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微滴数字PCR在重症急性胰腺炎疑似血流感染病原学诊断中的应用
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作者 王新雨 李刚 +5 位作者 毛文健 杨洁 张敬柱 柯路 李维勤 童智慧 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期9-15,共7页
目的探讨微滴数字聚合酶链反应(ddPCR)在重症急性胰腺炎(SAP)合并疑似血流感染(BSI)病原学诊断中的价值。方法选取2022年7—9月某院重症医学科收治的SAP患者,在疑似BSI发作时同步采集静脉血进行ddPCR检测和血培养(BC)及药敏试验(AST),... 目的探讨微滴数字聚合酶链反应(ddPCR)在重症急性胰腺炎(SAP)合并疑似血流感染(BSI)病原学诊断中的价值。方法选取2022年7—9月某院重症医学科收治的SAP患者,在疑似BSI发作时同步采集静脉血进行ddPCR检测和血培养(BC)及药敏试验(AST),记录两种检测方法的耗时,比较ddPCR与BC的检测结果,计算ddPCR的病原学诊断效能,并探讨ddPCR检测病原菌载量值与感染指标水平的相关性。结果共纳入22例患者,采集52份静脉血标本进行检测,BC阳性17份(32.7%),检出病原体29株;ddPCR阳性41份(78.8%),检测出病原体73株。ddPCR耗时低于BC[(0.16±0.03)d VS(5.92±1.20)d,P<0.001]。在ddPCR检测范围内,以BC为金标准,ddPCR检测的灵敏度和特异度分别为80.0%、28.6%;联合检测前1周内非血标本微生物证据综合判定BSI,ddPCR检测的灵敏度和特异度分别提高至91.9%、76.9%。ddPCR耐药基因检测中,19份检出bla KPC,9份检出bla NDM/IMP,6份检出V an A/V an M,5份检出mec A。相关性分析显示病原菌载量值与C反应蛋白、降钙素原水平呈正相关(r分别为0.347、0.414,均P<0.05)。结论ddPCR作为一种辅助BC诊断BSI的检测方法具有灵敏度高、耗时低等优势,值得进一步探讨其在临床中的应用。 展开更多
关键词 微滴数字PCR 血培养 血流感染 病原学诊断 急性胰腺炎
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利用微滴数字PCR仪定量检测贝类中两种弧菌方法的建立
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作者 聂丹丹 丁旭 +4 位作者 姜佳颖 于淼淼 李爱军 李玲 罗雁非 《现代科学仪器》 2024年第1期48-53,共6页
建立贝类中霍乱弧菌和副溶血性弧菌微滴数字聚合酶链式反应快速精准定量检测方法,评价其可行性。采用SN/T 2425-2010和SN/T 2424-2010的引物和探针,建立双重微滴数字PCR反应体系。霍乱弧菌和副溶血性弧菌双重微滴数字PCR的最低检测限度... 建立贝类中霍乱弧菌和副溶血性弧菌微滴数字聚合酶链式反应快速精准定量检测方法,评价其可行性。采用SN/T 2425-2010和SN/T 2424-2010的引物和探针,建立双重微滴数字PCR反应体系。霍乱弧菌和副溶血性弧菌双重微滴数字PCR的最低检测限度分别可达到2.9 copies/μL和1.7 copies/μL,相当于1×10^(5)CFU/mL纯菌液,所建立的双重微滴数字PCR检测方法具有特异性和灵敏性,重复性试验结果也很稳定,不与其他常见病原菌发生交叉反应。本研究建立的双重微滴数字PCR方法可有效定量检测贝类样品中霍乱弧菌和副溶血性弧菌。 展开更多
关键词 微滴数字PCR 霍乱弧菌 副溶血性弧菌 定量检测
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反刍动物埃立克体微滴数字PCR方法的建立及初步应用 被引量:2
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作者 王素华 王忠才 +6 位作者 黄凌哲 吕继洲 吴绍强 赵治国 付海滨 韩小虎 张舟 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期60-64,共5页
为建立反刍动物埃立克体(E.ruminantium)准确定量的微滴数字PCR方法(ddPCR),本研究以E.rum-inantium pCS20基因为靶基因,选取保守区域设计引物和探针,建立了E.ruminantium ddPCR方法。利用本研究建立的ddPCR方法检测E.ruminantium、牛... 为建立反刍动物埃立克体(E.ruminantium)准确定量的微滴数字PCR方法(ddPCR),本研究以E.rum-inantium pCS20基因为靶基因,选取保守区域设计引物和探针,建立了E.ruminantium ddPCR方法。利用本研究建立的ddPCR方法检测E.ruminantium、牛巴贝斯虫、牛双芽巴贝斯虫、环形泰勒虫、无形体、犬埃立克体、牛埃立克体、马埃立克体和立氏埃立克体等,结果显示仅E.ruminantium出现特异性扩增,而与其他寄生虫均无交叉反应,特异性强;将pUC57-pCS20重组质粒标准品10倍倍比稀释(1×10^(-1)拷贝/μL~1×10^(5)拷贝/μL)后,利用该ddPCR方法检测,结果显示,该方法对重组质粒标准品的检测限为1.8拷贝/μL,比相应荧光定量PCR方法的敏感性高10倍,本实验建立的ddPCR方法敏感性高;批内和批间重复性试验结果变异系数(CV)均小于2%,重复性好。利用建立的ddPCR方法对50只钝眼蜱样品检测,结果显示,阳性样品反刍动物埃立克体核酸的最低拷贝数为26拷贝/μL,ddPCR和荧光定量PCR检测试剂盒的检出率均为16.0%(8/50)。本研究首次建立的ddPCR方法敏感性高、特异性强、重复性好,可作为E.ruminantium准确定量检测的有效手段。 展开更多
