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猪流感病毒通用型微滴式数字RT-PCR绝对定量检测方法的建立
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作者 兰德松 顾贵波 +2 位作者 孙世宇 杨洺扬 魏澍 《中国动物检疫》 CAS 2024年第4期84-90,共7页
为建立灵敏且可绝对定量检测猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的微滴式数字RT-PCR(ddRT-PCR)方法,以SIV M基因的保守序列为靶基因,设计并合成一套特异性引物和TaqMan探针,建立了可对主要流行的H1N1、H1N2和H3N2亚型SIV绝对定量检... 为建立灵敏且可绝对定量检测猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的微滴式数字RT-PCR(ddRT-PCR)方法,以SIV M基因的保守序列为靶基因,设计并合成一套特异性引物和TaqMan探针,建立了可对主要流行的H1N1、H1N2和H3N2亚型SIV绝对定量检测的通用型ddRT-PCR方法。随后,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行评价,并利用临床猪鼻咽拭子样品进行检测验证。结果显示:建立的ddRT-PCR方法检测限达到1.6 copies/µL,灵敏度极高;能特异性检出H1N1、H1N2和H3N2亚型SIV,与猪瘟病毒等其他常见猪病病原均无交叉反应;重复检测结果的批内和批间变异系数(CV)分别为0.75%、3.17%,重复性良好;经临床样品检测验证,建立的ddRT-PCR和荧光RT-qPCR方法分别检出阳性样品72、66份,提示前者在检测低病毒拷贝样品时较荧光RT-qPCR更优。结果表明,本研究建立的SIV通用型ddRT-PCR方法灵敏度高,特异性和重复性均良好,且在检测低病毒含量临床样本时更具优势,可作为一种对SIV感染进行早期诊断和绝对定量检测的有效方法。 展开更多
关键词 猪流感病毒 微滴式数字rt-pcr 通用型 绝对定量检测
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鸭坦布苏病毒微滴式数字RT-PCR定量检测方法的建立与初步应用 被引量:6
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作者 刘洋 李翔 +5 位作者 原霖 张硕 王传彬 连红岩 张良一 顾小雪 《中国家禽》 北大核心 2021年第8期25-29,共5页
为建立一种特异性强、灵敏度高、重复性好的鸭坦布苏病毒(DTMUV)数字RT-PCR定量检测方法,采用鸭坦布苏病毒E基因为靶基因,在前期实时荧光定量RT-PCR方法的基础上,建立了可对其准确定量的微滴式数字RT-PCR方法。通过对反应体系中引物、... 为建立一种特异性强、灵敏度高、重复性好的鸭坦布苏病毒(DTMUV)数字RT-PCR定量检测方法,采用鸭坦布苏病毒E基因为靶基因,在前期实时荧光定量RT-PCR方法的基础上,建立了可对其准确定量的微滴式数字RT-PCR方法。通过对反应体系中引物、探针浓度以及反应条件中反转录温度、时间、退火温度进行优化,确定最佳引物浓度为700 nmol/L,最佳探针浓度为350 nmol/L。该方法线性关系良好,在模板浓度为10^(0)~10^(4)拷贝/μL范围内其有良好的线性关系(R^(2)=0.9934);最低检测限为6.4拷贝/反应,比相同引物探针建立的实时荧光定量RT-PCR方法敏感一个数量级;同时,与其他禽源病毒无交叉反应,且重复性良好,对于103数量级的模板进行重复性检测,变异系数仅1.22%。通过对临床样品进行检测,结果显示该方法与实时荧光定量RT-PCR结果一致,表明该微滴式数字RT-PCR方法特异性强、敏感性高,可用于鸭坦布苏病毒的定量检测。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒 数字rt-pcr 定量检测方法
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尼罗罗非鱼无乳链球菌微滴式数字PCR检测方法的建立及临床应用
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作者 张险朋 丁文桂 +5 位作者 胡毅军 李小军 李永福 黄育浩 李敏 李建军 《水产学杂志》 CAS 2024年第2期46-54,共9页
