微卫星锚定PCR研究日本血吸虫的遗传变异

目的 对中国不同自然隔离群的日本血吸虫进行遗传变异研究 ,并为中国日本血吸虫地域品系的划分提供依据。方法 采用微卫星锚定PCR(SSR -PCR)技术对中国 7省 10地日本血吸虫标本基因组DNA进行PCR扩增 ,根据扩增产物 ,计算遗传距离 ,并构建系统进化树。结果 各地域标本PCR扩增产物均呈多态性 ,其中中国大陆与中国台湾日本血吸虫之间的遗传距离为 0 316± 0 0 6 7(0 176～ 0 378) ;中国大陆日本血吸虫山区型之间的遗传距离为 0 0 6 7;湖区型之间的遗传距离为 0 0 6 3～ 0 176 ;山区型与湖区型之间的遗传距离为 0 0 6 7～ 0 2 5 0 ;湖北省境内 4个地域的日本血吸虫 ,其遗传距离为0 0 6 3～ 0 111。结论 根据我们所采集的日本血吸虫标本和SSR -PCR的实验结果 ,认为中国大陆日本血吸虫在基因分类水平上至少可分为不同层次的 5类 :①云南洱源、四川天全为一类 ;②安徽贵池、湖南岳阳为一类 ;③湖北武汉、湖北钟祥为一类 ;④江西新建、湖北阳新为一类 ;⑤湖北松滋单独为一类。其中①与②③④⑤在总体上可分为两大类 ,②③④⑤又可再分为②③与④⑤两类 ,②③与④⑤还可再各分为两类 ,此外 ,中国台湾日本血吸虫单独列为一类。

利用5′锚定PCR技术分离枇杷微卫星标记

用5′锚定PCR技术分离出32个枇杷特异SSR位点,对其中适合设计引物的28个位点设计了相应的引物,并分别与对应的5′锚定的简并SSR引物配对,应用于5个枇杷品种的基因组PCR扩增。结果表明,27条引物在5个受试枇杷品种中有扩增产物,其中24条为可用引物,另外3条引物因为扩增产物不符合SSR标记的特征不能用作SSR标记的引物。

用锚定PCR技术筛选谷子微卫星文库的研究

本试验将锚定PCR技术用于谷子微卫星富集文库的筛选,结果发现该技术能有效减少假阳性的产生,假阳性率仅为7.7%,该技术还能够最大限度淘汰侧翼无法设计引物的无效微卫星克隆,本研究无效克隆比率仅为3.8%。用锚定PCR技术最终筛选开发出13对多态性微卫星标记,这些标记在4个谷子材料和1个野生种中扩增出等位变异数为2~4。锚定PCR技术与常用的同位素杂交筛选技术及普通PCR技术相比,更能降低假阳性克隆和无效微卫星克隆的产生,是一种理想的微卫星文库筛选技术。

微卫星锚定PCR研究湖北钉螺的遗传变异

目的 对中国不同自然隔离群的湖北钉螺进行遗传变异研究 ,并为其种及种下分类提供依据。 方法 采用微卫星锚定 PCR(SSR- PCR)技术对中国 7省 15地湖北钉螺基因组 DNA进行 PCR扩增 ,根据扩增产物 ,计算遗传距离(D) ,并构建系统进化树。 结果 各地域标本 PCR扩增产物均呈多态性 ,其中中国大陆与中国台湾湖北钉螺之间的遗传距离为 0 .35 1± 0 .0 4 8(0 .2 6 3～ 0 .4 4 5 ) ;中国大陆湖北钉螺山区型之间的遗传距离为 0 .0 4 3;湖区型之间的遗传距离为0 .0 0 0～ 0 .2 17;山区型与湖区型之间的遗传距离为 0 .182～ 0 .30 8;来自湖北省境内 9个地域的湖北钉螺 ,其遗传距离为0 .0 0 0～ 0 .16 7。 结论 根据所采集的湖北钉螺标本和 SSR- PCR的实验结果 ,认为中国大陆湖北钉螺在基因分类水平上至少可分为不同层次的 4类 :1云南洱源、四川天全为一类 ;2安徽贵池、湖南岳阳、湖北荆门、江西新建为一类 ;3湖北武汉、湖北钟祥、湖北阳新、湖北松滋、湖北沙市、湖北石首、湖北应城为一类 ;4湖北赤壁单独为一类。其中 1与 2 34在总体上可分为两大类 ,2 34又可再分为 2 3与 4两类 ,2 3还可再分为单独的两类。此外 ,台湾钉螺为单独的一类。

