基于分布式信源编码的微生物基因组序列压缩算法

提出一种基于分布式信源编码的微生物基因组序列压缩算法,用于改进微生物基因组序列压缩效率不高的现状.首先将微生物基因组序列映射为两条二进制序列并映射为两幅二值图像以便使用更多的信源相关性.然后构建分布式信源编码来同时传输两个二值图像.同时,为保证边信息传输的高效,优化Context加权方法被用于边信息压缩.实验结果表明,与现有微生物基因组序列压缩算法相比较,该算法能获得更高的压缩效率,并且保持较合理的运算复杂度.

瘤胃微生物基因组文库中BAC末端序列分析

基于前期从瘤胃微生物基因组文库中筛选的功能酶克隆菌,利用T7和pIBRP引物,测定功能酶克隆菌的BAC末端序列,并利用NCBI Blast系统对BAC末端序列进行分析.结果表明:共得到26条BAC末端序列,经Blast比对分析,与已知编码基因的匹配度低,而大部分BAC末端序列与阪崎肠杆菌和环境中的微生物匹配度高,说明瘤胃中的微生物与其它环境中的微生物具有一定的相似性,进一步丰富了对瘤胃微生物的认识.

在67种微生物基因组序列中都不存在的最短的碱基组合

对67种微生物基因组全序列进行分析,发现某些碱基组合(及其反向互补序列)在某些基因组中不存在,而这种不存在的概率很低;发现6个11bp的寡核苷酸序列(及其反向互补序列)——AGGGGGGGGTC(GACCCCCCCCT)、AGGGTCCCTAG(CTAGGGACCCT)、ACGTACCTAGG(CCTACGTACGT)、GACACACGTAG(CTACGTGTGTC)、CGCGTAACTAG(CTAGTTACGCG)、CTAGGGACCCA(TGGGTCCCTAG)在这67种基因组中都不存在。上述每个寡核苷酸序列(及其反向互补序列)在由这67种细菌基因组连接而成的DNA分子(长度为169660265bp)中不存在的概率至少小于2.5e-26。

微生物基因组序列测定及其重大意义

微生物基因组测序不仅可使人们更好地了解病原微生物的致病机制以及它们与宿主的相互关系,促进寻找更灵敏及特异的病原微生物的诊断、分型手段,而且为临床筛选有效的药物及发展疫苗提供参考。此外,它还能提高对人类相关基因功能的认识,为探讨人类遗传性疾病机制提供参考。本文就微生物序列测定重大的理论及应用价值作一简要概述。

微生物基因组研究进展

本文综述了微生物全基因组测序的基本方法,数据收集和组装,序列缺口的填充、全基因组序列注释。同时对微生物基因组的研究现状和重大意义也作了简单概述。

单细胞微生物基因组学研究

本文介绍了单细胞微生物基因组测序 ,全基因组序列的注释 。

微生物全基因组测序在预防医学领域的应用

病原微生物引起传染病疫情时,预防医学工作者会面临以下几个重要问题:1病原从哪里来,可能的传播途径是什么;2病原有哪些生存能力、毒力和耐药特性;3病原所致疾病有着怎样的流行规律。高通量测序技术以及与之相伴的信息学分析技术的飞速发展,为上述问题提供了新的思路和解决方案。本文从流行病学调查溯源、病原体特性的快速判定、疾病流行规律分析以及疫苗变异监测和使用效果评价四个方面,总结归纳了新一代全基因组测序技术在预防医学领域中的应用实例,并对该研究方向存在的问题及未来发展进行了展望。

微生物基因组全序列分析进展

目前已经测定了13种微生物的基因组全序列,为追踪生物进化网络提供了宝贵信息。本文综述了已经取得的重要成果,并提出进一步研究的意见。

我国科学家发起“万种微生物基因组计划”

8月1日，来自国内20多家科研机构的科技工作者在深圳宣布，中国科学家将共同发起“万种微生物基因组计划”，预计在3年内完成1万种微生物物种全基因组序列图谱的构建，并以此为核心开展一系列基因组水平上的探索和研究。微生物是地球上种类最多、分布最广、与人类关系最为密切的物种，也是工业生物技术的核心及重要的国际竞争战略资源。“万种微生物基因组计划”的研究领域涵盖了工业微生物、农业微生物、医学微生物等，研究种类包括古细菌、

