应用cDNA微矩阵基因芯片筛选运动性心肌肥大相关基因的初步研究

目的 :应用cDNAchip(cDNA芯片或微矩阵基因芯片 )技术筛选运动性心肌肥大相关基因。方法 :摘取运动组和对照组小鼠心脏 ,按一步法抽提总RNA并纯化mRNA ,将 2 30 4个点包括10 3个阴性及对照基因和 2 2 0 1条小鼠靶基因的PCR扩增产物 ,按微矩阵 (12× 12点× 16亚矩阵 ,点间距离 375 μm)点制于硅烷化玻片上 ,制备成cDNA芯片。将等量抽提纯化的运动组和对照组小鼠心肌组织mRNA ,分别与掺入的荧光分子Cy3和Cy5经逆转录合成cDNA荧光探针 ,混合后再与cD NA芯片杂交 ,通过芯片扫描仪对荧光信号图像进行扫描 ,经计算机分析比较运动组和安静对照组心肌组织中基因表达谱的变化。结果 :在 2 2 0 1条待研究基因中 ,两组小鼠心肌组织间存在差异表达的基因。具有显著表达差异的基因有 71条 ,其中上调基因有 37条 ,下调基因有 34条。结果显示 :cDNA芯片技术筛选运动性心肌肥大相关基因具有高通量、高敏度、高效率、大规模和并行性等优点。

微矩阵基因芯片筛选喉鳞癌相关基因的研究

目的 :应用基因微矩阵方法筛选喉鳞癌相关基因。方法 :按一步法抽提喉鳞癌和对照喉正常组织的总 RNA并纯化m RNA;将 40 96种人类基因 PCR产物用 Cartesian Pixsys75 0 0点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上 ,制成基因芯片 ;将等量的对照组织和喉鳞癌组织 m RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的 c DNA一链做探针 ,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用 Scan Array30 0 0扫描仪扫描芯片荧光信号图像 ,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果 :在 40 96种基因中 ,喉鳞状细胞癌与喉正常组织间存在差异表达的基因。所检测的 4例临床标本中 ,2例共有的差异表达基因2 11～ 35 6条 (5 .15 %～ 8.87% ) ,3例共有的差异表达基因 36条 (0 .88% )。结论 :基因微矩阵芯片在筛选喉肿瘤发生相关基因的改变具有快速、高通量、高敏度等特点。

应用微矩阵表达谱基因芯片筛选食管癌新的相关基因

[目的]应用微矩阵表达谱基因芯片筛选食管癌新的相关基因。[方法]微矩阵表达谱基因芯片(14114种基因)筛选3例食管癌及其对照癌旁组织的差异表达基因,用Northern印迹证实,用末端终止法测序,将测序结果在GenBank数据库进行同源性检索。[结果]检测的3例临床标本中,共有的差异表达基因31条,上调基因10条,下调基因21条,其序列与Genbank数据库比较,从中筛选出2条无明显同源的人类已知基因或片段,即新基因,并列出其序列。[结论]微矩阵表达谱基因芯片可应用于筛选食管癌新的相关基因,其具备高通量、特异性好、快速的特点;食管癌和对照癌旁组织间存在2条新的差异表达基因。

基因芯片在抗肿瘤血管生成中草药相关基因筛选中的研究

目的 :利用基因芯片技术 ,从基因水平解释抗肿瘤血管生成中草药的有效组分 T3的分子机制。 方法 :( 1)采用两种细胞系 :人胃癌 BGC82 3细胞和血管内皮细胞 ( EC) ,每种细胞分两组 ,一组为对照 ,另一组为 T3药物刺激组 ;( 2 )抽提细胞总RNA ,经反转录制备 c DNA,对照组用 Cy3、药物刺激组用 Cy5荧光标记 ,获得 c DNA探针 ;( 3 ) c DNA探针与 Bio Door基因表达谱芯片杂交 ,结果由扫描仪扫描并用 Im a Gene3 .0软件进行分析统计。 结果 :( 1) BGC82 3细胞组有 2 .5 3 %基因表达谱发生明显的变化 ,其中 15 8条基因在经 T3刺激后表达量明显上升 ,4 4条明显下降 ;( 2 ) EC组有 0 .4 6%的基因表达谱发生明显的变化 ,其中 3 0条基因在经 T3刺激后表达量明显上升 ,7条基因表达量明显下降。结论 :利用基因芯片技术可从基因水平解释中药的作用机制 。

