中国对虾微卫星DNA多态性分析

根据建立的中国对虾部分基因组文库,对筛选的含微卫星序列的克隆设计了引物,并选择了8对多态性引物对中国对虾进行了分析。实验材料为中国对虾黄渤海群体(HB)、朝鲜半岛西海岸群体(KX)和朝鲜半岛南海岸群体(KN)3个野生群共计60个个体。结果表明:经8对引物对60尾中国对虾进行PCR扩增后,共获得了61个等位基因。对3个野生群体的8个基因位点共计24个群体位点进行了杂合度观测值(HD)和杂和度期望值(He)计算,通过Hardy-Weinberg平衡偏离指数(D)检验,发现有5个群体位点处于杂合子缺失状态,其中HB群体有3个群体位点杂合子缺失。KC和KN群体各有1个群体位点杂合子缺失。其次,对中国对虾3个野生群体遗传分化指数F_(st)值进行了计算,两两群体之间的F_(st)值均小于0.05,说明中国对虾3个野生群体的遗传分化较弱。P检验也说明了这个结果,即3个群体的中国对虾遗传分化不显著,有99.27％的遗传变异是来自个体之间,只有0.73％的遗传变异是来自群体之间。最后,经过聚类分析,发现HB群体和KX群体的亲缘关系较近,而KN群体与前两者亲缘关系较远。实验还对8对微卫星引物的多态性信息含量(PIC)进行了评估,PIC值介于0.5984～0.9178之间,揭示了这8个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量。

中华绒螯蟹Eriocheir sinensis两个地理种群的微卫星DNA多态性分析

为了获取中华绒螯蟹群体遗传多态性的基本数据,寻找合适的遗传标记区分不同种类及不同水系的河蟹种群,采用微卫星DNA分型技术,对江苏地区两个地理种群(本地种与荷兰种)的中华绒螯蟹共计140个样本,通过DNA提取、PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染检测的方法,进行了两个微卫星基因座(Esin 67和Esin 87)的遗传多态性分析.结果表明:中华绒螯蟹本地种与荷兰种的两个微卫星基因座均有较好的多态性;在Esin 67基因座中,本地种和荷兰种绒螯蟹均有8个等位基因,两组的最高频率等位基因均为8重复序列;在Esin 87基因座中,本地种绒螯蟹有9个等位基因,荷兰种有7个等位基因,两组的最高频率等位基因均为9重复序列.同时中华绒螯蟹荷兰种这两个基因座的杂合度和多态性信息含量均高于本地种.这些结果提示了江苏本地的绒螯蟹可能受到其它地区河蟹的种质污染,基因多态性下降,因此需要加强对种质资源遗传变异的深入研究,以便采取措施对河蟹资源进行合理的管理、保护和开发利用.

小梅山猪保种群微卫星DNA多态性分析

为了分析小梅山猪保种群微卫星DNA的多态性,试验采用国际动物遗传协会-联合国粮农组织(ISAG-FAO)推荐的30个猪微卫星标记,评估了小梅山猪保种群内的遗传变异情况。结果表明:30个微卫星座位上共检测到130个等位基因,各微卫星座位等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)分别为4.333 3±1.470 0,2.809 3±0.850 0;期望杂合度(He)、奈氏杂合度(Nei)分别为0.610 9±0.153 6,0.605 1±0.152 2;各微卫星座位多态信息含量(PIC)为0.540 3±0.156 7,处于高度多态水平。30个微卫星座位均处于基因不平衡状态,并且差异达到极显著水平(P<0.01)。

