复基序均具有不同的数量分布特征,其中2核苷酸重复基序数量最多,分别占EST-SSR总数的72.78%和73.60%,而单核苷酸、3核苷酸、4核苷酸、5核苷酸和6核苷酸重复的EST-SSR数量随着重复碱基数量的增加而呈逐级减少趋势;不同EST-SSR重复类型的优势重复基序亦有所不同,单核苷酸重复、2核苷酸重复和3核苷酸重复基序的优势基序分别为A/T、AC/GT和AGG/CCT。从7 671个雌雄美洲鲥脑组织转录组共有EST-SSR中成功鉴定到1 726个多态性EST-SSR,其中鉴定自单核苷酸重复、2核苷酸重复、3核苷酸重复的多态性EST-SSR分别有705,827和116个。20个4核苷酸重复的EST-SSR中,有17个位点多态性较好,其检测1龄美洲鲥的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)均值分别为0.498,0.620和0.561,表明本单位科研基地的美洲鲥养殖群体历经数年的人工养殖,仍然具有相对较高的遗传多样性。【结论】基于美洲鲥脑组织转录组数据规模化开发了多态性EST-SSR,这些位点可用于美洲鲥养殖群体的遗传多样性评估及分子标记辅助遗传育种。 展开更多
关键词 美洲鲥 高通量测序 脑组织转录组 微卫星标记(ssr) 表达序列标签ssr(EST-ssr)
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栓皮栎天然群体SSR遗传多样性研究 被引量:35
6
作者 徐小林 徐立安 +1 位作者 黄敏仁 王章荣 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期683-688,共6页
利用微卫星(SSR)标记对我国4个省内的5个栓皮栎(QuercusvariabilisBl.)天然群体的遗传多样性进行了研究。16对SSR标记揭示了栓皮栎丰富的遗传多样性:等位基因数(A)平均8 4375个,有效等位基因数(Ne)平均为5 9512个,平均期望杂合度(He)0 8... 利用微卫星(SSR)标记对我国4个省内的5个栓皮栎(QuercusvariabilisBl.)天然群体的遗传多样性进行了研究。16对SSR标记揭示了栓皮栎丰富的遗传多样性:等位基因数(A)平均8 4375个,有效等位基因数(Ne)平均为5 9512个,平均期望杂合度(He)0 8059,Nei多样性指数(h)为0 8041。栓皮栎自然分布区中心地带的群体具有较高的遗传多样性,而人为对森林的破坏将降低林木群体的遗传多样性。栓皮栎群体的变异主要来源于群体内,群体间分化较小,遗传分化系数仅为0 0455。此外,栓皮栎群体间的遗传距离与地理距离之间存在显著的正相关。这些遗传信息为栓皮栎遗传多样性的保护和利用提供了一定依据。 展开更多
关键词 栓皮栎 微卫星(ssr) 遗传多样性 遗传分化
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基于SSR标记和生物学性状进行桃遗传多样性的比较分析 被引量:23
7
作者 陈巍 王力荣 +4 位作者 朱更瑞 方伟超 陈昌文 曹珂 张绍铃 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期86-90,96,共6页
利用生物学性状和SSR分子标记对50个桃品种进行遗传多样性研究,并将两种标记所得结果进行比较。14个生物学性状揭示出品种间的遗传相似系数范围为0~0.9,均值为0.4;而13对SSR引物揭示出遗传相似系数范围为0.52~0.97,均值为0.75。对两... 利用生物学性状和SSR分子标记对50个桃品种进行遗传多样性研究,并将两种标记所得结果进行比较。14个生物学性状揭示出品种间的遗传相似系数范围为0~0.9,均值为0.4;而13对SSR引物揭示出遗传相似系数范围为0.52~0.97,均值为0.75。对两种标记进行共表型相关系数检测,结果显示两种结果无明显差异。经Mental检测,两种标记之间相关性较差,这可能与形成机理差异大有关。进行聚类和主成分分析,生物学性状方面品种主要分为3个组且与果肉性状相关,而分子方面品种主要分为2组,与地域相关。 展开更多
关键词 生物学性状 微卫星(ssr) 遗传多样性
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紫云英SSR分子标记的开发及在品种鉴别中的应用 被引量:18
8
作者 陈坚 张辉 +1 位作者 朱炳耀 林新坚 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期1592-1596,共5页