基因芯片的制备研究

目的 :建立基因芯片的制备技术。 方法 :基因样本准备 ,将带荧光标记的 PCR产物用点样仪点于玻片介质上 ,并经过点样后处理制备成基因芯片 ,用扫描仪测定处理前后芯片上荧光强度的变化 ,计算 DNA固定率。分别设计了 5种玻片 3种固定条件和 6种点样后处理方法的固定率测定。结果 :对芯片制备的各种条件和方法优化实验表明 ,c DNA的氨基修饰 ,点样后的 UV交联和芯片室温干燥处理能有效提高 DNA的固定率。结论 :本研究建立的基因芯片制备技术有较高的效率和可靠的实用性能。

基因芯片对PMA激活的血管内皮细胞早期反应基因的研究

目的 :用基因芯片研究 PMA激活的血管内皮细胞的早期反应基因 (imm ediate early response gene,ERG)。方法 :以包含 40 96条人类基因的 DNA芯片检测血管内皮细胞受代谢增强剂 PMA(phorbol myristate acetate)激活后早期的基因表达谱 ,并从中筛查出 ERG。结果 :血管内皮细胞受 PMA作用 6 h后 ,17条基因上调 ,11条下调。数据处理聚类分析表明 17条上调基因中多数 (13/ 17)属蛋白质磷酸酶和转录调控因子基因 ,而下调基因中多数 (9/ 11)为细胞分裂相关基因。结论 :证明PMA激活的人血管内皮细胞早期反应基因主要是转录调控因子和蛋白质磷酸酶基因。

应用基因芯片分析妇科恶性肿瘤的基因表达

目的 应用基因微矩阵芯片研究妇科恶性肿瘤相关基因表达。方法 分别提取癌组织和正常对照组织mR NA ,经反转录分别用Cy3-dCTP和Cy5 -dCTP荧光标记cDNA ,获得两组探针 ,混合后与基因芯片H4 0s(基因点数为 4 0 96点 )杂交 ,经严格洗片后用GenePix4 0 0 0B扫描仪进行扫描 ,获得荧光信号图像 ,用图像处理软件 :GenePixPro3.0对图像进行处理 ,获得两种组织中差异表达的基因信息。结果 在 4种癌组织中同时出现表达差异的基因有 35条 ,占 0 .85 %。其中 4种癌组织中都下调表达的基因 6条 ,没有均上调表达的基因 ,在前 3种癌组织中都上调表达而在乳腺癌中却下调表达的基因12条 ,在前 3种癌组织中都下调表达而在乳腺癌中却上调表达的基因 12条 ,其它 5条。结论 1 肿瘤的发生过程比我们已了解的要复杂的多 ,它是多种基因表达失衡的结果。每种肿瘤的每个患病个体其肿瘤的发生和发展都具有自己一系列独特的基因表达谱 ,即使是同一肿瘤的不同个体之间 ,基因表达谱可能差异也很大。 2 子宫颈癌、乳腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌这四种癌组织中具有相同表达行为的基因只有 6个 ,它们是 :AB0 2 3136 (编码人类蛋白KIAA0 919)、AF0 80 15 8(丝氨酸、苏氨酸K激酶基因 )、S795 2 2 (蛋白质合成延长因子EF - 1基因 )。