通过设计筛选引物和探针、优化反应浓度和退火温度,构建一种尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)的微滴式数字PCR(dd PCR)检测方法,分析该方法的敏感性、特异性及重复性,并应用于临床样品检测。结... 通过设计筛选引物和探针、优化反应浓度和退火温度,构建一种尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)的微滴式数字PCR(dd PCR)检测方法,分析该方法的敏感性、特异性及重复性,并应用于临床样品检测。结果显示:当引物、探针浓度分别为0.9μmol·L^(-1)、0.3μmol·L^(-1)且退火温度为56.9℃时,建立的罗非鱼无乳链球菌dd PCR方法阴、阳性微滴分布界限明显,平均拷贝数高,有较高扩增反应效率;线性关系线良好(R^(2)=0.997 3),最低检测限为2.56 copies·μL^(-1);与猪链球菌2型、鱼类海豚链球菌和其他5种常见的水生动物疫病病原体无交叉反应;重复变异系数为3.15%;临床样品检测结果与实时荧光PCR方法结果的符合率100%,与细菌分离鉴定方法结果符合率为94.12%。结果表明,建立的罗非鱼无乳链球菌dd PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可对罗非鱼无乳链球菌感染的临床样品进行定量检测,为尼罗罗非鱼无乳链球菌的研究提供有益参考。 展开更多
关键词 无乳链球菌 数字PCR 定量检测 罗非鱼 临床应用
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水貂阿留申病毒的微滴式数字PCR方法的建立及初步应用 被引量:1
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作者 蔡晓庆 姜世金 +2 位作者 张金叶 孙圣福 王贵升 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期164-170,共7页
为建立水貂阿留申病毒(AMDV)微滴式数字PCR (ddPCR)检测方法,本研究根据AMDV VP2基因的保守区设计特异性引物和探针,通过PCR扩增AMDV VP2基因并克隆至p MD19-T载体,构建重组质粒p MD19-T-AMDV,并经PCR和测序鉴定后利用该质粒标准品作为... 为建立水貂阿留申病毒(AMDV)微滴式数字PCR (ddPCR)检测方法,本研究根据AMDV VP2基因的保守区设计特异性引物和探针,通过PCR扩增AMDV VP2基因并克隆至p MD19-T载体,构建重组质粒p MD19-T-AMDV,并经PCR和测序鉴定后利用该质粒标准品作为模板,通过各反应条件的优化,初步建立了检测AMDV的ddPCR方法。分别以AMDV、水貂肠炎细小病毒、犬瘟热病毒、犬细小病毒、水貂流感病毒基因组为模板,按照本研究建立的ddPCR方法检测,评估其特异性;将1.43×10^(7)拷贝/μL~1.43×10^(0)拷贝/μL的重组质粒标准品作为模板,采用优化后的ddPCR和文献中的荧光定量PCR (qPCR)检测,评估该方法的敏感性;分别以不同浓度的重组质粒标准品作为模板,采用优化后的ddPCR分别进行批内和批间重复性试验,以变异系数(CV)评估该方法的重复性。优化结果显示,该方法的最佳引物终浓度为400 nmol/L (1.2μL)、探针终浓度为200 nmol/L (0.6μL)、退火温度为60℃。特异性试验结果显示,该方法仅可检测到AMDV和质粒标准品,而其他相关病毒均为阴性结果。敏感性试验结果显示,该方法对重组质粒标准品的检测限为1.43拷贝/μL,qPCR对质粒标准品的检测限为1.43×10^(2)拷贝/μL,前者比后者的敏感性高100倍。重复性试验结果,批内和批间重复性试验的变异系数均小于3%。对采集的70份病貂肝脏、脾、肾脏、环境拭子、肛拭子样品进行ddPCR和qPCR检测,结果显示,ddPCR对AMDV的检出率为24.28%(17/70);qPCR的检出率为15.7%(11/70),二者的阳性符合率为64.7%,阴性符合率为89.83%,总符合率为91.42%。上述结果表明,本研究建立的ddPCR方法特异性强、敏感性高和重复性好,可以检测各种临床样品及含量极低样品中的AMDV,为AMDV早期感染的检测、流行病学调查及AMD的防控提供有力技术手段。 展开更多
关键词 数字PCR 检测 水貂阿留申病毒
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猪流行性腹泻病毒微滴式数字PCR定量检测方法的建立及初步应用
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作者 周建浩 王东方 +10 位作者 刘影 王淑娟 马震原 谢彩华 赵雪丽 杨海波 冯桂丹 康台生 胡煜锋 李博文 闫若潜 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期413-418,共6页
旨在建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量检测方法。本研究根据GenBank登录的PEDV(MK862249.1)M基因序列保守区设计合成特异... 旨在建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量检测方法。本研究根据GenBank登录的PEDV(MK862249.1)M基因序列保守区设计合成特异性引物对和探针;通过对反应体系和反应条件的优化,成功建立了可用于检测PEDV的荧光定量PCR(fluorescent quantitative real-time PCR,FQ-PCR)方法,将自行建立的FQ-PCR方法的引物对/探针用来确定ddPCR方法;对ddPCR方法进行敏感性、特异性、重复性和初步应用试验。