应用微矩阵表达谱基因芯片筛选食管癌新的相关基因

[目的]应用微矩阵表达谱基因芯片筛选食管癌新的相关基因。[方法]微矩阵表达谱基因芯片(14114种基因)筛选3例食管癌及其对照癌旁组织的差异表达基因,用Northern印迹证实,用末端终止法测序,将测序结果在GenBank数据库进行同源性检索。[结果]检测的3例临床标本中,共有的差异表达基因31条,上调基因10条,下调基因21条,其序列与Genbank数据库比较,从中筛选出2条无明显同源的人类已知基因或片段,即新基因,并列出其序列。[结论]微矩阵表达谱基因芯片可应用于筛选食管癌新的相关基因,其具备高通量、特异性好、快速的特点;食管癌和对照癌旁组织间存在2条新的差异表达基因。

应用微矩阵表达谱基因芯片检测食管癌的基因改变

目的 应用微矩阵表达谱基因芯片研究食管癌的基因变化。方法 按一步法抽提三例食管癌及其对照癌旁组织的总RNA ,分别逆转录成荧光分子掺入的探针 ,混合后杂交基因芯片(1 4 1 1 4种基因 )。经严格洗片后用扫描仪扫描芯片荧光信号图像 ,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果 在所检测的 3例临床标本中 ,共有的差异表达基因 31条 ,上调基因 1 0条 ,下调基因 2 1条 ,有多类基因 ,有与信号转导有关、与细胞周期调控有关、与癌基因同源的基因等等。

应用cDNA微矩阵基因芯片筛选运动性心肌肥大相关基因的初步研究

目的 :应用cDNAchip(cDNA芯片或微矩阵基因芯片 )技术筛选运动性心肌肥大相关基因。方法 :摘取运动组和对照组小鼠心脏 ,按一步法抽提总RNA并纯化mRNA ,将 2 30 4个点包括10 3个阴性及对照基因和 2 2 0 1条小鼠靶基因的PCR扩增产物 ,按微矩阵 (12× 12点× 16亚矩阵 ,点间距离 375 μm)点制于硅烷化玻片上 ,制备成cDNA芯片。将等量抽提纯化的运动组和对照组小鼠心肌组织mRNA ,分别与掺入的荧光分子Cy3和Cy5经逆转录合成cDNA荧光探针 ,混合后再与cD NA芯片杂交 ,通过芯片扫描仪对荧光信号图像进行扫描 ,经计算机分析比较运动组和安静对照组心肌组织中基因表达谱的变化。结果 :在 2 2 0 1条待研究基因中 ,两组小鼠心肌组织间存在差异表达的基因。具有显著表达差异的基因有 71条 ,其中上调基因有 37条 ,下调基因有 34条。结果显示 :cDNA芯片技术筛选运动性心肌肥大相关基因具有高通量、高敏度、高效率、大规模和并行性等优点。

微矩阵基因芯片筛选喉鳞癌相关基因的研究

目的 :应用基因微矩阵方法筛选喉鳞癌相关基因。方法 :按一步法抽提喉鳞癌和对照喉正常组织的总 RNA并纯化m RNA;将 40 96种人类基因 PCR产物用 Cartesian Pixsys75 0 0点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上 ,制成基因芯片 ;将等量的对照组织和喉鳞癌组织 m RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的 c DNA一链做探针 ,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用 Scan Array30 0 0扫描仪扫描芯片荧光信号图像 ,计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果 :在 40 96种基因中 ,喉鳞状细胞癌与喉正常组织间存在差异表达的基因。所检测的 4例临床标本中 ,2例共有的差异表达基因2 11～ 35 6条 (5 .15 %～ 8.87% ) ,3例共有的差异表达基因 36条 (0 .88% )。结论 :基因微矩阵芯片在筛选喉肿瘤发生相关基因的改变具有快速、高通量、高敏度等特点。