利用生物素标记的(AG)15、(CT)15、(AC)15、(GT)15探针及链霉素亲和磁珠,从紫云英的基因组中富集微卫星(SSR)序列。在用富集片段构建插入文库的950个转化子中,经PCR检测及测序共得到127个SSR序列,微卫星序列的富集效率达15.8%。除去重... 利用生物素标记的(AG)15、(CT)15、(AC)15、(GT)15探针及链霉素亲和磁珠,从紫云英的基因组中富集微卫星(SSR)序列。在用富集片段构建插入文库的950个转化子中,经PCR检测及测序共得到127个SSR序列,微卫星序列的富集效率达15.8%。除去重复或无效的序列,得到33个序列用于引物设计。对征集的9个紫云英品种进行多态性分析,有6对引物扩增出明显且稳定的多态性位点18个。在紫云英的品种水平上,这些SSR位点产生的多态率为50%~100%,有效等位基因数为1.19~1.64,Nei氏遗传多样性为0.13~0.38,Shannon多态信息指数为0.22~0.56;利用这6对引物可将参试品种完全区分开,证明这些SSR位点可用于紫云英品种的指纹鉴别。根据SSR位点的相似性系数,将9个紫云英品种主要聚成两个类群,与传统按生育期的紫云英品种划分结果无必然的联系。 展开更多
关键词 紫云英 微卫星序列(ssr) 遗传多样性 链霉素亲和磁珠 品种鉴别
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远缘物种DNA导入水稻保持系的种质创新及SSR分析 被引量:14
9
作者 赵炳然 夏红爱 +4 位作者 阳和华 唐家斌 周成 朱立煌 袁隆平 《杂交水稻》 CSCD 北大核心 2004年第4期47-50,共4页
将小粒野生稻 (Oryzaminuta)、高粱的DNA分别导入水稻保持系V2 0B和IR5 80 2 5B ,在第 1代 (D1 )获得变异 ,从前者变异株的后代中选育出了新的不育系及其保持系株系野威A和野威B ,而高粱DNA导入IR5 80 2 5B获得的变异系从D2 开始在形态... 将小粒野生稻 (Oryzaminuta)、高粱的DNA分别导入水稻保持系V2 0B和IR5 80 2 5B ,在第 1代 (D1 )获得变异 ,从前者变异株的后代中选育出了新的不育系及其保持系株系野威A和野威B ,而高粱DNA导入IR5 80 2 5B获得的变异系从D2 开始在形态上已不出现分离。SSR分析表明 ,变异系野威B、香粱 5均与受体存在遗传多态性 ,并含有供体特异的分子标记带型。首次从分子水平上证明 ,通过导入外源DNA获得的变异株确实存在无分离的现象。说明导入远缘物种DNA是创造水稻新种质的有效途径。 展开更多
关键词 水稻 种质资源 微卫星(ssr)标记 外源DNA导入
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基于SSR标记的克氏原螯虾种质资源遗传多样性研究 被引量:8
10
作者 李喜莲 李飞 +1 位作者 朱俊杰 顾志敏 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期63-68,共6页
选用10对克氏原螯虾微卫星引物对桐庐(TL)、太湖(TH)、湖北(HB)、江西(Jx)、洪泽湖(HZH)、崇明(cM)、广西(Gx)、海盐(HY)8个克氏原螯虾群体的遗传多样性状况和遗传结构进行研究。结果发现,8个克氏原螯虾群体的平均观... 选用10对克氏原螯虾微卫星引物对桐庐(TL)、太湖(TH)、湖北(HB)、江西(Jx)、洪泽湖(HZH)、崇明(cM)、广西(Gx)、海盐(HY)8个克氏原螯虾群体的遗传多样性状况和遗传结构进行研究。结果发现,8个克氏原螯虾群体的平均观测杂合度值为0.5257~0.7400,平均期望杂合度值在0.6238~0.7434之间,平均多态信息含量在0.4209~0.6840之间。其中广西(GX)群体遗传多样性最高,太湖(TH)群体遗传多样性最低。采用MEGA4.0计算各地理种群间的遗传距离,遗传距离最远的是崇明(CM)和江西(JX)群体,遗传距离最近的是湖北(HB)和太湖(TH)群体。结果显示,这8个地理种群资源遗传多样性较高。 展开更多
关键词 克氏原螯虾 微卫星序列(ssr) 遗传多样性 遗传结构
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用SSR分子标记定位普通小麦品种正科1号中的抗麦蚜基因 被引量:5
11
作者 付晶 张树华 +1 位作者 温树敏 杨学举 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期1-4,共4页
通过对抗蚜小麦品种正科1号×感蚜品种石4185的F2分离群体(495株)进行田间自然抗蚜调查,发现正科1号的抗蚜虫性状受显性单基因控制,鉴定出的这个显性抗蚜基因,暂定名为dnY。运用分离群体分组法(BSA)筛选到3个在抗感亲本间表现多态性... 通过对抗蚜小麦品种正科1号×感蚜品种石4185的F2分离群体(495株)进行田间自然抗蚜调查,发现正科1号的抗蚜虫性状受显性单基因控制,鉴定出的这个显性抗蚜基因,暂定名为dnY。运用分离群体分组法(BSA)筛选到3个在抗感亲本间表现多态性的SSR标记(Xwms350、Xgwm437、Xgwm44);进一步将该基因定位于7DS上,距离该基因最近的标记为Xgwm44,遗传距离3.29 c M。同时讨论了基因dnY在小麦遗传改良以桨标记在抗蚜基因标记辅助选择中的作用。 展开更多
关键词 小麦 抗蚜性 微卫星分子标记(ssr) 分离群体分组法(BSA) 基因定位
