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桉树EST序列中微卫星含量及相关特征
被引量:
40
1
作者
李淑娴
张新叶
+1 位作者
王英亚
尹佟明
《植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期363-371,共9页
通过对桉树属(Eucalyptus)的10000条EST序列进行分析,在其中的1499条序列上共发现1775个微卫星重复序列。含有微卫星的EST序列约占序列总数的15%。此外,还发现桉树EST序列所含微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关;微卫星的丰度...
通过对桉树属(Eucalyptus)的10000条EST序列进行分析,在其中的1499条序列上共发现1775个微卫星重复序列。含有微卫星的EST序列约占序列总数的15%。此外,还发现桉树EST序列所含微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关;微卫星的丰度与重复单元长度也呈负相关(三碱基重复微卫星除外)。在桉树EST序列中,重复单元长度为三碱基的微卫星最为丰富。三碱基重复单元微卫星的过度富集可能是由于遗传密码选择所致。在微卫星的丰度及长度变异方面,桉树EST序列与杨树(Populus trichocarpa)基因组注释的转录序列随重复单元长度的变化呈现出相同的规律,但桉树EST序列中微卫星频率及三碱基重复微卫星的含量显著偏低,推测含微卫星的基因表达丰度极有可能低于不含微卫星的基因。通过对发现的所有微卫星位点进行引物设计,并对设计的引物进行PCR检测,结果表明所设计的引物具有极高的扩增成功率。
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关键词
桉树
微卫星
重复序列
微卫星
丰度
微卫星长度变异
微卫星
引物设计
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职称材料
题名
桉树EST序列中微卫星含量及相关特征
被引量:
40
1
作者
李淑娴
张新叶
王英亚
尹佟明
机构
南京林业大学森林遗传与生物技术省部共建重点实验室
湖北省林业科学研究院
出处
《植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期363-371,共9页
基金
国家自然科学基金(No.30971609)
林业公益性行业科研专项(No.200904002)
文摘
通过对桉树属(Eucalyptus)的10000条EST序列进行分析,在其中的1499条序列上共发现1775个微卫星重复序列。含有微卫星的EST序列约占序列总数的15%。此外,还发现桉树EST序列所含微卫星长度的变异速率与重复单元长度呈负相关;微卫星的丰度与重复单元长度也呈负相关(三碱基重复微卫星除外)。在桉树EST序列中,重复单元长度为三碱基的微卫星最为丰富。三碱基重复单元微卫星的过度富集可能是由于遗传密码选择所致。在微卫星的丰度及长度变异方面,桉树EST序列与杨树(Populus trichocarpa)基因组注释的转录序列随重复单元长度的变化呈现出相同的规律,但桉树EST序列中微卫星频率及三碱基重复微卫星的含量显著偏低,推测含微卫星的基因表达丰度极有可能低于不含微卫星的基因。通过对发现的所有微卫星位点进行引物设计,并对设计的引物进行PCR检测,结果表明所设计的引物具有极高的扩增成功率。
关键词
桉树
微卫星
重复序列
微卫星
丰度
微卫星长度变异
微卫星
引物设计
Keywords
Eucalyptus
microsatellite repeat sequence
microsatellite richness
microsatellite length variation
SSR primer design
分类号
S792.39 [农业科学—林木遗传育种]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
桉树EST序列中微卫星含量及相关特征
李淑娴
张新叶
王英亚
尹佟明
《植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010
40
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职称材料
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