结果显示:自行建立的FQ-PCR方法在敏感性、重复性等方面均优于行标FQ-PCR方法;根据自行设计的FQ-PCR方法建立的ddPCR方法最低检测极限为0.15 copies·μL^(-1),敏感性高于行业标准(SN/T 1699—2017)FQ-PCR方法(1.0×10^(1)copies·μL^(-1));模板浓度为1.0×10^(0)~1.0×10^(4)copies·μL^(-1)时,具有良好的线性关系(R 2>0.99);批内、批间变异系数(CV%)为1.52%~7.40%;对猪丁型冠状病毒、猪伪狂犬病毒等11种对照病毒核酸检测结果均为阴性;分别用建立的ddPCR方法、行业标准FQ-PCR方法对150份临床样品进行PEDV核酸检测,ddPCR方法对行业标准FQ-PCR方法检测阳性样品的检测符合率为10^(0)%。本研究成功建立的PEDV ddPCR检测方法可用于临床上PEDV感染的早期检测和定量检测,为PEDV核酸标准物质的研制提供了定量手段。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 数字PCR 方法 建立
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血小板HPA-3,HPA-15基因分型微滴式数字PCR检测体系的构建
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作者 孔小娇 王红梅 +1 位作者 段生宝 刘铁梅 《中国输血杂志》 2024年第1期1-8,共8页
目的建立血小板HPA-3,HPA-15基因分型的微滴式数字PCR(ddPCR)高灵敏检测方法,并初步探索应用于孕妇外周血胎儿游离DNA HPA抗原相容性检测的可行性。方法针对HPA-3,HPA-15的SNP突变位点,设计特异性引物及MGB探针,优化ddPCR退火温度及引... 目的建立血小板HPA-3,HPA-15基因分型的微滴式数字PCR(ddPCR)高灵敏检测方法,并初步探索应用于孕妇外周血胎儿游离DNA HPA抗原相容性检测的可行性。方法针对HPA-3,HPA-15的SNP突变位点,设计特异性引物及MGB探针,优化ddPCR退火温度及引物浓度等扩增条件,建立最佳反应体系,明确检验程序。对该检测方法进行方法学性能评估包括特异性、灵敏度、重复性和稳定性。利用ddPCR技术对2022年6月至2023年6月67例临床血液标本进行检测,将等位基因分型结果与基因测序结果比较,并对52例母体外周血胎儿游离DNA HPA抗原进行检测。结果检测血小板HPA-3,HPA-15的ddPCR方法,引物及探针特异性良好,HPA-3,HPA-15的最佳退火温度分别为:61.6℃,60.2℃;体系最佳引物浓度分别为:900 nM,700 nM;探针终浓度均为250 nM。拷贝数定量检测范围为:2~20000 copies,检测下限为0.1 copies/μL且线性良好。在低拷贝数标本中,HPA-3及HPA-15实际检测值的批内及批间变异系数(CV)均<5%。对67份人血液标本DNA的HPA-3,HPA-15基因型检测,结果与基因测序结果完全一致。应用于胎母血小板HPA-3,HPA-15基因型检测结果符合预期。结论本研究构建的HPA-3,HPA-15 ddPCR检测体系准确性高,重复性及稳定性较好,灵敏度高,可应用于临床血小板HPA-3,HPA-15基因型供者库的建立、基因配型及胎母血小板相容性检测等。 展开更多
关键词 HPA 数字PCR 基因分型 基因频率
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SARS-CoV-2 Omicron变异株多重微滴式数字PCR定量方法的建立及应用
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作者 郑巧 林华 +4 位作者 徐浩 安微 薛昌华 张婧 韩国全 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期80-89,共10页
【目的】为建立精准、高效的多重微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量分析检测方法,开发可同时鉴别新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)ORF1ab基因、N基因、E基因以及Omicron变异株S... 【目的】为建立精准、高效的多重微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量分析检测方法,开发可同时鉴别新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)ORF1ab基因、N基因、E基因以及Omicron变异株S基因的检测体系,提高病毒性传染疾病的诊断效率及传播风险监测能力。【方法】通过筛选保守基因序列并设计特异性引物与探针,优化反应体系和扩增程序,对该方法的特异性、灵敏度及稳定性进行评价。以临床样本为实验材料,利用建立的ddPCR方法进行检测和验证,确定阳性检出率。【结果】多重ddPCR反应体系中,各对引物探针对目的片段均能有效扩增,SARS-CoV-2 ORF1ab基因、N基因、E基因以及Omicron变异株S基因灵敏度检测下限分别为0.59、0.68、1.44、1.03 copies/μL。在20份临床样本的核酸检测中,共检出16份阳性样本,阳性率达80%(16/20),经荧光定量PCR方法复测符合率一致。【结论】研究建立的多重ddPCR方法特异性强、灵敏度高,可实现对临床样本中微量新冠病毒的精确定量检测。 展开更多
