实验用大林姬鼠种群微卫星标记开发及遗传特性分析

目的 开发大林姬鼠多态性微卫星标记,丰富大林姬鼠遗传数据,为大林姬鼠遗传质量控制及基因定位等工作奠定基础。方法 基于大林姬鼠基因组序列筛选微卫星位点,挖掘微卫星引物,通过多重PCR技术分析群体的遗传多样性。结果 成功开发出30个微卫星标记,利用60份大林姬鼠基因组DNA对30个微卫星位点进行评价,共检测出152个等位基因,平均每个位点有5.067个等位基因;平均观察杂合度为0.592;平均香农指数为1.265;平均多态信息含量为0.598。结论 基于本研究所开发的微卫星位点具有较好的多态性,能有效分析大林姬鼠群体的遗传多样性,适合为建立大林姬鼠遗传质量标准和遗传质量检测方法奠定基础。

“放-靶-免”组合在微卫星稳定型晚期结直肠癌三线治疗中的价值初步探索

目的:探讨“放-靶-免”联合治疗模式在微卫星稳定型(MSS)晚期结直肠癌患者三线治疗中的临床价值及毒副反应评估。方法:回顾性分析我院肿瘤中心接受上述联合治疗模式的MSS亚型晚期结直肠癌患者,对其治疗疗效及毒副反应进行评估。结果:5例接受“放-靶-免”联合治疗模式的MSS亚型晚期结直肠癌患者中最佳疗效评价为部分缓解的1例,疾病稳定的2例,疾病进展的2例,疾病控制率(DCR)为60.0%(3/5)。而在毒副反应方面,5例患者均未出现III-IV级毒副反应。结论:“放-靶-免”组合模式有望为难治性的MSS亚型的晚期结直肠癌三线治疗提供新的策略,当然该结论仍需要更大的样本量进行验证。

针对微卫星稳定型结直肠癌免疫疗法的探索

近年来,免疫疗法在实体瘤治疗中显示出显著疗效,成为继手术、化疗、放疗和靶向治疗后癌症治疗的新支柱。随着对结直肠癌发病机制的深入研究,免疫检查点抑制剂在错配修复缺陷(dMMR)或微卫星不稳定(MSI-H)结直肠癌中取得了令人鼓舞的结果。然而,绝大多数结直肠癌属于微卫星稳定型(MSS),其免疫微环境表现为“冷肿瘤”,对免疫单药治疗几乎没有反应。深入探索MSS型结直肠癌的免疫治疗机制,有望实现“冷肿瘤”向“热肿瘤”的转化,目前多采用免疫联合治疗策略来提高冷肿瘤患者的免疫治疗反应。该文旨在对冷肿瘤免疫逃逸和免疫耐受机制进行阐述,并对免疫联合治疗策略进行梳理。

基于微卫星的欧亚水獭个体识别和遗传多样性

种群数量和遗传多样性是保护濒危物种所需的基础信息。欧亚水獭(Lutra lutra)属于国家二级保护动物,曾经在我国分布广泛,但在20世纪经历了大规模的种群数量下降和分布区缩减。欧亚水獭相关研究十分缺乏,种群数量调查和遗传多样性等基础研究亟待开展。本研究采用非损伤性取样法,于2019—2020年在青海省玉树藏族自治州玉树市和四川省广元市青川县的主要河流共采集270个欧亚水獭粪便样品并进行DNA提取,基于9个微卫星位点和SRY基因分子标记进行个体识别和性别鉴定,进而使用非损伤性标志重捕法Capwire估计两地水獭的种群数量,并基于微卫星分型数据评估两个种群的遗传多样性。最终共有67个粪便样品(24.8%)成功分型7~9个微卫星位点并用于个体识别,共识别出玉树市10个个体、青川县30个个体,雌雄性比分别为4:5、15:14,两地各有1个个体未成功鉴定性别。估计研究区域内玉树的水獭种群数量为13只(95%置信区间:7~21只)、青川县的水獭种群数量为75只(95%置信区间:59~133只)。玉树、青川种群的平均观测杂合度H_(O)分别为0.680、0.664,平均期望杂合度HE分别为0.611、0.658,表明两个水獭种群均具有中等的微卫星遗传多样性。玉树、青川种群的平均F_(ST)为0.238,平均近亲繁殖系数F_(IS)分别为-0.121、-0.010,表明两个水獭种群之间分化显著,且种群内近交程度低。本研究是我国大陆地区基于粪便DNA对欧亚水獭进行种群数量估计和遗传多样性评估,可为我国水獭的保护提供重要的基础信息。