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利用SSR分子标记鉴定杂交稻种子金优299纯度研究 被引量:12
12
作者 谭孟君 肖层林 詹庆才 《作物研究》 2008年第2期73-75,共3页
利用微卫星分子标记,对杂交稻组合金优299的双亲及F1之间的多态性进行了引物筛选和检测技术研究。结果如下:在已筛选的332对引物中,有29对引物显示稳定的多态性,杂种表现为父母本互补的带型。用表现多态性的引物17对人为掺假的金优299... 利用微卫星分子标记,对杂交稻组合金优299的双亲及F1之间的多态性进行了引物筛选和检测技术研究。结果如下:在已筛选的332对引物中,有29对引物显示稳定的多态性,杂种表现为父母本互补的带型。用表现多态性的引物17对人为掺假的金优299杂交稻种子进行纯度鉴定,能将掺入组合中的假种子区分开。该方法具有准确可靠、多态性高、稳定性好、易于操作等特点。 展开更多
关键词 杂交水稻 金优299 种子 纯度鉴定 微卫星(ssr)标记
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SSR分子标记在玉米遗传育种中应用的进展 被引量:4
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作者 刘鹏飞 赵琛 王晓明 《仲恺农业工程学院学报》 CAS 2009年第3期65-70,共6页
微卫星标记(Simple sequence repeat,SSR)是一种共显性标记,具有重复性好、可靠性高和多态性丰富等优点,在玉米遗传育种中得到了广泛应用.文章对SSR在玉米种质资源多态性分析、遗传图谱构建及基因定位、品种真伪鉴定、纯度检测等方面的... 微卫星标记(Simple sequence repeat,SSR)是一种共显性标记,具有重复性好、可靠性高和多态性丰富等优点,在玉米遗传育种中得到了广泛应用.文章对SSR在玉米种质资源多态性分析、遗传图谱构建及基因定位、品种真伪鉴定、纯度检测等方面的应用进行了综述. 展开更多
关键词 玉米 微卫星标记(ssr) 遗传育种
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两系杂交水稻亲本间多态性的SSR分析 被引量:9
14
作者 王忠安 《杂交水稻》 CSCD 北大核心 2004年第2期59-61,共3页
以培矮 64S和 5个恢复系等 6个两系杂交水稻亲本的DNA为模板 ,进行微卫星分子标记 (SSR)分析 ,结果表明 ,在 60对微卫星引物中有 47对在 6份材料中均有清晰带型扩增产物。以根井标准遗传距离D为亲本间多态率的指标分析 ,培矮 64S与 93 1... 以培矮 64S和 5个恢复系等 6个两系杂交水稻亲本的DNA为模板 ,进行微卫星分子标记 (SSR)分析 ,结果表明 ,在 60对微卫星引物中有 47对在 6份材料中均有清晰带型扩增产物。以根井标准遗传距离D为亲本间多态率的指标分析 ,培矮 64S与 93 11之间的多态率最高 ,达到 2 6.9% ;其次是与E3 2之间的多态率 ,为 2 5 .9% ;而与特青的多态率最低 (17.0 % ) ,说明培矮 64S与 93 11之间亲缘关系最远 ,而与特青的亲缘关系最近。聚类结果显示 ,微卫星分子标记可将 6份亲本分为 3个大群。认为用SSR标记可以快速有效地鉴定亲本间的亲缘关系 ,从而预测杂种优势 ,为亲本选配提供参考。 展开更多
关键词 微卫星分子标记(ssr) 两系杂交水稻 亲本 多态性 杂种优势预测
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马尾松大配子体的SSR多样性及其遗传作图策略研究 被引量:6
15
作者 蔡娟娟 季孔庶 《分子植物育种》 CAS CSCD 2009年第5期934-940,共7页
本研究利用马尾松单株160粒种子的胚乳(大配子体)和235对微卫星(SSR)引物构建马尾松遗传图谱。经过筛选得到30对具有多态性的引物,产生97个分离位点,平均1.62位点/引物,偏分离率为11.34%。利用FsLinkageMap2.0软件对其进行连锁关系分析... 本研究利用马尾松单株160粒种子的胚乳(大配子体)和235对微卫星(SSR)引物构建马尾松遗传图谱。经过筛选得到30对具有多态性的引物,产生97个分离位点,平均1.62位点/引物,偏分离率为11.34%。利用FsLinkageMap2.0软件对其进行连锁关系分析,74个标记分布在11个连锁群,有23个标记未连锁到任何连锁群上。该图谱覆盖的基因组总长度为927.91cM,最大连锁群图距为359.89cM,最小连锁群图距为20.44cM。平均每个连锁群的长度为84.36cM,标记间最大间距为28.2cM,最小间距为0,标记平均距离为12.54cM。估算的马尾松基因组大小为2541.21cM,基因组覆盖度为36.5%。利用马尾松大配子体构建该树种较饱和的遗传图谱,大约需要超过1250个标记,并应积极尝试AFLP和SRAP等标记;群体数目应超过200个;同时应开发适于半同胞群体的作图软件。 展开更多
关键词 马尾松 大配子体 微卫星(ssr) 遗传图谱