卵巢癌基因表达谱的cDNA微矩阵研究

目的:探讨cDNA微矩阵(基因芯片)研究卵巢癌基因表达谱及分析部分差异表达基因功能的可行性。方法:采用4 097个靶基因点BiostarH-40s表达谱基因芯片,检测5例卵巢浆液性腺癌及5例正常卵巢组织(cy3-dUTP标记正常卵巢组织的RNA,用cy5-dUTP标记卵巢癌组织的RNA)的基因表达谱。结果:两组病例卵巢癌基因表达谱中,4例以上差异表达基因163个,其中基因表达增高(上调趋势)66个,基因表达降低(下调趋势)97个。明确基因功能分类的差异表达基因37个,其中原癌基因和抑癌基因类基因3个,细胞周期蛋白类基因1个,细胞骨架及运动蛋白类基因6个,DNA结合、转录和转录因子类基因1个,细胞受体类基因2个,免疫相关蛋白类基因5个,代谢类基因7个,蛋白翻译合成类基因2个,发育相关基因3个,其他类基因7个。结论:应用cDNA微矩阵研究卵巢癌基因表达谱,发现差异表达基因及其基因功能分类。

基因表达谱芯片在胰腺癌相关基因筛选中的应用研究

目的 :探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理学变化中的应用价值。方法 :应用含有 40 96条人类全长基因的 c DNA表达谱芯片 ,对 3例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。 结果 :在 3例胰腺癌和正常胰腺组织中均有差异表达的基因 398条 ,其中新基因 2 89条 ,老基因 10 9条。从老基因中筛选出有显著表达差异基因 37条 ,其中在胰腺癌组织中上调基因 2 0条 ,下调基因 17条。 结论 :运用本基因表达谱芯片对基因表达谱进行分析 ,能够有效筛查出新的胰腺癌相关基因。

ARP-SRP基因表达谱芯片对脑损伤的初步研究

目的研究脑挫伤后ARP-SRP基因表达谱差异及其法医学意义。方法从脑组织提取mRNA,应用ARP-SRP-1.0S基因芯片,研究脑挫伤组织与对照脑组织细胞凋亡蛋白和应激反应蛋白相关基因特异性表达差异。结果基因芯片杂交结果中,发现人类溶酶体的胃蛋白酶抑制剂不敏感蛋白酶基因(CLN2)表达水平显著下降。结论CLN2基因与一种婴儿致死性神经变性疾病LINCL有关,但CLN2基因在脑损伤中的作用尚有待进一步研究;基因芯片在研究脑损伤后相关基因的改变具有快速、高通量、高敏度等特点。

微RNA对K562细胞基因表达谱的影响

目的应用基因芯片技术,研究微RNA(miR-181a)对人白血病K562细胞基因表达谱的影响。方法针对miR-181a成熟序列设计并合成miR-181aRNAduplexes,采用OligofectamineTM脂质体法转染K562细胞。应用AgilentHuman1A寡核苷酸基因芯片,检测和分析对照组与微RNA转染组间的基因表达谱差异。结果从20173个候选基因中,筛选出228个差异表达基因。与对照组K562细胞比较,表达上调的基因有59个,主要有代谢相关基因、抑癌基因、信号转导相关基因、免疫防御相关基因等;表达下调的有169个,主要有原癌基因、DNA结合与转录因子、代谢相关基因、信号转导相关基因、细胞周期及发育相关基因等。RT-PCR技术验证了CTCF、ZAP70、SEMA4C和RALA4个基因表达的变化。结论微RNA转染K562细胞48h后,影响了细胞内一系列基因的表达。这些基因可能与微RNA的功能相关,同时也是转录后水平上抑制基因表达的调控方式实现的基础。这为进一步深入研究微RNA的功能及其具体的作用机制提供了重要的线索和依据。

基因芯片研究糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达

目的 研究正常与糖尿病肾病大鼠肾脏的基因表达谱 ,大规模分析糖尿病时基因表达水平的变化。方法 ( 1)实验大鼠分为两组 ,一组为正常对照组 ,另一组为糖尿病肾病组 ;( 2 )从肾皮质中抽提mRNA ,经反转录分别用Cy3、Cy5荧光标记 ,获得两组动物来源的cDNA探针 ;( 3 )cDNA探针与Biodoor基因表达谱芯片杂交 ,结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果 ( 1) 8.4 %的基因表达谱发生明显的变化 ,其中 12条基因在糖尿病时表达量明显下降 ,而 3 2 3条基因在糖尿病时表达量明显上升 ;( 2 )已报道基因占了差异表达基因总数的18.8%左右 ,大多数已报道基因在糖尿病时的表达模式与其他作者的报道类似。结论 利用基因芯片技术结合实验动物模型能大规模、高通量地研究糖尿病的基因表达谱 ,初步筛选出疾病相关基因 。