CT和MRI及影像组学预测结直肠癌微卫星不稳定状态研究进展

结直肠癌是一种常见且具有高病死率的消化道恶性肿瘤,其发病机制与肿瘤细胞基因改变密切相关。微卫星不稳定(microsatellite instability,MSI)是导致结直肠发生的常见基因改变,在肿瘤的发生、发展过程和对患者的治疗和预后中起着至关重要的作用。近年来,医学影像成像方法凭借无创性和个体化等优势已开始在评估结直肠癌高度MSI(MSI-high,MSI-H)状态方面取得了初步进展。随着软件技术不断优化以及人工智能的兴起,计算机断层成像(computed tomography,CT)、MRI以及影像组学方法在结直肠癌MSI-H状态的术前预测、治疗、疗效监测及预后评估方面的重要性日益突显。本综述旨在总结CT和MRI技术及影像组学方法在预测结直肠癌MSI-H状态中的优势和前景,以期为临床提供更准确和无创的MSI-H预测手段,为结直肠癌患者治疗措施的选择提供新思路。

基于临床指标-CT征象的列线图模型术前预测结直肠癌微卫星不稳定状态

目的:探讨基于临床指标和CT征象构建的列线图模型术前预测结直肠癌(CRC)患者微卫星不稳定状态(MSI)的价值。方法:回顾性连续搜集2016年1月-2022年12月在本院经病理诊断为结直肠腺癌的347例患者的术前临床和CT检查资料。CT资料包括平扫及对比增强动脉期、静脉期和延迟期图像。其中,276例为微卫星稳定状态(MSS),71例为MSI。按照7︰3的比例将所有患者随机分为训练集(243例)和验证集(104例)。采用单因素分析(t检验、U检验或卡方检验)对两组之间年龄、性别、病史和实验室检查等临床指标及CT征象[临床T分期、临床N分期、病变肠管的长度及最厚径、病变的部位、强化方式及各期相对CT值(CR=病变CT值/同层面腹主动脉或其分支的CT值)]的差异进行比较。随后,将有统计学意义的变量纳入多因素二元logistic回归分析,筛选出预测CRC患者MSI状态的独立危险因素并构建预测模型,随后绘制模型的列线图。分别采用ROC曲线、校准曲线和决策曲线(DCA)评估列线图模型的预测效能、预测准确性和临床实用性。结果:单因素分析结果显示血小板(PLT)水平、系统免疫炎症指数(SII)、病变部位、强化方式、四期图像上病灶的CR值在MSS组与MSI组之间的差异有统计学意义(P<0.05)。多因素逻辑回归分析结果显示PLT、SII、病变部位、强化方式和动脉期CR是CRC患者MSI状态的独立预测因子。根据多因素分析结果所构建的列线图模型具有较好的MSI预测效能:在训练集和验证集中的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.765和0.783;校准曲线表明列线图模型的拟合优度良好;DCA结果显示列线图模型在预测CRC患者MSI状态时具有较高的临床净获益率。结论:基于临床-CT征象构建的列线图模型可作为术前检测CRC患者MSI状态的辅助工具,能够协助制定CRC患者的治疗策略和评估患者预后。