微卫星锚定PCR技术研究云南微小按蚊群体遗传结构

目的研究云南不同地理来源微小按蚊的群体遗传结构,探讨不同群体间的遗传结构和分化现象。方法在云南省东、西、南、北及中部各选择1～2个自然村,用紫外诱蚊灯于每晚17时至次日7时诱蚊,收集雌成蚊以氯仿麻醉,经形态学鉴别为微小按蚊的样本取单蚊蚊腿,再经复合PCR方法鉴别微小按蚊A或C。采用微卫星锚定PCR技术(SSR-PCR)扩增微小按蚊单蚊基因组DNA,用BIOSIS,RAPDFST,RAPDDIST及PHILIP等软件统计分析基因位点多态性、固定指数FST及θ、种群间的迁移率(Nm)以及遗传距离、聚类分析构建系统树。结果以多态位点比例衡量各种群的遗传多态性,云南不同地区微小按蚊均共享较高多态性,其中元江(C)的变异程度较低,为43.3%,潞西(A)的变异程度较高,为78.6%。FST和θ结果提示,微小按蚊的遗传变异主要存在于种群内部。微小按蚊A与C分别或两者合并分析,Nm均大于1。系统树主要分为两支,元阳(C)、大关(C)和勐腊(C)聚为一支;另一支分为元江(C)与潞西(A),新平(A)和临沧(C),以及勐腊(A)共3层。结论各群体间遗传距离部分与亲缘种分类有关,未发现与地理距离相关。

基于锚定PCR技术对10种重要农业害虫微卫星DNA位点的筛选及其特征分析

微卫星DNA广泛存在于真核和原核生物的基因组中，具有多态性丰富、易于检测等特点，在遗传图谱的构建、动植物遗传学育种等方面被广泛应用。利用5′锚定PCR技术对桃小食心虫、桃蛀螟、玉米螟、二点委夜蛾、花蓟马、黄胸蓟马、棕榈蓟马、斑翅果蝇、稻水象甲、扶桑绵粉蚧10种重要农业害虫进行微卫星DNA筛选，并分析各个物种的微卫星DNA的特点。不同物种的阳性克隆率、微卫星比率、克隆效率和冗余率存在不同程度的差异；在核苷酸碱基数目上，主要为二核苷酸重复序列，占重复位点总数的93．2％～100％，三、四核苷酸重复位点较少。在二核苷酸重复位点中， CA/TG重复位点最为丰富，占重复位点总数的89．2％～100％。这与使用的锚定引物密切相关；10种害虫的微卫星DNA平均重复次数为6．7～8．9次，其中玉米螟具有最高的微卫星DNA重复次数（34次）；在序列类型上，完全型序列占上述害虫序列总数的91．0％～100％。5′锚定PCR技术能够快速挖掘害虫的微卫星DNA位点，本研究结果为这些害虫微卫星位点的进一步利用奠定了基础。

红麻微卫星DNA的分离

分别采用RAPD、锚定PCR和磁珠捕获等3种方法富集含微卫星序列的红麻基因组DNA片段,并连接到pMD18-T载体,构建基因组文库.然后以通用引物M13F,M13R和根据微卫星核心序列所设计的引物[VRV(CT)12或VRV(TG)12],用PCR方法直接对文库筛选,并将获得的阳性克隆进行测序.分别从RAPD,锚定PCR和磁珠捕获3种富集方法构建的基因组文库中获得6,23,19个微卫星位点.