基因表达谱芯片筛选成釉细胞瘤相关基因的研究

目的 :研究成釉细胞瘤和正常口腔粘膜组织中差异表达的基因。方法 :分别从成釉细胞瘤及正常口腔粘膜组织中提取总RNA并纯化为mRNA ,两种不同组织的mRNA分别逆转录合成有荧光分子标记的探针 ,然后与含有 70 0种人类基因的芯片进行杂交 ,杂交信号用ScanArray30 0 0扫描 ,结果用ImgGene3.0软件分析。 结果 :成釉细胞瘤和正常口腔粘膜有差异表达的基因 32个 ,其中表达上调基因 5个、下调 2 7个。结论

应用基因芯片分析妇科恶性肿瘤的基因表达

目的 应用基因微矩阵芯片研究妇科恶性肿瘤相关基因表达。方法 分别提取癌组织和正常对照组织mR NA ,经反转录分别用Cy3-dCTP和Cy5 -dCTP荧光标记cDNA ,获得两组探针 ,混合后与基因芯片H4 0s(基因点数为 4 0 96点 )杂交 ,经严格洗片后用GenePix4 0 0 0B扫描仪进行扫描 ,获得荧光信号图像 ,用图像处理软件 :GenePixPro3.0对图像进行处理 ,获得两种组织中差异表达的基因信息。结果 在 4种癌组织中同时出现表达差异的基因有 35条 ,占 0 .85 %。其中 4种癌组织中都下调表达的基因 6条 ,没有均上调表达的基因 ,在前 3种癌组织中都上调表达而在乳腺癌中却下调表达的基因12条 ,在前 3种癌组织中都下调表达而在乳腺癌中却上调表达的基因 12条 ,其它 5条。结论 1 肿瘤的发生过程比我们已了解的要复杂的多 ,它是多种基因表达失衡的结果。每种肿瘤的每个患病个体其肿瘤的发生和发展都具有自己一系列独特的基因表达谱 ,即使是同一肿瘤的不同个体之间 ,基因表达谱可能差异也很大。 2 子宫颈癌、乳腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌这四种癌组织中具有相同表达行为的基因只有 6个 ,它们是 :AB0 2 3136 (编码人类蛋白KIAA0 919)、AF0 80 15 8(丝氨酸、苏氨酸K激酶基因 )、S795 2 2 (蛋白质合成延长因子EF - 1基因 )。

基因芯片在抗肿瘤血管生成中草药相关基因筛选中的研究

目的 :利用基因芯片技术 ,从基因水平解释抗肿瘤血管生成中草药的有效组分 T3的分子机制。 方法 :( 1)采用两种细胞系 :人胃癌 BGC82 3细胞和血管内皮细胞 ( EC) ,每种细胞分两组 ,一组为对照 ,另一组为 T3药物刺激组 ;( 2 )抽提细胞总RNA ,经反转录制备 c DNA,对照组用 Cy3、药物刺激组用 Cy5荧光标记 ,获得 c DNA探针 ;( 3 ) c DNA探针与 Bio Door基因表达谱芯片杂交 ,结果由扫描仪扫描并用 Im a Gene3 .0软件进行分析统计。 结果 :( 1) BGC82 3细胞组有 2 .5 3 %基因表达谱发生明显的变化 ,其中 15 8条基因在经 T3刺激后表达量明显上升 ,4 4条明显下降 ;( 2 ) EC组有 0 .4 6%的基因表达谱发生明显的变化 ,其中 3 0条基因在经 T3刺激后表达量明显上升 ,7条基因表达量明显下降。结论 :利用基因芯片技术可从基因水平解释中药的作用机制 。

