基于TCGA数据库筛选微小RNA(miRNA)用于原发性乳腺癌早期诊断的生物信息学分析

目的基于肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库筛选微小RNA(miRNA)用于原发性乳腺癌的早期诊断。方法从TCGA上下载原发性乳腺癌miRNA表达数据,将癌症组与正常组比较获得差异表达miRNA。用miRwalk2.0软件分析差异miRNA的靶基因。在c-Bioportal数据库中筛选出原发性乳腺癌突变发生率大于5%的突变基因。分析差异miRNA作用的靶基因与乳腺癌高频突变基因之间的关系,得到备选miRNA,将备选miRNA与乳腺癌前20名差异表达的miRNA求交集,得到目标miRNA,将目标miRNA做受试者工作曲线(ROC曲线)分析。结果TCGA数据包含原发性乳腺癌组织1075例,正常对照乳腺组织95例,共有1870条miRNA的表达数据。共得到差异表达显著miRNA 129个(P<0.05),其中乳腺癌组织中表达升高至3倍以上的miRNA 90个,下调至1/3的miRNA 39个,预测到相对应18413个靶基因,筛选出原发性乳腺癌突变基因12个。18413个靶基因中包含12个高频基因,此12个基因是差异miRNA的靶基因同时也是高频基因,故将此12个基因对应的63个miRNA作为备选miRNA。将备选miRNA与乳腺癌前20名差异表达的miRNA求交集得到目标miRNA 6个:hsa-mir-4732,hsamiR-486,hsa-miR-592,hsa-miR-449b,hsa-miR-187和hsa-miR-196a,将这6个miRNA构建ROC曲线(P<0.05),预测其作为肿瘤标志物的诊断能力。结论基于TCGA数据库的生物信息学方法可简便而可靠地筛选目标miRNA进行后续研究,有较高的参考价值。

强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞微小RNA的差异表达及其与免疫炎症反应的相关性

目的检测强直性脊柱炎(AS)患者外周血单个核细胞(PBMC)中微小RNA(miRNA)的表达及其与免疫炎症反应的关系。方法选取AS患者(AS组)及健康志愿者(对照组),每组15例。利用高通量测序技术筛选PBMC中miRNA表达,利用实时定量PCR检测6个差异表达miRNA水平,ELISA检测外周血细胞因子肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白细胞介素1β(IL-1β)、IL-17、IL-23表达,Spearman法分析差异miRNA与疾病活动、免疫炎症指标的相关性。结果与对照组相比,AS患者组共有44个miRNA差异表达,其中有22个上调,22个下调(差异倍数≥1);其中miR-1-3p、miR-133a-5p表达明显上调,miR-127-5p、miR-345-3p、miR-136-3p表达明显下调;且AS患者TNF-α、IL-1β、IL-17、IL-23表达明显升高,miR-1-3p与TNF-α、C反应蛋白(CRP)、Bath强直性脊柱炎疾病活动性指数(BASDAI)呈正相关,miR-133a-5p与TNF-α呈正相关,miR-127-5p与红细胞沉降率(ESR)、脊柱疼痛视觉模拟评分法(VAS)评分呈负相关,miR-345-3p与IL-17呈负相关,miR-136-3p与IL-17、BASDAI呈负相关。结论AS患者PBMC中miRNA异常表达,差异表达miRNA与患者疾病活动及免疫炎症指标存在相关性。

微小RNA与炎症性肠病及其相关机制的研究进展

炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)是一种以慢性胃肠道炎症为特征的复杂多因素疾病,主要表现为肠道黏膜免疫细胞和促炎细胞因子聚集,为人类高发的一种免疫性消化系统疾病,可分为溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)和克罗恩病(Crohn's disease,CD)。IBD的发病机制错综复杂,大量研究表明遗传、环境、微生物、免疫、自噬等因素均可能参与IBD发病。微小RNA(microRNA,miRNA)在IBD的病理生理学中发挥着重要作用,研究证实miRNA在靶向调节肠道屏障内稳态、免疫反应和肠上皮自噬的作用机制方面具有重要作用,不仅被证实为IBD的重要诊断性生物标记物,还为IBD治疗策略展示新前景。本文主要阐述miRNA在UC和CD中的表达差异,总结miRNA与IBD发病中的肠道屏障、免疫稳态、细胞自噬机制的联系,以及miRNA参与IBD诊断与治疗过程的研究进展,为IBD疾病发展提供新见解。

