桉树EST序列中微卫星含量及相关特征

通过对桉树属(Eucalyptus)的10000条EST序列进行分析,在其中的1499条序列上共发现1775个微卫星重复序列。含有微卫星的EST序列约占序列总数的15%。此外,还发现桉树EST序列所含微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关;微卫星的丰度与重复单元长度也呈负相关(三碱基重复微卫星除外)。在桉树EST序列中,重复单元长度为三碱基的微卫星最为丰富。三碱基重复单元微卫星的过度富集可能是由于遗传密码选择所致。在微卫星的丰度及长度变异方面,桉树EST序列与杨树(Populus trichocarpa)基因组注释的转录序列随重复单元长度的变化呈现出相同的规律,但桉树EST序列中微卫星频率及三碱基重复微卫星的含量显著偏低,推测含微卫星的基因表达丰度极有可能低于不含微卫星的基因。通过对发现的所有微卫星位点进行引物设计,并对设计的引物进行PCR检测,结果表明所设计的引物具有极高的扩增成功率。

7种家养动物全基因组微卫星分布的差异研究

为了研究7种家养动物全基因组微卫星的分布是否存在差异,本试验利用软件MSDB搜索了猪、马、牛、山羊、绵羊、鸡和犬7种家养动物全基因组微卫星序列,并对其进行了分析研究。初步结果显示,7种家养动物全基因组微卫星在数量、丰度和密度上都存在差异,其中数量、丰度和密度最高的是犬,共1 436 242个位点,数量最少的是鸡,共276 564个位点,但丰度和密度最低的是马,共430 760个位点。对这些微卫星的分析表明,所有物种全基因组中单碱基重复微卫星最丰富,六碱基重复微卫星数量最少,且6种重复类型的优势微卫星都富含碱基A和T。除这些共同点之外,微卫星的分布规律也存在差异。总的来说,牛、山羊、绵羊微卫星的分布规律最为相似,鸡与其他物种微卫星的分布规律相差最远。分析还发现,7种动物微卫星长度大多集中在12~20bp之间,这可能是受到趋同选择压力的结果。据以上可以推测,物种间微卫星的分布存在差异,但也存在一定的保守性,且物种间亲缘关系越近,微卫星的分布也越相似。以上结果为以后微卫星的功能研究提供依据。