基因芯片的制备研究

目的 :建立基因芯片的制备技术。 方法 :基因样本准备 ,将带荧光标记的 PCR产物用点样仪点于玻片介质上 ,并经过点样后处理制备成基因芯片 ,用扫描仪测定处理前后芯片上荧光强度的变化 ,计算 DNA固定率。分别设计了 5种玻片 3种固定条件和 6种点样后处理方法的固定率测定。结果 :对芯片制备的各种条件和方法优化实验表明 ,c DNA的氨基修饰 ,点样后的 UV交联和芯片室温干燥处理能有效提高 DNA的固定率。结论 :本研究建立的基因芯片制备技术有较高的效率和可靠的实用性能。

雄黄对急性早幼粒细胞白血病NB_4细胞基因表达谱的影响

目的 研究雄黄作用后白血病细胞基因表达谱的变化 ,寻找雄黄作用的靶基因 .方法 分别在蛋白质合成抑制剂放线菌酮预处理细胞前后 ,以 10 2 4D芯片研究雄黄作用前后急性早幼粒细胞白血病 (APL )细胞株 NB4细胞差异表达的基因 .结果 雄黄 (35 5μg· L- 1 砷 )作用 4h后 ,筛选出差异表达基因 13条 ,其中 2条表达增加 ,11条表达降低 ;放线菌酮抑制试验筛选出差异基因 4条 ,其中 1条表达增加 ,3条表达下调 ,与前次芯片结果上下调趋势一致、程度相似 .结论 细胞信号传递蛋白类基因 U5 190 3和 Z2 2 5 33,DNA结合转录和转录因子相关基因 AF0 36 6 13,代谢类基因 X6 6 435等可能是雄黄作用于 APL

鼻咽癌外周血淋巴细胞基因表达谱的研究

背景与目的:近年来兴起的DNA芯片技术能在一次杂交实验中同时监测数以千计的基因表达,使分析免疫细胞的基因表达模式成为可能。本研究旨在应用这一先进技术检测鼻咽癌患者与健康人外周血淋巴细胞基因表达的差异,以探讨鼻咽癌患者免疫细胞的基因表达特点。方法:应用含2000点cDNA的BioDoor10s/D芯片研究基因表达的差异。提取鼻咽癌患者淋巴细胞和健康人淋巴细胞的mRNA,分别用标有不同荧光素的dUTP反转录制备cDNA探针,将探针与芯片杂交后扫描荧光强度,从而筛选出差异性表达的基因。结果:发现鼻咽癌患者淋巴细胞有62个基因呈现差异表达。差异性表达主要涉及编码信号传递蛋白的基因,表达上调的5个基因中有3个基因与编码信号传导的蛋白相关。其余57个基因呈现表达下调,在cy5/cy3值为0.3左右的9个下调基因中,编码信号传导蛋白的相关基因占了5个。结论:与健康人相比,鼻咽癌患者的外周血淋巴细胞基因表达呈下调趋势。淋巴细胞信号传导功能异常和基因表达下调可能是鼻咽癌免疫功能有别于健康人的原因之一。

cDNA微矩阵筛选卵巢癌相关基因的研究

背景与目的:导致卵巢癌发生、发展的分子机制目前还不完全清楚,有研究者认为癌发生可能是许多基因表达水平的改变导致细胞内出现一系列分子变化的结果。本研究的目的是应用cDNA微矩阵方法对正常人卵巢组织及卵巢癌组织基因表达的差异性进行比较研究,筛选卵巢癌的相关基因。方法:将512个人癌基因和抑癌基因的cDNA用点样仪点在特制玻片上,制成表达谱芯片;分别提取人正常卵巢组织及卵巢癌组织的mRNA,通过逆转录PCR方法,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种组织的cDNA,制备成cDNA探针,并与表达谱芯片进行杂交及扫描,通过计算机应用ImaGene3.0软件分析和处理数据。结果:对正常卵巢组织和卵巢癌组织的癌基因和抑癌基因表达谱分析,在3例或3例以上组织有共表达差异性的基因有38个,其中在卵巢癌组织中下调的基因有23个,上调的基因有15个。结论:应用cDNA微矩阵技术研究卵巢癌的基因表达谱,初步筛选出了肿瘤相关基因。

肿瘤转移相关基因的表达谱研究(英文)