关键词 数字PCR 新型冠状病毒 Omicron变异株 定量
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微滴式数字PCR定量检测伯氏考克斯氏体方法的建立及应用
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作者 王亚鹏 曲瑶 +5 位作者 张皓博 李嘉琪 焉鑫 孙淑芳 孙翔翔 欧阳康 《广西农学报》 2024年第2期26-33,共8页
为建立伯氏考克斯氏体(Coxiella burnetii,Cb)微滴式数字PCR(Droplet Digital PCR, ddPCR)检测方法,研究以Cb IS1111基因为靶基因,并针对基因保守区域设计了特异性引物和探针,以使反应的条件更加完善,从而构建了ddPCR检测方法,并对该方... 为建立伯氏考克斯氏体(Coxiella burnetii,Cb)微滴式数字PCR(Droplet Digital PCR, ddPCR)检测方法,研究以Cb IS1111基因为靶基因,并针对基因保守区域设计了特异性引物和探针,以使反应的条件更加完善,从而构建了ddPCR检测方法,并对该方法的特异性、敏感性及重复性作出了评估。结果显示,所采用的ddPCR方法最低可检测的浓度为0.52 copies/μL,敏感性较高;与动物布鲁氏菌、牛结核分枝杆菌、土拉杆菌、金黄色葡萄球菌和沙门氏菌无交叉反应,特异性强;组内重复和组间重复变异系数均小于10%,重复性好。使用本实验建立的方法检测了42份疑似感染的临床样品,检测结果与荧光PCR鉴定结果一致。表明建立的ddPCR方法的特异性强、敏感性高、重复性和准确性好,可用于Cb的快速检测和精准定量,对Cb感染的防控具有重要意义。 展开更多
关键词 伯氏考克斯氏体 Q热 数字PCR 临床检测
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基于微滴式数字PCR技术检测树莓制品的定量分析方法
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作者 陈佳 张琳琳 +6 位作者 王晓茹 肖霄 张凯江 郭金颖 辛文 杨帛 孙伟 《现代食品》 2024年第7期196-201,共6页
为了检验树莓制品中是否掺杂其他成分,建立了微滴式数字聚合酶链式反应(Droplet Digital PCR,ddPCR)技术定量检测树莓成分的检验方法。结果表明,实验建立的树莓掺假模型的检测结果准确,为检测市售树莓制品中是否掺假提供了一种新的、更... 为了检验树莓制品中是否掺杂其他成分,建立了微滴式数字聚合酶链式反应(Droplet Digital PCR,ddPCR)技术定量检测树莓成分的检验方法。结果表明,实验建立的树莓掺假模型的检测结果准确,为检测市售树莓制品中是否掺假提供了一种新的、更加精确的定量手段。 展开更多
关键词 树莓 数字聚合酶链反应 定量检测 掺假
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鸡传染性喉气管炎病毒微滴式数字PCR定量检测方法的建立
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作者 谢志勤 谢芝勋 +14 位作者 张艳芳 范晴 谢丽基 万丽军 罗思思 李孟 张民秀 曾婷婷 黄娇玲 王盛 李丹 韦悠 李小凤 任红玉 阮志华 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期381-388,共8页
旨在建立检测鸡传染性喉气管炎病毒(infectious laryngotracheitis virus, ILTV)绝对定量方法。根据已发表的鸡ILTV的TK基因序列,针对其保守区域分别设计1对特异引物和1条探针,建立检测鸡ILTV的微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR... 旨在建立检测鸡传染性喉气管炎病毒(infectious laryngotracheitis virus, ILTV)绝对定量方法。根据已发表的鸡ILTV的TK基因序列,针对其保守区域分别设计1对特异引物和1条探针,建立检测鸡ILTV的微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)方法,并评价其特异性、敏感性和重复性。结果显示,建立方法的最佳引物浓度为20μmol/μL,最佳探针浓度为10μmol/μL,最佳退火温度为56℃。特异性检测结果显示,建立的方法只检出ILTV,没有检出其他病原株。敏感性检测结果显示,采用建立的方法定量检出ILTV重组质粒标准品的最低限为4.6拷贝/μL。对3个连续稀释的pMD18-ILTV重组质粒DNA进行检测,3次重复检测结果的变异系数均小于5%。对83份病鸡喉拭子、肺及脾组织样品进行检测,采用建立的ddPCR检出ILTV阳性样品10份,荧光定量PCR检出ILTV阳性样品9份,ddPCR的阳性检出率(12.05%)高于荧光定量PCR的阳性检出率(10.84%)。结果表明,建立的ddPCR方法定量检测ILTV特异性强、敏感性高、重复性好,为绝对定量检测ILTV提供更好的技术支撑。 展开更多