波尔山羊和山西省地方山羊品种微卫星DNA多态性分析及群体间杂种优势预测

(方法)利用5个微卫星标记对山西省5个山羊品种遗传多态性进行分析,(目的)以预测波尔山羊与地方山羊品种的杂种优势,为山西省肉用山羊新品种培育及波尔山羊在山西省合理杂交利用提供理论依据。(结果)5个山羊品种共检测到70.0个等位基因,各位点的等位基因数在9.0～21.0之间;经群体遗传统计分析,5个山羊品种平均有效等位基因数4.94～6.05个,平均多态信息含量0.7053～0.7982,平均基因杂合度0.7592～0.8316。5个山羊品种间遗传分化系数0.0607;波尔山羊与吕梁黑山羊的标准遗传距离最大(0.5083),其余依次为阳城白山羊(0.4474)、洪洞奶山羊(0.4332)、黎城大青羊(0.3301)。(结论)5个微卫星位点均为高度多态位点,可用于5个山羊品种遗传多样性评估;5个山羊品种在5个微卫星位点多态性丰富,遗传变异大,品种间遗传分化小。据品种间遗传距离推测,波尔山羊与吕梁黑山羊的杂种优势最大,与阳城白山羊和洪洞奶山羊的杂种优势次之,与黎城大青羊的杂种优势最小。

特克塞尔羊和地方绵羊品种微卫星DNA多态性分析及群体间杂种优势预测

文章宗旨是利用5个微卫星标记分析5个绵羊品种的遗传结构变异,了解特克塞尔羊和地方绵羊品种的遗传多样性及亲缘关系,以期为种质资源合理利用和保护提供理论依据。根据5个绵羊品种在5个微卫星位点的等位基因组成及频率进行群体遗传统计分析。5个微卫星座位在5个绵羊品种中共检测到78.0个等位基因,各位点的等位基因数(Na)11.0~19.0个;5个绵羊品种平均多态信息含量(PIC)为0.6152~0.7373,平均基因杂合度(He)为0.6711~0.7820。特克塞尔羊与晋中绵羊的标准遗传距离(DS)为最大(1.6668),其余依次为广灵大尾羊(1.306 2)、小尾寒羊(1.095 9)、乌珠穆沁羊(0.830 8)。表明5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种的遗传多样性及品种间遗传关系分析;5个绵羊品种在5个微卫星位点遗传变异大、多态性丰富。据DS推测,特克塞尔羊(Texel)与晋中绵羊(Jinzhong sheep)杂交可望获得较大的杂种优势,与广灵大尾羊(Guangling Large-tailed sheep)、小尾寒羊(Small-tailed Han sheep)的杂种优势次之,与乌珠穆沁羊(U jumqin sheep)杂种优势稍小。

广西巴马小型猪21个微卫星座位的DNA多态性分析

利用 2 1个微卫星座位统计了广西巴马小型猪品系内的等位基因组成 ,计算了各位点的基因纯合率和多态性信息含量 (PIC)及平均杂合度。结果 ,2 1个位点的平均基因纯合率为 5 5 .5 % ,平均PIC为 0 .3 5 0 1,平均杂合度为 0 .3 881。结果提示 ,广西巴马小型猪具有一定的遗传稳定性 ,已成为一个稳定的遗传群体 。

用微卫星引物PCR分析棉蚜不同蚜型的DNA多态性

用微卫星引物PCR方法 ,对棉蚜Aphisgossypii干母、干雌、孤雌蚜 (有翅迁飞孤雌蚜和无翅孤雌蚜 )、性母、性雌蚜和雄蚜的DNA多态性进行分析。结果表明 :①棉蚜的有性蚜型和无性蚜型之间在遗传上有较大的差异 ;②性母与性雌蚜和雄蚜的遗传关系都十分接近 ,说明同一性母既产性雌蚜 ,也产雄蚜 ;③干母和干雌的遗传关系很近 ,但孤雌蚜已与二者有分化。

恒河猴群微卫星DNA多态性的分析

目的 确立一种对恒河猴群个体的遗传物质进行准确可靠、快速简便的遗传检测方法。方法 利用聚合酶链反应 (PCR)扩增技术对 2 0只恒河猴群个体间进行了DNA多态性的分析。结果 筛选出 9个微卫星DNA位点具有显著多态性 ,4个微卫星DNA位点没有多态性 ,还有 2个位点等位基因数目较少。结论 利用这些多态性微卫星位点建立一种对恒河猴群个体进行有效、准备可靠、快捷简便的遗传背景监测方法。