目的 :运用基因表达谱芯片技术对肿瘤转移相关基因的表达谱进行研究。方法 :对临床切除的肝癌和胰腺癌组织及相应的对照正常组织进行总 RNA抽提 ,纯化后的 m RNA进行逆转录制备杂交探针 ,应用 Bio Door40 96和 Bio Door12 80 0的全长基因 DNA芯片筛选与肝癌和胰腺癌转移相关的基因。杂交后的信号用 Scan Array30 0 0扫描 ,结果用 Ima Gene3.0软件分析。结果 :对肝癌和胰腺癌基因表达谱进行分析 ,发现两种肿瘤中存在相同的差异表达基因 ,其中有 15条基因与肝癌、胰腺癌转移密切相关。 结论 :通过对肝癌、胰腺癌的肿瘤表达谱芯片研究 ,尤其是与转移相关基因的分析 ,对了解肿瘤的发病机制和转移发生情况及其肿瘤的预后有重要意义。

cDNA微矩阵分离胃癌组织差异表达cDNA序列研究

背景与目的:许多研究表明,一些与胃癌相关的基因未被识别。本研究拟分离和鉴定胃癌差异表达cDNA序列,进一步克隆胃癌相关基因。方法:采用包含4892条cDNA序列的微阵列分析癌旁正常胃粘膜和胃癌组织表达谱的差异,利用生物信息学分析差异表达cDNA序列,RT-PCR(reversetranscriptionpolymerasechainreaction)验证cDNA微阵列结果。结果:癌旁正常胃粘膜和胃癌组织相比,二倍以上的差异表达cDNA序列33个,其中在胃癌中表达上调18个,表达下调15个。生物信息学分析表明,MDSCBC11克隆为代表新基因的cDNA序列且位于1p35-36,RT-PCR证实其在43%(13/30)胃癌中存在表达下调。结论:通过分析癌旁正常胃粘膜和胃癌组织表达谱的变化,发现一些与胃癌相关的新的cDNA序列,为进一步寻找和克隆胃癌新的相关基因提供重要研究线索。

小鼠暴发型病毒性肝炎肝组织基因表达谱的分析

目的分析小鼠暴发型病毒性肝炎肝组织基因表达谱,初步确定参与暴发型病毒性肝炎发病分子机制的相关基因。方法100 PFU3型鼠肝炎病毒(MHV-3)感染Balb/cJ小鼠,建立了暴发型病毒性肝炎模型,同等量病毒感染A/J小鼠后24 h取肝组织作为对比分析标本。应用含有16 463条Oligo DNA的小鼠基因表达芯片,检测两组小鼠间的基因差异表达谱。荧光定量逆转录聚合酶链反应法检测目标基因H2-EA的表达变化,验证芯片分析的初步结果。结果MHV-3感染Balb/cJ小鼠和A/J小鼠后其肝组织差异表达基因共140条,包括细胞代谢、细胞信号、细胞运输、转录调控以及免疫相关类等基因。其中2倍以上差异表达基因中与免疫功能密切相关的基因22条。结论暴发型肝炎过程中宿主基因表达谱发生了变化,共同参与了免疫致病机制,其中主要为细胞代谢和免疫相关类基因。

肝癌细胞对人未成熟树突状细胞基因表达谱的影响

目的:检测肝癌细胞微环境对人未成熟树突状细胞(immature dendritic cells,imDCs)基因表达谱的影响。方法:采用免疫磁珠阴性选择从人外周血分离CD14+单核细胞,在体外经粒-巨噬细胞采落刺激因子和白介素4诱导培养分化为im DCs,与Bel 7402肝癌细胞在Transwell中共培养48 h后,抽提imDCs的总RNA,利用人树突状细胞基因芯片检测其基因表达谱的变化。结果:与肝癌细胞共培养后,共有1 531个基因的表达发生改变(与对照组相比,变化表达倍数≥2),其中上调598个,下调933个,这些基因主要涉及信号转导、免疫应答、细胞黏附等功能。结论:肝癌细胞微环境能够影响imDCs多个基因的表达,这些基因的功能与imDCs的分化、成熟和功能有关,为进一步深入研究肝癌细胞对DCs免疫功能影响的分子机制奠定了基础。