未培养微生物研究策略概述

基于未培养微生物数量巨大、种类繁多、基因资源丰富等特点。扼要介绍了未培养微生物的纯培养分离策略和分子生物学研究方法。随着新型培养策略如原位仿生境培养、限制性培养、单细胞微操作等的出现,使未培养微生物的纯培养成为可能。同时由于宏基因组学和高通量DNA测序等现代分子生物学方法技术的逐渐成熟,使来源于未培养微生物的新基因和新活性物质的分离筛选出现了新的机遇与挑战。

不同来源屎肠球菌的全基因组序列分析

目的 了解不同分离来源的屎肠球菌(Enterococcus faecium)标准菌株的全基因组特征。方法 采用高通量测序技术对中国医学细菌保藏管理中心保藏的分离于食品和临床患者的6株屎肠球菌标准菌株进行全基因组测序,采用velvet 1.2.03和glimmer 3.02等生物信息学软件对测序数据进行基因组装、基因预测及功能注释,分析基因组中所含耐药基因和毒力基因;并与已发表的6株临床分离的代表性屎肠球菌进行核心基因组和泛基因组比较分析,构建系统发育分子进化树。结果 6株屎肠球菌标准菌株的基因组序列大小约为2.9Mbp,不同菌株基因组中共鉴定出2669~3085个基因,平均G+C含量为38.0%;基因组耐药基因注释分析发现,每株屎肠球菌含有21~37种数量不等的耐药基因,食品来源菌株所携带耐药基因明显少于临床分离株(P=0.009)。而不同来源菌株之间所含毒力基因数量无显著性差异,含有5~8种数量不等的毒力基因,其中参与生物膜形成的基因BopD和胆盐水解酶基因bsh存在于所有菌株中。比较基因组学分析结果显示,随着屎肠球菌基因组测序数量的增加,泛基因组所含基因数量随之增加,而核心基因组则趋于稳定。全基因组的系统发育树进化分析结果显示, 12株屎肠球菌被分成3个进化分支,其中5株食品来源的菌株均分布在同一个进化分支。结论 本研究获得6株屎肠球菌标准菌株的全基因组序列,证实食品来源菌株均携带一定数量的耐药基因和毒力基因,提示应加强食源性菌株的安全监测。本研究结果可为后续屎肠球菌耐药机制、致病性等研究提供数据支持。

分子微生物学在疫苗学中的应用

病原体的遗传学、细胞生物学和全基因组序列分析已经极大地改变了对微生物疾病的流行病学、发病机理、诊断和防治研究的前景。例如重组DNA和聚合酶链反应(PCR)技术是用来分离致病基因的强有力手段,可在生物学相关毒力测定中研究这些基因的致病作用。进而针对一个或几个这类基因发展疫苗。病原体全基因组序列提供了一份编码每个毒力因子和免疫原的基因 清单,候选疫苗可通过各种方法(包括最近提出的核酸免疫接种)进行选择和开发。虽然凭经验已经和正在继续开发许多成功的疫苗,但是分子微生物学为发现、开发和生产更安全有效、更廉价的疫苗提供合理的根据。

医学微生物学

0212244 丙型肝炎病毒(HCV)RNA的保存3′端末端序列对HCV RNA基因组的稳定性和翻译影响的体外试验/Fang J W//J Hepatol.-2000,33(4).-632～639 医科图0212245 朊病毒的临床病理学特征:活化的人肝脏星形细胞的新标记物/Kitada T//J Hepatol.-2000,33(5).

我国完成寨卡病毒全基因组序列测定

军事医学科学院微生物流行病研究所与相关单位密切合作，于2月21日直接从输入性感染病例患者尿液中获得寨卡病毒全基因组序列。这是我国首次获得寨卡病毒全基因组序列，也是全球首次直接从患者尿液中获得病毒全基因组。该病毒基因组全长10．8kb，

嗜肺性军团病杆菌基因组序列已测定

据Medscape．corn9月27日报道(原载Science2004；305：1966—1968)，研究人员已测定嗜肺性军团病杆菌的全部基因组序列并发现可作为新治疗靶位的数个基因。

环境宏基因组学技术的主要瓶颈及发展

从环境宏基因组文库的构建及筛选两方面分析了环境宏基因组学技术所存的主要瓶颈,综述了针对主要瓶颈而发展的最新环境宏基因组学技术,展望了环境宏基因组学技术在微生物生态学基础研究及生物技术应用研究领域的发展方向.