关键词 反刍动物埃立克体 检测 pCS20基因 微滴数字PCR
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基于微滴数字PCR技术建立单细胞水平研究HBV的方法
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作者 马华杰 邬敏 +3 位作者 张占卿 袁正宏 易志刚 张小楠 《微生物与感染》 CAS 2023年第5期269-277,共9页
在单细胞水平研究肝组织内乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)是十分重要的,但相关研究技术尚处于推进阶段,不能满足临床需要。基于微滴数字聚合酶链反应技术(digital droplet polymerase chain reaction,ddPCR),本研究建立了一套单... 在单细胞水平研究肝组织内乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)是十分重要的,但相关研究技术尚处于推进阶段,不能满足临床需要。基于微滴数字聚合酶链反应技术(digital droplet polymerase chain reaction,ddPCR),本研究建立了一套单细胞水平绝对定量HBV DNA和RNA的单细胞微滴数字PCR方法(single-cell ddPCR,sc-ddPCR)。通过混合不同比例的HBV阳性和阴性细胞来模拟HBV慢性感染状态下的肝脏,分析此方法检测HBV DNA的线性和检测下限。以cccDNA来源RNA(episome-derived RNA,eRNA)为例,进一步设计针对eRNA的sc-ddPCR检测方案。利用不同来源转录本在结构上的差异,设计针对eRNA的特异性引物探针体系,在HBV肝癌细胞系中验证此引物和探针体系的特异度,并利用梯度稀释的HBV细胞株分析此方法检测eRNA的线性和检测下限。结果显示,本研究建立了基于ddPCR的DNA和RNA的单细胞水平检测方法,该方法表现出良好的线性(HBV DNA:R^(2)=0.9987;eRNA:R^(2)=0.9425),梯度稀释的HBV细胞株均能准确检测出阳性信号,具有高灵敏度(检测下限:HBV DNA为0.16%,eRNA为0.2%)。本研究建立的sc-ddPCR方法可针对多种DNA和RNA进行检测,为进一步研究肝组织内HBV病毒学活动提供了良好的技术支撑,可以更深入地分析肝组织内HBV的病毒学特征,从而有利于HBV治疗策略的优化和研发,具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 HBV DNA cccDNA来源RNA 微滴数字PCR 单细胞
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结核分枝杆菌微滴数字PCR检测试剂盒企业参考品的研制
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作者 王诺 李小红 +2 位作者 周雪 李俊花 危宏平 《黑龙江科学》 2023年第8期109-112,共4页
为实现结核分枝杆菌复合群核酸检测试剂盒的质量检验,研制了结核分枝杆菌微滴数字PCR检测试剂的企业参考品。将结核分枝杆菌减毒株H 37 Ra、BCG、耻垢分枝杆菌与海分枝杆菌分别在适宜的培养条件下培养,收集新鲜且充分混匀的培养物,计数... 为实现结核分枝杆菌复合群核酸检测试剂盒的质量检验,研制了结核分枝杆菌微滴数字PCR检测试剂的企业参考品。将结核分枝杆菌减毒株H 37 Ra、BCG、耻垢分枝杆菌与海分枝杆菌分别在适宜的培养条件下培养,收集新鲜且充分混匀的培养物,计数后灭活、稀释和分装,对参考品进行稳定性评估。使用结核分枝杆菌PCR检测试剂盒进行验证,研制出了一套专用于微滴数字PCR检测试剂的企业参考品,其由2份结核分枝杆菌灭活菌液组成阳性参考品、2份非结核分枝杆菌灭活菌液组成阴性参考品,最低检出量参考品由10^(3)、10^(2)、10^(1)、10^(0)CFU/mL的结核分枝杆菌(灭活H 37 Ra)菌液组成,精密性参考品由10份10^(2)CFU/mL的结核分枝杆菌(灭活H 37 Ra)菌液组成,可稳定保存,用于结核分枝杆菌PCR检测试剂盒(微滴数字PCR法)的质量评价。本参考品具有较好的准确性、特异性及重复性。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 微滴数字PCR法 企业参考品
