变性梯度凝胶电泳(DGGE)在微生物生态学中的应用

由于从环境样品中分离和培养细菌的困难 ,分子生物学方法已发展用来描述和鉴定微生物群落。近年来基于 DNA方法的群落分析得到了迅速的发展 ,如 PCR扩增技术 ,克隆文库法 ,荧光原位杂交法 ,限制性酶切片段长度多态性法 ,变性和温度梯度凝胶电泳法。DGGE已广泛用于分析自然环境中细菌、蓝细菌 ,古菌、微微型真核生物、真核生物和病毒群落的生物多样性。这一技术能够提供群落中优势种类信息和同时分析多个样品。具有可重复和容易操作等特点 ,适合于调查种群的时空变化 ,并且可通过对切下的带进行序列分析或与特异性探针杂交分析鉴定群落成员。DGGE分析微生物群落的一般步骤如下 :一是核酸的提取 ,二是 1 6Sr RNA,1 8S r RNA或功能基因如可容性甲烷加单氧酶羟化酶基因 ( mmo X)和氨加单氧酶 α-亚单位基因 ( amo A)片段的扩增 ,三是通过DGGE分析 PCR产物。DGGE使用具有化学变性剂梯度的聚丙烯酰胺凝胶 ,该凝胶能够有区别的解链PCR扩增产物。由 PCR产生的不同的 DNA片段长度相同但核苷酸序列不同。因此不同的双链 DNA片段由于沿着化学梯度的不同解链行为将在凝胶的不同位置上停止迁移 [5] 。 DNA解链行为的不同导致一个凝胶带图案 ,该图案是微生物群落中主要种类的一个轮廓。 DGGE使用所有生物中保守的基因?

变性梯度凝胶电泳技术在微生物分子生态学研究中的应用

变性梯度凝胶电泳在微生物分子生态学研究中的应用日益广泛,已成为研究微生物多样性和动态变化的有力工具。对变性梯度凝胶电泳技术中存在的问题,如基因片段的选择、共迁移、背景色和异源双链分子的形成等作了综述,以期为进一步更好地利用该技术进行微生态的研究奠定基础。

变性梯度凝胶电泳技术在海洋微生物分子生态学中的应用

变性梯度凝胶电泳技术是近年来研究微生物分子生态学的有利工具,因其具备可靠、简便、可重复等优势,被广泛应用于海洋微生物群落的多样性和动态性分析。文章综述了基于PCR的变性梯度凝胶电泳技术的基本原理、技术步骤、影响因素及其在海洋微生物群落多样性和动态性研究的应用现状。

变性梯度凝胶电泳方法在内源微生物驱油研究中的应用

应用基于聚合酶链式反应(PCR)的变性梯度凝胶电泳方法(DGGE)分析了在高温、高压和厌氧条件下富集培养的油藏内源微生物16S rDNA。用化学裂解法(SDS)直接提取了油藏微生物基因组DNA,并以此基因组DNA为模板,用特异性引物对16SrDNA的V8和V9可变区进行聚合酶链式反应扩增。对长约400bp(碱基对)的扩增产物进行DGGE分离后,得到了分离较好的电泳图谱。结果表明,DGGE方法可以分离不同油藏微生物16S rDNA的V8和V9可变区的DNA扩增片断。在内源微生物驱油研究中,DGGE方法是在分子水平上分析油藏微生物群落结构和监测微生物群落动态变化的有效工具。

变性梯度凝胶电泳在环境微生物研究中的应用详解

结合笔者等多年积累的经验详细介绍环境微生物学研究中变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术应用全步骤:从环境样品中直接提取总DNA,利用5′端含GC夹子的引物PCR 16S rDNA的部分片段,将PCR产物在含有浓度线形递增的变性剂的聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳分析,使不同来源的DNA片段在电泳胶中分离,从胶中切出分离的DNA片段测定碱基序列,进行分类分析。PCR-DGGE技术能够检测不可培养的微生物基因,而DGGE技术与克隆等其他技术结合更能发挥其分离作用。