SSR-PCR技术研究9种拟钉螺的遗传变异

目的对9种拟钉螺进行遗传变异研究,为拟钉螺从基因水平分类提供依据。方法采用微卫星锚定PCR（SSR-PCR）技术对海峡两岸4省7地的拟钉螺基因组DNA进行PCR扩增,根据扩增产物按Nei的方法计算遗传距离,并应用SPSS构建系统进化树。结果各地拟钉螺标本的PCR产物呈多态性,其中台湾邱氏拟钉螺与中国大陆拟钉螺地域株遗传距离为0.7391～0.9130;向氏拟钉螺和秉氏拟钉螺间扩增产物相似性最大,遗传距离为0.2174;神农架拟钉螺与向氏拟钉螺、秉氏拟钉螺的遗传距离为0.3333～0.3913;十堰拟钉螺和洪山拟钉螺之间的遗传距离为0.5556;福建拟钉螺与湖北拟钉螺地域株的遗传距离为0.3913～0.7000;武鸣拟钉螺与湖北拟钉螺地域株的遗传距离为0.6667～0.8889。结论9种拟钉螺在基因水平上至少可以分为4类：1）向氏拟钉螺、秉氏拟钉螺和神农架拟钉螺为一类;2）洪山拟钉螺和十堰拟钉螺为一类;3）武鸣拟钉螺为一类;4）福建拟钉螺为一类。台湾邱氏拟钉螺应为钉螺。

瓦氏马尾藻微卫星分子标记的筛选

采用锚定PCR技术,构建了瓦氏马尾藻（Sargassum vachellianum）微卫星富集文库.阳性克隆筛选、测序和序列分析结果表明,在筛选的523个白色菌落中,214个克隆（占筛选白色菌落数的41％）含有重复的微卫星序列,其中105个（20.1％）有随机侧翼区,可以进行引物设计,109个缺乏足够的侧翼序列.在获得的微卫星序列中,完全的占50％;不完全的占2.3％;复合的占47.7％.重复次数5以上的微卫星序列主要以二碱基重复为主,除引物中使用的CT、GT和CAC重复单元外,还观察到AC、GA、CG、AT、CTA、TAG和AGT的重复序列.微卫星重复次数主要集中在6～10次之间,占92％,最高为23次.设计的54对微卫星引物中有8对能够在野生瓦氏马尾藻群体中进行多态性扩增.本研究中构建的瓦氏马尾藻富集微卫星文库将为以后开发未知微卫星标记提供帮助.

微卫星锚定PCR分析19个湖北钉螺种群之间的遗传变异关系

目的探讨湖北钉螺种群间的遗传变异关系。方法采用微卫星锚定PCR分子标记技术对来自中国大陆8个省的19个种群钉螺基因组DNA进行扩增,分析钉螺各种群间的遗传变异并对钉螺种群进行聚类分析。结果19个钉螺种群间的遗传距离D在0～0.73之间,平均遗传距离D为0.22±0.013。19个钉螺种群被聚成4类,一类包括分布在长江中下游流域(湖南、湖北、江西、安徽、江苏)的16个钉螺种群;广西宜州、福建福清和云南大理的钉螺种群分别单独成一类。结论目前分布在中国大陆的湖北钉螺可能分为4个亚种,即指名亚种、滇川亚种、福建亚种、广西亚种。

磁珠富集法与5'锚定PCR法开发背瘤丽蚌微卫星标记的比较

利用磁珠富集法和5'锚定PCR法开发背瘤丽蚌的微卫星标记,将获得的多态性引物用于群体的遗传多态性分析,以期在比较两种开发微卫星标记方法的基础上同时获得一批有用的微卫星引物。从磁珠富集法获得的微卫星序列阳性克隆率为69.2%,重复次数超过10的占总数的70.2%,从设计的28对引物中筛选得到多态性引物11对,开发效率为39.3%。这11对引物用于养殖群体的遗传多样性分析,结果显示,等位基因数范围为4～13,观测杂合度、期望杂合度范围分别为0.205～0.738、0.566～0.839。而5'锚定PCR法获得的微卫星序列阳性克隆率为97.8%,重复次数超过10的占总数的24.7%,从设计的56对引物中筛选得到多态性引物19对,开发效率为30.4%。这19对引物用于养殖群体的遗传多样性分析,结果显示,等位基因数范围为3～10,观测杂合度、期望杂合度范围分别为0.208～0.894、0.431～0.896。实验结果表明,磁珠富集法所获微卫星序列质量高,开发微卫星标记效率较高;而5'锚定PCR法实验操作更简便,所获得的引物遗传多样性指数更高。两种方法开发的引物均可用于背瘤丽蚌和近缘种的野生种质资源遗传多样性研究。