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水产品中广州管圆线虫微滴数字聚合酶链反应定量检测方法的建立
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作者 梁美丹 雷燕 +4 位作者 陈楷 黄志深 曹霞飞 尹玮璐 孙雪奇 《食品安全质量检测学报》 CAS 北大核心 2023年第21期141-146,共6页
目的建立微滴数字聚合酶链反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)快速、准确定量检测水产品中广州管圆线虫的分析方法。方法选择广州管圆线虫ITS2基因序列作为靶标序列,自主设计特异性引物和探针,建立广州管圆线虫ddPC... 目的建立微滴数字聚合酶链反应(droplet digital polymerase chain reaction,ddPCR)快速、准确定量检测水产品中广州管圆线虫的分析方法。方法选择广州管圆线虫ITS2基因序列作为靶标序列,自主设计特异性引物和探针,建立广州管圆线虫ddPCR定量检测方法,通过对ddPCR反应条件的优化,确立了ddPCR最佳反应条件,从稳定性、特异性、定量限范围、定量检测低限和人工污染样品等方法,综合评价建立的广州管圆线虫ddPCR定量检测方法的效果。结果广州管圆线虫DNA质量浓度在0.320~1000.000 pg/μL的范围内,基因拷贝数与DNA浓度呈良好的线性关系,相关系数r2=1,定量检测低限为0.297拷贝/μL,人工污染样品中3次重复实验分别检出4370、4210、4310拷贝/μL。结论本研究建立的广州管圆线虫ddPCR定量检测方法特异性强、灵敏度高、稳定性好、定量范围广,为水产品中广州管圆线虫的定量检测提供新的检测手段。 展开更多
关键词 广州管圆线虫 微滴数字聚合酶链反应 水产品 定量检测
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大肠杆菌O157∶H7微滴数字PCR定量方法的建立 被引量:48
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作者 董莲华 张玲 +3 位作者 姜君 王江南 王晶 陈唯军 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2015年第3期319-324,共6页
以大肠杆菌O157∶H7(E.coli O157∶H7)rfb E基因为靶基因,建立了可对其准确定量的微滴数字PCR(dd PCR)方法。对dd PCR反应中的探针浓度进行了优化,考察了方法的线性范围、精密度、定量限和检出限。最终确定dd PCR反应中的最佳探针... 以大肠杆菌O157∶H7(E.coli O157∶H7)rfb E基因为靶基因,建立了可对其准确定量的微滴数字PCR(dd PCR)方法。对dd PCR反应中的探针浓度进行了优化,考察了方法的线性范围、精密度、定量限和检出限。最终确定dd PCR反应中的最佳探针浓度为300 nmol/L。E.coli O157∶H7基因组DNA浓度范围为4-1.25×105拷贝/20μL dd PCR反应液时,dd PCR方法线性相关系数(R2)为0.999。当DNA浓度为760-88400拷贝/20μL时,方法的精密度最好(RSD〈5%)。本方法的定量限为4拷贝/20μL,检出限为3拷贝/20μL。特异性验证结果表明,建立的dd PCR方法特异性良好,对13份猪肉、牛肉和鸡肉样品的检测结果与定量PCR方法检出结果一致。 展开更多
关键词 微滴数字聚合酶链式反应 大肠杆菌O157∶H7 拷贝数
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应用微滴数字PCR技术快速检测食用菌中沙门氏菌 被引量:31
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作者 赵新 兰青阔 +3 位作者 陈锐 朱珠 刘娜 王永 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期315-321,共7页
定量风险评估是整个风险评估体系的发展趋势和终极体现形式,而快速、准确、简便的定量技术则是保障整个体系顺利、有效完成的核心支撑。作者根据沙门氏菌inv A毒力基因序列,在前人对引物研究结果基础上,合成特异性引物和探针。以沙门氏... 定量风险评估是整个风险评估体系的发展趋势和终极体现形式,而快速、准确、简便的定量技术则是保障整个体系顺利、有效完成的核心支撑。作者根据沙门氏菌inv A毒力基因序列,在前人对引物研究结果基础上,合成特异性引物和探针。以沙门氏菌标准菌株为研究对象,建立沙门氏菌微滴数字PCR的快速定量检测方法,并对其特异性、灵敏度、样品实测等关键指标与传统培养法进行对照验证。结果表明,所建立的微滴数字PCR方法具有较好的特异性,检测灵敏度可达到10~2CFU/m L,样品实测与传统国标法对比,二者符合率100%。所建立的沙门氏菌微滴数字PCR定量检测方法,可以快速、准确、直接地分析沙门氏菌的含量,无需构建质粒和标准曲线,避免了因标准曲线量值偏差而影响样品定值的准确性,所建立的方法为食源性沙门氏菌污染的快速定量检测提供了技术支撑,为微生物风险评估体系的完善奠定了基础。 展开更多