基因芯片在胰腺癌相关基因筛选中的初步研究

目的探讨基因表达谱芯片技术在筛查胰腺癌相关基因群表达中的作用。方法按微矩阵排列的4096种全长基因PCR产物制成Biostar H-40s型微矩阵表达谱芯片;采用一步法抽提胰腺癌及正常胰腺组织总RNA,用Oligotex mRNA离心柱分离纯化两种组织的mRNA;经逆转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)掺入的cDNA一链制备表达谱探针,芯片杂交和洗片后,用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像,分析胰腺癌及正常胰腺组织中差异表达的基因。结果在4096种基因中,胰腺癌组织与正常胰腺组织间有949条(23.2%)存在差异表达的基因,其中我们确定了9条上调和8条下调的癌基因和抑癌基因可能与胰腺癌的发病机制存在相关性。结论基因表达谱芯片技术可以筛选出胰腺癌表达异常的相关基因群,对其进一步研究有助于认识胰腺癌的发病机制。

应用BiostarH-Ⅰ型基因芯片筛选肺鳞癌中细胞信号传导及免疫相关基因

目的利用基因芯片技术,寻找人类肺鳞癌组织和正常肺组织中与生物信号传导或免疫反应有关的差异表达基因。方法提取肺鳞癌和正常肺组织总RNA,反转录合成cDNA探针,混合后与BiostarH-Ⅰ型基因芯片杂交,ScanArray 4000扫描仪扫描杂交信号,计算机分析差异表达基因。结果筛选出差异表达的已知基因8条,其中5条表达上调(r>2.0),分别为METAP2、LIV-1、CUL2、CSE1L、RBBP2H1A;3条表达下调(r<0.5),分别为CX3CL1、HBB、CKB。结论利用基因芯片技术实现高通量筛选肺癌发病相关基因,发现8条在肺鳞癌中与细胞信号传导或免疫反应有关的差异表达基因,为今后更深入的研究指明了方向。

基因表达谱芯片在胰腺癌相关基因筛选中的应用研究

目的 :探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理学变化中的应用价值。方法 :应用含有 40 96条人类全长基因的 c DNA表达谱芯片 ,对 3例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。 结果 :在 3例胰腺癌和正常胰腺组织中均有差异表达的基因 398条 ,其中新基因 2 89条 ,老基因 10 9条。从老基因中筛选出有显著表达差异基因 37条 ,其中在胰腺癌组织中上调基因 2 0条 ,下调基因 17条。 结论 :运用本基因表达谱芯片对基因表达谱进行分析 ,能够有效筛查出新的胰腺癌相关基因。

ARP-SRP基因表达谱芯片对脑损伤的初步研究

目的研究脑挫伤后ARP-SRP基因表达谱差异及其法医学意义。方法从脑组织提取mRNA,应用ARP-SRP-1.0S基因芯片,研究脑挫伤组织与对照脑组织细胞凋亡蛋白和应激反应蛋白相关基因特异性表达差异。结果基因芯片杂交结果中,发现人类溶酶体的胃蛋白酶抑制剂不敏感蛋白酶基因(CLN2)表达水平显著下降。结论CLN2基因与一种婴儿致死性神经变性疾病LINCL有关,但CLN2基因在脑损伤中的作用尚有待进一步研究;基因芯片在研究脑损伤后相关基因的改变具有快速、高通量、高敏度等特点。

基因表达谱芯片筛选成釉细胞瘤相关基因的研究

目的 :研究成釉细胞瘤和正常口腔粘膜组织中差异表达的基因。方法 :分别从成釉细胞瘤及正常口腔粘膜组织中提取总RNA并纯化为mRNA ,两种不同组织的mRNA分别逆转录合成有荧光分子标记的探针 ,然后与含有 70 0种人类基因的芯片进行杂交 ,杂交信号用ScanArray30 0 0扫描 ,结果用ImgGene3.0软件分析。 结果 :成釉细胞瘤和正常口腔粘膜有差异表达的基因 32个 ,其中表达上调基因 5个、下调 2 7个。结论

应用微矩阵表达谱基因芯片检测食管癌的基因改变

目的 应用微矩阵表达谱基因芯片研究食管癌的基因变化。方法 按一步法抽提三例食管癌及其对照癌旁组织的总RNA ,分别逆转录成荧光分子掺入的探针 ,混合后杂交基因芯片(1 4 1 1 4种基因 )。经严格洗片后用扫描仪扫描芯片荧光信号图像 ,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果 在所检测的 3例临床标本中 ,共有的差异表达基因 31条 ,上调基因 1 0条 ,下调基因 2 1条 ,有多类基因 ,有与信号转导有关、与细胞周期调控有关、与癌基因同源的基因等等。