应用微卫星位点分析3个封闭群比格犬群体遗传结构

目的采用比格犬微卫星位点对多地小型比格犬群体进行遗传检测和群体结构分析,并评价所选位点是否适用于封闭群比格犬遗传质量控制。方法选取前期验证的微卫星位点20个,采用其已优化的PCR条件,对来自3个公司(西安、北京和江苏)的小型比格犬群体进行PCR扩增和STR扫描,经基因分型后计算群体遗传参数并进行群体遗传结构分析。结果西安、北京和江苏三地小型比格犬群体在20个微卫星位点的平均有效等位基因数分别为5.45、6.80、6.10,平均杂合度为0.5852、0.6538、0.6631,香农指数为1.1774、1.3844、1.3498,多态性信息含量分别为0.5397、0.6147、0.6181,说明三群体遗传多态性信息丰富,群体遗传多样性高。所选20个微卫星位点既能反映群体多态性,又能体现各群体的特征。结论3个比格犬群体的多态性较高,达到了封闭群要求。所选20个微卫星位点比较适合用于比格犬遗传质量检测。

临床及CT影像组学特征预测胃癌微卫星高度不稳定状态

目的观察临床和CT影像组学特征用于预测胃癌微卫星高度不稳定(MSI-H)状态的价值。方法纳入150例胃癌患者,MSI-H阳性30例、阴性120例;按7∶3比例将其分为训练集(n=105)和验证集(n=45)。基于腹部静脉期增强CT图提取病灶影像组学特征并加以筛选,计算影像组学评分(Radscore);比较训练集和验证集MSI-H阳性与阴性患者临床资料及Radscore差异;分别基于其间差异有统计学意义的临床因素和Radscore构建临床模型、CT影像组学模型及临床-CT影像组学联合模型,评估其预测胃癌MSI-H状态的价值。结果训练集和验证集中,MSI-H阳性与阴性肿瘤位置、Radscore差异均有统计学意义(P均<0.05)。临床模型、CT影像组学模型及联合模型评估训练集胃癌MSI-H状态的曲线下面积(AUC)分别0.760、0.799及0.864,在验证集分别为0.735、0.812及0.849;联合模型的AUC大于2种单一模型(P均<0.05)。结论基于肿瘤位置和Radscore的临床-CT影像组学联合特征可有效预测胃癌MSI-H状态。

基于微卫星标记的江西桃红岭梅花鹿遗传多样性

梅花鹿(Cervus nippon)为国家一级重点保护野生动物,江西桃红岭梅花鹿华东亚种(华南梅花鹿,C.n.kopschi)是我国现存最大的梅花鹿种群。研究桃红岭梅花鹿遗传多样性,并阐明其遗传本底状况,对于提升华南梅花鹿遗传多样性水平和促进种群快速发展具有重要意义。本研究在桃红岭梅花鹿国家级自然保护区共采集疑似梅花鹿粪便样品108份。首先基于线粒体Cyt b基因扩增测序进行物种鉴定,并利用微卫星标记和SRY/ZFX性别标记对梅花鹿样品进行个体识别、遗传多样性分析和性别鉴定。结果表明,108份样品中有96份梅花鹿粪便样品,来源于63只不同个体,且雌雄性比为1.33∶1。7个微卫星位点的平均等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和近交系数分别为3.714、0.712、0.602和−0.087,其中3个位点显著偏离Hardy−Weinberg平衡,均表现为杂合子过剩。本研究结果表明,桃红岭梅花鹿种群的遗传多样性处于中等水平,且存在一定程度的性比失衡,近交系数为负值表明其种群暂无近交风险。建议积极推进桃红岭梅花鹿人工繁育,加强对稀有等位基因的保护与管理,并适时采取个体迁移等手段促进桃红岭梅花鹿与其他梅花鹿种群的基因交流,以提升其种群遗传多样性水平和促进种群快速发展。