鲫鱼微卫星DNA的分离及多态性分析

目的:用近缘物种鲤微卫星引物来分离鲫鱼微卫星标记并对其多态性进行分析。方法:以鲫鱼基因组DNA为模板,采用6对鲤微卫星引物进行PCR扩增,PCR产物经8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测。结果:筛选出2个以AC和TA为重复单元的鲫鱼新的微卫星标记。多态性分析表明,这2个微卫星标记的遗传杂合度分别为0.611和0.644,多态信息含量为0.536和0.572,属于高度多态性标记。结论:该研究筛选的2个微卫星标记可应用于鲫鱼遗传多样性、遗传连锁图谱构建及分子标记辅助育种等方面的研究。

红鳍东方鲀微卫星DNA多态性初步分析

用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。

恒河猴与食蟹猴微卫星DNA多态性的比较分析

目的分析恒河猴和食蟹猴群体间的遗传多样性,确立一种对恒河猴和食蟹猴种群个体的遗传鉴别方法。方法利用聚合酶链反应(PCR)扩增技术采用15个多态性微卫星DNA位点对50只恒河猴和50只食蟹猴个体进行了DNA多态性的分析,对比两群体间等位基因数目差异。结果筛选的15个具有显著多态性的微卫星DNA位点对恒河猴和食蟹猴种群可以进行DNA多态性分析,其等位基因数目均在7个以上,且两群体间有11个位点的等位基因数存在一定的差异。结论利用这些多态性微卫星DNA位点建立一种有效鉴别恒河猴和食蟹猴种群遗传背景的方法具有一定的可行性。

食蟹猴微卫星DNA标记遗传监测及多态性分析

目的研究国内食蟹猴种群的遗传背景特性,建立食蟹猴种群遗传质量监测方法。方法采用微卫星DNA遗传标记技术对50只食蟹猴种群个体进行遗传质量监测及DNA多态性分析。结果从100个微卫星DNA位点中筛选出20个多态性高的位点,其食蟹猴种群个体的等位基因数目为5-10条,个体间均呈现高度的多态性;其观察等位基因数(Na)为5.0～10.0,有效等位基因数(Ne)为4.6118～8.3404,基因多样性(H)为0.7832～0.8801和香隆信息指数(I)为1.5651～2.1592。结论本实验有效地分析了食蟹猴种群的遗传多态性,为今后筛选特异性微卫星位点来建立食蟹猴种群遗传质量监测方法提供了理论依据。

利用微卫星血液DNA标记分析延边圈养黑熊遗传多态性

为了掌握圈养黑熊的相关遗传信息，试验采用微卫星血液DNA标记法研究圈养黑熊的遗传多态性，试验选择延边地区3个熊场175头圈养黑熊，对其进行遗传多态性检测，计算其等位基因频率、多态信息含量（PIC）等。结果表明：圈养黑熊的6个微卫星座位总共检测到39个等位基因，每个位点的等位基因数量为4．000～8．000个，每个微卫星的平均位点为6．500个，基因频率分布在0—1之间；6个微卫星基因座的平均PIC为0．5717，且PIC值在0．4534—0．7422之间，廷边3个黑熊养殖群体的平均PIC均高于0．5，表明6个微卫星标记均具有高度多态性，因此可以分析圈养黑熊的遗传多态性。

随机人群与精神分裂症患者微卫星DNA vWA多态性的关联性分析(英文)

