水生生物增殖放流及微卫星DNA标记在增殖放流中的应用

以微卫星DNA标记技术为例,系统阐述在增殖放流过程中,该技术在个体识别、遗传多样性及适应性评估中的应用。同时对水生生物增殖放流策略和效果评估提出若干建议。

东北虎微卫星DNA遗传标记的筛选及在亲子鉴定中的应用

利用 18个家猫微卫星基因座 ,在东北虎 (Pantheratigrissibilia)DNA中扩增结果有 4个基因座没有产物 ,8个基因座为单态 ,6个基因座为多态性。同时利用苏门答腊虎的微卫星序列设计了 8对引物 ,在东北虎DNA中有 4对具有多态性。微卫星基因座的多态性百分率为 38 5 %。在供试的 2 7只东北虎中 ,发现等位基因间的变异均为偶数碱基长度变化 ,对有准确谱系记录的个体研究表明 ,这 10个微卫星DNA遗传标记符合孟德尔遗传规律 ,所以这些微卫星DNA可以有效的应用于东北虎的亲子鉴定。利用这 10对多态性引物 ,我们成功地鉴定了 7个父子关系不清的后代。收集的样品包括 2 3只毛发样品和 4只血液样品 ,实验结果表明 ,毛发和血液样品均可以得到清晰的微卫星条带 [动物学报 49(1) :118～ 12 3,2 0 0 3]。

3个山羊群体中4个微卫星DNA多态性及其与杂种优势的关系

利用4个微卫星标记(OarFCB11,OarAE101,McM218,McM38)对波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了遗传检测,并测定了波尔山羊与河北奶山羊及太行山羊的杂交效果。结果表明:4个微卫星标记在波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊3个品种中存在多态性,可以用于山羊遗传多样性的评估;从不同品种来看,太行山羊的遗传变异程度最大,而波尔山羊的遗传变异程度相对较小;波尔山羊与河北奶山羊的遗传距离大于与太行山羊,波尔山羊与河北奶山羊的杂种优势高于与太行山羊,与实际杂种优势测定结果相符。

利用微卫星DNA多态性预测引进肉用绵羊品种杂种优势

目的利用微卫星DNA在不同绵羊群体中的多态性预测引进肉用绵羊品种与小尾寒羊的杂种优势。方法利用5个微卫星基因座对4个国外引进肉羊品种及小尾寒羊5个群体的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了遗传检测,并测定4个引进肉羊与小尾寒的杂交效果。结果5个微卫星基因座在白头萨福克、黑头萨福克、道赛特、得克赛儿及小尾寒羊5个群体中存在多态性,可以用于绵羊遗传多样性的评估;从不同品种看,道赛特羊的遗传变异程度最大,而小尾寒羊的遗传变异程度相对较小;经遗传关系分析,在引进的4个肉羊品种中,与小尾寒羊杂交优势由大到小依次为白头萨福克、黑头萨福克、道赛特、得克赛儿,与实际杂种优势测定结果相符。结论利用微卫星DNA多态性预测引进肉用绵羊品种与小尾寒羊的杂种优势是可行的,将对今后绵羊育种具有重要的应用价值。

体细胞克隆山羊微卫星DNA分析

用 10对山羊微卫星DNA多态性引物对 2只体细胞克隆济宁青山羊、青山羊供体细胞、受体奶山羊母羊以及具有亲缘关系的 3只对照济宁青山羊进行微卫星DNA分析 .结果表明有 5对山羊微卫星DNA多态性引物 ,即SR CRSP1,SR CRSP5 ,SR CRSP6 ,SR CRSP7和SR CRSP2 4 ,扩增产物有明显的多态性 .扩增产物经过 6 %变性聚丙烯酰胺凝胶电泳后银染 ,结果 2只体细胞克隆山羊的微卫星DNA指纹与供体细胞完全相同 ,而且不同于其受体母亲也不同于其他所有同品种不同个体的对照青山羊 .证明体细胞克隆山羊基因组来源于供体细胞 .