绿鳍马面鲀野生与养殖群体的微卫星遗传多样性分析

为制定科学合理的绿鳍马面鲀苗种生产计划,并及时监测和掌握其人工繁育群体在养殖过程中的遗传多样性水平及变化,笔者利用公布的绿鳍马面鲀全基因组序列筛选微卫星序列并设计引物,在随机挑选的50个候选微卫星位点中有20个可以高效、稳定地扩增出目的产物。利用绿鳍马面鲀野生群体对开发的20个微卫星标记进行评价,每个位点的等位基因数为4~13个,有效等位基因数为3.758~12.000,观测杂合度为0.267~0.833,期望杂合度为0.413~0.932,多态信息含量为0.361~0.910,香农-维纳多样性指数为0.806~2.520。绿鳍马面鲀野生和养殖群体的遗传多样性比较分析表明,野生和养殖群体的等位基因数平均值分别为8.2和7.3,有效等位基因数平均值分别为7.168和6.239,观测杂合度平均值分别为0.663和0.561,期望杂合度平均值分别为0.819和0.719,多态信息含量平均值分别为0.780和0.684,香农-维纳多样性指数平均值分别为1.914和1.647。试验结果显示,绿鳍马面鲀养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在较高的多态性水平,表明绿鳍马面鲀的人工繁育会对其遗传多样性产生一定影响。笔者开发的微卫星标记可用于绿鳍马面鲀群体遗传学、分子标记辅助育种等研究,试验结果可为绿鳍马面鲀资源保护和良种选育提供一定理论依据。

中国虎纹蛙多碱基重复微卫星位点的多态性

[目的]筛选出中国虎纹蛙高质量多态性的微卫星标记,用于该物种的鉴定以及遗传多样性、种群结构、遗传连锁图谱分析。[方法]利用新一代测序技术,从中国虎纹蛙部分基因组中筛选出33个三核苷酸重复、42个四核苷酸重复和1个五核苷酸重复微卫星位点,共76个多碱基重复微卫星位点。所有位点对浙江丽水学院两栖爬行动物实验室人工饲养的种群(n=30)进行了扩增和基因型分析。[结果]每个位点观察到的等位基因数和多态信息含量(PIC)的平均值分别为4个(2~7个)和0.514(0.164~0.822),观测杂合度(H_(O))和期望杂合度(H_(E))分别为0.00~0.97和0.18~0.82。有2个位点(THC141和THC377)显著偏离哈迪温伯格平衡,在11个位点中发现了显著的连锁不平衡。[结论]这些新筛选的多态性微卫星标记有助于进一步研究中国虎纹蛙的遗传多样性和开展遗传育种,为制定有效的保护策略和开展分子辅助选择提供依据。

基于高分辨率熔解曲线检测MD肿瘤微卫星不稳定性

本研究旨在通过高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)方法检测马立克病(Marek′s disease,MD)肿瘤中存在的微卫星不稳定现象(microsatellite instability,MSI)。通过临床症状、病理剖检、组织病理学、PCR及测序确定为马立克病。采集5只发病鸡的肌肉、肝、脾、血液及肿瘤组织,提取DNA,采用15对扩增微卫星DNA序列的引物进行HRM检测,得到归一化处理的差异熔解曲线,比较分析各组织熔解曲线的差异,分析15个微卫星标记是否存在基因突变(即MSI)。结果表明,发病鸡的各种临床、病理表现符合为马立克病的特征,病毒meq基因序列与近年来国内流行的MDV强毒株有较高的同源性。HRM分析结果显示,MD发病鸡的肌肉、肝、脾、血液、肿瘤组织中微卫星标记PCR扩增后的熔解曲线存在明显的差异,即存在MSI现象,而且不同的病鸡个体和不同的微卫星标记发生MSI的频率不同。15个微卫星标记在5只鸡的病料中存在MSI的微卫星标记的个数分别为14、7、5、3和1。在15个微卫星标记中,MCWO200、MCW0220这两个微卫星标记在所有的病鸡中都存在MSI,而ADL0158微卫星标记在所有的病鸡中都不存在MSI。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和测序分析进一步证明这些微卫星PCR扩增片段确实存在片段大小不同,碱基序列中存在微卫星重复单位的增多、减少或基因片段的插入或缺失。结果提示,通过HRM分析可以检测MD肿瘤中的MSI现象,是一种灵敏、准确、简便、高通量的方法。