背景:精神分裂症的发病与遗传关系密切,但对相关基因定位相当困难,因此有必要先寻找有关遗传标志。目的:通过对微卫星DNA vW A 多态性的分析,了解精神分裂症与vW A有关等位基因的关联情况。设计:以精神分裂症患者和随机人群为观察对象的病例-对照研究。单位:大连市第七人民医院病房和大连医科大学分子生物学实验室。对象:精神分裂症病例为2002-03/07大连市第七人民医院(精神病专科医院)住院患者32例,诊断符合《美国精神疾病诊断统计手册》第3版精神分裂症诊断标准,临床表现以阴性症状为主。随机人群样本为在大连市红十字血液中心随机选取的正常人血液样本123份,无精神疾病和严重躯体疾病,无明确亲缘关系。方法:采取抗凝全血标本,用PE Profilerplus 系统进行聚合酶链反应复合扩增,然后用ABI310型基因分析系统对扩增产物进行电泳和基因检测。计算出各等位基因的基因频率,并按H ardy-W einberg平衡定律计算出各等位基因的理论频率与实际观测值,作吻合度检验和连锁分析;将精神分裂症患者与随机人群进行比较,按RR =Pd ×(1-Pc)/Pc ×(1-Pd)公式进行相对危险度分析并作统计学显著性检验(RR:相对危险度;Pd:精神分裂症患者基因频率;Pc:随机人群基因频率),RR >1为有易感倾向,RR <1为有抗性倾向。找出vW A 与精神分裂症相关基因的易感连锁或抗性连锁的等位基因。主要观察指标:主要结局:精神分裂症患者与随机人群vW A 等位基因关联性分析。次要结局:精神分裂症患者和随机人群vW A 等位基因频率与H ardy-W einberg定律的吻合度。结果:两组受试对象的测试样本均纳入结果分析。①精神分裂症患者和随机人群vW A 等位基因频率符合H ardy-W einberg平衡定律(P >0.05)。②精神分裂症患者vW A-14的检出率(17.2%)低于随机人群(33.3%),差异有显著性(RR=0.415,P=0.014);精神分裂症患者vW A-17的检出率(31.3%)高于随机人群(19.5%),差异有显著性(RR =1.866,P =0.043);其他各等位基因检出率差异无显著性(P >0.05)。结论:精神分裂症患者vW A-14的检出率显著低于随机人群,提示vW A-14在精神分裂症时可能会因某种原因而被负选择,其附近可能存在抵抗精神分裂症发病的基因。精神分裂症患者vW A-17的检出率显著高于随机人群,表明vW A-17与精神分裂症相关联,其附近可能存在精神分裂症易感基因。

3个山羊群体中4个微卫星DNA多态性及其与杂种优势的关系

利用4个微卫星标记(OarFCB11,OarAE101,McM218,McM38)对波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了遗传检测,并测定了波尔山羊与河北奶山羊及太行山羊的杂交效果。结果表明:4个微卫星标记在波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊3个品种中存在多态性,可以用于山羊遗传多样性的评估;从不同品种来看,太行山羊的遗传变异程度最大,而波尔山羊的遗传变异程度相对较小;波尔山羊与河北奶山羊的遗传距离大于与太行山羊,波尔山羊与河北奶山羊的杂种优势高于与太行山羊,与实际杂种优势测定结果相符。

利用微卫星DNA多态性预测引进肉用绵羊品种杂种优势

目的利用微卫星DNA在不同绵羊群体中的多态性预测引进肉用绵羊品种与小尾寒羊的杂种优势。方法利用5个微卫星基因座对4个国外引进肉羊品种及小尾寒羊5个群体的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行了遗传检测,并测定4个引进肉羊与小尾寒的杂交效果。结果5个微卫星基因座在白头萨福克、黑头萨福克、道赛特、得克赛儿及小尾寒羊5个群体中存在多态性,可以用于绵羊遗传多样性的评估;从不同品种看,道赛特羊的遗传变异程度最大,而小尾寒羊的遗传变异程度相对较小;经遗传关系分析,在引进的4个肉羊品种中,与小尾寒羊杂交优势由大到小依次为白头萨福克、黑头萨福克、道赛特、得克赛儿,与实际杂种优势测定结果相符。结论利用微卫星DNA多态性预测引进肉用绵羊品种与小尾寒羊的杂种优势是可行的,将对今后绵羊育种具有重要的应用价值。

PCR扩增近交系大鼠微卫星位点DNA多态性的研究

本实验选取大鼠 7条染色体上的微卫星位点合成了 10对引物 ,利用聚合酶链反应 (PCR)扩增技术对国内北京和哈尔滨等 4家单位提供的 6个品系 (SHR、SHRSP、LEW、RCS、WKY和F34 4)的 8个近交系大鼠群体进行了DNA多态性分析的研究。结果表明 :9个微卫星位点具有显著多态性 ;不同品系个体之间具有多态性 ;同一群体不同个体之间除SHR(哈 )的SMST位点和WKY(哈 )的AGT位点出现一定的差异外 ,其他均没有差异 ;不同地区同一品系的不同个体之间也存在一定的差异。该方法能有效地对近交系与杂交系、品系与品系、品系与亚系加以区分。因此 ,本实验为开展近交系大鼠遗传作图、基因定位和为实验动物的遗传背景监测提供可靠的信息 ,为大鼠遗传基因的研究提供了一个快捷简便、特异准确的方法。