关键词 鸡传染性喉气管炎病毒 数字PCR 定量检测
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微滴式数字PCR技术在动物疫病检测中的应用研究进展
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作者 冯杰 聂洪波 +3 位作者 曹乾大 朱坤华 敖元富 黎春秀 《中国动物检疫》 CAS 2024年第4期58-63,90,共7页
数字PCR(dPCR)技术是最近发展起来的第三代PCR技术,其中微滴式数字PCR(ddPCR)技术具有敏感性高、耐受性强,准确性和重复性好,可实现不依赖标准曲线即可对样本目标核酸进行绝对定量的优点,得到研究者的广泛关注。ddPCR技术凭借诸多优势,... 数字PCR(dPCR)技术是最近发展起来的第三代PCR技术,其中微滴式数字PCR(ddPCR)技术具有敏感性高、耐受性强,准确性和重复性好,可实现不依赖标准曲线即可对样本目标核酸进行绝对定量的优点,得到研究者的广泛关注。ddPCR技术凭借诸多优势,近年来在动物疫病病原检测领域得到了飞速发展,已被成功应用于病毒、细菌、寄生虫以及支原体、衣原体等多种病原的检测,尤其为低丰度病原调查、实验室检测和病原分型鉴定提供了强有力的技术支撑。本文综述了ddPCR技术的基本原理及其在动物疫病诊断中的应用和发展前景,以期为ddPCR技术在兽医实验室动物疫病诊断方面的推广提供参考。 展开更多
关键词 数字PCR 绝对定量 兽医实验室 动物疫病诊断
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微滴式数字聚合酶链式反应在血流感染快速诊断中的性能评价及应用
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作者 李贵玲 刘春梅 任传利 《实用临床医药杂志》 CAS 2024年第12期7-11,17,共6页
目的使用临床菌株和标准菌株验证微滴式数字聚合酶链式反应(ddPCR)试剂检测性能,并评估ddPCR技术临床应用的有效性和实用性。方法使用临床菌株和标准菌株验证ddPCR试剂盒符合率、特异度、精密度、最低检出限等。收集74例疑似血流感染患... 目的使用临床菌株和标准菌株验证微滴式数字聚合酶链式反应(ddPCR)试剂检测性能,并评估ddPCR技术临床应用的有效性和实用性。方法使用临床菌株和标准菌株验证ddPCR试剂盒符合率、特异度、精密度、最低检出限等。收集74例疑似血流感染患者的血液样本,同时采用ddPCR和血培养2种方法测定患者血液标本的病原体。结果ddPCR血流感染病原体检测的平均检测时间为3.5 h,能够同时检测十几种常见病原体,ddPCR血流感染病原体检测试剂盒的符合率、特异度、精密度、最低检测限均满足临床要求。疑似血流感染的74例患者中,采用ddPCR方法检测的阳性率为64.86%,采用血培养检测的阳性率为40.54%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论ddPCR可快速﹑批量﹑高效地检测血流感染常见病原体,检测性能可以满足临床需要,血培养联合ddPCR技术检测血流感染有利于临床血流感染患者的早期快速诊断。 展开更多
关键词 数字聚合酶链反应 血流感染 血培养 病原体
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狂犬病病毒微滴式数字PCR检测方法的建立 被引量:2
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作者 李鑫 鞠厚斌 +4 位作者 葛菲菲 杨德全 沈海潇 王建 赵洪进 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2023年第3期41-45,共5页
为了建立可绝对定量狂犬病病毒(RABV)的微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,本试验根据RABV基因组起始区域设计引物和探针,继而优化引物和探针浓度以及退火温度,并对建立的ddPCR方法的灵敏度、特异性和重复性进行分析。结果显示:ddPCR方法的... 为了建立可绝对定量狂犬病病毒(RABV)的微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,本试验根据RABV基因组起始区域设计引物和探针,继而优化引物和探针浓度以及退火温度,并对建立的ddPCR方法的灵敏度、特异性和重复性进行分析。结果显示:ddPCR方法的最佳引物和探针浓度分别为900 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为55℃;ddPCR方法的标准曲线相关系数(R~2)为0.999,呈现良好的线性关系;灵敏度高,最低可检测到3.37 copies/μL;特异性良好,与常见犬病原无交叉反应;重复性好,检测结果稳定。临床样品的检测结果显示,本试验建立的狂犬病病毒ddPCR方法与实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)方法的符合率为100%。结果表明,本试验建立的狂犬病病毒微滴式数字PCR方法灵敏度高、特异性强,可用于狂犬病病毒的绝对定量检测。 展开更多