16S rDNA-变性梯度凝胶电泳技术与临床培养方法对比分析儿童阑尾炎组织菌群多样性

目的从分子生物学的角度初步探讨儿童阑尾炎组织的菌群多样性,为全面认识儿童阑尾炎病原菌提供新的视角。方法对10例阑尾炎组织标本和4例正常阑尾组织标本病理切片后,行革兰染色观察菌群情况,采用激光捕获显微切割技术(LCM)直视下分离组织中的细菌,经DNA提取、PCR扩增后,进行变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析并与临床培养结果对比。结果①临床培养法:阳性率为70%,共检测到4个菌属,以大肠埃希菌最多见,各标本菌属0～2种,且均可由DGGE检出。②DGGE方法:共检测到14个菌属,包括可培养菌属和无法培养的菌属,以革兰阴性菌为主;10例阑尾炎标本包含的细菌种类和数目均有差异,各标本菌属平均9.6(6～12)种;变形菌门比例为73.9%。在正常阑尾组织中,各标本菌属数在2～7种,变形菌门比例为52.9%,且发现假单胞菌属、不动杆菌属等7个菌属仅在阑尾炎病灶中检出。结论阑尾炎病灶区是以革兰阴性菌为主的多种细菌混合感染,检测到的细菌种类较正常阑尾多。应用LCM联合PCR-DGGE技术病原菌检出率较高,可为组织病原学研究提供新的思路。

聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳技术在口腔微生物多样性研究中的应用

目的应用聚合酶链反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术,分析健康人的口腔菌群及其菌种组成的多样性。方法抽取8名健康人唾液样本,分别提取唾液细菌总DNA,PCR扩增16SrDNA并进行DGGE和系统发育树分析。结果 8名健康人唾液样本的DGGE指纹图谱条带差异性较大,仅有65%相似性,表明采用PCR-DGGE对口腔微生物多样性的检测是可行的。结论 PCR-DGGE技术可较灵敏、直观地反映口腔微生物多样性情况。

常见赤潮藻类的变性梯度凝胶电泳分析

为了解我国典型有毒有害赤潮藻类的变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱以及DGGE技术在赤潮藻类分析鉴定中的作用,本课题组运用DGGE技术,研究了我国沿海7种重要赤潮藻类的单一种类以及混合种类样品的18S rDNA V3区的DGGE指纹图谱,并且对2009年10月底在广东省珠海海域发生的双胞旋沟藻(Cochlodini-um geminatum)赤潮样品进行了DGGE分析.结果表明,DGGE技术能够对环节环沟藻、海洋原甲藻、血红哈卡藻、锥状斯氏藻、中肋骨条藻、塔玛亚历山大藻、双胞旋沟藻7种常见的海洋赤潮藻类具有较好的区分效果,同时监测出赤潮样品中双胞旋沟藻、血红哈卡藻、环节环沟藻和海洋原甲藻4种优势种,种类组成与显微镜观察结果具有较好的一致性.结果说明DGGE技术可作为一种辅助方法对赤潮藻类进行分类鉴定.

牙周炎致病菌的变性梯度凝胶电泳检测

牙周病病因学研究逐步深入,凸显出龈下微生物检测的重要性。正常微生物群是宿主不可缺少的一个生理系统,是一个动态的相对稳定的协调的微生态,是机体健康的保证和象征,一旦打破这种平衡状态,就易引起菌群失调,诱发牙周组织病变。分子生物学技术的发展,为龈下微生物的研究提供了快速有效的技术和方法。变性梯度凝胶电泳技术具有可靠、可重复、快速和容易操作等优点,可以说是分析牙周炎致病菌的一种有力的工具。

变性梯度凝胶电泳（DGGE）是一种遗传指纹图谱技术

变性梯度凝胶电泳（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，DGGE）作为一种遗传指纹图谱技术，在微生物生态学中受到普遍关注。

DGGE/TGGE技术及其在微生物分子生态学中的应用

变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和温度梯度凝胶电泳 (TGGE)是近些年微生物分子生态学研究中的热点技术之一。由于DGGE TGGE技术具有可靠性强、重现性高、方便快捷等优点 ,被广泛地应用于微生物群落多样性和动态性分析。文章对DGGE TGGE技术原理与关键环节。