关键词 微滴数字PCR技术 沙门氏菌 定量检测
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伪狂犬病病毒微滴数字PCR定量检测方法的建立 被引量:23
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作者 陈亚娜 王静 +4 位作者 訾占超 亢文华 汪葆玥 倪建强 原霖 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期1705-1710,共6页
为了建立伪狂犬病病毒(PRV)微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)的检测方法,以伪狂犬病病毒gB基因为靶基因,建立了可对其准确定量的微滴数字PCR方法。对ddPCR反应中的引物浓度、探针浓度、退火温度进行了优化。对建立的ddPCR方法的... 为了建立伪狂犬病病毒(PRV)微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)的检测方法,以伪狂犬病病毒gB基因为靶基因,建立了可对其准确定量的微滴数字PCR方法。对ddPCR反应中的引物浓度、探针浓度、退火温度进行了优化。对建立的ddPCR方法的特异性和敏感性也进行测定,并且应用于临床样品的检测。结果表明,ddPCR的最佳引物浓度为0.9μmol·L^(-1),探针浓度为0.25μmol·L^(-1),退火温度为60℃。ddPCR方法线性相关系数(R2)为0.998,显示呈良好的线性关系。检测限为6.1copies·μL^(-1),比荧光定量PCR(Real Time PCR,qPCR)的检测限低,变异系数为2.81%,与其他病毒无交叉反应。通过对临床样品的检测,与病毒分离比较,ddPCR方法的敏感性为87.5%,特异性为96.2%,符合率为97%。结果表明新建立的ddPCR方法,敏感性高、特异性强,可用于伪狂犬病病毒的定量检测。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 微滴数字PCR 检测方法
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微滴数字PCR和Super-ARMS检测晚期肺腺癌患者血浆循环肿瘤DNA表皮生长因子受体基因突变的临床价值研究 被引量:15
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作者 曹喆 王静 +11 位作者 秦娜 李琨 吕嘉林 王敬慧 杨新杰 李曦 张卉 张权 龙洪清 舒诚荣 马丽 张树才 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期84-90,共7页
背景与目的晚期肺腺癌患者在选择靶向药物时需以肿瘤表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)基因突变类型作为依据,然而晚期肺腺癌肿瘤组织取材较难,有专家共识指出外周血可替代肿瘤组织作为检测标本。本文旨在探讨... 背景与目的晚期肺腺癌患者在选择靶向药物时需以肿瘤表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)基因突变类型作为依据,然而晚期肺腺癌肿瘤组织取材较难,有专家共识指出外周血可替代肿瘤组织作为检测标本。本文旨在探讨微滴数字聚合酶链反应法(droplet digital polymerase chain reaction, ddPCR)和超级扩增阻滞突变系统(super-amplification refractory mutation system, super-ARMS)这两种方法检测晚期肺腺癌患者外周血中血浆循环肿瘤脱氧核糖核酸(circulating tumor DNA, ctDNA)中EGFR基因突变的临床价值。方法收集2016年2月-2019年2月首都医科大学附属北京胸科医院确诊的初治晚期肺腺癌共119例纳入研究,比较ddPCR和Super-ARMS技术检测血浆ctDNA EGFR基因突变的敏感度、特异度。部分EGFR基因经典突变阳性患者接受一线EGFR酪氨酸激酶抑制剂(EGFR tyrosine kinase inhibitors, EGFR-TKI)口服治疗,将患者按检测结果分亚组,组1为ddPCR及Super-ARMS检测EGFR基因突变结果均为阳性,21例。组2为ddPCR及Super-ARMS检测EGFR基因突变结果均为阴性,16例。组3为ddPCR检测结果为阳性而Super-ARMS检测结果为阴性,5例。组4为ddPCR检测结果为阴性而Super-ARMS检测结果阳性,因组4患者个数为0,不纳入统计。以客观缓解率(objective response rate, ORR)及疾病控制率(disease control rate, DCR)评估近期疗效,并用生存分析比较组间无进展生存时间(progression-free survival, PFS)以评估远期疗效。结果 119例晚期肺腺癌组织样本中,共检测到58例(48.7%)EGFR基因突变。ddPCR技术检测与肿瘤组织EGFR基因突变结果的符合率为82.4%(Kappa=0.647, P<0.001),灵敏度为74.1%,特异度为90.2%。而Super-ARMS检测与组织检测的符合度为71.4%,灵敏度仅为58.6%,特异度为83.6%。组3的ORR与DCR值低于组1、2,但组间ORR相比均无统计学意义(P>0.05)。生存分析显示,三组患者PFS比较,差异无统计学意义(χ~2=2.221, P=0.329)。结论 ddPCR作为一种高敏感度及特异度的液体基因检测方法,可以作为检测晚期肺腺癌患者血浆ctDNA EGFR基因突变的一种较为可靠的方法。血浆基因检测结果同样可作为EGFR-TKIs药物对患者的疗效预测的依据。 展开更多
