基于简化基因组数据开发岭南青冈微卫星引物

微卫星标记(simple sequence repeat,SSR)在基因组中普遍存在,具有共显性、高多态性等特点,在群体空间遗传研究中应用广泛。随着测序技术的发展,SSR的开发方法也更加多样化。岭南青冈(Quercus championii Benth)是中国南方常绿阔叶林的珍贵材用树种,对其分子标记的开发可促进岭南青冈的育种和种质保护。本研究基于4个岭南青冈个体的简化基因组序列进行SSR引物的开发。使用pyRAD软件分析显示:①每个个体中包含微卫星重复片段的序列在46000~84000条;②个体内聚类后得到的位点数在5500~24000;③个体间聚类后获得1158个一致性位点。在1158个位点中获得186个侧翼序列没有变异且重复碱基位于序列中间位置的位点。使用Primer Premier 5.0设计了25对引物,在来自3个群体的36个岭南青冈个体中进行验证,结果表明17对引物能成功扩增,共获得106个等位位点,每个引物的等位基因数在2~12,平均为6.2。引物的期望杂合度和观测杂合度分别为0.19~0.88和0.11~0.76。本研究的引物开发方法具有速度快、效率高、成本低的特点,可应用于群体遗传学分子标记的开发。