微卫星DNA与延边黄牛肉用生长性状关系

选择与肉牛主要生产性状紧密连锁的 5个微卫星位点 ,以肉牛线性体型评分方法作为衡量肉牛生长发育的指标 ,运用最小二乘法拟合线性模型 ,分析了延边黄牛肉用生产性状与微卫星标记的关系 ,并分析了微卫星 ETH10和IDVGA4 6位点的不同基因型与肉用生产性状的关系。结果表明 ,微卫星 EHT10位点的等位基因 2 0 9对外貌线性评定中的背线性状、肌肉度线性评定中的肩部性状有正面影响 ,等位基因 2 13对外貌线性评定中的系部、肌肉度线性评定中的尻形状和细致度线性评定中的骨骼及皮肤性状有正面影响 ,而等位基因 2 15对外貌线性评定中的背线性状、肌肉度线性评定中的尻形状有负面影响 ;微卫星 IDVGA4 6位点的等位基因 2 4 9对背线、前肢和后肢等外貌线性评定性状 ,肌肉度线性评定的腰宽以及细致度线性评定的骨骼和皮肤性状有正面影响 ,等位基因 2 0 3对外貌评定性状的头部、背线 ,肌肉度评定性状腰宽以及细致度评定性状骨骼和皮肤有负面影响 ,等位基因 2 4

用微卫星DNA标记对我国杂交水稻主要恢复系遗传差异的检测分析

选用分布于水稻 (OryzasativaL .) 12条染色体上的 2 5对SSR(Simplesequencerepeats)引物 ,分析了生产中广泛应用的 35个杂交水稻恢复系。在 35个杂交水稻恢复系材料间共检测出 6 5个等位基因 (alleles) ,平均每对SSR引物可检测到 2 6个等位基因。PIC(Polymorphismindexcontent)值的变动范围为 0 .2 0 6～ 0 .6 82 ,平均值为 0 .4 14。聚类分析表明 ,我国杂交水稻恢复系资源比较丰富 ,但其遗传差异较小 ,遗传背景单一 ,从而在很大程度上限制了我国水稻杂种优势的利用。

湖鲟微卫星DNA引物应用于中华鲟亲子关系分析的初步研究

利用湖鲟(Acipenser fulvescens)的4对微卫星引物对中华鲟随机个体样本进行PCR扩增,分析电泳结果发现,4对引物均可在中华鲟个体中得到稳定的同源序列,其中2对引物所探测到的等位基因数目较多,在个体间表现出较高的多态性,利用它们产生的DNA指纹图谱,能够对1999年度获得的中华鲟亲鱼样本进行有效的个体区分。并且这两对湖鲟的微卫星引物在对1999年度已知亲本的同一家系中的中华鲟随机个体的分析中,表现为按照孟德尔方式进行共显性遗传。证明这2对微卫星引物可以用于鉴别中华鲟人工放流个体和自然繁殖个体。

探讨微卫星DNA作为皮埃蒙特和南阳杂交牛生长性状的遗传标记

利用最小二乘法拟合线性模型，分析了5种微卫星DNA，IDVGA－2、IDVGA－27、IDVGA－46、IDVGA－55和TGLA－44的不同标记基因型与100头南阳牛、皮埃蒙特牛及其杂交后代的生长性状的关系。结果表明：IDVGA－27的等位基因136与胸围、十字部高、胸深（体尺性状）及腰宽（评分性状）有显著正相关，而等位基因142与上述各项均有显著的负相关；在IDVGA－46中，含有等位基因205的个体在腰厚的肌肉发育方面有明显的优势；而等位基因211却与肩部发育有负相关，该等位基因在纯种皮埃蒙特牛中不存在。IDVGA－55的等位基因203与体高、体长、十字部高及尻宽等体尺性状有显著正相关关系。

大熊猫微卫星DNA的筛选及其应用

经ＤｐｎⅡ限制酶消化大熊猫基因组ＤＮＡ后，选取１５０－５００ｂｐ大小的片段构建了ＤＮＡ文库。用合成的（ＣＡ）（１５）探针从这一文库中克隆筛选了１０个大熊猫特异的微卫星ＤＮＡ座位。在测定ＤＮＡ序列的基础上设计并合成了１０个座位特异的引物，以ＰＣＲ技术扩增了７份抽提自组织细胞和６份抽提自毛发的大熊猫ＤＮＡ样品。发现除座位ｇ（００７）外，其余９个座位均呈多态性，而且所有座位均为偶数碱基的长度变异。对有准确谱系记录的家系的研究结果证明，这１０个微卫星ＤＮＡ座位严格按孟德尔方式遗传。因而这些座位能有效地应用于大熊猫的亲子鉴定，从而为建立各地大熊猫谱系和制定有效的繁殖计划提供了一个有效的遗传学手段。根据这１０个微卫星座位的分析，我们澄清了两组未知的父系关系。

我国6个地方绵羊品种微卫星DNA多态性研究(英文)