关键词 肺肿瘤 微滴数字聚合酶链反应 表皮生长因子受体 基因突变 循环肿瘤脱氧核糖核酸 突变扩增系统 Super-突变扩增系统
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微滴数字PCR技术在多拷贝木聚糖酶酿酒酵母工程菌筛选中的应用 被引量:4
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作者 兰雪 张斯童 +6 位作者 李哲 常浩 孙旸 王刚 陈欢 王春凤 陈光 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第10期179-184,共6页
为获得高产木聚糖酶酿酒酵母工程菌,利用rDNA整合法构建木聚糖酶酿酒酵母整合表达载体,实现木聚糖酶基因的多拷贝表达,并利用微滴数字聚合酶链式反应技术对转化子拷贝数进行检测,分析木聚糖酶基因拷贝数与酶活力之间的关系。结果表明:利... 为获得高产木聚糖酶酿酒酵母工程菌,利用rDNA整合法构建木聚糖酶酿酒酵母整合表达载体,实现木聚糖酶基因的多拷贝表达,并利用微滴数字聚合酶链式反应技术对转化子拷贝数进行检测,分析木聚糖酶基因拷贝数与酶活力之间的关系。结果表明:利用rDNA整合法获得了10株不同拷贝数木聚糖酶酿酒酵母工程菌,对其酶活力进行测定,发现当拷贝数小于9时,菌株产酶能力随拷贝数增加而增强,9拷贝数时菌株产酶能力最强,酶活力为308 U/m L,超过9拷贝,产酶能力降低。 展开更多
关键词 微滴数字聚合酶链式反应技术 多拷贝 酿酒酵母 木聚糖酶 rDNA整合法
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结核分枝杆菌IS6110和IS1081微滴数字PCR检测体系的建立和应用 被引量:6
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作者 李自慧 吕翎娜 +4 位作者 杜博平 潘丽萍 贾红彦 孙琦 张宗德 《北京医学》 CAS 2018年第4期314-317,322,I0004,共6页
目的建立结核分枝杆菌IS6110和IS1081微滴数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)检测体系,并用于不同类型临床样本的检测。方法常规提取13株结核分枝杆菌和14株非结核分枝杆菌临床分离株DNA,9例结核分枝杆菌阳性肺结核患者和4例其他肺部... 目的建立结核分枝杆菌IS6110和IS1081微滴数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)检测体系,并用于不同类型临床样本的检测。方法常规提取13株结核分枝杆菌和14株非结核分枝杆菌临床分离株DNA,9例结核分枝杆菌阳性肺结核患者和4例其他肺部疾病患者痰DNA,12例结核分枝杆菌阳性肺结核患者和7例健康者血浆DNA。设计合成IS6110和IS1081扩增引物和检测探针,建立dd PCR检测体系。应用该体系检测分枝杆菌、痰和血浆3种DNA样本中靶标拷贝数,进行统计学分析。结果建立了能同时检测IS6110和IS1081的dd PCR体系,该体系检测2个靶标的线性范围分别为0.5~8 733和0.2~2 893拷贝/μl反应体系。该体系具有较好的重复性(r>0.95),以非结核分枝杆菌为对照检测结核分枝杆菌的灵敏度和特异度均为100%。在痰和血浆DNA样本检测中,2个靶标拷贝数在肺结核组均显著高于对照组。结论结核分枝杆菌特异性核酸的dd PCR体系,可用于肺结核患者临床分离株、痰和血浆样本的微量核酸检测,对提高结核病病原学诊断能力有重要意义。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 聚合酶链式反应 微滴数字PCR IS6110 IS1081
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猪胸膜肺炎放线杆菌微滴数字PCR定量检测方法的建立 被引量:9
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作者 石磊 刘雨琦 +3 位作者 陈洵 叶蕾 常彦磊 李丽丽 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2019年第3期212-217,共6页