雄黄对急性早幼粒细胞白血病NB_4细胞基因表达谱的影响

目的 研究雄黄作用后白血病细胞基因表达谱的变化 ,寻找雄黄作用的靶基因 .方法 分别在蛋白质合成抑制剂放线菌酮预处理细胞前后 ,以 10 2 4D芯片研究雄黄作用前后急性早幼粒细胞白血病 (APL )细胞株 NB4细胞差异表达的基因 .结果 雄黄 (35 5μg· L- 1 砷 )作用 4h后 ,筛选出差异表达基因 13条 ,其中 2条表达增加 ,11条表达降低 ;放线菌酮抑制试验筛选出差异基因 4条 ,其中 1条表达增加 ,3条表达下调 ,与前次芯片结果上下调趋势一致、程度相似 .结论 细胞信号传递蛋白类基因 U5 190 3和 Z2 2 5 33,DNA结合转录和转录因子相关基因 AF0 36 6 13,代谢类基因 X6 6 435等可能是雄黄作用于 APL

鼻咽癌外周血淋巴细胞基因表达谱的研究

背景与目的:近年来兴起的DNA芯片技术能在一次杂交实验中同时监测数以千计的基因表达,使分析免疫细胞的基因表达模式成为可能。本研究旨在应用这一先进技术检测鼻咽癌患者与健康人外周血淋巴细胞基因表达的差异,以探讨鼻咽癌患者免疫细胞的基因表达特点。方法:应用含2000点cDNA的BioDoor10s/D芯片研究基因表达的差异。提取鼻咽癌患者淋巴细胞和健康人淋巴细胞的mRNA,分别用标有不同荧光素的dUTP反转录制备cDNA探针,将探针与芯片杂交后扫描荧光强度,从而筛选出差异性表达的基因。结果:发现鼻咽癌患者淋巴细胞有62个基因呈现差异表达。差异性表达主要涉及编码信号传递蛋白的基因,表达上调的5个基因中有3个基因与编码信号传导的蛋白相关。其余57个基因呈现表达下调,在cy5/cy3值为0.3左右的9个下调基因中,编码信号传导蛋白的相关基因占了5个。结论:与健康人相比,鼻咽癌患者的外周血淋巴细胞基因表达呈下调趋势。淋巴细胞信号传导功能异常和基因表达下调可能是鼻咽癌免疫功能有别于健康人的原因之一。

肿瘤转移相关基因的表达谱研究(英文)

目的 :运用基因表达谱芯片技术对肿瘤转移相关基因的表达谱进行研究。方法 :对临床切除的肝癌和胰腺癌组织及相应的对照正常组织进行总 RNA抽提 ,纯化后的 m RNA进行逆转录制备杂交探针 ,应用 Bio Door40 96和 Bio Door12 80 0的全长基因 DNA芯片筛选与肝癌和胰腺癌转移相关的基因。杂交后的信号用 Scan Array30 0 0扫描 ,结果用 Ima Gene3.0软件分析。结果 :对肝癌和胰腺癌基因表达谱进行分析 ,发现两种肿瘤中存在相同的差异表达基因 ,其中有 15条基因与肝癌、胰腺癌转移密切相关。 结论 :通过对肝癌、胰腺癌的肿瘤表达谱芯片研究 ,尤其是与转移相关基因的分析 ,对了解肿瘤的发病机制和转移发生情况及其肿瘤的预后有重要意义。