关键词 狂犬病 数字PCR 检测方法
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微滴式数字PCR与IHC联合FISH对乳腺癌新辅助化疗前后HER-2检测的分析 被引量:2
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作者 王金海 《罕少疾病杂志》 2023年第3期36-38,共3页
目的分析乳腺癌患者在新辅助化疗前后,采用微滴式数字PCR、IHC联合FISH检测人表皮生长因子受体2(epithelial growth factor receptor-2,HER-2)变化的价值。方法筛选96例乳腺癌患者均自2020年1月~2022年1月入院实施新辅助化疗,在化疗前... 目的分析乳腺癌患者在新辅助化疗前后,采用微滴式数字PCR、IHC联合FISH检测人表皮生长因子受体2(epithelial growth factor receptor-2,HER-2)变化的价值。方法筛选96例乳腺癌患者均自2020年1月~2022年1月入院实施新辅助化疗,在化疗前后采用微滴式数字PCR(设为观察组)、IHC联合FISH法(设为对照组)检测HER-2变化,分析两种方案检测结果、与金标准符合率。结果化疗前,观察组检测显示阳性为46(47.92%)例,阴性为50(52.08%)例;对照组检测显示阳性为42(43.75%)例,阴性为54(56.25%)例,两组检测结果显示对比无明显差异(P>0.05),符合率为96.88%、98.96%;化疗后,观察组检测显示阳性为44(45.83%)例,阴性为52(54.17%)例;对照组检测显示阳性为40(41.67%)例,阴性为56(58.33%)例,两组检测结果显示对比无明显差异(P>0.05),符合率为98.96%、98.96%。结论将微滴式数字PCR与IHC联合FISH法应用在乳腺癌新辅助化疗前后HER-2检测过程中,两种方案与金标准符合率较高,可有效弥补常规检测不足之处,并为临床疾病的诊断提供丰富参考,值得借鉴。 展开更多
关键词 数字PCR IHC FISH 乳腺癌 新辅助化疗 HER-2
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GⅡ型诺如病毒微滴式数字RT-PCR检测方法的建立及初步应用 被引量:3
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作者 管锦绣 翁文川 +4 位作者 许喜林 凌莉 冼钰茵 易蓉 李志勇 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2018年第5期222-228,共7页
为了建立快速准确的GⅡ型诺如病毒定量检测方法,本研究将微滴式数字RT-PCR技术应用于GⅡ型诺如病毒检测中,并与实时荧光RT-PCR法进行了比对。微滴式数字RT-PCR反应退火温度的优化实验确定了其最佳退火温度为56℃,实时荧光RT-PCR和微滴... 为了建立快速准确的GⅡ型诺如病毒定量检测方法,本研究将微滴式数字RT-PCR技术应用于GⅡ型诺如病毒检测中,并与实时荧光RT-PCR法进行了比对。微滴式数字RT-PCR反应退火温度的优化实验确定了其最佳退火温度为56℃,实时荧光RT-PCR和微滴式数字RT-PCR两种方法的灵敏度实验对比表明微滴式数字RT-PCR法检测GⅡ型诺如病毒的灵敏度为5.40 copies/μL,其灵敏度高于实时荧光RT-PCR法,重复性实验对比表明两种方法在检测中间浓度的GⅡ型诺如病毒时重复性均较好;人工污染西生菜实验中表明微滴式数字RT-PCR法最低检测限为54.00 copies/μL。本研究建立的GⅡ型诺如病毒的微滴式RT-PCR检测方法,灵敏度高,重复性良好,在人工污染西生菜GⅡ型诺如病毒的检测中表现理想,具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 实时荧光rt-pcr 微滴式数字rt-pcr GⅡ型诺如病毒 灵敏度 重复性 西生菜
原文传递
罗非鱼湖病毒微滴式逆转录数字PCR检测方法的建立 被引量:2
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作者 李敏 李永福 +5 位作者 黄育浩 陈灼均 莫钻兰 钟群芳 李本旺 张险朋 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期75-85,共11页
建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的罗非鱼湖病毒反转录微滴式数字PCR (RT-ddPCR)检测方法,可为罗非鱼湖病毒的定量检测提供技术支持。参照NCBI中GenBank登陆的TiLV第3段全基因序列,选择hypothetical protein gene基因作为靶位基... 建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的罗非鱼湖病毒反转录微滴式数字PCR (RT-ddPCR)检测方法,可为罗非鱼湖病毒的定量检测提供技术支持。