DGGE/TGGE技术在土壤微生物分子生态学研究中的应用

传统的微生物生态学研究方法只限于环境样品中极少部分(0.1%￣1%)可培养的微生物类群,极大程度地限制了对土壤微生物群落结构的研究。综述了以16S rDNA为主要研究对象的DGGE/TGGE(Denaturing gradientgel electrophoresis,DGGE/Temperature gradient gel electrophoresis,TGGE)技术原理,以其为主要手段结合PCR扩增、克隆建库、序列测定以及种系分析对土壤微生物的群落结构和多样性研究的最新动态。DGGE/TGGE技术极大地推动了土壤微生物分子生态学的发展,同时也为实际问题的诊断、作物生长跟踪监测等提供了技术支撑,在土壤微生物分子生态学研究和生产实践中起着越来越重要的作用。

PCR-DGGE技术及其在动物肠道微生态学研究中的应用

本文综述了PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)分析微生物多态性的原理,介绍其特点和技术步骤,并列举了DGGE技术在微生态学研究中的应用实例,说明PCR-DGGE方法作为研究动物肠道微生态系统的新方法,将会发挥更大的作用。

分子生物学方法在水体微生物生态研究中的应用

微生物是生态系统的重要组成部分,研究水体中微生物的多样性和群落结构对于开发微生物资源、进行水体生物修复具有重要意义。现代分子生物学的发展为研究水体微生物提供了行之有效的方法。综述了16S rDNA文库构建、变性梯度凝胶电泳、限制性片段长度多态性、末端标记限制性片段长度多态性等技术的原理以及在水体微生物研究中的主要应用。

微生物分子生态学进展[综述]

This paper summarizes some molecular techniques applied in the studies on microbial ecology, such as hybridization of nucleic acid probes, ampification of polymerase chain reaction, denaturing gradient gel electrophoresis and analyses of ribosomal RNA gene sequences, and the progress, performance, achievements and advances made from the researches of microbial ecology in recent years by using these molecular techniques.

DGGE/TGGE技术在微生物生态学中的应用

变性梯度凝胶电泳(deaturing grad ien t ge l e lectrophores is,DGGE)和温度梯度凝胶电泳(tem perature grad ien t ge le lectrophores is,TGGE)可以直接分离PCR扩增片段,作为一种分子指纹技术而逐渐被人们应用于微生态研究中。通过DGGE/TGGE对微生物组成的遗传特性进行表征,不但省去了菌种分离耗时耗力的工作量,更可鉴定出根据传统方法无法分离出来的菌种。作者重点描述了DGGE/TGGE的基本原理以及在胃肠道微生态研究中的应用。

分子生物学在微生物生态学中的应用

分子生物学方法正被广泛地用于微生物生态学研究。本文主要介绍了16SrRNA基因序列分析、变性梯度凝胶电泳与温度梯度电泳技术、限制性片断长度多态性技术、单链构象多态性分析、随机引物扩增多态性DNA等技术在微生物生态学中的应用。

PCR-DGGE技术在我国冷水鱼微生态学研究中的应用前景

PCR-DGGE技术已经发展成为研究微生物的群落结构和遗传多样性的有效工具。在世界水产养殖业的养殖系统微生态学、肠道细菌微生态学和益生菌研究中都取得了一系列的应用成果,而在我国冷水鱼的研究中应用还较少。本文介绍了PCR-DGGE技术的特性及其在世界水产养殖业研究中的应用,分析了其在我国冷水鱼微生态学研究中的应用前景。

变性梯度凝胶电泳技术在微生态学研究中应用的进展

变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术具有无需进行微生物培养、检测率高、分辨率高、重复性好等优点,现已逐渐成为微生态学研究中的强有力工具。本研究介绍了变性梯度凝胶电泳(DGGE)的基本原理和实验步骤中的系统优化,重点介绍和讨论了DGGE在微生态学研究中应用以及进展情况,并对该技术的应用前景进行了展望。