肺移植后闭塞性细支气管炎大鼠模型建立及其miRNA表达谱分析

目的 探索建立大鼠原位气管移植模拟肺移植后闭塞性细支气管炎（obliterative bronchiolitis,OB）的病理生理过程,为研究肺移植后OB中microRNA （miRNA）表达谱分析提供理想的动物模型.方法 通过近交系大鼠原位气管移植,建立模拟肺移植后发生OB的动物模型.模型成功后使用HE染色对气管移植模型进行评估;提取移植气管组织进行microarray芯片检测,同时应用实时定量RT-PCR（RT-qPCR）验证miRNAs芯片结果的可靠性.结果 成功建立了大鼠原位气管移植的模型26/30例（成功率为86.67％）;术后4周移植气管病理检查提示“移植气管炎症细胞浸润和纤维组织增生”,模型OB的发生率为100％.miRNA芯片筛选出移植气管OB组织中表达上调15个和下调14个;验证其中显著上调miR-146a、miR-155和显著下调miR-451结果与检测结果具有较好的一致性.结论 原位气管移植能够稳定形成模拟肺移植后OB的气道阻塞性病变,可适用于肺移植后OB的miRNA表达谱分析研究的动物模型.

miRNA与肝细胞癌的相关性研究进展

肝细胞癌(HCC)是全球癌症相关死亡的主要原因之一,其发病机制尚未完全明确。微小核糖核酸(miRNA)作为近年来生物学研究的热点,在肝细胞癌的发生、发展和治疗中发挥着重要作用。本文综述了近年来关于miRNA与肝细胞癌的相关性研究进展,旨在为进一步探讨miRNA在肝细胞癌发病机制及临床应用中的价值提供理论依据。

植物微小RNA(microRNA)研究进展

真核细胞中存在大量的非编码RNA,～22nt的小RNA是其中一类非常重要的调控RNA,主要包括siRNA和miRNA两种类型,二者均由类似RNaseⅢ的核酸内切酶-Dicer加工产生,随后进入沉默复合体抑制靶基因表达。miRNA分子与siRNA类似,但miRNA的前体在基因组上具有独立的转录单位,可自身折叠成发卡结构,其靶基因主要是与器官发生及生长发育相关的转录因子以及调控蛋白。miRNA在生物生长发育的各个时期都扮演着重要的角色,调控许多重要的生物途径,处于基因调控网络的核心位置。

变应性鼻炎miRNA图谱构建及分子标记物筛查研究

目的通过构建变应性鼻炎(AR)微小RNA(miRNA)图谱,筛选出差异表达miRNAs,进行分子标记物筛查。方法选择新疆医科大学第一附属医院耳鼻喉科住院的诊断为鼻中隔偏曲合并有变应性鼻炎(AR)患者3例为AR组,选取同期住院的鼻中隔偏曲不合并AR患者3例为非AR组。2组患者术前行鼻内镜检查与特异性过敏原检测,均在全麻下行鼻内镜下鼻中隔偏曲矫正手术,术中取部分中鼻甲黏膜。从鼻腔黏膜标本中成功提取RNA,采用Illumin第二代测序技术对miRNA文库进行高通量测序。结果检测共有1405个miRNA在AR和非AR鼻黏膜组织中共同表达,其中AR组2564个,非AR组2807个。样本间差异表达的miRNA有hsa-miR-144-3p、hsa-miR-223-3p、hsa-miR-6087、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-142-5p等25个,差异表达的miRNA参与了胞吞作用、组氨酸代谢、收集导管酸分泌、突触小泡循环、哮喘5条通路。以差异表达的hsa-miR-3687为例,hsa-miR-3687的靶基因有35个。结论该研究筛选出的25个样本间差异表达的miRNA和差异表达的miRNA参与的5条通路,为AR的研究提供进一步实验的基础。