参照NCBI中GenBank登陆的TiLV第3段全基因序列,选择hypothetical protein gene基因作为靶位基因设计合成了1对引物和探针,以TiLV-cDNA为模板,摸索、优化反应方法,建立与实时荧光RTPCR检测方法的线性关系,分析方法的敏感性、特异性、重复性,最后进行临床样品检测。结果显示,当引物、探针浓度分别为500、300 nmol·L^(-1)且退火温度为54.2℃时,建立的TiLV RT-ddPCR扩增反应效率最高、阴阳性微滴分布界限最明显、平均拷贝数较高;敏感性强,检测限低至2拷贝·μL^(-1),且在1~90 000拷贝·μL^(-1)范围内与实时荧光RT-PCR检测的线性关系较好(R2=0.995 8);检测变异系数低(4.86%);与其他5种常见的水生动物疫病病毒[鲤浮肿病毒(Carp edema virus, CEV)、锦鲤疱疹病毒(Koi herpesvirus, KHV)、草鱼出血病毒(Grass carp reovirus, GCRV)、鲫造血器官坏死病毒(Cyprinid herpesvirus 2, CyHV-2)、细胞肿大虹彩病毒(Red sea bream iridovirus, RSIV)]阳性样品未发生交叉反应;在临床样品的检测中,48份罗非鱼样品结果均为阴性,5份能力验证样品中3份为阳性,与能力验证满意结果一致。 展开更多
关键词 罗非鱼湖病毒 逆转录数字PCR 线性关系 特异性 变异系数
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非洲猪瘟病毒微滴式数字PCR检测方法的建立及临床应用 被引量:1
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作者 张远龙 王超群 +5 位作者 黄育浩 杜睿 李永福 王自强 李敏 张险朋 《中国动物检疫》 CAS 2023年第10期87-94,共8页
为建立非洲猪瘟病毒微滴式数字PCR方法,以非洲猪瘟病毒P72蛋白编码基因为靶基因设计引物和探针,利用正交试验方法优化反应体系及扩增程序,建立了非洲猪瘟病毒微滴式数字PCR方法,并对其敏感性、特异性及稳定性进行评估。结果显示:建立的... 为建立非洲猪瘟病毒微滴式数字PCR方法,以非洲猪瘟病毒P72蛋白编码基因为靶基因设计引物和探针,利用正交试验方法优化反应体系及扩增程序,建立了非洲猪瘟病毒微滴式数字PCR方法,并对其敏感性、特异性及稳定性进行评估。结果显示:建立的方法最低检出限为0.58 copies/μL,与荧光PCR方法相比更敏感;本方法与布鲁氏菌、猪伪狂犬病病毒、猪圆环病毒2型和猪瘟病毒无交叉反应;对10倍稀释的标准物质检测10次,变异系数为8.44%,重复性好。利用建立的方法对100份临床样品进行检测,结果均为阴性,与荧光PCR检测结果一致;对5份实验室间比对样品进行检测,检测出阳性样品4份,阴性样品1份,与实验室间比对给定的样品盘结果一致。结果表明,本研究建立的微滴式数字PCR方法的敏感性、特异性和稳定性符合要求,适于非洲猪瘟病毒临床检测。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 数字PCR 荧光PCR 临床应用
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Drop-off微滴式数字PCR检测急性髓系白血病NRAS基因突变及其临床应用 被引量:1
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作者 向鹤麟 金晔 +6 位作者 袁倩 姚冬明 李婷 于迪 冷加燕 林江 钱军 《江苏大学学报(医学版)》 CAS 2023年第1期49-53,共5页
目的:建立检测急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)神经母细胞瘤RAS病毒癌基因同源物(NRAS)基因突变的drop-off微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)方法,并评价该方法的临床应用价值。方法:针对NRAS G12和G13突变位点设... 目的:建立检测急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)神经母细胞瘤RAS病毒癌基因同源物(NRAS)基因突变的drop-off微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)方法,并评价该方法的临床应用价值。方法:针对NRAS G12和G13突变位点设计特异性drop-off ddPCR引物和探针,建立最佳反应体系,并对该方法进行性能验证。应用该方法对140例临床样本进行初筛,其检测结果与Sanger测序进行比较,并用二代测序(next generation sequencing,NGS)进行验证。结果:建立drop-off ddPCR检测NRAS基因G12/G13突变的方法,灵敏度达0.158%,重复性、线性良好,其空白限为5.40拷贝数/μL,最低检测下限为15.84拷贝数/μL。在140例初诊AML患者中,drop-off ddPCR检出NRAS突变28例(20%),其突变负荷为0.26%~52.85%(中位2.14%);而Sanger测序仅检出7例(5%)阳性,为进一步验证,将21例Sanger测序结果阴性而drop-off ddPCR检测阳性的样本进行NRAS基因NGS,检出14例阳性,而另外7例NGS阴性的样本,其drop-off ddPCR检测突变频率为0.53%~1.50%(中位1.10%)。结论:建立了drop-off ddPCR技术检测AML患者中NRAS基因突变的方法,该方法灵敏度高,可用于对NRAS基因G12/G13突变进行定量检测,有望可用于AML患者预后判断和疾病监测。 展开更多