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利用SSR分子标记鉴定杂交稻种子齐两优918纯度 被引量:3
16
作者 乔兰兰 《安徽农学通报》 2013年第17期120-120,129,共2页
种子纯度是杂交水稻种子质量的核心指标。微卫星技术(SSR分子标记技术)因其具有稳定性好、准确可靠、易于操作等优点在种子纯度鉴定中得到了越来越广泛的应用。采用48个SSR分子标记对杂交水稻组合齐两优918的双亲及F1之间的多态性进行... 种子纯度是杂交水稻种子质量的核心指标。微卫星技术(SSR分子标记技术)因其具有稳定性好、准确可靠、易于操作等优点在种子纯度鉴定中得到了越来越广泛的应用。采用48个SSR分子标记对杂交水稻组合齐两优918的双亲及F1之间的多态性进行筛选和纯度检测技术研究,为种子生产以及种子上市销售做好质量监督,杜绝质量风险。经过筛选得到如下结果:在对48对引物进行筛选后,发现有5对引物在双亲间显示稳定多态性,在杂种F1上表现为父母本共显性条带,表明该5对引物适宜于齐两优918杂交种子纯度鉴定,可用于种子质量监控。 展开更多
关键词 杂交水稻 种子纯度鉴定 微卫星分子标记(ssr分子标记)
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马尾松种子园的遗传多样性与父本分析 被引量:41
17
作者 艾畅 徐立安 +2 位作者 赖焕林 黄敏仁 王章荣 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第11期146-150,共5页
Eleven microsatellite(SSR)markers were used to evaluate the genetic diversity and paternal parents of a seed orchard for Pinus massoniana planted at Wuyi Forest Farm,Fujian Province.The seed orchard contains 286 open_... Eleven microsatellite(SSR)markers were used to evaluate the genetic diversity and paternal parents of a seed orchard for Pinus massoniana planted at Wuyi Forest Farm,Fujian Province.The seed orchard contains 286 open_pollinated progenies derived from 129 candidate paternal clones and three maternal trees.Both the parental and progeny populations displayed high genetic diversity(h),with the estimated h values of 0.543 8 and 0.455 6,respectively.Paternal clones contributed differently to the progeny;only 5.3%~15.8% clones contributed 27.08%~48.96% pollen.More strikingly,one paternal clone contributed 10% and 17% pollen,respectively,to two maternal trees.It was found that the mating compatibility of a clone was not related to its origin.There was no significant influence of the physical location of a clone on the amount of paternal constituent and genetic diversity.The rate of contamination by pollen outside the seed orchard was as high as 9.44%.No selfing progeny was observed,suggesting that selfing depression will not be an issue in the seed orchard of P.massoniana. 展开更多
关键词 马尾松 种子园 遗传多样性 父本分析 微卫星(ssr)
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三疣梭子蟹增养殖过程对野生种群的遗传影响--以海州湾为例 被引量:5