微小RNA与胰腺癌关系研究进展

微小RNA（ microRNA， miRNA）是由长约21～23个核苷酸组成的非编码的单链RNAs，其具有抑癌基因与癌基因的双重作用，在细胞增殖、分化和凋亡等方面发挥重要的作用。胰腺癌是一种恶性程度极高的肿瘤，且早期诊断困难，预后差，死亡率高。近年来关于胰腺癌与miRNA的研究较多，文中主要是总结miRNA与胰腺癌之间关系的研究现状，探讨其表达谱在胰腺癌早期诊断、治疗及预后判断中的重要作用。

miRNA对肿瘤细胞活性影响的探讨

目的试探讨m iRNA对肿瘤细胞活性的影响。方法利用脂质体介导法将5种m iRNA的反义寡核苷酸(AMR)转染至不同的肿瘤细胞,以不相关序列为对照,37℃35%CO2孵箱培养72 h后,用MTT法检测细胞活性。结果不同的m iRNA对肿瘤细胞活性的影响是不同的,既便同一种m iRNA对不同肿瘤细胞活性的影响也有可能是不相同的。结论不同的m icroRNA对肿瘤细胞活性的影响是不同的,同一种m icroRNA对不同肿瘤细胞活性的影响也有可能是不相同的。

变应性鼻炎患者鼻黏膜微小RNA的表达谱及其意义

目的探讨变应性鼻炎(AR)患者鼻黏膜微小RNAs(miRNAs)的表达谱特点,阐明miRNAs在AR的发病、诊断及治疗中的作用。方法研究设AR组及非变应性鼻炎患者(对照组),对其鼻黏膜进行总RNA抽提,应用RNA-seq技术对鼻黏膜miRNA进行差异表达谱的分析。利用芯片技术,对miRNA进行二级结构的预测,从而判断和预测新的miRNA。比较2组新预测的miRNA的异常表达,筛选其miRNA,构建AR的新预测miRNA异常表达谱。结果将所有序列与rfam数据库进行比对,得到其中miRNA的具体分布情况。通过miRNA芯片,检测共有172个新预测的miRNA在2组鼻黏膜组织中表达,而AR组标本中表达的miRNA共有351个,有84个预测的miRNA在AR组共同表达。在对照组样品中表达的有342个,有85个预测的miRNA在对照组共同表达。本研究数据得到的6个新预测的miRNA在样本间差异表达(P<0.05)。对于得到的新预测的miRNA,使用软件miRand、RNAhybrid预测其靶基因。以新预测的128883为例,其对应的miRNA靶基因为34个。差异表达miRNA靶基因富集,得到差异表达新的miRNA与8条通路有关,分别是轴突指导、突触小泡循环、急性髓性白血病、胞吞作用、ErbB信号通路、Ras信号通路、黑色素瘤和赖氨酸降解。结论变应性鼻炎患者涉及多个新预测的miRNA,以及不同的信号通路,可能为AR患者的发病机制的研究提供新的思路。