关键词 drop-off数字PCR NRAS基因 急性髓系白血病 基因突变 小残留病灶 预后
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微滴式数字PCR与荧光定量PCR对真皮间充质干细胞增殖及凋亡相关基因检测的比较研究 被引量:1
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作者 赵子葳 李俊琴 李新华 《医学研究杂志》 2023年第3期57-61,共5页
目的比较微滴式数字PCR(droplet digital PCR,dd-PCR)和实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,RT-qPCR)对真皮间充质干细胞(dermal mesenchymal stem cell,DMSC)增殖及凋亡相关指标检测的敏感度。方法利用dd-PCR和R... 目的比较微滴式数字PCR(droplet digital PCR,dd-PCR)和实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,RT-qPCR)对真皮间充质干细胞(dermal mesenchymal stem cell,DMSC)增殖及凋亡相关指标检测的敏感度。方法利用dd-PCR和RT-qPCR分别对寻常型银屑病患者和健康对照者真皮间充质干细胞(dermal mesenchymal stem cell,DMSC)的增殖及凋亡活性相关指标进行检测。结果dd-PCR和RT-qPCR检测结果显示,银屑病DMSC的增殖(PCNA及CDK4)和凋亡活性相关指标(caspase-3)表达水平均较对照组降低,两种方法结果具有高度一致性;但dd-PCR使用的cDNA模板浓度为RT-qPCR的0.01倍。结论对于DMSC分子活性检测而言,dd-PCR和RT-qPCR具有相似的准确性,但dd-PCR敏感度较高,故在模板量受限的情况下,可以优先选择dd-PCR。 展开更多
关键词 数字PCR 荧光定量PCR 间充质干细胞 银屑病
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微滴式数字PCR定量检测禽偏肺病毒方法的建立 被引量:3
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作者 谢志勤 谢芝勋 +14 位作者 张艳芳 范晴 谢丽基 万丽军 罗思思 李孟 张民秀 曾婷婷 黄娇玲 王盛 李丹 韦悠 李小凤 任红玉 阮志华 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期264-270,共7页
为建立禽偏肺病毒(aMPV)微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,本研究以aMPV F基因为靶基因,根据其保守区域设计特异性引物和探针,通过各反应条件的优化,初步建立检测aMPV的dd PCR方法。反应条件优化结果显示,最佳引物终浓度1μmol/μL,探针终... 为建立禽偏肺病毒(aMPV)微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,本研究以aMPV F基因为靶基因,根据其保守区域设计特异性引物和探针,通过各反应条件的优化,初步建立检测aMPV的dd PCR方法。反应条件优化结果显示,最佳引物终浓度1μmol/μL,探针终浓度0.5μmol/μL,退火温度56℃。绘制的标准曲线显示,重组质粒标准品稀释倍数的对数与相应质粒检出拷贝数的对数呈良好的线性关系(R^(2)=0.9998)。采用该方法同时检测aMPV、禽流感病毒、鸡新城疫病毒、鸡传染性支气管炎病毒、禽呼肠孤病毒、禽脑脊髓炎病毒、鸡传染性喉气管炎病毒和禽腺病毒,结果显示,仅aMPV检测为阳性,其他病原均为阴性。特异性较强。将p MD18-aMPV重组质粒标准品10倍倍比稀释(10^(5)~10^(9),4.3×10^(3)拷贝/μL~4.3×10^(-1)拷贝/μL)后作为模板,采用该方法检测,结果显示该方法对重组质粒标准品的检测限为4.3拷贝/μL,比荧光定量PCR(qPCR)检测限(43拷贝/μL)敏感。对3个稀释度质粒标准品的批内和批间重复性试验结果显示,批内和批间试验的变异系数均小于5%。对采集的82份病鸡气管和脾组织样品同时采用dd PCR和荧光定量PCR检测,结果显示,两种方法对aMPV的阳性检出率均为4.88%(4/82),阴性样品均为78份,二者的符合率达100%,dd PCR检出的4份阳性样品中aMPV的拷贝数为78拷贝/μL~920拷贝/μL。上述结果表明,本研究建立的dd PCR方法特异性强、敏感性高和重复性好,为aMPV检测提供新的技术手段,对其早期感染的防控有重要意义。 展开更多
关键词 数字PCR 定量检测 禽偏肺病毒
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