基于九个微卫星标记的核桃举肢蛾地理种群的遗传多样性分析

【目的】核桃举肢蛾Atrijuglans hetaohei是核桃Juglans regia上的一种重要蛀果性害虫,在我国北京、山东、山西、陕西、四川等核桃种植产业区普遍发生,严重影响核桃的产量和商品价值,造成严重的经济损失。本研究旨在明确核桃举肢蛾地理种群遗传分化和地理分布特点,阐明其不同地理种群间的遗传结构,了解其种群扩散规律,为核桃举肢蛾的防控提供理论指导。【方法】基于核桃举肢蛾转录组测序结果,使用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳分型方法,利用筛选的多态性微卫星位点对我国8个省/市(北京、河北、河南、山东、山西、陕西、甘肃和四川)的16个地理种群共319头核桃举肢蛾样本进行种群遗传多样性分析,使用STRUCTURE和BAPS软件分析其种群遗传结构,并对影响其地理分布的因素进行探讨。【结果】核桃举肢蛾9个SSR位点具有较高的多态性,且多数位点未偏离哈迪-温伯格平衡。核桃举肢蛾各地理种群遗传多样性中等偏低(有效等位基因数Ne为1.334~1.824,期望杂合度He为0.203~0.342),种群间遗传分化较小(遗传分化系数F_(ST)<0.142),种群间基因流差异较大(Nm为1.518~23.800)。核桃举肢蛾地理种群间遗传分化程度与地理距离间有显著相关性(R^(2)=0.226)。16个核桃举肢蛾地理种群可分为两支,即东部和西部种群。AMOVA分析表明,核桃举肢蛾种群间遗传变异较小,且种群变异主要来源于种群内;种群内的遗传分化系数FCT值在0.03941~0.06449之间,表明地理阻隔和气候差异不是影响核桃举肢种群遗传结构和地理分布格局的主要因素。【结论】核桃举肢蛾地理种群遗传多样性中等偏低,不同地理种群间存在较低水平的遗传分化和差异较大的基因流。鉴于核桃举肢蛾特殊的生活史和独特的生物学特性,结合种群遗传结构分析结果,我们推测河流对核桃举肢蛾地理种群基因流的阻碍作用强于山川,而作为主要经济果树害虫,人类活动可能是干扰核桃举肢蛾种群地理分布的最主要因素。

结直肠癌微卫星不稳定状态与KRAS、NRAS、BRAF基因突变和临床病理特征及预后的关系

目的 探讨结直肠癌(CRC)的微卫星不稳定(MSI)状态与KRAS、NRAS、BRAF基因突变、临床病理特征及预后的相关性。方法 选取2015年3月至2020年12月于汕头市中心医院和中山大学肿瘤防治中心收治的经病理确诊为CRC的861例患者作为研究对象,检测其4种错配修复(MMR)蛋白表达、MSI状态,KRAS、NRAS、NRAS基因突变情况。分析MMR蛋白表达、KRAS、NRAS和BRAF基因突变与CRC患者临床病理特征的相关性,MMR蛋白表达与KRAS、NRAS和BRAF基因突变的相关性,并采用COX回归模型探讨CRC患者2年内死亡的独立影响因素。结果 CRC中的MMR蛋白表达总缺失率为12.08%,KRAS基因突变率为42.28%,NRAS基因突变率为2.21%,BRAF基因突变率为6.50%。不同年龄、肿瘤部位、组织学类型、肿瘤最大径、分化程度、TNM分期、淋巴结转移状态、CEA水平的患者MMR蛋白表达比较,差异有统计学意义(P<0.05)。不同性别、肿瘤部位、组织学类型、分化程度、TNM分期、淋巴结转移状态、CA199水平的患者KRAS基因突变比较,差异有统计学意义(P<0.05)。不同CEA水平的患者NRAS基因突变比较,差异有统计学意义(P<0.05)。不同肿瘤部位、组织学类型、肿瘤最大径、分化程度、TNM分期、淋巴结转移状态的患者BRAF基因突变比较,差异有统计学意义(P<0.05)。MMR蛋白表达与KRAS基因突变呈负相关(r=-0.137,P<0.001)。MMR蛋白表达与NRAS基因突变不相关(r=-0.007,P=0.834)。MMR蛋白表达与BRAF基因突变呈正相关(r=0.162,P<0.001)。淋巴结转移、KRAS突变、BRAF突变、MSI-H是CRC患者2年内死亡的独立影响因素。结论 MSI状态、KRAS、NRAS、BRAF基因突变与CRC的临床病理特征具有相关性,上述指标的检测有助于CRC的生物学行为分析及预后判断。