空间诱变水稻品系抗稻瘟病遗传及微卫星多态性分析

【目的】研究空间诱变水稻品系对稻瘟病的抗性遗传基础,分析其基因组的微卫星多态性。【方法】将3个空间诱变抗病品系H1、H2及H3与普感亲本丽江新团黑谷(LTH)杂交,采用稻瘟病代表性菌株鉴定其F1代和F2代群体,分析诱变品系的抗瘟性遗传基础;同时采用覆盖整个水稻基因组的225对微卫星引物分析诱变品系与原种对照,探讨诱变品系的基因组突变情况。【结果】3个诱变品系对两个代表性菌株的抗性均为显性,其中H1对菌株GD0193和GD3286的抗性均受主效单基因控制,H2和H3对菌株GD3286的抗性均受两对主效基因控制,H2对菌株GD0193的抗性表现出复杂的遗传基础,H3对菌株GD0193的抗性受主效单基因控制;3个诱变品系的微卫星多态性频率各不相同,在不同染色体的突变频率也不相同。【结论】空间诱变可使水稻产生抗病基因,抗病品系的基因组发生了不同程度的变异。

利用微卫星DNA多态性预测引进肉用绵羊品种杂种优势

旨在利用微卫星DNA在不同绵羊群体中的多态性预测引进肉用绵羊品种与地方绵羊品种的杂种优势。利用23个微卫星基因座对4个国外引进肉羊品种及3个地方绵羊品种的群体多态信息含量、有效等位基因数、杂合度和遗传距离进行遗传检测,并测定引进肉羊与地方肉羊品种的杂交效果。结果,23个微卫星座位在7个绵羊群体中均呈现高度多态,共检测到348个等位基因,平均每个座位等位基因数为15个;多态信息含量在0.532 1~0.936 1,有效等位基因数在2.572 8~9.345 8,平均杂合度在0.549 2~0.936 0,品种平均杂合度在0.714 2~0.829 5,可以用于绵羊遗传多样性的评估。从不同品种看,无角陶赛特的遗传变异最大,而小尾寒羊的遗传变异相对较小;经遗传关系分析,在引进的4个肉羊品种中,与小尾寒羊、蒙古羊及滩羊杂交优势由大到小依次为白萨福克、波德代、无角陶赛特、特克赛尔,与实际杂种优势测定结果一致。利用微卫星DNA多态性预测引进肉用绵羊品种与小尾寒羊、蒙古羊及滩羊的杂种优势是可行的,这将对今后绵羊育种具有重要的应用价值和指导意义。

中华绒螯蟹37个多态性微卫星标记在亲子遗传中的分离方式分析

为了研究中华绒螯蟹基因组特征及评估基因组扫描方法获得的中华绒螯蟹候选微卫星标记用于构建遗传图谱的可靠性,随机选择60个候选三核苷酸微卫星标记,首先利用中华绒螯蟹一个F1家系双亲及其6个F1子代共8个样品进行PCR扩增验证和多态性检测,随后利用该家系80个子代对多态性微卫星标记的亲子遗传分离类型及连锁关系进行分析。结果显示,42个(70.00%)微卫星位点得到清晰扩增产物,家系中每个检测位点最多检测到4个等位基因,每个检测个体微卫星位点上有1或2个等位基因。42个位点中有5个单态微卫星位点和37个多态微卫星位点,多态位点中有23个位点的子代基因型比为1∶1∶1∶1,11个位点基因型比为1∶1,余下3个位点基因型比为1∶2∶1。在37个多态位点中有35个位点(94.59%)的分离比符合孟德尔分离规律,连锁关系分析scaffold240262_150253、scaffold216209_138892、scaffold293154_172768等3个标记之间发生连锁关系,scaffold285640_169721和scaffold427534_212914发生连锁关系,scaffold507500_231891和scaffold92860_68250标记发生连锁关系。研究表明,中华绒螯蟹是二倍体生物,利用F1家系结合开发的候选微卫星标记可构建中华绒螯蟹遗传图谱。