小鼠暴发型病毒性肝炎肝组织基因表达谱的分析

目的分析小鼠暴发型病毒性肝炎肝组织基因表达谱,初步确定参与暴发型病毒性肝炎发病分子机制的相关基因。方法100 PFU3型鼠肝炎病毒(MHV-3)感染Balb/cJ小鼠,建立了暴发型病毒性肝炎模型,同等量病毒感染A/J小鼠后24 h取肝组织作为对比分析标本。应用含有16 463条Oligo DNA的小鼠基因表达芯片,检测两组小鼠间的基因差异表达谱。荧光定量逆转录聚合酶链反应法检测目标基因H2-EA的表达变化,验证芯片分析的初步结果。结果MHV-3感染Balb/cJ小鼠和A/J小鼠后其肝组织差异表达基因共140条,包括细胞代谢、细胞信号、细胞运输、转录调控以及免疫相关类等基因。其中2倍以上差异表达基因中与免疫功能密切相关的基因22条。结论暴发型肝炎过程中宿主基因表达谱发生了变化,共同参与了免疫致病机制,其中主要为细胞代谢和免疫相关类基因。

肺癌相关基因的表达谱研究

目的 :通过研究人肺癌组织和正常组织中差异表达的基因 ,寻找肺癌相关基因以用于肺癌的诊断和治疗。 方法 :以包含 40 96个 c DNA基因表达谱芯片研究一组肺癌组织样本的基因表达谱。 结果 :共筛选出差异表达的基因 370条 ,包含已知基因 146条 ,未知基因 2 2 4条 ,其中 10 7条表达增加 ,2 6 3条表达降低。 结论 :基于 c DNA微矩阵技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选与肺癌发生密切相关的基因。

长链非编码RNA AC002454.1在急性白血病患儿中的表达及临床意义

目的:研究长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在急性白血病(acute leukemia,AL)患儿和骨髓正常的其它血液病患儿(作为对照)标本中的表达谱的差异,筛选与AL患儿相关的lnc RNA,探讨lnc RNA AC002454.1在AL患儿中的表达及临床意义。方法:采用Microarray基因芯片技术对初诊AL儿童和对照儿童骨髓细胞的lnc RNA进行统计分析。选取差异表达显著的lnc RNA 97个,对急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)患儿(21例)、急性髓细胞白血病(acute myelocytic leukemia,AML)患儿(22例)和对照儿童(21例)样本采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术进行验证并比较。并选择其中差异最大的lncRNA AC002454.1分析其相对表达量与临床指标的关系。结果:经Microarray基因芯片检测,ALL患儿差异表达的lncRNA 1884个、AML患儿差异表达的lncRNA 4289个。采用qRT-PCR对异常表达lncRNA进行验证的结果显示,ALL组中表达显著上调9例、AML组中表达显著上调12例,其中AC002454.1在ALL、AML患儿表达差异最显著(P<0.05,P<0.01)。AC002454.1的相对表达量在初诊ALL免疫分型T系与B系中有显著差异(P<0.01)、ALL和AML组有显著差异(P<0.05),AC002454.1相对表达量在患儿性别、年龄、初诊时WBC计数、染色体、融合基因、危险度分层之间无显著差异(P值均>0.05)。结论:用长链非编码RNA芯片分析获得了AL患儿的lncRNA表达谱,AC002454.1在AL患儿中异常高表达,其表达量与AL患儿的免疫分型及判断患者预后有一定相关性。

伤寒减毒活疫苗Ty21a免疫前后小鼠肠细胞差异表达的基因

以基因表达谱芯片对Ty2 1a免疫前后小鼠肠细胞 (包括肠粘膜上皮细胞和肠上皮间淋巴细胞 )基因表达的差异性进行研究比较。将 490条经抑制消减杂交法筛选出的与小鼠Ty2 1a免疫相关的cDNA制备成表达谱芯片 ;利用免疫前后小鼠肠细胞的mRNA通过逆转录方法 ,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种组织的cDNA上 ,制备成cDNA探针 ,并与表达谱芯片进行杂交及扫描 ,单点重复 2次实验 ,通过计算机数据处理判定基因是否在上述两种细胞群中有表达差异。筛选出差异表达基因共 98条 ,其中 92条为表达上调基因 ,6条为表达降低基因。提示 ,基因表达谱芯片技术是高通量进行基因表达模式研究的方法 ,可同时定量研究大量的基因表达水平 ,从而鉴定可能参与免疫的基因。