微小RNA-21-5p对大鼠高氧性急性肺损伤的影响

目的：探讨微小RNA-21-5p（miR-21-5p）对大鼠高氧性急性肺损伤（HALI）的影响，为HALI的基因治疗提供理论依据。方法按随机数字表法将160只SD大鼠分为高氧对照组、磷酸盐缓冲液（PBS）组、空病毒组及miR-21-5p组4组，每组40只。高氧对照组大鼠直接置于高氧箱（氧浓度＞90%）中饲养，其余3组分别经鼻腔滴入PBS、慢病毒及miR-21-5p慢病毒各200μL，然后置于高氧箱中饲养。各组分别在高氧放置0、24、48及72 h时随机取10只大鼠进行动脉血气分析，并计算氧合指数（OI）和呼吸指数（RI）；随后颈动脉放血处死大鼠取肺组织，测量左肺湿/干质量（W/D）比值，行苏木素-伊红（HE）染色，光镜下观察右肺组织病理学改变并进行病理学评分。结果高氧损伤0 h时，各组大鼠OI、RI、肺组织病理学评分、肺W/D比值差异均无统计学意义（均P＞0.05）；随着高氧损伤时间的延长，各组OI逐渐降低，RI、肺组织病理学评分、肺W/D比值逐渐升高。与高氧对照组比较，miR-21-5p组高氧损伤24、48、72 h时OI明显增加〔mmHg（1 mmHg＝0.133 kPa）：24 h 时358.10±29.25比306.19±37.23，48 h 时336.67±29.27比269.70±29.00，72 h 时323.81±19.05比203.81±43.40，均P＜0.05〕，RI明显减少（24 h时0.23±0.05比0.31±0.06，48 h时0.28±0.07比0.38±0.06，72 h时0.30±0.04比0.46±0.07，均P＜0.05），肺组织病理学评分明显降低（分：24 h时0.60±0.52比0.90±0.74，48 h时1.30±0.95比2.90±1.20，72 h时1.90±0.88比4.70±1.57，均P＜0.05），肺W/D比值明显下降（24 h时3.77±0.38比4.14±0.46，48 h时3.83±0.31比4.56±0.34，72 h时3.89±0.31比5.32±0.27，均P＜0.05）。PBS组、空病毒组高氧损伤后各指标与高氧对照组比较差异均无统计学意义（均P＞0.05）。光镜下观察可见，随着高氧损伤时间的延长，各组大鼠肺泡结构逐渐紊乱，肺泡壁断裂破坏，肺泡间隔逐渐增宽、水肿、炎性细胞浸润，部分大鼠可见少量红细胞渗出；但miR-21-5p组肺组织病理损伤程度较其他各组明显减轻。结论持续高浓度氧暴露24 h后可成功建立HALI模型；miR-21-5p对HALI大鼠肺组织具有一定的保护作用。

miRNA在HPV阳性和阴性宫颈癌组织之间的差异研究

目的:研究微小RNA(miRNA)在人乳头状瘤病毒(HPV)阳性宫颈癌和HPV阴性宫颈癌组织之间的差异。方法:选择宫颈癌患者作为研究对象,根据术后病理结果分为HPV阳性的观察组和HPV阴性的对照组,采用Trizol法抽提宫颈癌组织中的总mRNA、Stem-loop RT PCR的方法合成cD-NA第一链,荧光定量PCR的方法检测目的基因的含量。结果:观察组miR21、miR221和miR222含量明显高于对照组,miR-10b、miR-9、miR15a、miR16含量明显低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论:HPV阳性与HPV阴性的宫颈癌组织中miRNA存在显著差异,并且与宫颈癌的发生密切相关。

微小RNA与炎性肺部疾病

炎性肺部疾病（inflammatorylungdisease）包括急性呼吸窘迫综合征（ARDS）、哮喘及慢性阻塞性肺病（COPD）等，均以炎症反应为主要特征。微小RNA（miRNA）是一系列单链非编码RNA，在转录后水平调控基因表达，参与炎症、免疫及肿瘤的发生。近年来的研究已经发现了炎性肺病的miRNA的表达谱。检测miRNA有望在基因转录水平早期诊断炎性肺病，miRNA将来也可能作为炎性肺病治疗的新靶点。

微小RNA与子宫内膜癌关系的研究进展

微小RNA（miRNA）是一类由内源性基因编码的长度为18～25个核苷酸的非编码单链RNA。通过形成RNA诱导沉默复合体（RISC）与靶mRNA特异性结合，产生转录后基因沉默，参与胚胎早期发育、细胞增殖分化和细胞凋亡等，具有促进或抑制肿瘤发生发展的作用。近年研究表明，miRNA在子宫内膜癌的发生发展、侵袭转移过程中起着重要的作用，其与临床病理特征及预后有关，有望成为诊断及治疗子宫内膜癌的新分子标记物。

水稻微小RNA研究进展

概括了几年来国内外对水稻微小RNA(microRNA)的研究进展,在水稻中至今已经发现了400多种miRNA,大部分miRNA是通过生物信息学预测发现的,只有少数几种miRNA得到了实验验证。经研究表明,水稻miRNA和其他植物miRNA一样,对调控水稻开花、分蘖、抗逆以及结实率等植物生长发育有着至关重要的作用。