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作者 董志国 李晓英 +2 位作者 张庆起 阎斌伦 孙效文 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第23期7332-7339,共8页
为探明三疣梭子蟹人工增殖与养殖活动对野生资源的遗传影响,利用20对SSR引物对海州湾三疣梭子蟹野生群体与两个养殖群体进行群体遗传结构和遗传分化研究。结果表明,野生种群遗传多样性明显高于养殖群体,其群体杂合度Ho为0.8509,而两个... 为探明三疣梭子蟹人工增殖与养殖活动对野生资源的遗传影响,利用20对SSR引物对海州湾三疣梭子蟹野生群体与两个养殖群体进行群体遗传结构和遗传分化研究。结果表明,野生种群遗传多样性明显高于养殖群体,其群体杂合度Ho为0.8509,而两个养殖群体的杂合度Ho分别为0.4525和0.5283。海州湾野生三疣梭子蟹的Ne、Ho、He、PIC均显著高于两个养殖群体(P<0.05)但两养殖群体的Ne、Ho、He、PIC均无显著差异(P>0.05)。以上结果说明海州湾天然三疣梭子蟹群体的遗传多样性显著高于养殖群体。3群体间遗传分化处于中度水平(Fst,0.1085—0.1448),基因流N m处于1.5—2.0间,野生群体与养殖群体的遗传分化比养殖群体内部之间大,基因流也较养殖群体内部之间要小,表明野生群体与养殖群体存在一定的分化,基因流处于中等程度。因此,当前海州湾天然三疣梭子蟹遗传状况良好,养殖活动和人工增殖放流对天然资源的遗传影响还很有限,这可能与海州湾人工养殖三疣梭子蟹时间较短、人工放流的规模较小、时间较短有关。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 微卫星(ssr) 遗传评估 野生种群 养殖群体 海州湾
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利用分子标记进行水稻苗期耐冷性相关性状的QTLs研究 被引量:18
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作者 詹庆才 朱克永 +1 位作者 陈祖武 曾曙珍 《杂交水稻》 CSCD 北大核心 2005年第1期50-55,共6页
用二九青和Yukihikari杂交后再经 8代自交得到的 79个重组自交系 (RIL)群体为材料 ,构建了包含 89个微卫星标记的分子连锁图谱。以低温下缺绿、枯萎死苗为指标对水稻苗期耐冷性数量性状位点 (QTLs)进行了定位。在 1 7℃ ,1 8℃和 1 5~ ... 用二九青和Yukihikari杂交后再经 8代自交得到的 79个重组自交系 (RIL)群体为材料 ,构建了包含 89个微卫星标记的分子连锁图谱。以低温下缺绿、枯萎死苗为指标对水稻苗期耐冷性数量性状位点 (QTLs)进行了定位。在 1 7℃ ,1 8℃和 1 5~ 2 0℃ 3种不同低温处理情况下 ,以叶绿素含量为指标 ,共定位了 1 1个QTLs ,它们分别位于染色体 1 ( 2个 ) ,2 ( 2个 ) ,3,5 ,6 ,7,8,9,1 2上 ;其中 3个QTLs在 3种环境中都能检测到 ,1个QTL在 2种环境中检测到 ,而其余 7个QTLs只能在 1种环境中检测到 ;1 1个QTLs各自引起的表型变异为 5 .6 8%~ 2 7.42 %。以枯萎死苗作为指标共定位了 5个QTLs,分别位于染色体 3,4,7,8,1 1上 ,各QTL控制的表型变异范围为 7.6 5 %~ 49.34 %;其中位于染色体 1 1上的RM2 2 4位点引起的表型变异达 49.34 %,是一个主效QTL。缺绿和枯萎死苗都是不耐冷品种受低温影响的表现 ,但从分子图谱定位的结果看 ,它们是由不同的基因位点控制的 ,没有连锁遗传关系。由此推断 。 展开更多
关键词 水稻 苗期耐冷性 微卫星标记(ssr) 数量性状位点(QTLs)
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小麦抗条锈病分子标记辅助育种研究进展 被引量:5
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作者 畅喜云 陈志国 +1 位作者 窦全文 刘瑞娟 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2005年第9期1695-1697,共3页
小麦条锈病是小麦生产的主要病害之一。在中国,尤其是西北麦区,小麦条锈病是小麦生产面临的最严重问题。筛选和培育抗锈基因是防治小麦条锈病最为经济、安全、有效的方法。综述了分子标记辅助育种技术在小麦抗条锈病育种上的研究概况和... 小麦条锈病是小麦生产的主要病害之一。在中国,尤其是西北麦区,小麦条锈病是小麦生产面临的最严重问题。筛选和培育抗锈基因是防治小麦条锈病最为经济、安全、有效的方法。综述了分子标记辅助育种技术在小麦抗条锈病育种上的研究概况和发展运用。 展开更多
关键词 小麦 抗条锈基因(Yr基因) 分子标记辅助育种(MAS) 微卫星标记(ssr) 数量性状基因座(QTL)
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