为实现对猪胸膜肺炎的致病菌猪胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)的量化研究,本实验根据猪胸膜肺炎放线杆菌特异性基因ApxⅣ的保守序列,设计引物探针,通过优化反应条件,建立可对其准确定量的微滴数字PCR(droplet d... 为实现对猪胸膜肺炎的致病菌猪胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)的量化研究,本实验根据猪胸膜肺炎放线杆菌特异性基因ApxⅣ的保守序列,设计引物探针,通过优化反应条件,建立可对其准确定量的微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测方法,并对该方法的特异性、灵敏度、稳定性以及适用性进行验证,与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)检测方法进行比较分析。结果表明:ddPCR最佳退火温度为52℃;线性相关系数(R^2)为0.9957,线性关系良好;灵敏度达153.8copies/μL,是qPCR的两倍;特异性良好,与其它常见猪病原无交叉反应。在实际样品检测中,110份样品的ddPCR与qPCR检测结果的Kappa系数为0.9529,说明两种检测方法结果高度一致,并且ddPCR可对qPCR无法判断阴阳性的可疑样本进行定量分析。本实验建立的ddPCR方法敏感性高、特异性强、可用于猪胸膜肺炎放线杆菌的定量检测。 展开更多
关键词 猪胸膜肺炎放线杆菌 微滴数字PCR 检测方法
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猪链球菌微滴数字PCR定量检测方法的建立 被引量:7
14
作者 石磊 温雯 +3 位作者 陈洵 叶蕾 常彦磊 李丽丽 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2019年第1期233-238,共6页
根据猪链球菌(Streptococcus suis,SS)gdh基因的保守序列设计特异性引物和Taq Man探针,通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品的检测,建立可对其准确定量的微滴数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)检测方法,并与... 根据猪链球菌(Streptococcus suis,SS)gdh基因的保守序列设计特异性引物和Taq Man探针,通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品的检测,建立可对其准确定量的微滴数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)检测方法,并与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)检测方法进行比较分析。结果表明,该方法特异性良好,与猪传染性胸膜肺炎放线杆菌、副猪嗜血杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、猪圆环病毒2型和伪狂犬病毒无交叉反应;灵敏度优于qPCR,线性相关系数(R2)为0.991,呈良好线性关系,最低可检测到2.692 copies/μL的阳性质粒;稳定性好,变异系数为1.66%。临床样品定量检测结果表明,dd PCR具有敏感性高、特异性好等优点,能对qPCR检测的可疑样品进行精确定量。本研究建立的dd PCR能够准确定量检测SS,将为SS相关研究提供有益参考。 展开更多
关键词 猪链球菌 微滴数字PCR 检测方法
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马铃薯M病毒微滴数字PCR检测方法的建立 被引量:5
15
作者 刘晗 黄洁芳 +2 位作者 向均 燕照玲 张永江 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第5期69-74,共6页
为了建立马铃薯M病毒(Potato virus M,PVM)的精准检测技术,根据PVM外壳蛋白基因核苷酸保守序列设计微滴数字PCR(dd PCR)的引物、探针,建立PVM的dd PCR检测技术。以田间采集并经RT-PCR验证的PVM及其他4种同样可侵染马铃薯的病毒(PVX、PVY... 为了建立马铃薯M病毒(Potato virus M,PVM)的精准检测技术,根据PVM外壳蛋白基因核苷酸保守序列设计微滴数字PCR(dd PCR)的引物、探针,建立PVM的dd PCR检测技术。以田间采集并经RT-PCR验证的PVM及其他4种同样可侵染马铃薯的病毒(PVX、PVY、CMV、TMV)总RNA为模板,进行dd PCR特异性分析;对PVM的总RNA进行10倍梯度稀释并用作模板,进行dd PCR灵敏度测定。结果表明,建立的dd PCR方法可以特异性地检测马铃薯上的PVM,与实时荧光RT-PCR结果一致;最低可检测5.7 fg/μL的总RNA,比实时荧光RT-PCR灵敏度高100倍。说明建立的dd PCR检测方法可用于PVM的准确鉴定。 展开更多
关键词 马铃薯 马铃薯M病毒 微滴数字PCR 实时荧光RT-PCR 检测