EBV编码miRNAs在病毒感染和肿瘤发生中的功能和意义

EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)是一种172 kb大小的线性双链DNA病毒,与鼻咽癌、淋巴瘤、胃癌等恶性肿瘤的发生密切相关. EBV编码的微小RNAs (miRNAs)可以调节病毒和宿主细胞基因的表达,并且在癌症发生发展中起着多种作用.本文综述了EBV编码的miRNAs (EBV-encoded miRNA,EBV miRNAs)在病毒感染和肿瘤发生、侵袭转移、抗凋亡、信号通路等方面的生物学功能,以及对于EBV相关肿瘤诊断标志物的潜在意义. EB病毒编码的miRNAs也可能成为进一步研究EBV相关肿瘤治疗的一个候选靶点.

miRNA与鼻咽癌侵袭转移关系的研究进展

微小RNA（micro RNA，miRNA）是一类由内源基因编码长度为17～25个核苷酸的非编码单链RNA分子，它们主要参与在基因转录后水平的调控。早在1993年，Lee等在秀丽新小杆线虫（C．elegans）体内发现miRNA存在。

基于miRNA微阵列探讨补阳还五汤对脑缺血大鼠神经血管单元的保护机制

目的观察补阳还五汤对脑缺血大鼠微小RNA(miRNA)表达谱的影响,探讨其对脑缺血后神经血管单元(NVU)的保护机制。方法将SD大鼠随机分为对照组、模型组、补阳还五汤组(5 g·kg^(-1))及丁苯酞组(54 mg·kg^(-1)),灌胃给药。除对照组外,其余各组采用大脑中动脉栓塞法复制脑缺血模型。灌胃给药7 d后,采用神经行为学评分评估神经功能损伤,HE染色评估病理损伤,免疫组化法检测脑组织中神经血管单元相关蛋白微管相关蛋白2(MAP2)、神经胶质纤维酸性蛋白(GFAP)和血管性血友病因子(VWF)的表达,miRNA微阵列筛选差异表达的miRNAs,通过基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析差异miRNAs靶基因参与的主要生物学过程,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法验证微阵列芯片结果。结果与对照组比较,模型组大鼠神经行为学评分明显升高(P<0.01);缺血侧神经元排列不规整,细胞间隙增宽,细胞核固缩;缺血侧脑组织中MAP2及VWF的表达降低(P<0.01),GFAP表达上升(P<0.01);共有82个差异表达的miRNAs(FC≥1.5且P<0.05)。与模型组比较,补阳还五汤组大鼠神经行为学评分降低(P<0.01);缺血侧神经元排列相对规整,细胞间隙减小,核仁较清晰;缺血侧脑组织MAP2及VWF的表达上升(P<0.01),GFAP表达下降(P<0.01);并有9个差异表达的miRNAs(FC≥1.5且P<0.05)。生物信息学分析显示核心miRNAs可能主要通过IL-17信号通路、趋化因子信号通路及Hippo信号通路等发挥治疗作用。与对照组比较,qRT-PCR检测发现模型组中rno-miR-532-5p、rno-miR-338-3p及rno-miR-412-5p表达下调(P<0.01,P<0.05),rno-miR-211-3p及rno-miR-494-3p表达上调(P<0.01,P<0.05);与模型组比较,补阳还五汤组rno-miR-532-5p、rno-miR-338-3p及rno-miR-412-5p表达上调(P<0.01,P<0.05),rno-miR-211-3p及rno-miR-494-3p表达下调(P<0.01),与微阵列芯片结果趋势一致。结论补阳还五汤可能通过影响脑缺血大鼠的miRNA表达谱,保护神经血管单元,发挥抗脑缺血损伤的作用。

miRNA与骨关节炎病理发展过程的相关性

背景:越来越多的研究表明,mi RNA在骨关节炎的病理发展过程中起着重要调控作用。目的:综述miRNA与骨关节炎病理发展过程的相关性。方法:应用计算机检索CNKI、PubMed等数据库建库至2018年12月有关mi RNA与骨关节炎相关性研究的文献,中文关键词为"骨关节炎,微小RNA",英文关键词为"osteoarthritis,miRNA",进行全文检索。结果与结论:mi RNA与骨关节炎病理发展过程密切相关;miRNA异常表达参与了骨关节炎软骨细胞增殖、凋亡、关节软骨细胞外基质稳态、软骨细胞炎症及关节疼痛;异常表达的mi RNA可作为骨关节炎早期诊断的标志物;miRNA作为一种调控基因在骨关节炎分子靶向治疗中具有广阔的应用前景。