利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了我国蒙古羊、乌珠穆沁羊、哈萨克羊、阿勒泰羊、滩羊和藏绵羊 6个地方绵羊品种 17个微卫星标记的多态性 ,以探讨其遗传多样性、起源分化及群体间的遗传亲缘关系。结果表明微卫星标记不同位点间遗传多样性差异极显著 (P <0 0 1) ,群体间多态信息含量 (PIC)、近交程度 (Fis)和观察杂合度 (Obs .Het)差异不显著 ,但基因多样性 (genediversity)和期望杂合度 (Exp .Het)差异显著 (P <0 0 5 )。所研究的我国 6个地方绵羊品种与欧洲品种具有相似的遗传多样性 ,但具有较高的近交系数。个体和群体的聚类分析结果提示我国地方绵羊品种可能起源于两类祖先。群体间的聚类分析结果还表明 ,蒙古羊与乌珠穆沁羊分化不明显且具有较近的遗传亲缘关系 ,蒙古羊与藏绵羊间分化明显且具有较远的遗传亲缘关系。滩羊、阿勒泰羊以及藏绵羊间也具有较近的遗传亲缘关系。所研究的我国 6个地方绵羊品种的遗传分化 (Fst)与西班牙绵羊品种接近 。

中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)黄、渤海3个野生地理群遗传多样性的微卫星DNA分析

运用微卫星DNA技术 ,以中国对虾渤海湾群体 (BH)、辽东湾群体 (LD)和海州湾群体(HZ)的 3个野生群共计 60个个体为实验材料 ,进行了 7个基因位点的遗传参数分析。同时对7对微卫星引物的多态性信息含量 (PIC)进行了评估 ,EN0 0 2 1位点提供的信息含量低于 0 5 ,其他 6对微卫星引物的PIC值均在 0 5以上 ,适于应用于中国对虾的群体分析。结果表明 ,这7个微卫星位点在中国对虾 3个地理群 60个样品的分析中共获得了 5 6个等位基因 ,对 3个野生群体的 7个基因位点共计 2 1个群体位点进行了杂合度观测值 (Ho)和杂合度期望值 (He)计算 ;在Hardy Weinberg平衡条件下 ,进行了P检验 ,发现BH和HZ各有 1个群体位点发生平衡偏离 ,而LD有 1个群体位点发生平衡偏离 ,还有 2个群体位点已发生显著平衡偏离。但除此之外 ,对 3个地理群间的遗传分化指数Fst值进行的计算结果表明 ,BH和LD之间遗传分化较弱 ,HZ与另 2个地理群间则产生了中等程度的分化。从变异贡献率来看 ,有 92 83%的遗传变异来自个体之间 ,只有 7 1 7%的遗传变异来自群体之间。经过UPGMA聚类 ,发现BH群体和LD群体的亲缘关系较近 ,而HZ群体与前两者亲缘关系较远。

3个仿刺参地理种群遗传变异的微卫星DNA分析

运用微卫星DNA技术对仿刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群各20个个体进行了遗传分析。对9个基因位点进行了扩增，共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量（PIC），范围在0．5129～0．8794之间。结果表明：3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0．6416、0．6595、0．5824，平均杂合度期望值分别为0．7641、0．7161、0．7364；在Hardy-Weinberg平衡条件下，进行了P检验，发现3个群体均有位点发生了显著偏离；对3个群体进行了配对Fst值计算，发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看，95．68％的变异来自个体之间，4．32％的变异来自群体之间。经过聚类分析，发现威海群体和大连群体之间亲缘关系较近，烟台群体与前两群体亲缘关系较远。

海南岛中华蜜蜂遗传多样性的微卫星DNA分析

为了解海南岛中华蜜蜂Apis cerana cerana的遗传多样性和遗传结构及其与大陆种群的关系,本研究应用10个微卫星DNA标记对海南岛11个地点627个蜂群的627头工蜂样本和大陆2个地点102个蜂群的102头工蜂样本进行了分析。结果表明:海南岛中华蜜蜂遗传多样性较高,单个位点检测到等位基因5～17个;各种群平均等位基因数为4.5～7.0个,平均杂合度为0.59～0.65。海南岛中华蜜蜂在10个位点上表现出相似遗传结构,文昌和屯昌种群在AT101位点的等位基因频率较特殊。岛内-岛外中华蜜蜂的遗传分化系数FST范围为0.06～0.13;文昌、屯昌种群分别同海南岛内其他9个种群的FST(0.06～0.12)大于这9个种群间的FST(0～0.05)。海南岛中华蜜蜂同邻近大陆种群发生了明显的遗传分化;除文昌、屯昌种群发生中等程度的分化外,海南岛内其他种群之间遗传分化较小。本研究结果对海南岛中华蜜蜂资源的保护和合理利用具有重要的指导意义。