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人博卡病毒微滴数字PCR定量方法的建立 被引量:2
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作者 邓幼平 刘颖娟 +3 位作者 王笑臣 刘佳明 杨占秋 赵东赤 《中南民族大学学报(自然科学版)》 CAS 2018年第3期32-36,共5页
为准确、快速地从临床鼻咽拭子样本中筛选出人博卡病毒(HBoV)感染的阳性样本,以HBoV-sh9基因的保守区序列为检测靶标合成引物和探针,建立了微滴数字PCR(dd PCR)检测HBoV的方法.结果表明:HBoV dd PCR方法具有较高的特异性,在(0.5~6.8)... 为准确、快速地从临床鼻咽拭子样本中筛选出人博卡病毒(HBoV)感染的阳性样本,以HBoV-sh9基因的保守区序列为检测靶标合成引物和探针,建立了微滴数字PCR(dd PCR)检测HBoV的方法.结果表明:HBoV dd PCR方法具有较高的特异性,在(0.5~6.8)×10~3copies/μL HBoV DNA浓度范围内,具有良好的线性和精确度,定量限低至0.5 copies/μL.182份临床样本检测结果显示:HBoV感染的阳性率为8.24%.此建立的HBoV dd PCR方法在定量限、准确性和重复性上较常规PCR优势明显,不受样品基质和扩增效率的影响. 展开更多
关键词 微滴数字聚合酶链式反应 人博卡病毒 拷贝数 阳性率
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微滴数字PCR检测血清miR-21和miR-4429在肝癌诊断中的应用 被引量:3
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作者 王攀 莫经刚 +1 位作者 朱杰 李招云 《浙江医学》 CAS 2017年第3期170-172,223,共4页
目的应用微滴数字PCR检测血清中mi R-21和mi R-4429的水平,并探讨联合AFP检测在诊断肝细胞肝癌中的临床价值。方法收集69例肝癌、47例慢性活动性乙肝以及40例健康体检者血清标本,应用微滴数字PCR检测血清mi R-21和mi R-4429水平,化学发... 目的应用微滴数字PCR检测血清中mi R-21和mi R-4429的水平,并探讨联合AFP检测在诊断肝细胞肝癌中的临床价值。方法收集69例肝癌、47例慢性活动性乙肝以及40例健康体检者血清标本,应用微滴数字PCR检测血清mi R-21和mi R-4429水平,化学发光法检测血清中AFP水平,并用ROC曲线和Spearman相关进行分析。结果肝癌组患者mi R-21水平明显高于健康对照组和慢性活动性乙肝组(均P<0.05),mi R-4429水平高于健康对照组(P<0.05)。ROC曲线分析显示:mi R-21、mi R-4429和AFP 3者联合检测的灵敏度(95.0%)、特异度(92.5%)和准确度(92.7%),较单独检测或两项联合检测有较大提升。mi R-21、mi R-4429表达与患者年龄、性别、有无HBs Ag感染或肝硬化、PLT或AFP水平、TNM分期和疾病状态均无相关性(均P>0.05)。结论血清mi R-21和mi R-4429对肝癌的诊断具有良好的灵敏度和特异度,联合AFP检测可以提高诊断的效能。 展开更多
关键词 微滴数字PCR 肝细胞肝癌 MIR-21 miR-4429
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利用微滴数字PCR进行CpG岛甲基化表型结直肠癌分子分型 被引量:1
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作者 洪永刚 颜宏利 +2 位作者 田兆峰 吴康 郝立强 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期465-471,共7页
目的:利用微滴数字PCR(droplet digital PCR,DD-PCR)技术进行CpG岛甲基化表型(CpG island methylation phenotype,CIMP)结直肠癌分型,并探讨以血浆游离DNA进行CIMP分型的可行性。方法:收集2008到2012年在长海医院行结直肠癌手术的患者21... 目的:利用微滴数字PCR(droplet digital PCR,DD-PCR)技术进行CpG岛甲基化表型(CpG island methylation phenotype,CIMP)结直肠癌分型,并探讨以血浆游离DNA进行CIMP分型的可行性。方法:收集2008到2012年在长海医院行结直肠癌手术的患者216例,抽提肿瘤组织DNA和血浆游离DNA,重亚硫酸盐处理后,利用DD-PCR进行CIMP分型。CIMP分型选用CACNA1G、IGF2、NEUROG1、RUNX3、SOCS1五个基因的甲基化位点,利用免疫组织化学技术(IHC)检测P53突变情况,以巢式PCR测序方法检测K-RAS和BRAF突变。结果:216例肿瘤中17例(7.9%)存在BRAF突变,96例(44.4%)存在K-RAS突变和112例(51.9%)P53-IHC(+)。31.5%(68/216)的结直肠癌为CIMP(+)(5个基因位点中高甲基化位点数目≥3),82.3%(14/17)的BRAF突变属于CIMP(+),而只有9.4%(9/96)的K-RAS突变和7.1%(8/112)的P53突变属于CIMP(+)。除了K-RAS,BRAF和P53突变外,同CIMP(-)结直肠癌相比,CIMP(+)肿瘤还具有独特的临床病理特征:肿瘤更易发生在结直肠的近端位置,黏液性癌比例偏高,分化程度较高,CIMP(+)患者生存时间显著短于CIMP(-)患者。利用血浆游离DNA进行分型和利用肿瘤组织进行分型的一致性为93.4%、灵敏度为87.2%、特异性为100%。结论:CIMP(+)结直肠癌具有独特的临床病理特征,且预后较差;在缺乏肿瘤组织的情况下,利用DD-PCR对血浆游离DNA进行CIMP分型是可行的。 展开更多