hMLH1和miR-148a表达与散发性结直肠癌微卫星不稳定性的关系

目的检测散发性结直肠癌(sCRC)组织中人类错配修复基因1(hMLH1)蛋白和miR-148a表达及其与微卫星不稳定性(MSI)的关系。方法收集黄冈市中心医院病理科保存的sCRC组织标本90例及其对应癌旁正常组织。收集患者临床病历资料,采用多重荧光PCR法检测组织DNA微卫星不稳定性,免疫组化染色法检测组织hMLH1蛋白表达,实时荧光定量PCR(qPCR)检测组织miR-148a表达量,双荧光素酶报告实验分析miR-148a和hMLH1 mRNA靶向关系。结果90例sCRC组织中,检出MSI 29例(32.22%),hMLH1蛋白表达缺失24例(26.67%)。经荧光素酶报告基因分析,miR-148a mimics可抑制含有hMLH1 mRNA 3′UTR-WT序列的报告基因质粒的荧光素酶活性;而且hMLH1蛋白表达缺失组织中miR-148a相对表达量高于未缺失组织(P<0.05);此外MSI组织中hMLH1蛋白表达缺失率和miR-148a相对表达量均高于微卫星稳定性(MSS)组织。右半结肠和直肠部位、pN_(0/1)期、pM _(0)分期hMLH1蛋白表达缺失率和MSI比例高于左半结肠、pN_(2)期、pM_(0)期(P<0.05);另外肿瘤直径>5.0 cm、右半结肠和直肠、pT_( 3/4)期、pN_(2)期、pM_(1)分组织miR-148a相对表达量低于肿瘤直径≤5.0 cm、左半结肠、pT_(1/2)期、pN_(0/1)期、pM_(0)期组织(P<0.05)。结论约30%的sCRC患者存在hMLH1蛋白表达缺失和MSI状态;sCRC肿瘤组织miR-148a相对表达量降低,导致对hMLH1基因表达的抑制作用减弱,可能是影响sCRC肿瘤细胞MSI状态的重要原因之一。

棘皮动物海星(Patiria miniata)全基因组微卫星分布特征

微卫星存在于大多数生物体中。本研究采用生物信息学方法对棘皮动物门的海星全基因组微卫星分布规律进行分析。结果表明:海星全基因组微卫星总数为163 819个,总长度为2 655 030 bp,占基因组序列总长度的0.44%。微卫星单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基和六碱基重复单元中数量最多的分别为(G)_(n)、(AT)_(n)、(TTA)_(n)、(TTTG)_(n)、(ACTCG)_(n)和(TACATG)_(n)。海星不同类型微卫星的重复次数分布差异较大。不同基因区和基因间区的数量及丰度不同,其中基因间区的微卫星数量及其丰度最大,为82 871个(3 229.00个/Mb),编码区的微卫星数量及其丰度最小,为936个(226.29个/Mb)。编码区中,微卫星最多的类型为三碱基重复,非翻译区、外显子、内含子和基因间区最多的类型均为单碱基重复。在微卫星丰度分布的位置特征分析中,基因上游500 bp和下游500 bp区域的微卫星丰度最大,分别为4 527.64个/Mb和4 844.82个/Mb。在外显子中,倒数第一外显子的丰度最大(数量为2 686个),为1 725.52个/Mb,其余外显子的丰度较为接近。不同位置区域的内含子丰度也较为接近,丰度为2 730.42~3 047.94个/Mb。本研究结果为海星的进一步深入研究提供参考数据。