家鹑与野生日本鸣鹑群体微卫星DNA标记的遗传学分析

选择10个微卫星标记位点,合成引物对微山湖野生日本鸣鹑和家鹌鹑各40只进行PCR扩增,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测分型,并对其品种内和品种间的遗传变异进行群体遗传学分析,从分子水平上揭示这两个鹌鹑群体的遗传结构关系、亲缘关系和遗传分化程度,为鹌鹑的遗传资源研究提供新资料。

利用微卫星DNA技术进行绵羊亲子鉴定

利用9个微卫星DNA对9头陶赛特羊DNA进行扩增,每3对微卫星DNA扩增产物混合后经聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测。采用已确定母女关系的2头陶赛特羊和7个嫌疑父亲的耳组织为样本,对1头母本已知的陶赛特羊在嫌疑父本中找出父本,并计算父权概率为99.997%。

7个绵羊微卫星DNA标记在绵(山)羊群体中的多态性检测

选择分别位于绵羊2,4,6,9,17和19号染色体上的7个微卫星标记OarFCB11,OarFCB128,MAF70,OarAE101,MAF33,OarFCB48和OarFCB304,对湖羊、同羊及长江三角洲白山羊的典型群随机样本相应位点进行了PCR检测。结果表明,每个微卫星座位发现7个以上等位基因,且均存在多态;湖羊、同羊、长江三角洲白山羊群体杂合度(H)分别为0.9092,0.9177和0.8867,相应的群体基因平均多态信息含量(PIC)分别为0.9024,0.9116和0.8774,有效等位基因数(Ne)分别为11.7723,12.4538和11.6104,均以同羊为最高;以产生有效条带为标志,随机样本的PCR扩增效率存在明显的群体间和座位间差异,以长江三角洲白山羊和OarFCB128座位为最高;以7个座位微卫星等位基因频率推算群体间标准遗传距离,山羊与绵羊群体间遗传距离远大于绵羊群体之间,湖羊、同羊间亲缘距离系数R为0.1998。研究结果提示:选择的7个微卫星DNA座位均为多态座位;以7个微卫星标记为测度,湖羊、同羊及长江三角洲白山羊具有丰富的遗传多态性;7个微卫星标记可进一步用于绵山羊近缘种间遗传分析研究。

微卫星DNA标记与猪肉质性状的相关分析

测定了长蓝参考家系F2代个体的肉色、大理石纹、pH值和系水力4个肉质性状,同时测定了6号染色体的23个微卫星DNA标记,将不同基因型与4个肉质性状进行方差分析与多重比较.结果表明:肉色与大理石纹、pH值、系水力间的相关系数分别为-0 322、0 419、0 468,pH值和系水力间的相关系数最高,为0 737,差异极显著;MN006座位与影响pH值性状的QTL连锁,加性效应为0 108,MN004座位与影响大理石纹性状的QTL连锁,加性效应为0 125.

用微卫星DNA标记分析苎麻品种的亲缘关系

用 3种微卫星标记分别分析了 2 0个苎麻品种的DNA。每种标记方法都能在苎麻品种间产生多态性的谱带。ISSR每个检测单位产生的DNA条带最多 ,平均每个引物对扩增出 8个DNA条带 ;其次是RAMP。虽然SSR每个检测单位产生的条带数最少 ,但其扩增图谱中 ,87.0 %的条带是多态性条带 ,高于ISSR和RAMP。ISSR和RAMP扩增图谱中多态带的频率分别是 79 2 %和 75 6 %。从每次PCR扩增所能区分的基因型数值来看 ,ISSR最高 ,为 5 6 7,SSR次之 ,RAMP最低。根据微卫星标记分析的结果 ,对 2 0个苎麻品种进行聚类分析并建立系统树。其结果与品种的地理分布和形态特征基本吻合 ,表明微卫星DNA标记用于苎麻遗传关系分析是可行的。

中国对虾部分基因组文库构建和微卫星DNA序列的筛选

以中国对虾为实验材料，提取肌肉的基因组DNA。经Bsp143Ⅰ酶切后，回收500～1000bp的DNA片段，与经BamHⅠ酶切并去磷酸化的PUC19重组，将重组载体转入大肠杆菌DH5α中。然后将其涂布于含氨苄青霉素的LB平板上，过夜培养后，经蓝白斑筛选，构建对虾部分基因组文库。采用载体质粒的通用引物进行PCR检测插入片段的大小，对基因组文库进一步进行筛选。从建立的文库中选取100个片段大小合适的克隆进行测序，其中54个克隆的DNA插入片段含有微卫星序列，共获得了111个微卫星序列，在GenBank中注册了12个微卫星序列。本实验中还发现1个含有23bp的小卫星序列。