关键词 微滴数字PCR CpG岛甲基化表型 结直肠癌 血浆游离DNA
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猪圆环病毒3型微滴数字PCR定量检测方法的建立 被引量:8
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作者 石磊 刘雨琦 李丽丽 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2019年第2期232-237,共6页
猪圆环病毒3型是一种新型猪圆环病毒,可引起猪感染相关疾病。本实验根据猪圆环病毒3型的OPF2基因序列,设计引物探针,建立了可对其准确定量检测的微滴数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)方法。通过对dd PCR反应体系中的引物探针浓度和... 猪圆环病毒3型是一种新型猪圆环病毒,可引起猪感染相关疾病。本实验根据猪圆环病毒3型的OPF2基因序列,设计引物探针,建立了可对其准确定量检测的微滴数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)方法。通过对dd PCR反应体系中的引物探针浓度和退火温度进行优化,得到dd PCR反应的最佳引物探针浓度比为800 nM:800 nM:400 nM;最佳退火温度为60℃。该dd PCR方法的标准曲线相关系数(R2)为0.999,呈良好的线性关系;灵敏度高,可达4.4 copies/μL;特异性良好,与常见猪病原无交叉反应。通过对临床样品的检测结果证明,本研究建立的猪圆环病毒3型dd PCR检测方法比实时荧光PCR检测方法的灵敏度高1个数量级,检测结果与荧光PCR定性结果一致,并且可对可疑样本进行定量分析。结果表明:新建立的dd PCR方法灵敏度高、特异性强,可用于猪圆环病毒3型的定量检测。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 微滴数字PCR 检测方法
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副猪嗜血杆菌微滴数字PCR定量检测方法的建立 被引量:6
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作者 石磊 温雯 李丽丽 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2018年第12期216-220,52,共6页
根据副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)OMP P2基因的保守序列设计特异性引物和Taq Man探针,通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品的检测,建立可对其准确定量的微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测方... 根据副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPS)OMP P2基因的保守序列设计特异性引物和Taq Man探针,通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品的检测,建立可对其准确定量的微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测方法,并与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)检测方法进行比较分析。结果表明,该方法与猪传染性胸膜肺炎放线杆菌、猪链球菌、枯草芽孢杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌以及猪圆环病毒2型、猪瘟病毒无交叉反应;其灵敏性优于qPCR,线性相关系数(R2)为0.996,呈良好线性关系,最低可检测到2.647 copies/μL的阳性质粒,变异系数为3.29%。临床样品定量检测结果表明,ddPCR具有敏感性高、特异性好等优点,其检出率稍高于qPCR。本研究建立的ddPCR能够准确定量检测HPS,将为HPS相关研究提供有益参考。 展开更多
关键词 副猪嗜血杆菌 微滴数字PCR 检测方法
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