免疫检查点抑制剂在治疗微卫星高度不稳定/错配修复缺陷型结直肠癌中的研究进展

在患有微卫星高度不稳定性(MSI-H)或错配修复缺陷(dMMR)型结直肠癌(CRC)患者中,免疫检查点抑制剂(ICIs)具有良好的疗效。本文对MSI-H/dMMR型结直肠癌的流行病学与生物学特点、ICIs对其治疗的临床效果及ICIs毒性与不良反应进行综述。

利用微卫星标记鉴定核桃杂交子代的亲本

杂交育种是目前核桃育种的主要方法,为了快速有效地鉴别杂交子代的真实性,加速杂交育种进程,利用微卫星标记方法辅助进行核桃亲子鉴定。研究从已发表的60对核桃属植物微卫星标记中筛选出12个多态性相对较高且稳定扩增的微卫星位点,对5个杂交组合子代159个个体通过基因型排除法和最大似然法进行亲子关系鉴定。基因型排除法鉴定出121个子代的正确亲本,鉴定率较高,总鉴定率76.10%;最大似然法亲权分析显示,双亲未知情形达到置信区间预测出正确亲本的子代有12个,总鉴定率7.55%。父本未知情形达到置信区间推算出正确亲本的子代有19个,总体鉴定率11.95%。整体鉴定率较低。

微卫星不稳定性(MSI)检测技术专家共识

微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)是DNA复制过程中形成大量移码突变、引起的核苷酸重复单元数量改变的现象,多种肿瘤中均可见MSI,常见于结直肠癌、子宫内膜癌和胃癌。MSI检测对多种实体瘤患者有重要意义,包括林奇综合征筛查、指导5-FU类化疗药物的选择、预后分层和筛选免疫检查点抑制剂获益人群等。目前,MSI检测主要包括PCR+毛细管电泳法、PCR+高分辨率熔解曲线法和N GS法,其中以PCR+毛细管电泳法为金标准。

东北春播区糜子核心种质的荧光微卫星标记鉴定

优异种质资源是糜子新品种选育和产业发展的基础。本研究以190份东北春播区糜子核心种质为材料,利用前期构建的SSR标记在5'端标注荧光,进行PCR扩增和毛细管电泳。根据毛细管电泳检测的片段有无采用“0/1”表示,利用ID Analysis4.0进行区分,使用PopGene、PowerMarker、MEGA、Structure、NTSYS进行遗传多样性分析。试验结果表明,3个荧光SSR标记组合(RYW3+RYW6+RYW28)可区分190份材料,共检测出等位变异73个,平均为24.3333;有效等位基因数(Ne)为5.4728(RYW3)~15.8922(RYW6),平均为9.6496;检出Shannon多样性指数(I)为2.0851(RYW3)~2.9457(RYW6),平均为2.4896;观测杂合度(Ho)为0.7529(RYW6)~0.9574(RYW28),平均为0.8876;期望观测杂合度(He)为0.8194(RYW3)~0.9398(RYW6),平均为0.8765;Nei’s基因多样性指数(Nei)为0.8173(RYW3)~0.9371(RYW6),平均为0.8741;多态性信息含量(PIC)为0.8656(RYW3)~0.9722(RYW6),平均为0.9198。基于UPGMA将190份资源划分为3个群组。基于Structure的遗传结构分析(K=3)将糜子核心种质分为3个类群,来源于东北地区的4个基因库(黑龙江、吉林、辽宁和内蒙古的一部分)。基于主成分分析将材料分为4个类群,与地理来源一致。利用在线二维码技术(https://cli.im/)构建了190份东北糜子核心种质的DNA分子身份证。